飛行船での移動を経て、ミオシティに到着したサトシたち。しかし、待ち受けていたロケット団のわなで、サトシたちは手持ちのポケモンと離れ離れになってしまう。ムサシ・コジロウはここぞとばかりに猛ダッシュ!

ヨスガジムのジムリーダー・メリッサとのジム戦を迎えたサトシ!メリッサの一体目は“シャドーポケモン”のゲンガー。一方のサトシはブイゼルを選んだ。ブイゼルはゲンガーのゴーストタイプ特有の動きに大苦戦!

今度こそメリッサとジム戦をするため、再びヨスガシティにやってきたサトシたち。すると突然見知らぬトレーナーが衝突してきた!だが、そのトレーナーはぶつかったことを悪びれもせず、わめき散らして走り去る。

チャンピオンマスター防衛戦を観戦するため、とあるポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは、久しぶりにシンジと遭遇する。ヒコザルをめぐる口論が発端となり、2人はバトルをすることになるが...。

サトシたちが旅の途中で立ち寄った町には、何やら人だかりができており、何と四天王のリョウが公開練習をしていた。見学後、サトシたちはひょんなことからリョウのトレーニングセンターに招かれる。

サトシたちはズイタウンにあるアオイの実家のそだてやに立ち寄ることに。久しぶりの再会を喜ぶサトシたちは、旅先で聞いた「ズイタウンにエリマキ怪物が現れた!?」という噂についてアオイに尋ねるが...。

伝説の宝玉“しらたま”を奪おうと、突如サトシたちの前に現れたギンガ団。そこには作戦の指揮を執るサターンや“とらねこポケモン”のブニャットを連れたマーズ、そして無数のゴルバットの姿があった。

コンテストを終え、ヨスガシティへ向けて出発しようとしていたサトシたち。するとテレビで臨時ニュースが飛び込んでくる。それは「伝説の宝玉“こんごうだま”がギンガ団に奪われた」というもので...。

カンナギタウンにたどりついたヒカリたちは、ヒカリの母・アヤコと、昔ライバルだったユリについて電話で話していた。ユリは20年前、コーディネーターとして連戦連勝を重ねていたアヤコが初めて負けた相手で...。

カンナギタウンへの旅の途中、山小屋で休憩するサトシたち。そんななか、ポケモンに良く効くと評判の薬屋が近くにあると知ったタケシは、自分の留守中にやっておくことをまとめたメモをサトシに託し買い出しにいく。

ポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは、見知らぬ相手とコンテストバトルをしているノゾミに再会し、バトルを観戦することに。ところがノゾミは、ムウマージを使うトレーナーに全く歯が立たず負けてしまう。

カンナギタウンを目指すサトシたちは旅の途中、特訓のし過ぎで倒れてしまったポッチャマをポケモンセンターに連れていくことに。その頃、リッチな生活を続けていたロケット団はサトシたちを追って坂道を上っていた。

ポケモンサマースクール最終日のプログラムはサマースクール最大のイベント、ポケモントライアスロン。1週間で学んだこと、体験したことを活かし、ポケモンと協力して3つの難関を乗り越えゴールする競技だ。

ポケモンサマースクール5日目のプログラムは、ゴーストタイプのポケモンたちとの正しい触れあい方を学ぶこと。近くの山の遺跡に置いてあるプログラムメダルを取って校庭に戻ってくるという、いわば肝試しだ。

ポケモンサマースクール3日目のプログラムは、ポケモンの観察。湖にいるみずタイプのポケモンたちと触れあい、その観察結果をクラスごとに先生に発表するというもの。サトシたちは早速湖へ向かい...。

サトシたちは旅の途中、テンガン山の麓でナナカマド博士が主催するポケモンサマースクールに参加する。サマースクールはトレーナーたちが1週間を共に過ごし、たくさんのポケモンたちと触れあい学ぶところだ。

サトシたちはカンナギタウンへの旅の途中、深い谷の一本道で“あひるポケモン”のコダックたちに出会う。ところが、道を通ろうとすると、なぜかコダックたちから一斉に攻撃されて通せんぼされてしまう。

ヨスガシティにたどりついたサトシたちは、前回ジムリーダーが不在でできなかったジム戦にチャレンジするため、ヨスガジムに向かう。ところが、またもやジムリーダーが不在でジム戦ができずに落ち込む。

サトシたちがランチ中、バトルの練習がしたいとグライガーが訴えてきた。サトシは強くなりたいというグライガーの気持ちをくんで特訓を始めることに。ところが、バトルに恐怖心を持っていたグライガーは...。

サトシたちはヨスガシティへの旅の途中、草原で“ほしがたポケモン”のピィと、美しいメイド姿の女性・モニカに出会った。すると突然大雨が降りだし、モニカが仕えているというお屋敷で雨宿りをさせてもらうことに。

ジム戦を前に最終調整をしていたサトシとポケモンたち。そんななか、精神統一をしていたブイゼルにトレーニングをしていたピカチュウの“じゅうまんボルト”が命中し、喧嘩になってしまう。そこへマキシが現れて...。

ついにノモセシティにたどりついたサトシたちは、早速ノモセジムへ。すると突然、中から体格のいい仮面をかぶった男が現れる。それは何とジムリーダーのマキシで、サトシはすかさずジム戦を申し込むが...。

次のジム戦に向けバトルの特訓をしていたサトシたちは、突然の突風で飛ばされてしまったグライガーを追いかけた先でシンジに出会う。サトシとシンジはお互いのポケモンに対する考え方の違いから口論になり...。

サトシたちは旅の途中、“うすばねポケモン”のヤンヤンマを追う新人トレーナーのタイセイに出会う。タイセイはヤンヤンマを3日間追いかけていたらしい。サトシたちはタイセイの初ゲットに協力するが...。

ついに迎えたミクリカップ最終日。セミファイナルの対戦カードはヒカリVSカイト、そしてハルカVSノゾミ。ヒカリはファイナルで戦おうというノゾミとの約束を果たすため、満を持してポッチャマと共にバトルに挑む。

1次審査を無事クリアしたサトシたちは、レイクサイドリゾートのホテルに戻り、それぞれの旅を振り返っていた。そんななか、散歩に出かけたサトシとピカチュウは、湖で生き物のような姿をした影を目撃する。

審査員にミクリを迎え、ついに始まったミクリカップ。ノゾミは新しいパートナー“はねうおポケモン”のケイコウオ、ハルカは“かめポケモン”のカメール、サトシはミクリに勧められたブイゼルでコンテストに挑む。

サトシたちはある人物を迎えに、リッシ湖畔近くのリッシポートへ来ていた。するとそこへ、「久しぶりかも~!」と現れたのは何とハルカだった。一行はハルカが予約していたレストランで昼食は取ることにするが...。

とある町で休憩を取っていたサトシたちは、リッシ湖畔でポケモンコンテスト・ミクリカップが開催されることを知る。2大会連続1次審査敗退で自信をなくしていたヒカリは、ミクリカップを復活戦にしようと決意する。

旅の途中、サトシたちは、“こねずみポケモン”のピチューと“ねずみポケモン”のライチュウを連れた少年・ショウに出会う。すると突然、ショウがサトシのピカチュウをゲットしようと、バトルを挑んでくる。