石の荒野にいる遊戯の前に、不気味な兵士「オレイカルコス･ソルジャー」が現れて攻撃を仕掛けてくる。ダーツが、古の兵士の霊を呼び戻して操っていたのだった。遊戯VSオレイカルコス･ソルジャーの決闘。自らのLPを犠牲にしつつ、攻撃力を500ずつ増加させて何度も再生する「オレイカルコス･ギガース」に遊戯は苦しめられる。

遊戯は森で先住民風の老人アイアンハートに出会い、己の心を映すという「石の荒野」に案内される。遊戯が精神集中すると目の前にいろいろな人々のイメージが現れては消えていくが、最後には表遊戯が現れる。表遊戯は、闇遊戯が失いかけているものを見つけさせるために苦悩のデュエルを挑む。表遊戯VS闇遊戯の決闘に…。

遊戯VS羽蛾、城之内VS竜崎の決闘③。竜崎は一度倒したレッドアイズを冥界の鎖で再び場に連れ戻し、再攻撃を狙う。すかさず城之内は、ネイキッド･ギアフリードを召喚し、ヘルモスの爪を発動させて、強力な剣聖を誕生させる。これで竜崎のタイランドドラゴンを瞬殺し、さらにダイレクトアタックで一発逆転勝利をする。同時刻、遊戯もティマイオスの眼をセットするが、憎しみに支配された今の遊戯のもとで発動しない。羽蛾がからかうと、遊戯の怒りはついにデュエルに現れて…。

遊戯VS羽蛾、城之内VS竜崎の決闘②。疾走する無人列車の屋根の上で遊戯と羽蛾が決闘する。羽蛾はパワーアップした昆虫デッキの中から、敵モンスターに寄生してふ化するパラサイトキャタピラーを遊戯のモンスターに寄生させる。そのころ、荒野では城之内と竜崎が決闘している。城之内は、何故みんな力を欲しがるのかと思い悩んで竜崎と闘う意味を見出せなかったが、次第にとにかく俺が目を覚まさせてやると考えてヤル気が出る。

もう一人の人格を失って失意の遊戯を、杏子たちが励まそうとしている間に、特急の乗客はいなくなっていた。異変に気付いて、車内を捜査していると、今度は連結が外され、遊戯と城之内は引き離されてしまう。そして、遊戯の前には羽蛾が、城之内の前には竜崎が現れてデュエルを挑む。

遊戯はデュエルに負けて、「もう一人」の人格を奪われたことに落胆する。一方、羽蛾と竜崎はラフェールの乗ったヘリを追って、デュエルに強くなりたい一心で、仲間にしてくれと懇願する。リスクを超えてドーマの力を手に入れた2人は、遊戯･城之内に狙いを定める。そのころ遊戯達は、失ったもう一人を探すため列車に乗ろうとしていた。

遊戯VSラフェールの決闘③。追いつめられた遊戯は、ついにオレイカルコスの結界を発動させてしまう。名もなき竜は、その力に反発して封印される。遊戯は次第に勝利への執念から、闇の力のとりこになって、モンスターを犠牲にしたり、邪悪化させて戦う。ついにはLPでラフェールを上回るが…。ラフェールは「エアトス」のカードを静かに待っていたのだった。

遊戯VSラフェールの決闘②。LPはラフェール4000VS遊戯3000。遊戯は、迫り来るガーディアン･グラール (攻撃力3000) を、クリボー五兄弟の特殊能力でかわす。さらに、ティマイオスとブラマジガールを融合させて反撃する。そして手札交換により「オレイカルコス」のカードを手に入れてしまうと、闇の力を持つこのカードを使ってはいけないと自分に誓うが…。

遊戯VSラフェールの決闘①。ラフェールは海難事故の唯一の生存者であり、運命に弄ばれた者同志として、遊戯に共感を抱いていたというが…。デュエル開始早々にラフェールは永続魔法で自らの手札をゼロにする。遊戯はすかさず攻撃するが、ラフェールのカウンター攻撃を受けてLP3000に下がる。

遊戯たちはドーマのことを調べるため、ホプキンス教授の元へ向かう。そのころ、ホプキンスは海底遺跡の調査からドーマの手がかりをつかみかけるが、突然、誘拐されてしまう。現場に残された手紙には、遊戯一人でドーマの三銃士･ラフェールの挑戦を受けに来るよう指示があった。

城之内VS舞の決闘③。依然、圧倒的に押されている城之内は、手に入れたキーカード「ヘルモスの爪」の使い方が分からない。時の魔術師と融合させて出現させた「タイムマジック」は、頼りない風貌だ。さらにギガサイバーに装着させて攻撃しようとするが、意味不明の数字が現れるだけで、あっさり消えてしまった。みんな愕然とするが…奇跡は次のターンにやって来た!

城之内VS舞の決闘②。LPは舞4000VS城之内200にまで開く。勝利に執着する舞と、勝敗よりも舞を救いたい城之内で思惑がずれる。城之内はサレンダーしそうになるが、デュエルで舞を救う可能性を信じる。だが強力なハーピーレディ･コンボの前に、運まかせのギャンブルデッキで持ちこたえるのが精一杯だ。

城之内VS舞の決闘。舞はドーマ達に操られているのではなく、自らの意思でオレイカルコスの力を得ていた。結界の中で対峙する二人。舞との友情を信じ、舞を救いたい城之内は、デュエルに集中できない。「ハーピーレディ･ダーク」による舞の容赦ない攻撃が、城之内を襲う。

ドーマの手先に襲われた遊戯たちを、バイクに乗り、「ハーピーレディ」のカードを操る女が助け、そのまま走り去る。城之内は、孔雀舞も自分達の同志だと思う。ペガサスの会社に遊戯達が閉じ込められると、再び舞が現れる。舞は「ペガサスはあたしが始末した」と言う。友情を信じていた城之内にショックが走る。

アメルダVS海馬②。ペガサスに化けていたのは、海馬コーポレーションに恨みをもち、闇の三銃士の一人でもあるアメルダであった。アメルダは「オレイカルコスの結界」と、炎属性モンスター1体につき攻撃力を500Pアップさせる「バルログ」で海馬を追いつめる。海馬は一瞬、不思議なビジョンを見ると、1枚のカードが手の中に…

真実を知りたいなら、私に勝つことです…ペガサスは不適に笑う。ペガサスと海馬のデュエルが始まる。ペガサスは前回の決闘と同じく、守備表示の「トゥーンアリゲーター」からスタートする心理作戦に出るが、海馬は動じない。ペガサスはトゥーンワールドを発動させる。

デュエルモンスターズ界で「ティマイオスの眼」のカードを託された遊戯の元に、「すぐアメリカに来て欲しい」とペガサスが訴えるビデオレターが届く。一行はアメリカに出発する。そのころ、すでにアメリカにいる海馬のもとにも、ペガサスから対決の申入れが入る。

ドーマの三銃士は「神のカードを返してほしくば、我々を倒せ」といい残して姿を消す。遊戯は心の迷宮の中から、「助けて」という誰かの声を感じる。それはデュエルモンスターズ世界にいる、ブラックマジシャンズガールの声だった…。そこで不思議なカードを手に入れる。

遊戯VSグリモ②。グリモと名乗る男は、「オレイカルコスの結界」でモンスタースペースを拡大させて、最大10体のモンスターの召喚を可能とする。また、選ばれし者しか操ることのできないはずの「神」を召喚し、ダーク･オベリスクを従える。遊戯は新たな「闇」のチカラの前に苦戦する。

【オリジナル新展開「ドーマ編」】遊戯が3枚の神のカードを石版に掲げるが、石版は突如、凍結してしまう。世界中の街では、デュエルモンスターズが実体化して暴れ出す。その夜、双六に託した神のカードは、何者かに奪われてしまう。遊戯の前に謎の男が現れて、デュエルをいどむ。その背後には、怪しい3人の男の影が…

【バトルシティ編 (後編) 最終話】少年達のデュエルをきっかけに、杏子の視点から遊戯の成長、仲間の絆の強まりを振返る。杏子は、まもなく来る、もうひとりの遊戯との別離への覚悟をする。

遊戯はバトルシティの覇者にはなったが、石版に戻って王 (ファラオ) の記憶を取り戻せば、もう一人の人格とも別れることになるので、複雑な心境だ。エジプトに帰るマリク達や、アメリカへ向かう海馬や御伽とも別れる。目覚めた舞も、自分の道を探して旅立つ。

遊戯VS闇マリク⑤。生け贄の表遊戯、表マリクの姿はもはや顔の一部しかない。リシドは闇マリクに人間の宿命を語る。すると表マリクの一部分が実体化して、遊戯に自分を攻撃する様に言う。遊戯の攻撃でマリクのLPが1になった時、完全に表マリクが肉体に戻ってきた! するとマリクは…

遊戯VS闇マリク④。攻撃力6899のラーVS攻撃力∞のオベリスクだが、双方とも攻撃をかわす。そして遊戯のターン、マジシャン2体をそろえ、攻撃すればマリクのLPは1になるチャンスを迎える。生け贄となったマリクの主人格を思い攻撃をためらう。そこにリシドが現れる。

遊戯VS闇マリク③。遊戯は不死のゴッドスライムを前になすすべがない。表マリクの意思は寝たきりのリシドの元を訪ね、感謝の言葉を語る。さらに杏子の体を借りて「僕と共に、僕が生み出した邪悪な心を打ち砕いてくれ」と遊戯に言う。

遊戯VS闇マリク②。遊戯はドローしたカードを見ずに場に伏せる。それは海馬から受け継いだ「デビルズサンクチュアリ」。メタルデビルトークンが現れてラーの攻撃をかわす。さらに、トークンを生け贄にオベリスクを召喚する。

遊戯VS闇マリクの決闘。はりつけにされた表遊戯と表マリクを賭けた戦い。遊戯は攻撃力6000のオシリスで攻撃するも、マリクは「暗黒の魔再生」と「死者蘇生」で不死の能力を持つラーのゴッドフェニックスを召喚し、2体の神がにらみ合う。

海馬VS城之内③。城之内は善戦するも、圧倒的なレベルの違いで海馬が勝つ。「三千年前、王との友情を記すために石版を残したのは神官セトだった」とイシズは海馬に語る。海馬は遊戯に、ラーに対抗できるあるカードを渡す。

海馬VS城之内②。城之内は「墓あらし」と「死者蘇生」でブルーアイズを召喚するが、すぐに海馬も召喚し、ブルーアイズVSブルーアイズの相打ちとなる。一方、杏子に宿る表マリクは、闇マリクを倒そうとするが失敗する。闇マリクは更に凶暴化する。

海馬は遊戯との決闘に負けて愕然とする。そんな海馬を城之内が引き止めて、がれきの中で決闘開始。海馬のデッキ破壊コンボに、城之内はギャンブルカードで対抗し優位に立つ。一方、杏子の中に宿るマリクの人格が動き出す。