サトシたちはポケモン専門のカメラマン、ポケモンフォトグラファーのロバートと出会う。ロバートは祖父が撮ったという、四季それぞれの姿をした“きせつポケモン”のメブキジカの写真をサトシたちに見せてくれて...。

サトシたちは、とある町で“サボテン”ポケモンのマラカッチらトリオ・ザ・マラカッチと、そのトレーナー・トビオと出会う。トビオとトリオ・ザ・マラカッチは、腕試しでこの町の大会に参加しようとしていると言う。

サトシたちは、パフォーマーストリートでライバルのシューティーと再会する。シューティーは子供の頃にイッシュリーグチャンピオンのアデクと出会い、強いポケモントレーナーになる決意をしたのだと言い...。

ジム戦を終えたサトシたちは、ライモンシティで1日を過ごしていた。メトロソムリエのデントは、全てスタンプを集めるとサブウェイマスターと試合ができるというサブウェイ・スタンプラリーをすることに。

カミツレとのジム戦を前にして対策を練るサトシ。カミツレの強力な電気タイプのポケモンに対抗するため、カミツレのポケモンにダメージを与えにくいピカチュウを外してジム戦のメンバーを立てることにする。

4個目のジムバッジをゲットしようと、ライモンジムにやってきたサトシたちとベル。ライモンジムは、電気タイプのポケモンを操るカミツレがジムリーダーを務めているといい、ベルは早速ジム戦に臨もうとするが...。

地下鉄を使って逃走するロケット団を追って、サトシたちとサブウェイマスター、ノボリ・クダリ兄弟の追跡が始まった。サトシたちは、何とかロケット団が乗った幽霊列車の行き先を絞り込むことに成功し...。

ライモンシティに到着した一行は、地下鉄でポケモンセンターへ向かうことに。地下鉄の運転席を凝視していたデントだが、列車は緊急停止する。窓の外の様子をうかがうと、隣の線路を見たこともない車両が通り過ぎ...。

嵐のせいで荒れた山道を進んでいると、“ひょうけつポケモン”のクマシュンが倒れていた。クマシュンの元気を取り戻すために食べ物を探すサトシたちだが、いきなり“とうけつポケモン”のツンベアーが現れ...。

日暮れを迎えた一行はキャンプの準備を始め、ニャースはまきに良さそうな木の枝を探すことに。なかなか見つからないまきを探していると、“ブレインポケモン”のオーベムが現れてまきの束を差し出してくれて...。

ひょんなことから一緒に旅をすることになったニャースと旅を続けるサトシたちは、1匹のチョロネコと遭遇する。“しょうわるポケモン”のチョロネコのかわいらしさに、ニャースとミジュマルが夢中になってしまい...。

サトシたちは次のジムのあるライモンシティに向けて旅を続けていたが、ぼろぼろになって倒れているロケット団のニャースと遭遇する。サトシたちの手当てのおかげで、ニャースは意識を取り戻し...。

着々と勝ち上がったサトシは決勝戦へ。続く準決勝第2試合はアイリスVSルーク。大会での初バトルに臨んだアイリスのキバゴは、ルークのゴビットの連続攻撃から、逃げるほかに術がないピンチに追い込まれる。

ライモンタウンのポケモンバトルクラブのドン・ジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」。サトシは2回戦でドラゴンバスター・ラングレーと激突し、絶体絶命のピンチに追い込まれる。

ドン・ジョージ主催のバトル・トーナメント「ドンバトル」がいよいよ始まった。カベルネと対戦したサトシは、ガマガルの活躍で1回戦を勝ち抜いた。ラングレー、アントニオ、サトシに続き、2回戦に進めるのは...?

サトシたちは、ドン・ジョージ主催のバトル大会「ドンバトル」へ出場するため、ルークと共にライモンタウンへやってきた。そこには、今まで旅で出会ったたくさんのトレーナーたちが集まっていた!

サトシたちが立ち寄った映画館に、“わるぎつねポケモン”ゾロアが現れた!映画のヒロインに化けるのが大好きなこのゾロアを主役に、トレーナー・ルークの誘いを受け、サトシたちも一緒に映画を作ることに!

旅を続けるサトシたちのもとに、またもや騒がしいアノ人が...。ものすごい勢いでぶつかられたサトシは川の中へ。ペコペコと頭を下げる少女・ベルだ!釣り大会にエントリーするため、急いでいたのだという。

サトシたちはアララギ博士とマコモ博士に再会。2人は「はねのかせき」から“さいこどりポケモン”アーケンを復活させようとしていた。巨大なマシンにかせきを入れ、ムシャーナのエネルギーで力を高めていくと...。

旅を続けるサトシたちは、深い霧の立ち込める森の中で迷子になっていた。すると目の前に人影が...。道を尋ねようと近づくと、そこにいたのは“ヒヤリングポケモン”タブンネ!だが、何やらいつもと様子が違う。

ライモンシティへ向け旅を続けるサトシたちは、とある森で休憩中。そこに、1体の“マントルポケモン”ダンゴロが現れて大暴れ!ゲット心に火が付いたサトシは早速ミジュマル・ポカブでバトルをするが...。

ライモンシティへ向かう途中、突如立ちはだかる少女・ラングレー。お目当ては竜の里出身のアイリス!ラングレーは「ドラゴンバスター」と呼ばれるこおりタイプの使い手で、アイリスを待ち伏せしていたらしい。

ミジュマルの思わぬ弱点「水の中で目を開けられない」という事実を知ったサトシ。早速特訓をするため、大きな池のある場所にやってきた!ほかの仲間たちをアイリスに預けて、つきっきりで特訓するサトシだったが...。

旅を続けるサトシたち。ランチタイムにふとしたことから、ガマガルをゲットしようと“しんせつポケモン”バニプッチでバトルをしていたシューティーに遭遇!だが、サトシのせいで逃げられてしまう。

ライモンシティへの長旅に備えて眠っているサトシたちのもとに、突如謎の飛行物体がものすごい光を発しながら飛んできた。その動きはUFOのよう...。夜が明け、サトシたちは謎の飛行物体の情報を聞いて回ることに。

サトシたちがバトルの特訓をしていると、1体の“わたたまポケモン”モンメンが現れた。この時期になるとモンメンは集団で行動し、カップルになって飛び立っていくというが、このモンメンは群れからはぐれたようだ。

ライモンシティへ向けて旅を続けるサトシたちの前に“たいでんポケモン”シママを連れたトレーナー・ケニヤンがバトルを挑んできた!このバトルに名乗りを上げたのは、何とみずタイプのミジュマル!

森の茂みの中からポケモンの雄叫びが聞こえてきた。その声の主は“ほらあなポケモン”クリムガンで、いきなり「きあいだま」で攻撃を仕掛けてきた!慌ててかわすサトシたち。すると1人のトレーナーが現れて...。

ライモンシティを目指すサトシたちは、急な雨に遭い雨宿りできる場所を探していた。何とか丘の上の洋館にたどりついたサトシたちは、少しだけ休憩させてもらうことに。だがその時、棚や花瓶がひとりでに動き出し...。

ゲットしたエモンガと早速バトルの特訓を始めるアイリス。しかし、いざベルのチラーミィとのバトルになると、指示も出していないのに「ボルトチェンジ」でほかのポケモンと入れ替わってしまう!