シンジとのフルバトルに敗れたサトシは、傷ついたポケモンたちを癒やすためポケモンセンターに立ち寄っていた。シンジに負けたこと、けがに苦しむ仲間たちの姿、さまざまな思いがサトシを苦しめていた。

フルバトルで互いの信念をぶつけあうシンジとサトシ。倒れたポケモンは両者1体ずつで迎えた局面で、シンジのブーバーンとサトシの最高の相棒・ピカチュウが対峙。圧倒的なパワーを誇るブーバーンにも果敢に挑み...。

シンジとのフルバトルの約束を果たすため、エイチ湖畔にやってきたサトシたち。ポケモントレーナーとして対照的な2人がついに激突。両者の勢いそのままにぶつかりあうかと思われたが、意外な展開を見せる。

エイチ湖畔に向かうため、列車に乗り込んだサトシたち。その車内でハンサムという男に出会う。そのハンサムとサトシたちが運転席へと向かうと、ライトポケモン・デンリュウが運転の手伝いをしていた。

サトシたちのもとにキッサキ神殿を守る巫女のミコトがやってきた。神殿が大変なことになっているのだという。急いで神殿に向かったジンダイとサトシたちは、神殿を襲撃するポケモンハンターJの一団を目にする。

キッサキシティのポケモンセンターで夜を明かしたサトシたち。そこで、シンジとその兄・レイジに出会う。さらに、カントー地方のフロンティアブレーンであるピラミッドキング・ジンダイが現れた。

キッサキジム・ジム戦当日、こおりタイプのポケモンを揃えるジムリーダー・スズナとのバトルは、シンオウ地方初の4VS4のジム戦だ。サトシはハヤシガメ、ムクホーク、グライオン、ヒコザルで挑む。

キッサキシティにたどりついたサトシたち。そこで久々にノゾミと合流。その時、サトシたちめがけ“こおりのつぶて”が飛んできた。その先には、じゅひょうポケモン・ユキノオーと、スズナの姿があった。

旅の途中コマコタウンにやってきたサトシたち。そこで出会ったのは、かわいいポケモンしか愛さないという“マイルール”を持った少女・マリリン。そのルールによると、ミミロルは良いがポッチャマは駄目らしい。

ジュンがエンペルトと一緒に頂点を目指すと意気込むポケモンピンポン大会。初心者ながらサトシたちも参加することに。ポケモンピンポンの猛特訓をするなか、エテボースが2本の尻尾を使い強烈なスマッシュを見せる。

タツナミ大会当日。グランドフェスティバル出場にリボンあと1個と迫っているヒカリは気合十分。幼馴染みのライバル・ケンゴも出場するので練習に余念がない。ケンゴはヒカリにリボン1個分の後れをとっていた。

タツナミタウンでポケモンコンテストが開かれると知ったヒカリは、それに向けて特訓をしていた。元気なヒカリのポケモンに対してなぜかポッチャマだけ元気がない。みんなはどこか悪いのかと心配するが...。

キッサキジムへ挑むため、雪道の中、旅を続けるサトシたちはハヤシガメの特訓をしていた。その時、一転して吹雪となる。慌てて避難しようとするサトシたちだったが、あっと言う間に氷漬けになってしまう。

これまでのサトシたちのシンオウ地方での冒険や人、ポケモンたちとの出会いを振り返る。

キッサキシティを目指すサトシたちは、深い森を越えようとしていた。そんななか、水筒の水がなくなったことに気づいたヒカリは、1人で水をくみにいくことに。その時、目の前にボスゴドラが現れヒカリに襲い掛かる。

旅の途中、ウインドタウンに立ち寄ったサトシたち。その町では、ひこうタイプのポケモンたちがリングを奪い合う「ポケリンガ」という競技の真っ最中。興味津々のサトシたちは、ムクバードで大会にエントリーする。

いつものごとくピカチュウを狙いサトシたちをじゃまするロケット団。だが、またしても失敗。ピカチュウに飛ばされ身も心もヘロヘロのロケット団はおいしそうなラーメン屋を見つけ飛び込んだ。そこで思わぬ出会いが!

キッサキシティを目指し、雪道の中、旅を続けるサトシたち。だが、降り続く雪のせいで道に迷ってしまう。そんなサトシたちのもとに手招きする “ゆきぐにポケモン”ユキメノコが現れた。ついていくと山小屋が!

キッサキシティでのジム戦に向け旅を続けるサトシたち。そこにピカチュウを狙ってロケット団が現れた!“10まんボルト”で切り抜けたピカチュウだが、勢い余って空中で態勢を崩してしまう!サトシたちは焦るが...。

ポケモンコンテスト・アケビ大会に向け特訓を終えたヒカリたち。おやつタイムに大好きなポフィンを目の前にして大喜びのパチリス!ところが、目の前でポフィンを“ほらあなポケモン”ガバイトに踏み潰され...。

ポケモンコンテストが行われるアケビタウンに到着したサトシたち。すると、町はお祭り騒ぎで“かいようポケモン”フィオネのグッズが売られていた!どうやらアケビタウンで野生のフィオネを見ることができるらしい。

サトシたちは次のポケモンコンテストが開かれるアケビタウン行きの船に乗っていた。船内で遊ぶポッチャマとピカチュウ。だが、サトシたちが目を離した隙に、船内に忍び込んでいたロケット団に連れ去られてしまう。

波導使いのゲンと共に鋼鉄島の異変を調査することにしたサトシたちは、はがねタイプのポケモンが暴走する原因が、島全体に発生している低周波であることを知る。そんななか、ゲンのパートナー・ルカリオが暴走し...。

ミオシティのポケモンセンターで、アケビタウン行きの船を待つサトシたち。そこに1本の電話が。相手は鋼鉄島で修行中のジュンで様子がいつもと違う。話を聞くと、ジュンのエンペルトが突如暴れだしたのだという。

次のコンテストが行われるアケビタウンへ向かおうと、ミオシティの船着き場を訪れたサトシたち。昼食を取っていると、突然現れた“でんこうポケモン”ルクシオにポケモンフーズを奪われてしまった!

いよいよ待ちに待ったジムリーダー・トウガンとのミオジム戦がやってきた!サトシはヒコザル、ブイゼル、グライオンを選んでバトル開始!トウガンの1体目はドーミラー!対するサトシは相性のいいヒコザルで挑む!

ジムリーダーが帰ってきたことを知り、ミオジムに向かったサトシたち。ジムの中から大声が聞こえてきた!中に入ってみると、ミオジムのジムリーダー・トウガンと、クロガネジムのジムリーダー・ヒョウタの姿が!

ジムリーダーの帰りを待ちながら特訓に励むサトシたち。ヒカリもウリムーから進化した“いのししポケモン”イノムーを次のコンテストでデビューさせようと特訓を始めるが、イノムーはヒカリの言うことを聞かず...。

ミオシティに滞在中のサトシたち。久しぶりに連絡をしたオーキド博士から「ホテル森の洋館」だけで食べられるという“森の羊羹”の話を聞き、早速食べにいくことに。だが、ホテルは休業中でお化けが出るという。

多くの島々からなるミオシティ。ミオジムのある島を訪れたサトシたちはジム戦を申し込もうとしたが、現れたのは目の下に大きなクマを作った弟子だった。ジムリーダーは不在だと伝えた弟子は立ったまま眠ってしまう。