故郷・ニビシティに帰ってきたタケシは、弟や妹たちの面倒を見ながらドクターになるための勉強に励んでいた。そんななか、旅立ちを決めた時からジムを任せていた弟・ジロウのもとに、1人のチャレンジャーが現れる。

サトシたちとの旅を終え、フタバタウンに戻ってきたヒカリは特訓を続けていた。それを見たヒカリのママは、バトルを申し出る。ヒカリはかつてトップコーディネーターとして名をはせたママと対等に渡りあい...。

ヒカリの故郷・フタバタウンにやってきたサトシたち。シンオウ地方の旅も終わりの時を迎えようとしていた。カントー地方へ向かう船が出る時間まであと少し。3人は別れを惜しみ、ポケモンたちも寂しさをこらえる。

シンオウリーグを終えたサトシたちは、ヒカリの故郷・フタバタウンに向かう船に乗っていた。長かった旅も少しずつ終わりに近づいている。そんな寂しさをかみしめていると、そこに1匹のピチューが...。

激闘の末、シンジを破ったサトシは準決勝にコマを進める。その対戦相手は、今大会最強ともうたわれるトレーナー・タクト。何とこの男、ここまでの全ての試合をたった1体のポケモンだけで勝ち進んできていて...。

最高の舞台でのバトルもいよいよクライマックス。フィールドで次の相手を待ち構えるサトシのゴウカザル。かつてのトレーナー・シンジを見つめるまなざしは、サトシと旅をしてきたことで芽生えた自信に満ちていた。

バトル序盤はサトシがシンジをリード。しかし、シンジの3体目“ばけさそりポケモン”のドラピオンがフィールドに現れて流れは一変。大きな尻尾と強烈な“ミサイルばり”でサトシのポケモンを追い詰めていく。

シンオウ地方の旅が始まった時から、最大にして最強のライバル・シンジ。戦い方やポケモンとの付き合い方など、何もかもがサトシとは正反対。今までも幾度となく衝突を繰り返してきた2人が、夢の舞台で交差する。

ライバルたちの激闘を目の当たりにしたサトシの次の相手は、変幻自在のバトルスタイルのコウヘイ。そして始まる3回戦。サトシはスピードのあるメンバーで一気に勝負を決めようとし、序盤はその作戦が成功するが...。

ナオシとの激闘を制したサトシは、2回戦も突破。舞台はリーグ3回戦を迎えようとしていた。サトシの対戦相手は、“七色のバトルスタイルを持つ”くせ者・コウヘイに決定。相手も決まり、サトシは気合を入れるが...。

サトシの1回戦の相手は、ポケモン吟遊詩人のナオシ。グランドフェスティバルにも出場し、ノゾミとの激戦を演じたのは記憶に新しい。ナオシとサトシ、それぞれの目指す強さ、これまでの旅の全てがぶつかりあう。

ようやくたどりついたシンオウリーグ開催の地、スズラン島。シンオウ地方各地のジムリーダーとのバトルを勝ち抜いたつわものたちが集結するこれからのバトルは、今まで以上に一瞬たりとも気の抜けないバトルに...。

シンオウリーグ開催の地、スズラン島へと向かう船に乗り込んだサトシたち。まだ見ぬライバルたちに胸躍らせるサトシのもとに、バクというトレーナーが現れた。彼はリーグとは違う目的でこの船に乗り込んだらしく...。

ジム戦を終えたサトシたちはナギサシティの港でケンゴに出会った。何やら誰かとコンテストバトルをしているようだ。その相手は何と、ジョウト地方アサギジムのジムリーダー・ミカン!意外な再会にサトシたちは驚く。

ナギサジムのジムリーダー・デンジとの再戦の日がやってきた!気合を取り戻したデンジの実力は、シンオウ地方最強のジムリーダーと呼ばれるほどだ。サトシは特訓を重ね、ピカチュウ、ゴウカザル、ドダイトスで挑む!

グランドフェスティバルを終え、サトシの最後のバッジが懸かるナギサシティへ向かう一行。その行く手に現れたのは毎度お馴染みロケット団!だが、今回の作戦もあえなく失敗。空の彼方へ飛ばされてしまう。

コンテストに出場するトレーナーたちにとっての最大の夢、トップコーディネーター。その栄光の座を懸けたファイナルが始まる!強力なライバルたちとの激闘を勝ち抜いてきたヒカリがファイナルで戦うのは...。

華麗なる祭典、グランドフェスティバルもいよいよ大詰め!セミファイナルへと駒を進めた4名の熱いバトルが繰り広げられる。まずはノゾミVSナオシ。実力者同士の試合は、予想どおりの激しく美しいバトルになった。

見事2次審査へと駒を進めたヒカリ。いよいよ次はコンテストバトル!気合十分のヒカリとポケモンたち。今回はマンムー・パチリスコンビの、特訓を重ねた“氷のシャンデリア”で勝負に出ることに。

長かったリボンゲットの道。そして、ようやくたどりついたグランドフェスティバル!ついにその戦いの火ぶたが切って落とされる。レイクサイドリゾートに到着したヒカリたちは、まず開会パーティへ向かうことに。

レイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある広場で特訓中。すると、ランチを作っていたタケシのもとにポッチャマがやってきて、みんなの分を食べだしてしまった!一同は止めようとするが...。

ついに目前に迫ったグランドフェスティバル!新たな仲間、トゲキッスをゲットしたヒカリは早速特訓を開始。優雅な動きで飛び回るトゲキッス。その姿に感心するサトシたちだったが、ヒカリだけは浮かない表情で...。

レイクサイドリゾートを目指す途中、サトシたちはカタクリタウンを訪れた。ちょうどコンテストが開かれていることもあり、見学しにいくことに。するとヒカリの姿を見つけた1人の女性が声をかけてくる。

旅を続けるサトシたちは、とある町でヨーシチという少年に出会った。この少年、まだ駆け出しのトレーナーで、大事な相棒“ひだねポケモン”ブビィを育て屋に預けて強くしてもらっているのだというが...。

旅を続けるサトシたちが川沿いで一休みしていると、川の上流から1匹の“おおあごポケモン”オーダイルが。このオーダイル、よく見てみると何かを背負っている!急いで駆け寄ったサトシたちが目にしたのは...。

旅を続けるサトシたちは、それぞれの目標に向け特訓中!そんななか、すぐ脇を流れる川に一隻のボートを発見する。しかもボートの中には眠ったままの女の子が!このまま流されるとその先には巨大な滝が...!

グランドフェスティバルの行われるレイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある海沿いの町にやってきた。そこで3人を待っていたのはヒカリのママ!手伝ってもらいたいことがあるのだという。

ナギサシティの生活を支えるナギサタワー。その町のシンボルに忍び寄る怪しい影...。ナギサジムでバトルを続けるサトシ。すると突然ジムの電気が消えてしまった!どうやらナギサタワーに異常が発生したようで...。

シンオウ地方最強のジムリーダー・デンジのいるナギサシティに到着したサトシたち。早速ナギサジムに向かうも、そこには目を疑うような光景が!何と、ジムの前にバッジが山のように置いてあり...。

8個目のバッジゲットのため、ナギサシティを目指すサトシたちは、じめんタイプのフカマルが持つ技“りゅうせいぐん”の特訓中!しかしこの“りゅうせいぐん”、何度やってもポッチャマに当たってしまい...。