KCグランプリの決勝はレオンVSジークで行われる予定だったが、海馬はジークが海馬コーポレーションに対して嫌がらせをしたことを理由に、ジークを失格とする。そして海馬VSジークの因縁の決闘が始まる。ジークは「ワルキューレンリット」で3体の戦乙女を召喚する。さらに「時の女神の悪戯」で2度バトルフェイズを迎える。海馬のLPは一気に2400に下がる。しかし海馬は2000のライフコストを払ってXYZドラゴンキャノンを召喚して反撃する。

レベッカVSレオンの決闘②。レベッカはレオンのシンデレラコンボによるダイレクトアタックをなんとか阻止するが、グローバーマン (攻2600) の攻撃を受けてLPは100になる。無垢な少年風のレオンが想像以上に強いことを実感する。一方、行方不明の双六を探していた遊戯たちは、中華料理店で双六を見つけるが、ヴィヴィアンにデュエルを強要される。遊戯VSヴィヴィアンの決闘に。ヴィヴィアンのドラゴンレディーは「風雷剣」を装備して2回の攻撃をし、速攻魔法「残雪剣」は遊戯の魔法カードを破壊する。墓地のドラゴン族モンスターの力によりドラゴンレディーの攻撃力は2600に上がり、遊戯に王手をかける。

グランプリ準決勝が行われる。ミニチュアランドを舞台に、レベッカVSレオンの決闘が始まる。純情無垢な子供同士のバトルのような雰囲気だ。レベッカは墓地に送られることで効果を発揮するコンボ作戦を考えていたが、レオンの「森のオオカミ」「イバラの呪い」はそれを阻止し、レベッカのライフポイントを奪う。さらに永続魔法「おかしの家」で、相手モンスターの攻撃力を上げるが、2500に達すると自爆させる危険なものだ。レベッカはレオンの周到さに、外見からは想像がつかない奥深さを感じる。一方、プラネタリウムではジークVSバリーの決闘が行われる。

城之内VSジークの決闘②。ジークは魔法カード「ワルキューレンリット」を発動し、4体の戦乙女を召喚する。ワルキューレに倒されたモンスターはゲームから除外されるだけでなく、その攻撃力で反撃される。城之内は絶体絶命かと思われたが、体力増強剤スーパーZのおかげでLPを800でくい止める。だがジークはさらに過去･現在･未来を司る女神三姉妹を召喚し、そのコンボで城之内のデッキのモンスターカードを次々にゲームから除外していく。手札にすらモンスターカードを呼べない城之内はピンチに。 一方、海馬はハッキングの犯人としてジークを疑いはじめる。

KCグランプリのベスト8が出そろう。城之内の次の対戦相手は、羽蛾･竜崎コンビを瞬殺した冷徹なジークだ。自信家で城之内を見下すように無視するジークの態度に対戦前から熱くなる。火山のアトラクションで城之内VSジークのデュエルが開始する。モンスターを召喚できない城之内は仕方なくターンエンドするが、ジークもモンスター召喚をしてこない。本当にモンスターカードを持っていないのだろうか? と遊戯は疑う。一方、各アトラクションでは何者かのシステム介入により異常な演出がされ、騒然とする。

各ブロック第2試合が始まる。全米チャンプの少女レベッカは、アジアの覇者で美女デュエリストのヴィヴィアンと対戦する。遊戯に色目を使うヴィヴィアンにレベッカは怒る。ヴィヴィアンはカンフー娘娘などのアジアンデッキで攻撃するが、レベッカは永続トラップ「グラヴィティ･バインド」で、レベル4以上のモンスター召喚を封じる。さらに、自分のLPを回復させつつ、敵にダメージを与えるコンボで優勢になる。だがヴィヴィアンは皇帝龍淑女でトラップを破壊し、一気に反撃に出る。一方、竜崎と羽蛾は招待参加者になりすまし、静かに笑う謎の青年ジークと対戦する。

城之内VSマスク男の決闘②。城之内はマスク男に戦略を見透かされていて、劣勢となる。マスク男はフィールド魔法「古の都」を発動し、「古の扉」「古の巨人」「古の書物」をそろえて、黄金の竜「エンシェントドラゴン」を召喚する。それは、マスク男 (双六) が長年の月日のすえにようやく手に入れた幻のカードだった。そして彼は、このデュエルを何より楽しんでいた。一方、圧倒された城之内は余裕がなく勝負のみにこだわりはじめていたが、遊戯の声で、楽しむことの大事さに気付く。

アメリカ海馬ランドのスタジアムで、KCグランプリの開会式が行われる。グランプリの出場者は16名で、遊戯はディフェンディング･チャンピオンとして、その勝者と対戦する仕組みだ。式後すぐに第一回戦が始まる。城之内は、謎のマスク男と対戦することになったが、会場を間違えたため慌てて指定の場所ジャングルアトラクションの終点に走る。そこで待っていたマスク男は、どうみても城之内の師匠でもある双六爺さんだが、城之内だけは気付いてないようだ。

遊戯VSコンピュータの決闘②。遊戯はバランスの悪いドラゴン系のデッキで、最上級レベルのコンピュータに苦戦する。敵はサイコショッカーなどの上級モンスターや、複雑なコンボや特殊効果を使い、遊戯のLP=200に下がる。しかし遊戯は少年がドラゴンのカードとデッキに込めた熱い思いを信じ続け、遊戯と少年が一緒にカードを引くと、ついにキーカードを手にする。ドラゴンばかりのデッキ構成を逆手にとり、「凡骨の意地」と「スピリット･ドラゴン」の特殊効果で、逆転に賭ける…

遊戯たちは日本へ帰る旅費がないことに気付き、旅費の提供を条件に、海馬コーポレーションが主催するデュエル･トーナメント大会に出場することになる。さっそく海馬ランドへ行くと、新アトラクションのデュエルマシーンを見つける。すでにマシーンは子供たちに大人気だ。しかし、ある少年がマシーンとデュエルを始めようとすると、部屋は施錠され、レベル設定は最上級デュエリストレベルに変更されてしまう。怯えた少年に代わって遊戯はマシーンとのデュエルを引き受けるが、受け継いだデッキはドラゴン系モンスターばかりのバランスの悪いデッキだった。

【ドーマ編 完結】遊戯は三幻神獣の力で、巨大竜リヴァイアサンを倒し、囚われた仲間や敵友たちを救い出した。しかし、ダーツはこの地球上すべての心の闇を統括して、最後の大きな攻撃力となって遊戯を飲み込もうとする。遊戯は様々なデュエリストとの出会いを通して知る事が出来た心の光を信じて、自分の心の器のすべてでこの闇を受けとめようと、自ら闇に飲み込まれていく。それは大きな業火となって、世界中各地で起こった異常現象をも吸収していく…。

ダーツの化身である巨大竜リヴァイアサンとの戦い。遊戯･海馬･城之内の3人は、浮上した巨大都市アトランティス上にて、全長数キロに及ぶ巨大竜リヴァイアサンを相手に、デッキからモンスターを召喚して戦う。デュエルモンスターズ界からも応援が加わるが、リヴァイアサンは無傷だ。ダーツは、人間の心の闇から形作られたこの竜を倒すことは不可能だと誇る。しかし遊戯は、囚われている舞やラフェールたちに仲間との絆を思い出させる。そして遊戯も仲間の絆に包まれて覚醒し、ついに三幻神獣を召喚する。

遊戯VSダーツの決闘⑥。ダーツは破壊されたオレイカルコスの結界から、蛇神ゲー (攻∞) を出現させる。遊戯は、墓地のモンスターの力を吸収できる特殊能力を使って伝説の三騎士で攻めうつ。クリティウスとヘルモスの間で無限ループを作ってゲーの攻撃をかわす。さらに三騎士との絆を象徴するかのように、ティマイオスに2体の力を集約させて、ダーツを打ち破る。すると巨大竜リヴァイアサンが出現し、さらに巨大都市アトランティスも姿を現す。

遊戯VSダーツの決闘⑤。LPがゼロになった海馬だけでなく、杏子たちまで魂を奪われ、遊戯だけが残る。「お前の存在が世界を滅ぼす原因」「お前のせいで仲間は消えた」「それが運命」…ダーツの言葉が遊戯を精神的に追いつめる。が、サレンダーしかけた遊戯を救ったのは、仲間の絆だった。遊戯はペガサスから受け取った「名もなきカード」で、名もなき三竜の封印を解き、真の姿である三騎士 (攻2800×3) を召喚する。しかしダーツとのLPの差は1万以上、起死回生はなるのか…?

遊戯&海馬VSダーツの決闘④。ダーツはオレイカルコス･トリトスで第三の結界を出現させ、ライフ回復に加えて、モンスターへの魔法･トラップを無効にした。遊戯は自分のモンスターを犠牲にして海馬を助けるが、すかさずミラーナイト達に攻撃される。海馬は名もなき竜のカードからミラーフォース･ドラゴンを誕生させ、受けたダメージを全モンスターへ跳ね返す特殊能力で4体のミラーナイトを破壊する。だがダーツは、これまでに吸収したダメージを攻撃力に変えるオレイカルコス･シュノロスを呼び、攻撃力は20000に達する。そして海馬は…

遊戯&海馬VSダーツの決闘③。ダーツの場に出現した4体のミラーナイトの中には、もう一人の遊戯、城之内、舞、ペガサスの魂が入っていた。遊戯は攻撃をためらうが、海馬は迷わず攻撃する。しかし、ミラーナイト達は友情の絆で互いをかばい合う。だがそれは、ダーツの布陣を強力に守っていることを意味する。ダーツへのダメージはなく、デウテロスの効果でLPは15000までに上昇する。ミラーナイトを前に躊躇する遊戯…そこへラフェールが現れる。

遊戯&海馬VSダーツの決闘②。遊戯&海馬の攻撃とダーツのオレイカルコス･キュトラーが干渉し、3人は異世界へ移る。そこでダーツは自分の起源を語る。ダーツは失われた古代アトランティス王国の王であり、民衆はオレイカルコスのエネルギーによって進化した文明を築いた事、一方その発展により民衆は自然への恩恵を忘れて傲慢になり、モンスター化する異変が起きた事、新たな世界を作るためダーツはオレイカルコスの力でデュエルモンスターズ界を封印した事…。そしてデュエル再開! ライフ回復効果を持つオレイカルコス･デウテロスが現れる。

遊戯が勝ち、敗れたラフェールも心の闇から解放された。ラフェールから受取ったカードをもとに、遊戯たちはダーツを追って、南海の孤島の暗黒神殿に着く。魂の石室には、これまでに魂を奪われた仲間や敵たちの石版が掲げられていた。ついにダーツが現れる。遊戯&海馬VSダーツの決闘が開始。遊戯･海馬はワンターンで、エース級のモンスターを召喚し、融合させてマスター･オブ･ドラゴンナイト (攻5000) で攻撃するが、その波動は結界と干渉して…

遊戯VSラフェールの決闘③。心を闇に染めて、モンスターをダーク化させるラフェールに対して、遊戯は墓地モンスターを召喚できる黄泉天輪を発動させた。すると突然、眼前の景色はラフェールの少年時代の記憶に変わった。それは悲しみを超えるために、ダーツによって闇に導かれる瞬間だった。その運命を今でも強く信じるラフェールを、遊戯は救いたい。心の闇を象徴するように、ラフェールはデスサイスで攻撃する。

遊戯VSラフェールの決闘②。オレイカルコスの結界を発動させたラフェールは、さらにガーディアン系モンスターを効率的に使いこなして攻撃し、遊戯のLPを500にまで下げる。ラフェールの命の恩人ともいえるガーディアン･エアトスさえも、結界の力で闇に染まって醜く変形し、遊戯の墓地にいるモンスターを吸収してさらに攻撃力を上げる。しかし、今回の遊戯は自らの信念のもと、心の闇にたよるラフェールの弱さを見抜く。

城之内が魂を奪われたことを知った遊戯は、パラディウス本社に乗り込む。そこには舞も倒されていた。遊戯の前に、ラフェールが現れて、城之内の「ヘルモスの爪」を投げつける。運命によって自分が勝つというラフェールと、仲間を救うためにも運命に抗してみせるという遊戯で因縁のデュエルが再び始まる。前回同様、モンスターを決して墓地へ送らない美学をつらぬくラフェールに、モンスターとの絆を取り戻した遊戯が挑む。

城之内VS舞の決闘②。オレイカルコスの力を得た舞のハーピィコンボは相変わらず手強い。ドーマの闇に染まった舞を立ち直らせたい城之内は、「俺は今でもお前を仲間だと思ってる」と不器用な言葉で必死に思いを伝えながらデュエルをする。城之内のまっすぐな思いは次第に舞の心に届く。やがて舞は城之内を倒すチャンスを迎えるが、攻撃をためらう。

城之内VSヴァロンの決闘④。LPは城之内100VSヴァロン900で、両者ともダメージを受けてボロボロだが、互いを認め合って熱くハイになる。デュエルはわずかな差で城之内が勝ち、ヴァロンは最後に「舞を頼む」と言い残して魂をオレイカルコスに奪われる。抜け殻のヴァロンに駆け寄る舞に対して、城之内は「このデュエルでお前に伝えたいことがある」といってデュエルを挑む。

城之内VSヴァロンの決闘③。城之内は「ヘルモスの爪」をモンスターと融合させて攻撃する。全力でかかってくる城之内を前に「それを倒してこそ最高の勝利だ」と、ヴァロンは喜ぶ。ヘルモスの一撃は、アクティブガードに阻まれて届かないが、アーマーを吹き飛ばすことに成功した。しかしヴァロンは相手モンスターをコピーして反撃、城之内のLPが残りわずかに。それでも、あきらめないタフな城之内を見て、ヴァロンは嬉しそうだ…。

城之内VSヴァロンの決闘②。ヴァロンのアーマーモンスターの猛攻撃が続く。2500VS2100で一旦はリードした城之内に対しても、ヴァロンは強気で、俺の戦いは魂と肉体の全てを賭けた全力勝負のデュエルだ、お前の持つ最大の力でかかってこい、と言う。城之内はサイコショッカークラスの強力モンスターを召喚するが、ヴァロンはオレイカルコスの結界を発動させて優位に立つ。

城之内VSヴァロンの決闘①。きっかけは舞をめぐる因縁だった。ヴァロンのデッキは、余計な小細工や出し惜しみは一切しない、常に全力で攻撃あるのみのアーマーデッキ。それはプレイヤー自身の体にギアヘッドを装着して攻撃し、守備モンスターも伏せカードもなしにターンエンドするという大胆な戦術だ。城之内は見たことも無い戦術に圧倒され、直撃を受ける。

海馬コーポレーションはドーマに乗っ取られる。ダーツの呪文により、世界各地でオレイカルコスの結界とオレイカルコス･ソルジャーが出現する。世界はドーマに掌握されつつある。遊戯と海馬はオレイカルコス･ソルジャーの攻撃をデッキからモンスターを召喚しながらかわす。ついに遺跡のデータを解析して、1万年前の楽園･アトランティスと巨大企業パラディウス社の存在を知る。そして2人の前にダーツが現れる。

海馬VSアメルダの再決闘②。制御不能に陥った飛行機でのデュエル。海馬コーポレーションに弟を殺されたと思っているアメルダは、軍隊デッキと戦場の幻影で、海馬に攻め込む。そして「魔空要塞ジグラート」により、トークンを発生させて海馬の攻撃をかわす。死んだ弟を思うアメルダ、モクバを守り続けたい海馬、一方で2人は弟に対する互いの愛情を認め合うようになる…。

海馬を乗せた専用ジェット機がオーロラを通過する時、スピーカーから謎の声が聞こえる。密かにジェットを支配し、海馬の前に現れたのはアメルダだった。弟の恨みを晴らすために海馬に再戦を要求する。海馬はドーマを制裁するために受けて立つ。海馬VSアメルダの再決闘。オレイカルコスの結界発動により、ジェット機は客室部分の壁が吹っ飛ばされ制御不能に陥る中での決死のデュエル。

ヴァロンは舞を自分のものにしたい思いから、常に勝つことに飢えている、という二人の共通点を指摘する。それは遊戯や城之内にはないもので、それ故彼らとは分かり合えない。そして舞が望むなら、ダーツでも遊戯にでも、誰にでも勝ってみせると宣言する。そこへ御伽たちが通りかかる。ヴァロンVS御伽&レベッカの決闘。ヴァロンは結界を使わずに圧倒する。