一進一退の攻防が続くタチワキジム:ジム戦。“メガムカデポケモン”ペンドラーに対し、サトシは“ひぶたポケモン”チャオブーで挑む。相性の良さを活かして、有利にバトルを進めるサトシだったが...。

イッシュリーグ出場を懸けた8個目のバッジゲットのために、ついにタチワキジムの門をくぐったサトシ。ジムリーダーはスーパーパンクバンド、ザ・ドガースのホミカで、ジムはライブ会場兼バトルフィールドだった。

ついにジムがある港町へ到着したサトシたち。デントによると、古くから映画の撮影所があり、最近では映画のアミューズメントパークも完成したという。そこで偶然、ルークと“わるぎつねポケモン”ゾロアと再会し...。

船着き場へ向かうサトシたちは、偶然ドラゴンバスター・ラングレーと“ブリザードポケモン”バイバニラに出会う。ラングレーは「ポケモンの能力を高めるコケ」をもらうために、テッシード研究所へ向かう途中だった。

残り1個のバッジをゲットするため、ソウリュウジムへ出発する準備をしていたサトシたち。すると、デントを探していたという男が現れ、3人は突然車の中へ押し込まれてしまう。サトシたちはハットリ邸に到着するが...。

7個目のバッジをゲットするため、セッカジムの門を叩いたサトシ。ジムリーダー・ハチクはこおりタイプのポケモンの使い手だ。“ひょうせつポケモン”バニリッチに対するは、こおりタイプと相性の悪いワルビル。

セッカシティ近くの山を旅するサトシたち。崖から岩が落ちてきたところを、ハチクと“とうけつポケモン”のツンベアーに救われる。実は彼らは、有名な映画「氷の三部作」に出演していた映画界の大スターだった。

アスチルベタウンのバトルクラブで一休みをするサトシたち。そこで出会ったスワマという少年は、サトシのポカブの元トレーナーだった。「バトルの才能がない」という理由でポカブを捨てたスワマは...。

ロケット団は、時の門から過去の世界にタイムスリップすることを計画していた。絶滅したとされる過去のポケモンたちを大量にゲットし、戦力を増強させてイッシュ地方の征服を目論んでいたのだった!

セッカシティに向かう途中、迷子になってしまったサトシたち。何かを打つ音がする方向を頼りに歩いた先で、フジオと出会う。興奮した様子のフジオは“こだいがめポケモン”プロトーガの化石を発掘したのだった。

セッカシティに向かうサトシたち。サトシのクルマユ、アイリスのエモンガのバトルの練習中に、何とクルマユが“こそだてポケモン”ハハコモリに進化する。ハハコモリは、挨拶代わりに葉っぱで服を作る習性を持つ。

ますますヒートアップする肉弾戦バトルトーナメント・ドンナマイト。準決勝対戦カードは、ベルのエンブオーVSケニヤンのダゲキ。パワーが持ち味のエンブオーに対するは、スピードのダゲキだが...。

熱闘が続く肉弾戦バトルトーナメント大会・ドンナマイト。1回戦最後のバトルでは、ベルのエンブオーとシューティーのローブシンが激突、最終進化形同士の対決となった。エンブオーはローブシンに苦戦を強いられ...。

ポケモンバトルクラブ、ドン・ジョージ主催のバトルトーナメント・ドンナマイト。白熱する第1回戦、アイリスはドリュウズをパートナーに選び、ポケモンソムリエール・カベルネのフタチマルを迎え撃つ。

サトシたちはトアルタウンで開催されるバトル大会・ドンナマイトに参加することに。主催者のドン・ジョージは、かくとうタイプのポケモンが多く参加する肉弾戦で有名だ。そこでサトシはズルッグをパートナーに選ぶ。

セッカシティに向かうサトシたちは、偶然ケニヤンと再会。そこで「願いの鐘祭り」があることを知り、全員で参加することに。その祭りとは、パートナーポケモン1体とペアになり、さまざまな競技を勝ち抜くもので...。

デントのバトルでの説得も空しく、エアバトルに自信満々のフウロ。同じくエアバトルに疑問を抱くサトシがジム戦を挑む。サトシのハトーボーに対し、フウロは進化系の“プライドポケモン”ケンホロウで迎え撃つ。

ついにフキヨセシティに到着したサトシたち。フキヨセジムのジムリーダー・フウロのもとへ向かったが、ジムは完全予約制。エアバトルといわれるバトルが行われるといい、サトシは早速、午後の部を予約する。

突如“ずつきうしポケモン”のバッフロンに襲われたサトシたち。何とか逃げ切るが、アイリス、ポカブ、ミジュマル、ツタージャ、キバゴはサトシたちとはぐれてしまう。アイリスたちはジョーイとタブンネに出会い...。

サトシたちの前に突如現れたサングラスをかけたワルビル。ピカチュウをライバル視するワルビルは、サトシたちをずっと追いかけてきていた。そんななか、サトシは少年・ニックにピカチュウを貸してほしいと頼まれる。

フキヨセシティへ向け旅を続けるサトシたちは、伝説のポケモンの研究者・アララギ博士の父と出会う。そして博士から、かつて伝説と呼ばれしポケモン・ゼクロムと英雄が交信していたという遺跡の探索にいくと聞き...。

ベルの“マイマイポケモン”のチョボマキとアララギ博士の“かぶりつきポケモン”のカブルモを通信交換させる瞬間に立ち会うことになったサトシたち。ところが、ベルのチョボマキは、臆病な性格で...。

フキヨセシティに向けて旅を続けるサトシたちだが、途中でピカチュウが“くっつきポケモン”のバチュルに電気を吸い取られてしまう。ピカチュウを助けようとしたマッギョとエモンガも同様に電気を吸い取られ...。

ミロス島で無事復活草を手に入れたサトシたちは、ホドモエジムのジムリーダー・ヤーコンとやっとジム戦ができることになった。幼い頃から鉱山をポケモンと一緒に広げてきたヤーコンは、自信たっぷりで...。

復活草を求め、豊穣の神“ほうじょうポケモン”のランドロスに祈る雨乞いの儀式をすることにしたサトシたち。しかし、風の神“せんぷうポケモン”のトルネロスと雷の神“らいげきポケモン”のボルトロスが現れ...。

ミロス島に着いたサトシたちは、復活草をドレディアに協力して取ってきてもらっている青年・ユウトと出会う。ユウトによると、最近くさタイプのポケモンの元気がなくなり、復活草も枯れてしまっているという。

ホドモエジムでのヤーコンとのジム戦に向け、特訓に燃えるサトシ。だが、その前にデントの兄弟でサンヨウジムのジムリーダーのポッドが現れた。ポッドは修行の成果を知るため、ポケモンバトルをしたいと言い出す。

ホドモエシティに到着したサトシたちは、ジムの再開を待つ間、ホドモエのマーケットを散策することに。一行はバイク乗りのチャールズとその相棒“からぬけポケモン”のアギルダーと出会い、案内をしてもらうが...。

ホドモエシティへと旅を続けるサトシたちは、途中でポケモンの育て屋・ボビーと、3匹の“そぼうポケモン”のモノズと出会う。3匹のモノズたちは、初めて育て屋に預けられトレーナーを探すために脱走したという。

ホドモエシティを目指す旅の途中、サトシたちは1体のゴチムとそのトレーナーのコハルと出会う。だが、コハルはわがままな“ぎょうしポケモン”のゴチムの言いなりになってしまっているトレーナーだった。