ライモンシティへ向け、ベルと共に旅立ったサトシたちの前に1体の“モモンガポケモン”エモンガが現れた!キバゴが落とした木の実を拾ってくれたエモンガの愛らしい仕草に、ポケモンたちもすっかりとりこ。

サトシたちは、ついにジムリーダー・アーティとのジム戦に挑む!むしタイプのポケモンの使い手であるアーティが、緑一杯のジムでお出迎え。そんなアーティが最初にフィールドに送り出したポケモンはイシズマイ!

ようやくたどりついたヒウンシティ。イッシュ地方の中心と呼ばれる街なだけに、巨大なビルが立ち並んでいる。サトシの目当てはアーティとのジム戦...だったが、街で出会ったアーティはジム戦どころではないという。

ヒウンシティへと続く巨大な橋・スカイアローブリッジを前にするサトシたち。だが、橋には霧がかかっていて見通しが悪い。先を急ぎたいサトシたちが橋を渡り始めると、霧の中からあるポケモンが現れる。

孵化したばかりのズルッグと特訓中のサトシとピカチュウ。一息ついたその時、トンネル状の落とし穴に落ちてしまう。そこには、いつかのサングラスをかけたメグロコがおり、ピカチュウをおびき出したようだ。

ヒウンシティへ向かう道中、新たにオープンしたフレンドリィショップを発見したサトシたち。中に入ると、公認ポケモンソムリエ・カベルネがトレーナーとポケモンをテイスティングしてくれることがわかる。

次なるジムがあるヒウンシティへ向けて旅を続けるサトシたちは、ヤグルマの森で、さいほうポケモン・クルミルに出会う。負けん気が強いクルミルのゲットに燃えるサトシだったが森の奥で迷ってしまう。

幼稚園の先生・ユリを助けた時にもらったタマゴに異変が発生する。カタカタと揺れながら光るのだ。キバゴは新しい仲間が増えて嬉しいのか、熱心にその様子を見守っている。いよいよタマゴがかえるかという時...。

2個目のバッジを懸けたアロエとのジム戦。しかしサトシは、“ほえる”と“くろいまなざし”のコンビネーションの前に敗れてしまう。リベンジに燃えるサトシは、バトルクラブでドンジョージの特訓を受けることに。

博物館の奇妙な謎を解決したサトシたち。ジムリーダー・アロエとも出会い、いよいよ待ちに待ったジム戦ができそうだ。だが、フィールドにたどりつくには、アロエが出すミッションに答えなければいけないらしい。

ついにシッポウシティに到着したサトシたち。シッポウジムで勝利して2個目のバッジをゲットすることを目指していたが、博物館を兼ねたシッポウジムの扉は固く閉ざされていて、しかも何だか様子がおかしかった。

シッポウジムに向けて旅を続けるサトシたち。そこに突然1人の少女・ベルがぶつかってきた。彼女はアララギ博士に頼まれて、サトシにバッジケースを渡しにきたのだという。サトシは上機嫌になるが...。

旅の道中、三輪車に乗った子供たちが現れ、突然泥だんごを投げつけてきた。直撃されたサトシたちの横を大はしゃぎで通り過ぎる子供たち。さらに、その軍団の中にいた、ゴミぶくろポケモン・ヤブクロンが...。

シッポウシティへ向け旅を続けるサトシたちは、その道中、岩を削り家を作っている、いしやどポケモン・イシズマイに出会った。珍しい光景を眺めていると、そこに新たに3匹のイシズマイが現れる。

シッポウジムを目指して旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、ポケモンバトルクラブを発見。サトシが対戦相手を探すと、シューティーの姿があった。急いでバトルを申し込み、サトシは予期せぬ再戦に熱くなる。

アイリスとキバゴ、デントとヤナップ。2人はバトルの練習に励む。だが、まだまだパワー不足なキバゴにヤナップも手加減して技を繰り出す。アイリスは、少しずつ強くなればいいとキバゴに優しく語りかける。

次の目的地へ向かう途中、ポケモンたちと一緒に川辺でランチを取るサトシたち。その時、ピカチュウとキバゴのポケモンフーズがなくなってしまった。辺りを見回すと、だるまポケモン・ダルマッカ2体が現れる。

共に旅をすることになったサトシ、アイリス、デントが森で一休みしていると、そこに、くさへびポケモン・ツタージャが現れ、デントが作ってくれたケーキを食べてしまった。ピカチュウが慌てて止めようとするが...。

ジム戦を終え、ポケモンセンターでポケモンたちの疲れを癒やしていたサトシたち。するとそこに大慌てでキバゴを抱いたアイリスが駆け込んできた。眠ってしまったキバゴがどうやっても起きないらしい。

サンヨウシティで、イッシュ地方初のジム戦を前に興奮を抑え切れないサトシの前に、青年・デントが現れる。デントは、ポケモンソムリエという資格を持っており、トレーナーとポケモンの相性などを判断でき...。

サンヨウシティに向かう途中でサトシたちは、ある施設を見つける。それは「ポケモンバトルクラブ」で、トレーナーが自由にバトルできる場所だった。出迎えてくれたクラブの支配人、ドン・ジョージと話していると...。

最初のジムがあるサンヨウシティを目指すサトシ。その道中、少年・ダンに出会う。彼の家には自慢の砂風呂があるらしい。早速入らせてもらうと、砂のあちこちに、さばくワニポケモン・メグロコの姿があり...。

ピカチュウの身に起きた異変に戸惑いながらも、イッシュ地方の旅に出ることにしたサトシたち。この地方のポケモンをゲットしようと森の中を進んでいくと目の前の草むらが揺れているので図鑑を向けてみると...。

未知なるものに出会うため、新たな冒険の地・イッシュ地方に降り立ったサトシとピカチュウ。そこに、この地方のポケモン研究の権威・アララギ博士が現れ、早速研究所に向かおうとしたのだが、突然雷鳴が響き渡り...。