【最終話】巨大で凶悪な姿へと変身を遂げたバロンは、必殺技バロン･トルネード･ボムで万太郎をマットに沈める。誰もが万太郎の敗北を確信するが、彼は意識を失いながらも立ち上がる。万太郎の不屈の闘志に激励を送る正義超人の仲間たち。そして凛子たちも万太郎コールを送る。友情と愛に正義の心が加わったとき、奇跡が起こる!

犀暴愚を倒したものの、ケビンはリングアウトで失格となってしまう。リングに残されたのは、万太郎とバロン･マクシミリアンの二人だけになった。最終決戦となったふたりの戦いは、スピードで勝るバロンが圧倒的な優位に立つ。何とかバロンを捕らえた万太郎は、勝負を接近戦に持ち込むが…。

凛子の命をかけた、正義超人と最凶悪行超人の最終決戦が始まった。ケビンとザ･犀暴愚の戦いは、実力で勝るケビンが犀暴愚を圧倒。だが、鋼鉄の鎧で身を固めた犀暴愚は、必殺技のグレイトサイクロンで主導権を取り戻す。追い込まれたかに見えたケビンだったが、実は何もかも計算し尽くして試合を進めていた!

リングアウトして池へと落ちたセイウチンを、カエルーンは罠を仕掛けて溺れさせようとする。だが、セイウチンは母の言葉によって罠を切り抜け、リングに戻ってきた。するとカエルーンは、その母と妹のドロシーを狙って池に落とす。泳げずに池の中へと沈んでいく母と妹を、セイウチンは救出することができるのか!?

第二試合はカエルリングで行われることになった。リングに上がったガゼルマンとセイウチンの相手は、プリプリマンとエル･カエルーン。その姿からプリプリマンを甘く見ていたガゼルマンだったが、巧みな話術で戦意を奪われ、一方的に攻撃を受けてしまう。それもそのはず、プリプリマンには恐るべき秘密があったのだ。

正義超人軍の先鋒は、キッドとジェイド。最凶悪行超人軍に指名され、ダズルとザ･プロテクターを相手に戦うことになったのだ。ダズルの挑発に乗り、幻術の世界へと誘い込まれてしまったキッド。ひとり残されたジェイドも、強じんな体をもつプロテクターに苦戦する。二人のピンチを救うため、万太郎が奇策を実行する。

予選が終了し、決勝トーナメントに出場する12人が決まった。組み合わせ抽選会が行われている会場に、突如、万太郎と同じ格好をした6人の超人が乱入してくる。6人は凛子とたまきと恵子を人質に取り、最凶悪行超人軍を名乗って正義超人に宣戦布告してくる。そうして人質の命を賭けた試合が、富士の樹海で始まった!

キッドとジェイドは、第二次予選「ビーチフラッグスでイエイ」の最終組で激突することになった。優勝候補同士の激突に盛り上がる観客は、二人に惜しみない大声援を送る。いよいよ始まった戦いは、全くの互角。だが、キッドは子供が海で溺れているのを目にする。皆は競技に夢中で、誰ひとりとして気付いていない!

ついに開幕した超人ワールドグランプリ。華やかな入場行進も終わり、第一次予選がスタートする。競技内容は、何と「あっちむいてホイ」だった。万太郎の対戦相手として現れたのは、かつて二度も超人ワールドグランプリ初戦でキン肉マンに敗れたカニベース。キン肉王家への雪辱に燃えるカニベースだったが…。

万太郎は、超人ワールドグランプリ日本代表を決める決勝戦に飛び入り参加することになった。対戦相手は農村マンだ。火事場のクソ力チャレンジを勝ち抜いたことから、余裕を見せる万太郎。だが、農村マンは病気の家族のために戦う、ハングリー精神の塊のような超人だった。凄まじい気迫に、万太郎は追い詰められてゆく。

ハラボテが宇宙超人委員会の委員長を辞職。後任は息子のイケメンが勤めることになった。イケメンは超人委員会の復権のため、長年開かれていなかった超人ワールドグランプリの開催を決める。知らせを聞いたキッドたちは、国内予選に参加するため帰国していった。万太郎だけは、全く興味を示さずにいたが…。

ミンチは死んだと思われていた、ミートの実の父親だった。父の死を目の当たりにしたミートは泣き崩れ、万太郎のセコンド役を放棄してしまう。万太郎の危機を救おうと、代わってアドバイスを送るのは、キッドとチェックメイト。一方、ミンチの遺体から離れようとしないミートの前には、思いがけない人物が現れる。

万太郎はミートのアドバイスでピンチを脱出。それを見たボーンは、ミートの頭脳を封じるため、人質にしたミンチを殺されたくなければアドバイスをやめるよう脅迫する。ミンチの命を救うべきか? 万太郎の危機を救うべきか? 思い悩み、パニックに陥るミート。そんな彼を、ミンチが叱咤する。

3人目のノーリスペクトに呼ばれ、万太郎たちがやって来たのは沖縄のビーチだった。万太郎たちはレジャー気分で遊びだすが、恐るべき罠が用意されていた。突如として現れた最後のノーリスペクト、ボーン･コールドに、ミンチが連れ去られてしまったのだ。しかもボーンの用意したリングのマットは、石で作られていた!

ハンゾウにリングのロープをすべて切られ、万太郎は必殺技であるマッスルミレニアムを封じられてしまう。そのうえ、ハンゾウに必殺技の傀儡人形を使われ、完全に戦意を喪失してしまう。ハンゾウに顔を奪われるところを無意識のフェイスフラッシュで防いだものの、リング下の奈落に突き落とされ…。

ザ･ニンジャが死んでゆく姿を見た万太郎は、恐怖のあまり試合を放棄して閉じこもってしまう。だが、霊体となったザ･ニンジャの励ましで万太郎は恐怖を振り払い、形見の襟巻きを身につけてリングに向かう。そしてハンゾウに対峙した万太郎は、マットを畳にした畳リングデスマッチを申し込む。

フォークとの戦いに勝利した万太郎は、火事場のクソ力を構成する三大要素のうち、「寛容」を手に入れる。次なるノーリスペクトの挑戦を受けて、京都へとやって来た万太郎。対戦相手ハンゾウの前に現れたのは、伝説超人のザ･ニンジャだった。ニンジャにとってハンゾウは、許すことのできない仇敵だったのだ。

フォーク･ザ･ジャイアントとの戦いは、監獄デスマッチの形式で、お互いの持つランタンを手に入れて勝利を宣言するというもの。巨体のフォークに苦戦する万太郎だったが、犠牲になった人たちのことを思うと、いつも以上に闘争心が燃え上がる。思わぬ人物も試合を観に訪れていて…。

キン肉星に呼び出された万太郎は、長老たちから忠告を受ける。今までのように相手の攻撃を受けながら戦っていては、近い将来、体がボロボロになってしまうというのだ。そこでキン肉族が持つ火事場のクソ力を強化するべく、万太郎は3人の超人と戦うことになる。その3人とは…。

スカーフェイスの猛攻にさらされる万太郎だが、キン肉バスターに変わる新必殺技のビジョンを次第につかみつつあった。だが、度重なるチャンスも生かすことが出来ず、新必殺技も不発に終わってしまう。そして、スカーフェイスの必殺技･アルティメットスカーバスターの体勢に固められてしまい…。

ケビンマスクの告白により、スカーフェイスの正体が暴かれる。彼こそ悪行超人マルスだったのだ。しかし委員長は試合続行を宣言。本性を現したスカーフェイスは、気絶した万太郎に容赦なくとどめを刺しにかかる。だが、意識のないまま、万太郎は攻撃をかわす。それは、ジェイドのドクロの記章が起こした奇跡だった。

序盤から速攻をかける万太郎だったが、スカーフェイスのパワーの前には通用しない。圧倒的な力の差を前に、万太郎はマットに横たわり、戦意を喪失してしまう。容赦なく攻撃を仕掛けるスカーフェイス。だが、これは万太郎の仕掛けた罠だった。万太郎は一気に、スカーフェイスをキン肉バスターの体勢にとらえる!

決勝戦も近いある晩、万太郎たち1期生の前にスカーフェイスが現れる。試合前の万太郎を気遣い、セイウチンとガゼルマンがスカーフェイスに挑むが、返り討ちにあって倒れてしまう。スカーフェイスの思惑通り、意気消沈する万太郎。しかし凛子の思わぬ一言が、万太郎にふたたび闘志をみなぎらせる!

トラウマから立ち直ったブロッケンJr.のアドバイスによって、ジェイドも復活。一転して猛攻を開始する。それでも余裕を見せるスカーフェイスは、ウソの情報を与えてジェイドとブロッケンJr.の関係を断ち切る。そして怒りに我を忘れて攻撃が単調になったジェイドを捕らえると、命綱とも言うべき右腕を破壊する!

準決勝の第二試合は、ジェイド対スカーフェイスという2期生同士の戦いだ。考え方がまるで異なる両者は、試合前から激しい火花を散らしている。試合直前、スカーフェイスはジェイドにデスマッチを要求してきた。挑発に乗ったジェイドだったが、マットをコンクリートに変えた瞬間、ブロッケンJr.の表情が一変する。

万太郎の反撃が始まった。対するクリオネマンは、冷気で周りの海ごと万太郎を凍らせるという荒業に出る。またしてもクリオネマンの体内に閉じ込められた万太郎は、ダメージの蓄積もあり、次第に意識を失ってゆく。だが、微かに聞こえてきた1期生たちの声援が、闘う魂をよみがえらせる!

重傷を負い、生死の境をさまよう1期生の姿を見て、万太郎はいつも以上に闘志をみなぎらせる。勢いに押されるクリオネマンだったが、海上デスマッチという自分に有利な試合形式を生かして、万太郎をリング外の海へと叩き落とす。泳げない万太郎は、ただもがくことしか出来ない。絶体絶命のピンチを救ったのは…?

入れ替え戦一回戦を勝ち抜いた4人による、準決勝前のセレモニーが始まった。1期生でただひとり残った万太郎は、強者ぞろいの2期生に逃げ腰だ。ジェイドの姿は会場になく、その代わり、伝説超人のブロッケンJr.が現れる。ジェイドとの関係を尋ねられたブロッケンJr.は、ある過去について話し始める。

入れ替え戦の最終試合は、キッド対スカーフェイスの戦いだ。駆けつけた万太郎たちが見たのは、下馬評では絶対有利と言われながら苦戦するキッドの姿だった。規格外のパワーを持つスカーフェイスは、セオリーを無視しているにも関わらず、圧倒的優位のまま試合を進める。キッドは何とか反撃を試みるが…。

デッド･シグナルのトラフィックサインに、追い詰められてゆく万太郎。交通ルールに厳しいデッド･シグナルに、万太郎はペンキでマットに交通標識を書くという奇策で対抗する。書かれた標識の通りに行動してしまうデッド･シグナル。調子に乗る万太郎だったが、頼りのペンキが底をついてしまい…。