城之内らを救出するために、童実野埠頭へ急ぐ遊戯、海馬、モクバ。バトルシティでの戦いを振り返る。そして、遊戯と城之内の約束･友情を振り返り救出を誓う。

遊戯のマグネット･バルキリオンが仮面デュエリストの手に落ちる。だが、遊戯と海馬の連携プレーで神モンスター「オベリスクの巨神兵」を召喚。モクバは無事に脱出したが、杏子たちは捕らえられたまま。そして本田と静香も童実野町へ。

タッグデュエルで勝利するためには、結束の力が必要だ! 仮面レアハンターたちの連携を乱し、遊戯と海馬が結束することはできるのか?

仮面レアハンターたちの連係プレーにより、生け贄召喚を封じられた遊戯と海馬。上級モンスターを召喚することも攻撃することもできない。城之内やモクバの安否も気がかりだ。

城之内らの元へと急ぐ遊戯と海馬の前に仮面のデュエリストが現れた。モクバをも捕らえたレアハンターたちとの命を懸けたタッグデュエルが始まる。

梶木漁太はやはり手強かった。シーステルス戦術を見破ったまでは良かったが、城之内の不利は続く。マリクの魔手が虎視耽々と城之内たちを狙っていた。

遊戯の仲間がマリクに狙われている?! 焦る遊戯は城之内たちを探す。そのころ、城之内は以前遊戯と闘ったことがある梶木漁太と水族館でデュエルを開始!

「無限などまやかしだ! 神を超えてみせろ!」苦戦する遊戯に対して海馬の檄が飛ぶ。オシリスの攻撃力は2万を超え、遊戯を圧倒する。遊戯は神を超えることができるか!!

遂にオシリスの天空竜が召喚された。マリクは、手札の数だけ攻撃力を増す能力を、魔法カード「無限の手札」とのコンボで強化する。絶体絶命の遊戯!

マリクの操り人形が遊戯を襲う! 寡黙な人形とはパントマイマーのことだった。神のカード「オシリスの天空竜」をもつパントマイマーにマリクの意識が宿り、遊戯との死闘が始まる!

城之内の「鉄の騎士ギアフリード」はパラサイド･コンボの影響を受けていなかった。卑怯なインセクター羽蛾に、城之内の逆転コンボが炸裂する。

インセクター羽蛾の挑戦を受けた城之内だが、デッキの中には「寄生虫パラサイド」が仕込まれていた。羽蛾の強力インセクトデッキに為すすべがない城之内!

ブラックマジシャン使い･パンドラが知らない黒魔術師の弟子ブラックマジシャンガールで、遊戯がパンドラにとどめを刺す。そして、パンドラを操るマリクの声が!

回転鋸が敗者を襲う必死のデュエル。ブラックマジシャンへの対策を用意したパンドラの前に追いつめられていく遊戯を救ったのは、ブラックマジシャンだった。

遊戯の前に現れたグールズのデュエリスト･パンドラは、3枚の「ブラックマジシャン」をデッキに入れたブラックマジシャン使いだった。遊戯のブラックマジシャンが封じられてしまう。

絽場のサイコショッカーを前に絶体絶命の城之内に杏子の声援が飛ぶ。「静香ちゃんが見てるのよ!」城之内は最後まであきらめない。運命を託したルーレットスパイダーが廻る。

城之内の最初の相手は、ダイナソー竜崎を破ったエスパー絽場。相手の手札を見抜く超能力デュエリストを相手に城之内は大苦戦。その様子をインターネットを通じて静香と本田が見ていた。

レアハンターの作戦を見破った遊戯だが、次のターンで「封印されしエクゾディア」は完成してしまう。「光の封殺剣」で時間を稼ぎつつ、遊戯は言葉でレアハンターを追いつめていく。

大会が始まった。遊戯は城之内が奪われたレッドアイズを取り戻すため、レアハンターと闘う。

城之内がグールズのレアハンターにレッドアイズを奪われる。まさにその日、妹静香の手術の日だった。本田に連れられ静香と会った城之内は、諦めずに闘うことを誓う。

遊戯は自分の絵が描かれた壁画を見る。イシズと会い、自らの出自の謎を意識する。海馬はイシズから託された神のカードをシミュレートしその威力を知る。運命の戦いがはじまる。

表遊戯の計らいで、闇遊戯と杏子のデート。ダンサーになる夢を語る杏子に不良ダンサーが絡む。ダンサーとのデュエル勝負に勝った遊戯は杏子と共にエジプト展に向かう。

エジプト考古局のイシズが海馬を呼び出し、デュエルモンスターズの原点となった古代の壁画を見せる。海馬は古代エジプトでのデュエルのイメージを見る。さらにイシズは盗まれた神のカードのことを語る。

【決闘者の王国 (デュエリストキングダム) 編 最終話】狂気に駆られたキースが、千年パズルをバラバラに壊してしまう。パズルが鎖に固定されているため、炎に囲まれながらパズルを組み立てようとする遊戯。はたして完成できるのか!? 脱出できるのか!?

遊戯の千年パズルを奪い取り、デュエルを申し込む謎の占い師、実は何者かに操られたバンデット･キースだった! 次々に繰り出される強力なレアカードに苦戦する遊戯。

遊戯は最も信頼するブラックマジシャンの召喚に成功。遊戯は勝利し、御伽は引き下がる。DDMはDMと並んで、偉大なるゲームデザイナー･ペガサスの遺産として評価される。

終盤戦。遊戯に新しいモンスターを召喚するためのスペースは残されていない。絶体絶命のピンチ。

遊戯は、ペガサスが残したもうひとつのゲーム「ダンジョンダイスモンスターズ」での闘いに引き込まれる。御伽が勝ったら、遊戯は二度とデュエルモンスターズをプレイしないと約束する。慣れないゲームに苦戦する遊戯。

転校生･御伽龍児が現れ、城之内や遊戯に対して挑発的な態度をとる。新しいパッケージを開けてのデュエルで、御伽が城之内を倒し城之内は犬扱いされる。怒る遊戯に御伽が挑みかかる。「次はお前だ!」

モクバが海馬と出会う。遊戯たちに合流し、最終ボスを倒す。ゲームに介入しようとしたビッグ5をバーチャル世界の中に閉じ込めてしまう。