舞が、闇を操るプレイヤーキラーに襲われ、スターチップを失ってしまった。遊戯が立ち向かうが、特殊なデュエルリングでの卑怯な決闘に引きずり込まれてしまう。

千年リングの闇の力で遊戯たちはカードに封じ込まれてしまう。それはデュエルでの死が現実の死につながる闇のデュエルだった。

レアカード･時の魔術師の力で城之内が竜崎を下す。その夜、舞とひとときの休息を取る一行。そこに現れたのは、なんとクラスメイトの獏良だった。

舞のしもべとなった竜崎と城之内のデュエル。準優勝者竜崎の恐竜デッキに歯が立たない城之内を救ったのは、本田からもらったカードだった。

ペガサスの陰謀を知った海馬は、コンピュータネットで遊戯のデュエルに介入しようとしたが、ペガサスに阻まれる。海馬のカードの前に遊戯は絶体絶命の危機!

ペガサスから刺客･物真似師が差し向けられた。海馬の姿と声に遊戯は動揺する。そして海馬の青眼の白龍が遊戯に襲い掛かる。

海馬の弟･モクバが現れた。彼は参加デュエリストから盗んだデッキで遊戯に挑戦する。遊戯たちは海馬コーポレーションを乗っ取ろうと企むペガサスの陰謀を知る。

遊戯たちの前に現れた梶木漁太は海のデッキを操るデュエリスト。海フィールドでの決闘は圧倒的に遊戯が不利だった! 追いつめられた遊戯に逆転の秘策はあるか!?

孔雀舞が現れ、デュエルの相手に城之内を指名。伏せたままでカードがわかる舞に城之内は苦戦する。しかし、失明寸前の妹のため城之内は負けられない!

羽蛾の必勝コンボ･グレート･モスが炸裂! 遊戯は劣勢を跳ね返せるか!? 勝利を手にすることができるのか?!

全国大会の優勝者･インセクター羽蛾と遊戯のデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。

遊戯は祖父を救い出すため、ペガサス主催のデュエル大会に臨む。城之内も出場しようとする。彼には出場しなければならない事情があったのだ。

遊戯の元に届いたビデオ、それはデュエルモンスターズの生みの親ペガサス･J･クロフォードのものだった。千年アイテムを持つペガサスが闇のゲームを仕掛ける。

遊戯の祖父･双六が持つ超レアカード「青眼の白龍」を狙い海馬がデュエルを仕掛けてきた。倒れた祖父に代り遊戯が立ち向かう。