遊戯VS海馬⑥。海馬はアルティメットドラゴンを召喚。怒りや憎しみがパワーの源の海馬に対し、遊戯は「怒りや憎しみでは勝利は得られない」と言って、「融合解除」「魔術の呪文書」の効果と「ブラックパラディン」で勝つ。

遊戯VS海馬⑤。海馬は3体のブルーアイズを召喚する。しかし遊戯は城之内から譲り受けたレッドアイズを召喚し、「六芒星の呪い」でブルーアイズ1体を撃破。そのころ意識不明の城之内はデュエル覚えたての頃の夢を見て、ついに意識が戻る。

遊戯VS海馬④。4000VS4000で2体の神がぶつかった瞬間、遊戯と海馬は古代エジプトのビジョンを見る。それは「白き龍」を召喚する若き神官と、「黒き魔術師」を呼ぶ名もなき王の決闘であった。…海馬は「神をも超えたしもべ、ブルーアイズ」で攻撃を再開する。

遊戯VS海馬③。神VS神の構図のまま、互いに攻撃するチャンスを窺って牽制し合う。オシリスの攻撃力は手札の枚数で決まるが、ついに遊戯は攻撃力6000の瞬間にオベリスクを攻撃する。しかし海馬は「削りゆく命」を発動。4000VS4000でぶつかることに…

遊戯VS海馬②。遊戯は3体のナイト (キング、クィーン、ジャック) を召喚、それを生け贄に先にオシリスを召喚する。すかさず海馬もXYZドラゴンキャノンを3体に分離させて、オベリスクを召喚。神VS神のにらみ合いに。

準決勝第2戦は遊戯VS海馬、天空コロシアムでの決闘だ。海馬は早速オベリスクを召喚しようとするが、遊戯の「光の封殺剣」にかわされる。さらに海馬が「天声の服従」で遊戯からオシリスを奪うが、すぐ「エクスチェンジ」で取り戻される。2つの神をめぐる攻防が続く。

城之内VSマリクの決闘④。城之内はラーのゴッドフェニックスによって精神力が燃えつき、LPを残したまま倒れる。「城之内君まで倒れ、もう戦えない…」と遊戯は思い悩むが、千年タウクを通して見た未来は…。

城之内VSマリクの決闘③。ラヴァ･ゴーレムに閉じ込められた城之内は毎ターン1000P削られる。ギルフォード･ザ･ライトニングを召喚して一旦は敵モンスターを一掃するが、遂にマリクはラーの翼神竜を召喚。最終形態=ゴッドフェニックスが出現する。

城之内VSマリクの決闘②。城之内はへルポエマーで毎ターン手札からカードが奪われる。それを逆手にとりクイズでサイコショッカーを召喚、罠カードを破壊する。が、ラヴァ･ゴーレムの鉄檻に閉じ込められて再びピンチになる。

デュエルタワー頂上にて準決勝1戦、城之内VSマリクがデュエル開始。モンスターのダメージをプレイヤーが体感する闇のゲームだ。城之内はモンスターに巻き付いたプラズマイールからの電撃を受けて、同じくマリクに苦しめられた舞を思う。

バトルロイヤル③。城之内は海馬のトラップ効果を「墓あらし」と「痛魂の呪術」でマリクにダメージを振り替えて、まずマリクが負ける。城之内も遊戯との対戦の思いを吹っ切り、早くマリクと対戦して舞を助けるため、計算通りに負ける。

バトルロイヤル②。海馬が城之内に攻撃すると遊戯が出て庇う。またマリクはダメージを「痛魂の呪術」で城之内に移し替える。しかしマリクのトラップを遊戯はカウンタートラップで返し、マリクもダメージを受ける。マリクと城之内が劣勢となる。

【原作デュエルタワー編に復帰】バトルシップはアルカトラズ島に着地する。デュエルタワーにて対戦相手を決めるためのバトルロイヤルが開始される。遊戯、城之内、海馬、マリクはそれぞれの思いを胸に攻撃対象を思案する。

【乃亜 (ノア) 編 最終話】ミサイルは刻一刻と要塞に向かっている。乃亜は、杏子たちから順にバーチャル世界から現実世界へ脱出させる。海馬は剛三郎とのデュエルに勝ち、遊戯と共に間一髪で脱出する。乃亜は自らバーチャル世界へ帰り、剛三郎と共に消える。

乃亜はモクバの肉体を奪い一人現実世界へ脱出し、要塞へ向けたミサイルのスイッチを押す。後にモクバの優しい言葉を思い出して引き返すが、発射機器をマリクに破壊され、止めることができない。一方、海馬と剛三郎はデュエルで決闘。

遊戯が乃亜に勝ち、仲間達も像から元に戻る。そこへ剛三郎が突如現れ、皆をこのバーチャル世界へ閉じ込めたと言う。脱出方法を知るのは乃亜のみ。遊戯たちは言われるがまま、バーチャル童実野町へ行く。

遊戯VS乃亜②。乃亜はマスター能力でLPを増加させ遂に1万を超える。遊戯は、城之内達を次々と像にされて心理的にも追いこまれる。だが心の中にいる仲間達の声を聞き最後の可能性を信じて、海馬の残した3体のブルーアイズを召喚する。

遊戯は、モクバを盾にして海馬に勝った気でいる卑怯な乃亜が許せない。残された海馬のLP (400) を受け継ぎ、圧倒的に不利な状況で乃亜に挑む。スピリットモンスターシリーズの攻撃を受けて遊戯のLPは100に。

海馬VS乃亜③。立ちはだかるモクバに攻撃できない海馬はチャンスを逃す。乃亜の容赦ない反撃が始まる。モクバは海馬の呼びかけに少しずつ自己を取り戻す。だが既にLPは7400VS400。海馬は「天界王シナト」に敗れ、モクバもろとも立像にされる。

海馬VS乃亜②。乃亜のデッキマスターは奇跡の方舟。自信満々に勝利宣言をするが、海馬はその上を行っていた! そして、乃亜へのとどめの一撃のチャンス。だがモクバが飛び出し、乃亜をかばおうとする。海馬は攻撃を止めざるを得ない…

モクバを探す海馬の前についに乃亜が現れる。「どちらが海馬コーポレーションの真の後継者にふさわしいかデュエルで決着をつけよう」。海馬はカイザー･シーホースをデッキマスターに従えるが、乃亜のマスターは未だ謎に包まれている。

遊戯&城之内VSビッグ5達の決闘③。敵の5体のデッキマスターが融合して召喚されたファイブゴッドドラゴンは、攻撃力5000!しかし遊戯等は幻影の騎士～黒魔法剣士で、ついには敵を倒すが、本田の肉体も再び消えてしまった。

遊戯&城之内VSビッグ5達の決闘②。ビッグ5達は弱い城之内を集中的に攻撃し、LP300までになる。遊戯は意味深な笑みを浮かべて伏カードを置き、誰もがトラップと思うが、実は城之内から敵の目をそらす作戦だった。2人は苦戦しつつも持ちこたえる。

ビッグ5の5人は奪った本田の肉体に入り込み、遊戯達に再戦を挑む。遊戯&城之内VS5体のデッキマスターを有するビッグ5 (本田) でデュエル開始。お互いの肉体を賭けた戦い!?ビッグ5側は交代で本田の中に現れては攻撃する。

乃亜は海馬に「自分こそが剛三郎の唯一の息子であり、貴様は当て馬として海馬家に迎えられた」と告げる。海馬は過去の乃亜の映像を見て、年令の矛盾に気付く。一方、外の世界ではマリクが動き出す。

海馬VSビッグ5の決闘②。ライフ回復コンボに苦しめられる海馬。宇宙空間に打上げられたサテライトキャノンはターン毎に攻撃力を蓄えるだけでなく、並のモンスターでは太刀打ちできない。あのカード…ブルーアイズを召喚するしか手はない。

皆の前に現れた本田。だが魂はビッグ4に乗っ取られており、モクバをさらって逃げる。追う海馬の前には、元･側近でもあったビッグ5が立ちはだかる。海馬を知りつくした彼は、サイコショッカーをマスターにデュエル開始。

本田が消え動揺する御伽と静香。御伽は得意のダンジョンダイスモンスターズに持ち込み挽回するが、またピンチに。2人のもとへ辿り着いた遊戯達は「3人の力を合わせて」と言うが…。本田の残した伏せカードに運命を賭け、逆転勝利。

本田･御伽･静香の前に現れた元･工場長のビッグ4は、3対1のデュエルを申込む。調子のいい本田は「城之内にデュエルを教えたのは俺だ」と言うが…。デュエル中もたえず静香をかばう本田。そして遂に自らのデッキマスターで犠牲になり、消えてしまう。

城之内VSビッグ3の決闘②。「魔界の司法取引」で形勢逆転されピンチの城之内は、ギャンブルカードを発動し運に賭ける。が、はずれ続き。だがそれは、ビッグ3がイカサマでコントロールしていた。それを知った乃亜が怒り…