芹沢会長の別荘に招かれたイサミたち。喜んで招待に応じるが、別荘の近くでカラス天狗を目撃する。万が一を考え、家に置き忘れた龍の剣を取りに帰ろうとするイサミたちは、偶然通りかかったはるか先生の車で花丘家へ戻るが、そこではカラス天狗たちが家探しの真っ最中。無事龍の剣を取り戻すが、カラス天狗に囲まれて大ピンチのところに謎の女忍者が助けに現れた…！

ある晩、花丘家に怪物が現れる。イサミはトシやソウシにそのことを話すが、信じてもらえない。だが、遊園地に新しく出来たホラーアトラクションのチラシを見てイサミはびっくり。そこに同じ怪物の姿があった。イサミたちは遊園地を調べに行くが、そこで出会ったのは発明少年の菊丸。イサミが見た怪物は、黒天狗の指示で菊丸が細工を施したモンスターだったのだ。

今年も大江戸神社の夏祭りが近づいた頃、トシの父親・泰之、ソウシの父親・栄助が相次いでカラス天狗に襲われた。彼らも新選組の子孫だと気づいた黒天狗党の仕業だったが、謎の包帯男が現れ、二人は危機一髪のところを救われる。包帯男の正体が父・魁ではないかと思うイサミは、次に狙われるのは祖父・観柳斉ではと警戒する。そしていよいよ祭りの日が来た…。

大江戸小学校の5年生が臨海学校にやってきた。近くの海にある天狗岩には「神隠し」の伝説があるという。イサミのクラスメイトのマユコと自称霊感少女のイズミは、その岩に消えた子供たちの霊がいるという証拠をつかもうと、真夜中に宿を抜け出した。二人を探してイサミたちも天狗岩の中に入るが、洞窟の奥には、何とカラス天狗たちの大規模な発掘現場が…！

光堂宣国は、米粒に文字を書くという伝統名人芸の持ち主。宣国の先祖が書いたという古い米粒の一つには「黒天狗」の文字が。イサミたちが内容を調べてみると、そこには江戸時代に光堂家の先祖が残した埋蔵金のことも書かれていた。それを知った黒天狗党はカラス天狗3号を差し向け、宣国老人を誘拐、催眠術で埋蔵金のありかを白状させようとする。

宝石店に泥棒からの予告状が届き、イサミたちは現場に向かうが、その途中で美術館に忍び込もうとするクモ男に遭遇した。イサミたちはクモ男の侵入を阻止しようとするが、龍の剣を使うところを何とはるか先生に見られてしまう…！

イサミたちと「しんせん組」に何らかの関係があると睨んだ黒天狗は、花丘家の犬・ゲンベエをさらってイサミたちをおびき出す作戦に出る。イサミたちが指定された廃倉庫に行くと、黒天狗に雇われたミスター軍曹が機関銃を向けてきた。だが、どうやら狙いはイサミたちではないらしい。黒天狗は、イサミたちを襲えば「しんせん組」が現れるに違いないと考えていたのだ。

イサミの父親、魁の友人と名乗る男が花丘家を訪ねてきた。しかし、魁の幼馴染の泰之も栄助も見覚えがないという。コンビニ強盗の罪で追われているその男・伊集院は黒天狗党の一員の女カラス天狗から、魁についての情報入手を命じられていたのだった。伊集院を尾行するイサミたちは城址公園でその姿を見失うが、闇の中を駆け抜けるカラス天狗の集団を目撃する。

「しんせん組」の正体を突き止めようとする黒天狗党は、発明少年の菊丸を利用した新しい作戦を考え出した。菊丸は妨害電波を発するリモコンを使い、あらゆる電気製品を勝手に操ってしまうことに成功。街中を混乱に陥れる。しかも犯行現場には「しんせん組」を名乗るニセの千社札が残されていた。イサミ達はニセのしんせん組を追ってパトロールを始める。

ヒマラヤ山中で5年を過ごしたブラウン博士が、突然変異のヒマラヤカビを発見した。カビからは、あらゆるウイルスに効く特効薬が開発できるという。ブラウン博士はイサミの父親・魁と親しい関係にあったため、博士の来日の知らせを聞いたイサミは、父親の情報が得られるかもと期待する。一方、黒天狗党もヒマラヤカビを狙って不穏な動きをしていた…。

イサミの母でニュースキャスターの玲子が「おはよう７」で、芹沢ジャパンの会長にインタビューをすることになった。めったに取材に応じない会長がOKした真意は、行方不明のイサミの父・魁（かい）博士の手掛かりを得るためだった。取材の場所は、イサミの通う大江戸小学校。しかし、そこで玲子を待ち受けていたのは逃走中の脱獄犯だった…！

ある日、トシの父・泰之は会社の書類袋を間違って家に持ち帰ってしまったが、その中身は何と黒天狗党の秘密文書だった。紛失に気付いた黒天狗党は、書類を取り返そうと部下を月影家に乗り込ませ、たまたま家の留守番をしていたトシの身に危険が迫る…！

トシの父・泰之は公園の堀で得体の知れない怪物を目撃する。あわてて逃げかえるものの、信じてくれたのは幼いケイただ一人。しかし、怪物の目撃者は次々と現れ、TVのニュースにもなる。そんな騒ぎの中、ケイが堀の水の中に引きずり込まれそうになる。助けようと飛び込んだイサミも怪物の起こす渦に引き込まれ、気が付くと水の底の不思議な空間にたどり着いていた。

イサミの母・玲子の知人でピアニストのみどりは初のリサイタルを控え、練習に励んでいた。イサミは玲子と一緒にみどりを訪ねるが、最近何者かからの嫌がらせに悩まされているという話を聞く。そこにみどりの友達さやかも来るが、実は嫌がらせの犯人は、みどりの成功を妬むさやかが雇った男だった。リサイタルを成功させたいイサミ達は夜、みどりの家に張り込むが…。

日曜日、イサミたちははるか先生と一緒に町はずれの動物園に出かけた。ケイは、駅前のゴミ箱の中に大好きなガンバマンの人形を見つけて大喜び。だが、その人形の中には新発明の恐ろしい物質が隠されていた。悪事を企む黒天狗党がその取引の場所としてゴミ箱を指定していたのだ。ガンバマン人形を取り返すため、黒天狗党がケイに襲いかかってくる…！

美術館に展示されていた宝石「ナイルの瞳」が何者かに盗まれた。その事件から間もなく、イサミの学校で幽霊が出るというウワサが立つ。真相を確かめるために夜の学校に潜入したイサミたち「しんせん組」は、謎の「クモ男」と遭遇する。なぜか教室のスピーカーをいじりまわすクモ男。それは、宝石泥棒の事件と深いつながりを持っているのだった…。

ある日ソウシが、大病院のお嬢様という杜若桜子に一目惚れされた。ソウシは喜んで翌日デートに出かけるが、あまりに強引な桜子のアプローチにその場から逃げ出してしまう。ところが、直後に桜子が誘拐されてしまった。責任を感じたソウシは、犯人からの電話の向こうに聞えた桜子の声とガンバマンショーの音を頼りに、イサミ達と一緒に犯人の潜伏先を探す。

父の夢から目が覚めたイサミは、玄関先で野バラを探す。今日はイサミの誕生日で、数年前から行方知れずの父が、毎年イサミの誕生日には必ず野バラを一輪届けていたのだ。野バラが見当たらず、気落ちしたまま学校へ向かったイサミは、おばあさんのひき逃げを目撃する。幸いおばあさんは軽傷で済んだのだが、放課後、何者かが乗ったバイクがイサミを襲ってきた。

イサミの母・玲子が久しぶりの休日ということで、昔から親交があるトシとソウシの家族を交えて、花丘家でパーティを開くことになった。準備の間、イサミ達は地下の秘密部屋の掃除を行い、謎の悪の組織・黒天狗党と戦うために「しんせん組」を結成する。やがてパーティが始まるが、そこに銀行強盗が幼稚園児を人質に駅前のビルに立て篭もっているとの報が入ってきた。

アメリカから日本に引っ越してきた花丘イサミは、祖父の家である大きな古い屋敷に住むことになった。イサミは祖父から、先祖が幕末に活躍した新選組の一員だったという話を聞く。そしてイサミのクラスメイトのトシ、ソウシの先祖も新選組の一員だった。三人は、屋敷の蔵の地下に秘密の地下室があることを発見する。そこには、ご先祖が遺した秘密のメッセージがあった。