【第3シリーズ 最終話】夏休みを前に浮き足立つ久美子 (仲間由紀恵) と大和 (髙木雄也) たちの前に、赤銅学院の卒業生で、学校に恨みを持つ郷田 (松田悟志) が、再び姿を現す。警察に追われた郷田は、逆恨みで3年D組を襲撃。生徒たちは暴力をうけ、教室はめちゃくちゃにされてしまう。仕返しを考える生徒たちに久美子は、無意味な争いは避けるよう諭した。しかし、郷田は再び大和、廉 (三浦春馬) らを待ち伏せ。仲間になるなら見逃してやると脅し、断った大和たちに大勢で襲い掛かる。その最中、郷田に殴られ、倒れた廉の上に資材が崩れ落ち、意識不明となり病院に運ばれて…

大和 (髙木雄也) は父･達彦 (名高達男) と仲が悪く、優秀な兄貴と比べられ続け劣等感を抱いていた。大和と廉 (三浦春馬) が達彦と街ででくわした際、達彦が大和どころか、廉のことまでバカにしたため、怒った大和は思わず達彦を殴ってしまう。苛立つ大和が足早に歩いていると、不良たちが中学生をカツアゲしようとしていた。見かねた大和は止めに入り乱闘になってしまう。そして、そのひとりが振り下ろした棒が仲間の頭を直撃し、大和は駆けつけた警察官に連行され…

『赤銅学院の怪伝説』を確かめに夜の学校へ忍びこんだ3D生徒は、名うての『学校荒し』を捕まえた。警察から表彰され、大喜びする久美子 (仲間由紀恵) と3D生徒たち。そこへ最近、学校をサボっていた村山 (夕輝壽太) たちが入ってきて「そんなのどうだっていい。ガキじゃねえんだから」と、険悪なムードに。そして、たちまち乱闘が始まった。必死に止める久美子に「どうせ卒業までのつきあいじゃねえか」仲間はほかにもいると出て行ってしまい…。

神谷 (三浦翔平) がデートの最中に、荒高の生徒たちに絡まれる。仲間がいないと何もできないとからかわれた神谷は、殴りかかっていくが、逆に一方的に殴られてしまった。警察から学校に連絡が入り、母親の美沙子 (宮崎美子) も駆けつけた。美沙子は必死で頭を下げるが、神谷は「頭なんか下げてんじゃねぇ」と辛く当たり、心配してやってきた大和 (髙木雄也) らにも「余計なお世話だ! どうせ俺は、情けない男だよ!」とはき捨て、飛び出していき…。

大和 (髙木雄也) らは、男たちがカツアゲしているところを目撃する。大和たちの制服を見た、その中の一人、郷田 (松田悟志) は赤銅学院をけなし、それに反論した6人を取り囲んだ。大和らは隙を突いて逃げ出したが、次の日郷田が実は赤銅学院を卒業した『伝説の番長』と呼ばれている男だと知り、大和たちは不安を隠せずにいた。そして、その不安は的中し、3Dの松方たちが郷田にボコボコにされ…。

3年D組は神谷 (三浦翔平) がセッティングした合コン話で大盛り上がり。しかし、倉木 (桐山照史) はうわの空で全くのってこない。放課後、気になって尾行した大和 (髙木雄也) や廉 (三浦春馬) らは、夏目総合病院で女の子と笑顔で話しているのを見つける。「誰か好きになると、何があっても相手のこと守ったる、いう気持ちになる」という倉木に、久美子 (仲間由紀恵) は「いい恋してるじゃないか。お互いがんばろう!」と励ます。

本城 (石黒英雄) の父･保 (金田明夫) が倒れて病院に運び込まれ、久美子 (仲間由紀恵) と本城は慌てて駆けつけた。保は入院することになり、本城は家の戸棚にある金を入金するよう頼まれるが、実はその一部をこっそり使い込んでしまっていて金が足りない。困り果てた本城はバイトを探し始めるが、安い時給では働く気にならず、見つけられずにいた。その時、中学時代の先輩･成田 (進藤学) と偶然会い、金を貸してもいいと言う成田から軽い気持ちで金を借りるが…。

ある日、突然、廉 (三浦春馬) の姉･薫子 (山田優) が学校にやって来る。薫子の話から、廉が学校で禁止されているアルバイトをしていることが発覚する。すぐに止めさせるという薫子に対し、廉は「家を出てひとり暮らしをする。もうアネキの世話にはならない」と言い放つ。ちゃんと話をしようとする薫子だったが、廉にその想いは届かなかった。その夜、てつから、廉がホストクラブに入っていくのを見たと聞いた久美子 (仲間由紀恵) は…。

赤銅学院周辺で集団暴行事件が多発する中、ある放課後、倉木 (桐山照史) と一緒にいた市村 (中間淳太) が、進学校･青芝高校の生徒を殴るという騒ぎを起こす。実は市村も中学は青芝中学に通っていたが、途中で落ちこぼれてしまい高校には上がれなかったのだ。久美子 (仲間由紀恵) は市村に理由を聞くが何も語らない。そんな中、3Dの吉田たち4人がバンダナで顔を隠した7人組に突然襲われて…。

相変わらず3Dは、ケンカや衝突が絶えず、バラバラだった。久美子 (仲間由紀恵) は「このクラスに必要なのは親睦と連帯感だ」と、生徒たちに“缶蹴り”をしようと持ちかけるが、もちろん、誰一人参加するものはいなかった。そんなある日、ついに、3D全員が見守る中、大和 (髙木雄也) と廉 (三浦春馬) がタイマンを張ることになった。その場に駆けつけた久美子はタイマンを止めるどころか、「素手の喧嘩なら、止める必要ない」と、声援を送り…。

私立赤銅学院高校では、手のつけられないワルばかりを集めた3年D組に手を焼いていた。教頭を勤める猿渡五郎 (生瀬勝久) は、理事長の赤城遼子 (江波杏子) から3Dをうまくまとめるよう命ぜられるが、まったく歯が立たない。そこで自分の立場が危ういと感じた猿渡は「不良たちを黙らすことのできる教師を連れてくる」と宣言し、南の島へ向かった。かつて同じ高校で教師をしていた熱血教師、ヤンクミこと山口久美子 (仲間由紀恵) を探すために…。