モクバと遊戯、城之内の3人に、孔雀舞がパーティに加わった。捕らえられた海馬の情報を求めて旅を続ける一行。生け贄と間違われてモクバが魔物にさらわれる。

海馬瀬人は会社に戻り、ビッグ5と対決。彼らが作ったアドベンチャーゲームを評価するため、バーチャル世界に入った海馬は罠に捕らえられてしまう。モクバは遊戯たちに助けを求める。

少女･レベッカは双六の友人の孫娘だった。ブルーアイズを奪われたと信じ込んでいたのだ。遊戯はレベッカに勝ちを譲る。そこに彼女の祖父が現れ、誤解を解く。新たな友情に結ばれる遊戯とレベッカ。

王国から帰還した遊戯たち、魂を取り戻した双六を囲んで喜ぶ。そこに少女が現れ、「ブルーアイズを返せ」と双六に迫る。双六のかわりにデュエルを受ける遊戯。

ペガサスを探す遊戯たち。しかし、闇の獏良がペガサスの千年眼を先に奪い取ってしまった。ペガサスの日記を見つけて、一行は秘密を知る。遊戯は闇の力により謎の男シャーディーと邂逅する。

杏子たちの願いが遊戯に届き、ペガサスのマインドスキャンを封じることができた。遊戯はマジシャン･オブ･ブラックカオスを召喚、ペガサスを打ち倒す。ショックのペガサスは消えてしまった。

本田は獏良の力の源･千年リングを棄て、モクバの救出にも成功。しかし、闇の魔力の前に表遊戯が力尽き倒れてしまった。絶体絶命の遊戯。杏子たちは闇の中の遊戯を必死で応援する。

ペガサスの攻撃がはずれた! マインドスキャンの効果を消すために、ふたりの遊戯がマインドシャッフルをしていたのだ! トゥーンワールドを粉砕されたペガサスは、闇のゲームへと遊戯を引きずり込む。

ミレニアムアイの力によって戦略を見透かされている遊戯にはなすすべがない。ペガサスのトゥーンワールドの前に戦意を喪失する。一方、本田は獏良がみせる闇の力に驚愕する。

双六の魂を取り戻すため、海馬とモクバを救うため、そして城之内の妹の手術代のため、遂に遊戯とペガサスのデュエル開始。本田と獏良は海馬兄弟を救い出すため城に潜入する。

遊戯からもらった「時の魔術師」によって、城之内は勝利を確信する。が、タイムマジックには城之内が知らない効果が秘められていた。正々堂々と闘ったふたりは友情を再確認する。

デュエリストとしての意地とプライドをかけて、城之内は遊戯に挑戦する。互いのカード、戦術を知るふたりによる熱い攻防。ふたりの脳裏を様々な思い出がよぎる。

機械デッキのパワフルな攻撃に防戦一方の城之内。キースの戦法を真似ることで活路を見出す。レッドアイズをメタル化し、タイムマシンにより時を超えて召喚し、キースを粉砕する。

城之内は、決勝トーナメントに出場するためのカード「王の右手の栄光」をキースに盗まれていた。それと気づかず、カードを探すが見つからない。城之内の前に舞が現れ、カードを渡す。

ハーピィズとハーピィズペット竜によって追いつめられてしまった遊戯。もう後が無い状況で、カオスの儀式を引きあて、カオス･ソルジャーを召喚する。

遊戯と孔雀舞のデュエル開始。しかし、眼前のペガサスが気になりデュエルに集中できない遊戯を舞が一喝。銀幕の鏡壁、誘惑のシャドウを繰り出す舞の攻撃で、遊戯は絶体絶命の危機に陥る。

決戦前夜、遊戯は祖父双六と海馬兄弟のため打倒ペガサスを心に誓う。本田たちは、ペガサスの秘密を探るため城の中を探索。眠り込んだ城之内は、決勝に参加するためのカードをキースに盗まれてしまう。

ペガサスの「トゥーンワールド」になすすべが無い海馬。死闘の末、力尽き、魂の牢獄に封印されてしまう。遊戯は打倒ペガサスを誓う。

モクバの魂を賭けて、海馬がペガサスと戦う。ペガサスのマインドスキャンの前に翻弄される海馬。青眼の白龍も奪われてしまう。

スターチップを失った遊戯は茫然自失。舞が現れ、借りたスターチップを返そうとするが、受け取らない。遊戯に代り杏子がスターチップを賭けて舞に挑戦する。

究極竜を葬る逆転の策を編み出した遊戯。しかし、勝利をとるか、海馬の命を救うか! 究極の選択に遊戯の心は揺れる。

海馬の「死のデッキ破壊ウィルス」により、遊戯は強力カードを失った。対して海馬は青眼の白龍の三体融合により「ブルーアイズ･アルティメット･ドラゴン」を召喚!

ペガサスの城の前で、海馬が遊戯を待っていた。モクバを救うために、遊戯を倒しペガサスと戦いたい海馬。城壁の上で遊戯対海馬のデュエル開始!

遊戯と城之内の息の合ったコンボでゲートガーディアンを撃破! しかし迷宮の出口は、迷宮兄弟の謎掛けに秘められている。果たして出口はどっちだ!?

チームワークで猛攻をなんとか防ぐ遊戯と城之内だが、迷宮兄弟の最強モンスター「ゲートガーディアン」が立ちはだかった。勝機はあるのか!?

キースに地下に閉じ込められた遊戯たちは、地下迷宮を支配する迷宮兄弟と変則タッグデュエルをすることに。勝たなければ、外には出られない!

遊戯のアドバイス無しで過酷なデュエルを戦う城之内。切り札「時の魔術師」も不発で絶体絶命! 城之内を探して、遊戯たちも地下洞窟にたどり着いた。

海馬に歯が立たなかった城之内だが、気を取り直してデュエルに燃える。遊戯たちと離れたすきにバンデット･キースの罠に落ち、墓場フィールドでのデュエルに突入。

海馬瀬人が王国に降り立った。遊戯が物真似師から取り返したデッキを受け取った海馬に、城之内が挑みかかる。城之内と海馬のデュエル!

「後3ターンできさまは終わりだ!」圧倒的な劣勢の中で、遊戯はプレイヤーキラーを挑発する。光の護封剣で闇を照らした遊戯の次の手は!?