遊戯VSアテムの決闘④。遊戯はアテムのブラックマジシャンの攻撃をかわすのに精一杯だ。遊戯は「封印の黄金櫃」に1枚のカードを忍ばせる。それは同じカードを無効にするものだ。遊戯はサイレントマジシャンで、ブラックマジシャンをついに破る。アテムは「死者蘇生」でオシリスを復活させようとする。そのとき遊戯は黄金櫃の封印をといて「死者蘇生」を無効化させた。それは死者の魂は、現世に留まっていてはいけない、というアテムへの別れのメッセージでもあった。

遊戯VSアテムの決闘③。遊戯の罠「マグネット･フォース」の反撃により、3幻神獣は消える。強い力を持つ者の最大の弱点は、その力そのものだと遊戯は言う。神が消え、キマイラ、バスター･ブレイダー、ギルファー･デーモン、ガイア、デーモンの召喚、ビッグ･シールド･ガードナーらの中級モンスターを使った素早い互いの応酬になる。これらは常に遊戯のデュエルを支え、共に戦ってきたモンスターたちだ。2人は互いにライフを削りながら、勝機をうかがう。先に優位に立つ者は!?

遊戯VSアテムの決闘②。アテムは3幻神獣を場にそろえる。その攻撃力の合計は一万を超える。圧倒される遊戯は神を超えるモンスターを召喚できるのか? …だが遊戯はオシリスの召雷弾を速攻魔法「ミラージュ･マジック」でかわし、さらに自分のライフも回復させる。またオベリスクの攻撃も罠「ミラージュ･ルーラー」でかわす。それは神の特殊能力を逆手にとったうまい戦法だ。そしてついに、神をおびやかすしたたかな反撃の一手に出る。

冥界の神殿で、アテムは7つの千年アイテムを石版に納める。すると、アテムと遊戯の2人が分離して現れる。遊戯VSアテムの、それぞれの運命を決めるデュエルが始まる。アテムはいきなり「ザ･トリッキー」(攻2000) を召喚するが、遊戯は「光の護封剣」でかわし、「グリーン･ガジェット」(攻1400) を喚ぶ。序盤から手加減なしの決闘だ。遊戯は守りの要の「機動砦」を、ガジェット3体とのコンボで攻撃力3000のモンスターとして機動させる。だがアテムもトークン3つを生け贄に、ついに神を召喚する…。

アテム (ファラオ) と遊戯達は現実世界のエジプトに着く。アテムは、積年の邪念が宿った7つの千年アイテムを、自らと共に封印しようと考える。そのためには誰かがアテムにデュエルで勝たなければならない。城之内と海馬が名乗りを上げるが、「もう一人のボクに伝えたいことがある」遊戯が戦うことになる。戦いを明日にひかえて、遊戯とアテムはそれぞれの思いを胸にベストのデッキを組む。

ファラオは記憶のエジプト世界でゾークと戦う。遊戯や城之内たちが駆けつけ、ブラックマジシャンなどのモンスターを召喚してファラオを助ける。遊戯たちはファラオに真実の名を伝えようとするが、古代文字が読めない。杏子はファラオに渡したカルトューシュを思い出して…。…真実の名を知ったファラオは三幻神を喚んでついにゾークを倒す。ファラオはセトに王位を譲って、遊戯たちと別の世界へと旅立つ。

遊戯VS獏良の決闘④。遊戯はラストドローで「破壊竜ガンドラ」を召喚する。ガンドラはすべてのモンスターを破壊するという強力な特殊魔法を持つ。優しい遊戯がこれほどに凶暴なカードを選んだことは何を暗示するのか…!? 一方、ゾークの前にファラオの神もなすすべがない。神官セトは白き龍を召喚して応戦するが、ゾークに敗れる。そこに現れたのは、海馬と青眼の究極竜だった…。

遊戯VS獏良の決闘③。獏良は永続魔法「死札相殺」で、場と除外されたモンスターの数だけデッキのカードを墓地送りにして、遊戯のデッキを破壊する。ついに遊戯のデッキは残り1枚になる。一方、街ではマナから受け取った千年パズルを携えて、ファラオがゾークと対面する。ファラオは三幻神を召喚させる。神の攻撃にゾークは倒されたかにみえたが…。

遊戯VS獏良の決闘②。LPは2400対1600で遊戯が優勢。遊戯は、ブロッケンやレンガードなど数値があまり高くないモンスターで戦うが、特殊効果で大きなダメージをかわしている。だが獏良は「呪いの双子人形」で自分の墓地を消滅させ、死んだモンスター達を浮遊霊のように不気味に彷徨わせる。一方、神官団VSゾークの戦いではシモンがついにエクゾディアを召喚し、激闘が繰り広げられる。

王墓で、遊戯VS獏良が決闘する。遊戯ははじめて闇遊戯のために戦う。遊戯は、イメージしていた新しいデッキから、マシュマロン、サイレントソードマンなどを召喚する。だが獏良はデスカリバー･ナイト、死霊ゾーマなどで優位に立つ。遊戯は魔法カード「時の飛躍」で、ダメージをかわし、サイレントソードマンのレベルを上げて反撃する。一方、クルエルナで大邪神ゾークが復活し、神官団を襲う。

セトはアクナディンに、キサラを殺して白き龍の力を得て、王になるよう説かれる。それを拒否したセトを守ってキサラが息絶える。ファラオが駆けつけた時に、セトはアクナディンに心を操られる。ファラオVS正気をなくしたセトの決闘が始まる。白き龍が黒き魔術師を倒し、セトがとどめを刺そうとした時に、キサラの声がセトを正気に呼び覚ました。一方、現世のゲームマスターの闇遊戯は、自分の名前がゾーク封印の鍵であることに気づく。

盗賊王バクラとディアバウンドが復活してファラオ達の前に姿を現す。アクナディンとセトは異空間に消える。ディアバウンドに攻撃され、ファラオ達は散り散りになる。神官カリムとアイシスは、迫り来るカーを相手に苦しい戦いをする。カリムの魂のバーは極度に減り、アイシスの精霊スピリアは戦闘向きではない。ファラオを思うカリムは最後の力を神官シャダに託す。

闇の大神官の攻撃に、ハサンが登場しファラオ達を守る。ハサンは歴代ファラオの化身だ。セトは自分にも王家の血が流れていることを知る。白き龍の力を得てファラオになるよう、闇の大神官に誘惑され、戸惑う。一方、遊戯たちは空腹のボバサのために食料を探す。ボバサはお返しに、遊戯たちをファラオの本当の名が隠されている王家の谷に連れて行く。

地下神殿の戦いでバクラは負け、砂となって消えていく。しかし同時に、時が止まり、ファラオたちは身動きできなくなる。やがて、もう一人の遊戯は、ジオラマのゲーム盤と、対面して座るバクラの前で目覚める。それは、ファラオとして生きていた3千年前のエジプトが再現された、究極の闇のRPGだった。7つの千年アイテムが冥界の石版に納められたいま、ゲームは新たなステージに入った。バクラの手駒のアクナディンは、闇の大神官になる。

ファラオはブラックマジシャン、ブラックマジシャンガールと共に、バクラのディアバウンドと戦う。光の護封剣や岩石の巨兵などを使って対抗する。神官団も加勢して、ディアバウンドを攻める。しかし、クル･エルナの地下神殿は、先王を憎む死霊たちがうずまいて、バクラに有利だ。セトは千年秤でカーを融合させて、デュオスを強化させるが…。一方、遊戯たちは、「ファラオの名前を知ること」が重要だとわかる。

遊戯たちはファラオと再会し、束の間の休息をとる。神官シャダが駆けつけ、ファラオとマナとともにバクラを追ってクル･エルナ村へ行く。かつてアクナディンが千年アイテムを生み出すために生け贄にした呪われた村だ。シャダたちは襲いかかる骸骨兵士と戦う。ファラオは地下神殿でバクラと対面する。千年錘を失ったファラオは、神を召喚できない。ディアバウンドに襲われたファラオを救ったのは…!?

アクナディンは地下闘技場でキサラからカーを抽出しようとする。囚人たちのカーがキサラを襲うが、キサラは抵抗しない。セトはキサラに興味を持ち中止しようとする。セトが囚人の怒りを買い、襲われてピンチになると、キサラの体から光が放たれ、青眼の白龍が出現する。傍観していたアクナディンはファラオを倒すことを思い描く。一方、谷底に落ちたファラオは、父である前王の夢を見る…

疾走しながらファラオVSバクラの戦いは続く。デュオスを従えたセト等神官たちがファラオに加勢する。しかしアクナディンの呪いの力で、オシリスは消滅する。ファラオはまたもピンチになるが、遊戯たちの友情の力が奇跡を起こし、覚醒したファラオはラーの翼神竜を召喚する。ゴッドフェニックスでバクラにとどめを刺した、が不可解にも、時間が巻き戻される…?

古代エジプトで、その昔、神官アクナディンはクル･エルナ村の人間を生け贄にして、闇の錬金術により7つの千年アイテムを誕生させた。その時に息子セトとの関係も断ち切った。そして15年後、村の生き残りである盗賊バクラがアクナディンを襲った。逃げるバクラとディアバウンドを、白馬に乗ったファラオとオシリスの天空竜が追う。ディアバウンドが村を無差別に攻撃してきたため、オシリスは攻撃を受け止める防戦一方になる。

心の迷宮にいる遊戯たちは、ファラオの記憶の世界である古代エジプトにたどりつく。この世界では遊戯たちは存在しておらず、他人からは見えず、物にさわることもできない。同じような境遇のボバサに出会う。一方、神官セトは千年錠で民衆の心を見極めて、強力なカーを秘めている人間を連行する「カー狩り」をする。白い肌の女キサラは特に強力なカーを持っていた。

修練場でマハードとバクラは1対1の決闘をする。マハードの幻想の魔術師と、バクラのディアバウンドがぶつかり合う。マハードはもう1体のカー「シャドウ･グール」を召喚させて援撃するが、逆にディアバウンドに壁抜けの能力を盗まれる。マハードは負ける間際に、ファラオへの忠誠心のもと、ある決意をする…。一方、心の迷宮にいる遊戯は、扉の向こうに巨大な怪物を見る。

ファラオVSバクラの戦いは、ブルーアイズホワイトドラゴンの攻撃技をコピーしたディアバウンドの反撃により引き分けとなった。バクラはかつて海馬と戦った時に技をコピーしていた。一旦は引き返したバクラがまた王墓を襲う可能性は高い。魔術師で警護隊長の神官マハードは、ファラオに対する忠誠心が特に強く、一人でバクラを倒そうとする。マハードの魔術の弟子である少女マナは心配する。

遊戯ファラオの前に盗賊バクラが現れて千年アイテムを奪おうとする。神官たちがバクラのディアバウンドを石版に封印しようとするが、強大すぎて失敗する。次に神官たちは古代デュエルディスクを使って、ウェジュの神殿より精霊 (カー) を召喚する。しかしバクラも前王のカーを召喚させて反撃する。一方、残された遊戯たちは、もう一人の遊戯が見つけることができなかった真実の扉を探すために、千年パズルの中の心の迷宮に入る。

もう一人の遊戯はエジプトのピラミッドで石版に3枚の神のカードをかざして、記憶の世界へと旅立つ。意識を取り戻すと古代エジプトの王 (ファラオ) になっていた。まわりには海馬や双六に似た6人の神官がいた。神官たちは千年アイテムを使って罪人の心にすむ邪悪な魔物を見通し、抽出して、石版に封じこめるのだった。またバクラも古代エジプトで盗賊王として意識を取り戻す。

遊戯は待ち構えていた闇人格のバクラから、冥界の扉を開けばもう一人の遊戯の魂を返すことができると知る。一方、海馬のもとにもバクラが現れて闇のゲームをしかける。海馬VSバクラの決闘。バクラはディアバウンド系のモンスターの効果を巧みに使って、海馬と互角に戦う。海馬がブルーアイズを召喚すると、ディアバウンドはそれにとりついた。さらに鏡と蘇生のトラップで反撃する。バクラの狙いはゲームに勝つことではなかった…。

遊戯は双六から、数十年前にエジプトの王家の谷の王墓で千年パズルを手に入れた時の話を聞く。王墓に入った若き日の双六は、いくつもの危険なトラップをくぐり抜けて奥に進んだが、案内人の裏切りによってピンチに陥った。そこへファラオの幻影が現れ、双六を救った。次に双六が目を覚ますと、手もとには千年パズルがあった。時は現在に戻り、遊戯はもう一人の遊戯が記憶を探せるように、エジプトに行く決意をする。出発前夜に2人の遊戯は互いの絆を確かめ合う。だがその夜、3枚の神のカードと千年アイテムは盗まれる。犯人を追った先で意外な人物に出会う…

【KCグランプリ編 最終話】遊戯VSレオンの決闘③。「シュトロームベルクの金の城」に不正な細工をしたジークは、ウィルスで海馬コーポレーションのシステムを破壊することが狙いだ。無敵の金の城に遊戯は苦戦する。しかも維持コストは遊戯が支払うため、ターン毎にデッキが半減する。遊戯は「ロイヤル･ストレート･スラッシャー」の特殊効果で、レベル1から5までの5枚のカードを捨てて、城を破壊しようとするが失敗に終わる。遊戯に勝ち目はあるのか? 海馬コーポレーションは救えるのか?

遊戯VSレオンの決闘②。レオンは遊戯を尊敬しつつも、実兄のジークのため、シュレイダー家復興のために戦っていた。遊戯はレオンの童話系モンスターを連鎖的に次々と召喚するコンボに押される。そしてジークから手渡されたレアカード「シュトロームベルクの金の城」を発動させて、さらにシンデレラなどを次々と召喚する。だが密かにジークはこのカードに不正な細工をして、なかば無敵カードに改造していた。ジークの目的は…?

遊戯VSレオンの決闘①。KCグランプリの優勝者レオンと、ディフェンディングチャンピオンの遊戯とのラストデュエルが始まる。遊戯に憧れ、対戦を夢見ていた無邪気なレオンだったが、デュエルが始まると厳しい表情になり、これまでの戦いでは見せなかった新たなカードを使う。とまどう遊戯。さらに会場には再びジークが現れ、驚きの事実が明かされる…

海馬VSジークの決闘②。海馬はニーベルングの指輪により、場のモンスターの動きを封じられ、デッキのモンスターも墓地送りになり、さらにダイレクトアタックを受ける。運命を司る三姉妹のコンボで、ブルーアイズも墓地に送られる。海馬は応戦するも、ジークの新カードがそれを超える。やがてジークは海馬を恨んでいる理由を語る。しかし海馬は物ともせず、自らブルーアイズを墓地に送る作戦に出る。