城之内を迎え撃つのは、ジャッジマンの姿をした元･法律顧問ビッグ3。城之内は炎の剣士をマスターに一気にガンガン攻める。調子に乗りすぎた城之内に対し、ビッグ3は「魔界の司法取引」で自らのLPを回復させる。

杏子VSビッグ2の決闘②。ビッグ2はデッキマスター能力でモンスターの攻撃力をアップさせ、杏子は半身氷づけに。杏子は遊戯との会話を思い出しマハーヴァイロの特殊能力で反撃。「賢者の宝石」を引き当て、遊戯のデッキにいるブラックマジシャンを召喚し、ダブルブラックマジックで勝利。

杏子の前に現れたのは、ペンギンをこよなく愛するビッグ2。氷上の世界を舞台に杏子はブラマジガールを、ビッグ2はペンギンナイトメアをデッキマスターに選びデュエル開始。LPが減る毎に足元から凍り始めるシステムに杏子は追いつめられる。

遊戯VSビッグ1の決闘③。ギリギリまで追いつめられた遊戯。流れを変える為にはクリボーのデッキマスター能力に賭けるしかない!「虹色の祝福」とのコンボで、七色のクリボーのレインボーアーチを作り、ビッグ1に直接攻撃して逆転勝利。

遊戯VSビッグ1の決闘②。攻撃したポイントが自分のライフにはね返ってくる「リフレクター･ホール」、ダメージを受ける度にモンスターを特殊召喚する再生コンボに苦しめられる遊戯。一刻も早く決着をつけて、仲間を助けたいが…。突破口はあるのか。

謎のバーチャル世界に別々に放り込まれた遊戯達。遊戯の前にはビッグ1が現れてデュエル対決。負ければ肉体を奪われてしまう。深海の戦士に姿を変えたビッグ1に対し、遊戯はクリボーをデッキマスターに従えて挑む。

【オリジナル編スタート】決勝の舞台･アルカトラズ島は目前。だが、バトルシップに異変が。突如、制御不能になり何者かのコントロールのままに海面に開いた基地に誘導される…謎の少年･乃亜と肉体を失ったビッグ5が、デッキマスターシステムでのデュエル対決を要求する。

【バトルシティ編 (前編) 最終話】闇マリクと闇獏良の決闘②。獏良は「ラーの翼神竜」を奪って召喚するも、生け贄の攻撃力をゼロにされ攻撃できない。そればかりかマリクにカードを取り返され、プレイヤーのLPを攻撃力に変えるという第二の特殊能力に一瞬で敗れ、闇に消される。

闇マリクと闇獏良の決闘①。負けた方が消える闇のゲームだ。獏良の中にはマリクの表の人格が宿っているが、闇マリクはデッキを一新し、札は読めない。攻撃を受けLPが削られた獏良の体の一部が、闇に消える。

イシズは墓守の一族の謎について語る。かつて千年アイテムと王の記憶のありかを守る為、俗世と離れ地下で暮らしていたが、ある事件を機にマリクは千年ロッドを我が物とし、力を持つ様になったと言うのだ。そのころ、マリクと獏良は闇のゲームで決闘する。

未来を見ているイシズは、海馬にオベリスクを召喚させる。オベリスクには罠が仕込まれていた。海馬が攻撃しようとした瞬間、海馬の脳裏に古代のビジョンが走る。海馬はブルーアイズを召喚、勝利する。イシズが見た未来とは別の未来が始まった。

海馬の相手はイシズ。海馬はデッキ破壊によってイシズを圧倒するが、イシズは墓場と山札を交換するカードによって形勢を逆転する。

ラーの天空竜のカードには、古代神官文字が書かれていて、舞には使えない。ラーはマリクの呪文によって鳥型に変形、舞を攻撃する。城之内が舞をかばい、さらに遊戯が城之内をラーの攻撃から守る。マリクの勝利。

孔雀舞の記憶から仲間の記憶が失われていく。杏子、そして城之内。失いたくない記憶を守るために、舞は精神力を振り絞り戦う。舞はマリクから、ラーの天空竜のカードを奪い取ることに成功する。

リシドが倒れたことによって目覚めたマリクの中に潜む残虐な人格と孔雀舞が戦う。マリクは闇のゲームによって、孔雀舞が最も恐れるものを見せて舞をいたぶる。それは、「孤独」だった。

リシドのデッキの中の「ラーの翼神竜」はコピーカードだった。リシドと城之内は神の怒りの雷に打たれ倒れる。先に立ち上がり勝利を得たのは城之内だった。そのとき、マリクのなかのもうひとつの人格が目覚める。

城之内のモンスターを喰らい攻撃力を上げていく聖獣セルケトの前になすすべがない城之内。しかし、城之内はリシドの戦いぶりに直感する。「お前はマリクじゃねえ!」マリクはリシドに「ラー」を召喚するよう命じる。

モンスターが少ないリシドのデッキには、トラップモンスター「アポピスの化身」が隠されていた。城之内のライフポイントは一瞬にして200に激減。サイコショッカーを召喚して罠を破壊するが、リシドは神殿の守護神「聖獣セルケト」を召喚。

はやる城之内の対戦相手はマリクを名乗るリシド。洗脳され、操られた怒りをぶつけようとする。リシドは「王家の神殿」を出し、罠を張りめぐらせる。城之内は罠を消し去る「ハリケーン」を使うが、トラップ「アヌビスの裁き」を受ける。

獏良は昏睡状態に。一方、遊戯の前にはシャーディが現れ、神のカードの呪われた歴史を語る。エジプトの古代遺跡を基に3枚のカードを作ったが、制作に携わった人間には次々と不幸がおきていた。強引に完成させたペガサスも、結局、墓守の一族に返したというのだった。

怨霊がさまよう暗黒聖域では遊戯に打つ手はない。遊戯に残された唯一の手は、神のカード･オシリスの天空竜を引き当てること。しかし、マリクは獏良の命を盾に遊戯を脅迫する。

フィールド魔法･暗黒聖域の効果で、遊戯のモンスターは怨霊に憑依され遊戯自身のLPが削られていく。さらにウィジャ盤を召喚。D･E･A･T･Hの5文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない!

トーナメントの1回戦は、獏良と遊戯。千年パズルに宿る闇の人格に操られた獏良は、ダークネクロフィアを召喚。遊戯はブラックマジシャンガールでダークネクロフィアを葬るが、それが恐怖のオカルトコンボの引き金だった。

決勝トーナメントは、巨大な飛行船の上の特設リング。海馬、遊戯、城之内、孔雀舞が集結。そこにナムと偽ったマリク、傷ついた獏良、そしてマリクと名乗るリシドが登場し、飛行船が発進する。

パズルカードが指し示す「バトルシティ」決勝会場に向かう遊戯たちの前に、映画スター、ジョン･クロード･マグナムが現れた。デュエルで勝ったら結婚しろと、孔雀舞に迫る。

遊戯を葬れなかったマリクは「バトルシティ」の決勝トーナメントに向かう。それを知った獏良は重傷の身でバトルシティに参加する。ゴースト骨塚と墓場でデュエル。

精霊の鏡を使って自らのライフを0にした遊戯は錘に引きずられ海中に没する。我にかえった城之内が自分の身をかえりみず遊戯を救う。そして、海馬、静香たちがふたりを救うために動き出す。

城之内への洗脳が少しずつ解け始める。マリクの命令に抗い、真紅眼の黒竜へ攻撃しない城之内。一方、本田と静香もグールズに追われ、御伽、舞と合流して、童実野埠頭にやってくる。

操られた城之内は禁止カードで遊戯を攻撃する。躊躇する闇遊戯に替わり、表の遊戯が前面に立つ。城之内との友情のカード「真紅眼の黒竜」を召喚。さらに千年パズルを城之内に託す。

遊戯たちを待っていたのは、マリクに操られた城之内。杏子を人質にとられ、遊戯と城之内の命を懸けたデュエル開始。