観客を救うために攻撃を受け、ボロボロになったセイウチンは、クリオネマンの体内に閉じ込められてしまう。息もできず苦しむセイウチンに、容赦ない攻撃を加え、クリオネマンは勝利をおさめる。あまりにも非情なやり方に密かに闘志を燃やす万太郎は、キッドと共に、仲間の仇を討つためにリングに上がる。

伝説超人･ブロッケンJr.の必殺技である「ベルリンの赤い雨」で、ジェイドはガゼルマンを粉砕した。その頃、Bブロックでは、セイウチンがゼリーのような体のクリオネマンに苦戦していた。クリオネマンは海水で満たされた自らの体内に、セイウチンを取り込んでしまう。絶体絶命と思われた、その時…。

1期生と2期生の入れ替え戦が始まった。第一試合は、セイウチン対クリオネマンと、ガゼルマン対ジェイドの同時進行だ。華麗な動きを見せるクリオネマンだが、セイウチンのパワーとテクニックに押され気味。一方のガゼルマンは、訓練を怠っていたことから、スタミナ切れを起こしてしまう。

地球の人々が平和な日々を満喫していた頃、ヘラクレス･ファクトリーでは、新たな卒業生･ジェネレーションEX (エクセレント) が誕生していた。本来なら新世代超人の代役だが、委員長は万太郎たち4人が遊び呆けていることに怒り、彼らと1期生との入れ替えを、独断で決定しようとする。

d･M･pが崩壊し、悪行超人たちは姿を消した。こうして地球にひと時の平和が訪れる。万太郎、キッド、ガゼルマン、セイウチンの4人は、平和な日々を満喫し過ぎている様子。訓練もせずに遊び呆けている。そんな時、万太郎は偶然、街で凛子と出会う。ミートと一緒に家を訪ねると、そこには思いがけない人物がいた。

今まで無傷だったチェックメイトの肉体に、突如として異変が生じる。蓄積したダメージが現れ始めたのだ。精神的には攻撃を感じなくても、物理的には少しずつ負荷を受けていた。認めようとしないチェックメイトは、最後の勝負に打って出る。その時、ピンチの万太郎に、代々受け継がれてきた伝説の力が現れた!

チェックメイトの猛攻になすすべもなく、マットに沈む万太郎。正義超人への積年の恨みを晴らせると、サンシャインは歓喜の涙を流す。だが、好機を前にチェックメイトは動きを止める。そして、正義超人に敗れたのは悪魔超人が弱いからだと言い放ち、サンシャインに反逆の一撃を浴びせる!

珍しく快調な試合運びを見せる万太郎だったが、チェックメイトはまるでダメージを受けていなかった。彼には「痛い」「苦しい」などのネガティブな感情が、一切存在しないのだ。形勢は一転、チェックメイトが圧倒的な有利となり、必殺技のチェス･ピース･チェンジに万太郎は苦しめられる。だが…。

レックスキングが倒れると、もうひとりのナイトメアズが姿を現した。その名はチェックメイト。丁寧な言葉遣いと裏腹に、恐るべき力を秘めた悪魔超人だ。チェックメイトから試合を挑まれた万太郎は、恐れをなして逃げ出してしまう。だが、テレビで行われていた人気投票の結果を見ると、心境に変化が生じ…。

キッドはレックスキングとの戦いを有利に進めながら、サンシャインの策略に惑わされて何度も勝機を逸してしまう。だが、戦いを続けるうちにどうにか冷静さを取り戻し、反撃開始。するとサンシャインは、レフリーとしてマットに上げた万太郎に攻撃を始める。そうすることで、キッドの精神を乱そうというのだ!

ついに新世代超人とナイトメアズの試合が始まった。新世代超人の一番手･キッドの相手は、ナイトメアズのナンバー1ことレックスキングだ。サンシャインが提案した特別処置によって、万太郎がレフリーを務めることに。生真面目でおだてに乗りやすい万太郎は、キッドに不利な判定を続けてしまう!

万太郎が戦っている間に、d･M･pの別働隊が大阪を襲った。指揮するのは、キン肉マンと戦った悪魔六騎士のひとり･サンシャインだ。サンシャインが育てたふたりの悪魔超人･ナイトメアと戦うために、万太郎とミートは大阪に向かう。早めに着いた万太郎たちは、大阪名物を味わうために串揚げ屋に入るが…。

MAXマンは、かつてキン肉マンに敗れたスニゲーターの孫だった。一族の恨みを背負って戦うMAXマンの迫力に、万太郎とミートは恐れをなしてしまう。もはやこれまでとリングに倒れる万太郎に、MAXマンは勝利を確信。だが、MAXマンはあまりにもスニーカーになりきっていた。それに気付いた万太郎は…。

万太郎はテルテルボーイとのデビュー戦に何とか勝利。だが、d･M･pの二番手MAXマンが、間髪入れず挑戦してきた。負傷している万太郎は、すぐに戦える状態ではない。そこでセイウチンが、代わりにリングに上がることになる。隠れた実力者のセイウチンは優勢に試合を進めていたが、MAXマンは卑怯な手段で逆襲する!

トラウマボイスの必殺技で万太郎を追い詰めたテルテルボーイは、とどめを刺すにふさわしい人物を用意した。万太郎の父親･キン肉マンだ。だが、父親を甘く見ている万太郎にとって、キン肉マンはもっともくみしやすい相手。予想を裏切られたテルテルボーイは、一気に劣勢に追い込まれる。しかし、油断した万太郎は…。

万太郎は、悪行超人軍団d･M･p (デーモン･プラント) の刺客第1号･テルテルボーイと戦うことになった。ミートのアドバイスで序盤は有利に試合を進めるが、テルテルボーイが電話をかけた瞬間、状況は一変する。テルテルボーイには対戦相手の苦手とする人物に電話をかけ、その人物になりすます必殺技があったのだ!

地球に派遣されたものの、万太郎の担当は美波里公園の中だけ。東京担当のガゼルマンからは、公園の外には一歩も出るなと言われてしまう。くさっていた万太郎は、ロビンマスクの息子･ケビンマスクと出会う。正義超人とは思えない異様な雰囲気のケビンに、ミートは不安を隠せない。後日、彼の予感は的中する。

万太郎の対戦相手は、父親のキン肉マンだった。周囲は運命の皮肉を感じるが、当の万太郎は余裕たっぷり。彼はキン肉マンのことを、ドジで間抜けな父親としか見ていなかったのだ。かつての激闘を知らない万太郎は、父親はインチキで勝ち続けたとまで言う始末。だが、キン肉マンの技術は年老いても衰えてはいなかった!

ヘラクレス･ファクトリーでの特訓は厳しく、若き正義超人たちは次々に脱落してしまう。卒業を迎えられたのは、わずか20名だけ。その中には、万太郎やキッドも含まれていた。喜ぶ新世代正義超人たちだったが、まだ卒業試験が残されている。ニュー･ジェネレーションを名乗るには、伝説超人と戦って勝たねばならないのだ!

火事場のクソ力に目覚め、キン肉バスターを放った万太郎は、自分自身に秘められた力に驚く。その万太郎の前に、若き正義超人を鍛え上げる訓練学校･ヘラクレス･ファクトリーへと向かう宇宙船が現れた。乗り込んだ万太郎に、テリーマンの息子テリー･ザ･キッドだけは憎悪の目を向けていて…。

キン肉マンの活躍で平和になった地球に、悪行超人が侵略を開始した。立ち向かう伝説超人 (レジェンド) だったが、新世代の悪行超人たちは若く鍛え上げられていた。惨敗した伝説超人たちは、自分たちも若き正義超人を育てようと思い立つ。彼らが最初に白羽の矢を立てたのは、キン肉マンの息子･万太郎だった!