サトシたちを追って湖のほとりにあるポケモンセンターまでやって来たロケット団。すると、ムサシのドクケイルは色違いのドクケイルを見つけ、湖へ飛んでいってしまう。そこへ、タイキと名乗る少年が現れ...。

サトシたちはリオルがいずれ故郷である王国に使え、波導で国を守る使命を持った特別な存在であることを知る。そこで、サトシたちはポケモンハンターからリオルを守り、故郷に返すというミッションに協力することに。

旅の途中、サトシたちはけがをしている“はもんポケモン”のリオルに出会う。手当てをしようと近寄るが、リオルは何とはどうだんを放って逃げだす。するとそこへ、リオルを追っているという少年・ハジメが現れる。

ノモセシティへ向かう旅の途中で、サトシたちはグライガーとバトルの特訓をしていると、どこからともなくポケモンの泣き声が聞こえてきた。すると、“すずポケモン”のリーシャンが草むらから現れ...。

トバリジムのジム戦を終えたサトシたちは、新たな目的地に向かう前夜、レイジから見せたい物があると言われてついて行くことに。街外れの高台へ向かい石段を上っていくと、大小の隕石が光る公園にたどりつき...。

ヒカリのおかげで忘れていたバトルの楽しさ、ジムリーダーとしての自覚を取り戻したスモモは、サトシのジム戦の申し出を受ける。迎えたジム戦。スモモは1番手に“かいりきポケモン”のゴーリキーを出す。

スモモに自信を取り戻してもらうため、初のジムバトルにチャレンジすることになったヒカリ。一方、サトシはムクバードに新しい技を覚えさせるため、“もうきんポケモン”のムクホークとトレーニングを続けていた。

ついにトバリシティにたどりついたサトシたちは、街外れの森の中で格闘家風の女の子と“はどうポケモン”のルカリオが激しいバトルをしているのを見つける。するとそこへ、木の陰からエレブーが現れ...。

トバリシティに向かう旅の途中、大きな砂場を見つけたサトシたちは、みんなで遊ぶことに。ポケモンたちが砂場で大はしゃぎしていると突然、砂の中から“じゅうりょうポケモン”のカバルドンが現れ...。

旅の途中、サトシたちは緑豊かなとある街で、ナエトルとエナジーボールの特訓をしていた。すると突然、“キバさそりポケモン”のグライオンと“とびさそりポケモン”のグライガーの群れが襲いかかってくる。

サトシたちは旅の途中、ヒカリの幼馴染み・ユモミの実家が経営している温泉に立ち寄ることに。久しぶりに再会したユモミとヒカリは大盛り上がり。早速一休みしようと、露天風呂に飛び込むが...。

旅の途中、サトシたちはタケシの提案でメイドカフェ「やまごや」を訪れる。そこで言うことを聞かないミルタンクに困っているメイドのアキに出会ったタケシは、アキにポケモンの育て方を特訓することに。

ついに明日に迫ったポケモンコンテスト・ズイ大会。ポケモンセンター前のフィールドで、ヒカリは最終調整のためトレーニングに励む。前回、1次審査で敗れているヒカリは、これまでの反省点を活かし雪辱戦に挑む。

ついにズイタウンにたどりついたサトシたち。ポケモンコンテスト・ズイ大会に向け特訓に励んでいると、ヒカリの幼馴染み・ケンゴがやってきた。どうやらケンゴはこれからズイの遺跡にいくらしく...。

旅の途中、森の中で道に迷ってしまったサトシたちは、地図にも載っていない古いお城を見つけて泊めてもらうことに。そこで、天才探偵を名乗る少女・マーブルと“がんこうポケモン“のレントラーに出会う。

旅を続けるサトシたちは、テンガン山の麓で“コンパスポケモン”のノズパスを連れた少年・アツオに出会う。すると、アツオはサトシにポケモンバトルを挑む。アツオの野生的なバトルに、サトシもヒートアップし...。

サトシたちはズイタウンに向かう旅の途中、峡谷にかかった工事中の石橋の前で、口論をしているブリーダーのイシスさんと設計士に出会う。石切り職人“ビーバーポケモン”のビーダルが働かず困っていると言い...。

サトシとヒカリが次の大会に向け特訓に励んでいると、ブイゼルのソニックブームが近くにあった、石を積みあげた塔に激突してしまう。すると、突然辺りが薄暗くなり、吹き飛んだ石の一つに雷が命中し...。

旅の途中で立ち寄ったポケモンセンターで、久しぶりにノゾミと再会したヒカリたち。次回のコンテスト開催がズイタウンであるという情報をゲットしたヒカリたちは、コンテストに向けノゾミと一緒に練習することに。

旅の途中、小さな街・タジキタウンを通りかかると、そこにはハクタイジムのジムリーダーナタネの姿が。どうやら、街の子供たちにポケモンバトルの普及活動をしていたらしい。すると、ロケット団が現れ...。

トバリシティへ向かう旅の途中、いつものようにポケモンたちと食事を取るサトシたち。しかし、新しく仲間に加わったヒコザルはシンジとの旅との違いに戸惑っていた。そんなヒコザルをサトシはトレーニングに誘う。

2回戦にもヒコザルを投入し、準決勝に進出したサトシとシンジだが、ヒコザルのバトルに納得できないシンジはヒコザルを逃がすことに。それを見ていたサトシは、一緒に旅をして強くなろうとヒコザルに声をかける。

1回戦を勝ち進んだものの、足並みの揃わないサトシとシンジのタッグ。シンジは2回戦に向けて、ヒコザルに厳しい特訓を強いる。それを見かねたサトシたちは、ヒコザルをなぜそこまで追い詰めるのかと問いただす。

ようやくヨスガシティにたどりついたサトシたち。ところが、ヨスガジムのジムリーダーは旅に出ていて留守のため、ジム戦はお預け。その代わりに、ヨスガシティの名物タッグバトル大会にエントリーすることに。

ついにヨスガシティにたどりついたサトシたちは、ポケモン吟遊詩人のナオシと久々に再会する。どうやら、ナオシもコロトックと共にコンテストに出場するらしく、ニャルマーとカラナクシで優勝を狙うノゾミの姿も...。

ポケモンマスターを目指して旅を続けるサトシやパートナーのピカチュウたちの、シンオウ地方でのこれまでの冒険を振り返る。

ヨスガシティを目の前にした旅の途中、サトシたちは、“ねんりきポケモン”ケーシィを連れた女の子・ミルに声をかけられる。何と、ミルはケーシィのテレポートで、ヨスガシティへ連れていってくれると言うが...。

旅の途中、ヒカリは森の向こうのポケモンセンターでポケッチの新アプリがもらえるという情報をゲットする。しかし、アプリの追加は今日の夕方まで。そこで、ヒカリとサトシたちは、近道と聞いた洞窟を抜けることに。

テンガン山の麓までやってきたサトシたちは、珍しい“シールドポケモン”のタテトプスに出会った。そこに突然、辺りの木々をなぎ倒し巨大バギーに乗った何者かが現れ、タテトプスを連れ去ろうとし...。

サトシたちは旅の途中、高い崖の途中で身動きが取れなくなった“カバポケモン”のヒポポタスを見つける。ヒポポタスを何とか助け出した一行だったが、安心したのも束の間、テレビ・コトブキの取材スタッフが現れ...。