次なる目的地、ナギサシティへ向かうサトシたちは、道中でジュンに出会う。何やら誇らしげなジュン。その理由はバッジケースの中にあった。何とジュンのケースの中にはナギサジムに勝利した証、ビーコンバッジが!

何とか1回戦を勝ち抜いたヒカリは、ついにライバル・ウララと激突することに!ヒカリが選んだのは「フレイムアイス」の猛特訓を積んだマンムーとヒノアラシ。ウララは、プラスルとマイナンをフィールドへ送り出す!

ヒカリの5個目のリボンが懸かるポケモンコンテスト・アサツキ大会の日がやってきた!この大会はダブルパフォーマンス。ヒカリはマンムーとヒノアラシの新コンビネーション「フレイムアイス」の練習に気合が入る。

アサツキタウンへ向けて旅を続けるサトシたち。その道中、道の真ん中に巨大なトランポリンを見つけ、ピカチュウとポッチャマは大はしゃぎ!その時、空から“いねむりポケモン”カビゴンが降ってきて...。

旅を続けるサトシたちは、途中の小川で休憩を取っていた。河原でポケモンたちが遊んでいると、足を滑らしたフカマルが川の中に!だが、急いで助けようと川へ飛び込んだブイゼルが救出に成功する。

アサツキタウンへ向け、旅を続けるサトシたちは、途中の森で暴れ回る“じばポケモン”ジバコイルに遭遇する。大きな体を振り回し、暴走するジバコイルはすごい勢いで町の方へ下っていく。急いで後を追ってみると...。

ドラゴンタイプにわざを教えるタツばあさんのもとを後にしたサトシたちは森を抜け、とある町にたどりついた。その町の入口でサトシはある違和感に気づく。フカマルがサトシの足をつついていた。

アサツキタウンに向け、旅を続けるサトシたちは、花火のような鮮やかな光が空に広がるのを目撃する。急いで打ちあがった場所に向かうと、そこには“ハミングポケモン”チルタリスと、1人のおばあさんがいた。

旅を続けるサトシたちがやってきたのは、とあるコンテスト会場。そこではヒカリの最高のライバル・ノゾミが5個目のバッジを懸けたバトルを繰り広げていた。みんなの応援の甲斐もあってノゾミは見事に勝利する。

旅の途中、切り立った崖が連なる地帯に差しかかったサトシたち。そこではハッサムとチリーンが激しい空中戦を繰り広げていた!その様子を眺めていると、ハッサムのトレーナー・ミツゾーとその孫マヨが現れた。

8個目のバッジをゲットするため、ナギサシティに向かうサトシたちはジム戦に向けて特訓中!そんななか、連続でわざを繰り出そうと勢い良く地面に飛び込んだモウカザルが地中に埋まっていた宝箱を発見する。

ギンガ団の野望とは湖の3体が持つ特別な力を使い、2体の“神と呼ばれしポケモン”を呼び、その強大なエネルギーの融合で新世界を創造することだった。野望が実現すると、シンオウ地方は消えてなくなってしまう...。

野望の実現に向け、着々と準備を進めるギンガ団の次なるターゲットは、シンオウ各地の湖に住む伝説の3体。その作戦の指揮をとるのは、ポケモンハンターJ!湖に穴をあけたJは、3体を捕獲しようとする。

とある草原でサトシたちは、傷ついたポケモンを見つける。それはロケット団のニャース!傷の手当てをしつつ話を聞いてみると、町外れのタタラ製鉄所と呼ばれる場所で、ギンガ団にやられたのだという。

ナギサシティへ向け、旅を続けるサトシたち。そして、その横を並んで歩くピカチュウとポッチャマ。すると突然、ピカチュウとポッチャマに異変が!互いに目がハートになり、抱きあったまま離れなくなってしまう。

8個目のバッジゲットのため、ナギサシティへと向かうサトシたちは、森の中で道に迷っていた。すると突然、すさまじい地響きと共に“はんこつポケモン”ギラティナが現れ、サトシたちに襲いかかってきた。

コトネ、カズナリとお別れの日が来た。サトシたちがやってきたのは、かつて歴代のチャンピオンも戦ったといわれるスイレンコロシアム。最後にシンオウVSジョウトのタッグバトルをしようというのだ。

ポケモンコンテスト・スイレン大会がいよいよ開幕!サトシとクロツグのバトルからヒントを得たヒカリは、秘策を持って会場へ!今回のライバルは、ロケット団のムサシ扮するムサリーナ!しかしいつもと様子が違う...。

コトネ、カズナリと共に旅を続けるサトシたちは立ち寄ったポケモンセンターで、暴れん坊の“りくザメポケモン”フカマルの噂を聞く。暴れん坊ということは、それだけ強いんじゃないか!とサトシは奮い立つが...。

コンテストに向けて特訓中のヒカリ。そして、共に旅をすることになったコトネとカズナリは、夢中で観戦していた。だが、夢中になり過ぎたせいか、コトネのマリルがいつの間にかいなくなってしまい...。

スイレンタウンを目指すサトシたちは旅の途中、立ち寄った町で建物の間に挟まったマリルに出会う。急いで助けてあげると、そこには白い大きな帽子が印象的なマリルのトレーナーである少女・コトネがいた。

次のコンテストが開かれるスイレンタウンを目指すサトシたち。その途中、巨大な塔を見つけ、思いもかけず中に入ることに。しかしその塔、実はロケット団の秘密基地!サトシたちは檻の中に閉じ込められてしまう。

フタバ祭りのメインイベントは、大バトル大会!しかも、優勝者はシンオウ地方最強のフロンティアブレーンである、クロツグと戦うことができるという!それを聞いたサトシたちは、大会にエントリーし...。

ヒカリと同じくフタバタウン出身のジュンもお祭りのために帰ってきた。久々の再会ということもあって、サトシとジュンはバトルすることに。エンペルトとピカチュウが激しいバトルを繰り広げていると...。

大盛況のフタバ祭で、アヤコの手伝いに励むサトシたち。今日の目玉はオーキド博士のポケモン講座。だが、博士は約束の時間になっても姿を現さない。サトシたちが迎えにいくと、博士は何者かに連れ去られ...。

ヒカリのママがフタバ祭の役員に選ばれたので、ヒカリの故郷・フタバタウンにやってきたサトシたち。そこでは祭りの準備が着々と進められていた。その後、サトシたちはヒカリの家で夕飯をごちそうになる。

旅の途中、とあるきのみ園にやってきたサトシたち。ポッチャマが大はしゃぎしていると、みずねずみポケモン・マリルの尻尾が突然ぶつかってきた。怒ったポッチャマが一言文句を言ってやろうと振り返ると...。

スイレンタウンへの道中、サトシたちはシンオウ地方を東西に分ける巨大な山・テンガン山に差しかかる。その麓でピンクのカラナクシを発見。しかし、サトシたちのいる山の東側には青いカラナクシしかいないはずだ。

スイレンタウンへと旅を続けるサトシたちは、ある紙に目を奪われる。それは、シンオウ地方で大人気の番組『シンオウ・ポケモンハッスル』出場者募集の告知だった。ヒカリはこの番組の大ファンで...。

スイレンタウンへ向けて旅を続けるサトシたち。ヒカリはコンテストへ向けてマンムーと練習に励んでいたが、技を魅せることに慣れていないマンムーは失敗ばかり。とうとうすねて森の中へと入っていってしまう。