最終回スペシャル 第21話「13～隠された真実」／警察庁から捜査権を与えられ、遺骨盗難事件を追っていた右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、わずかな手掛かりから犯人が学校関係者ではないかと推理。鉄道マニアの米沢（六角精児）に協力を要請し、“13”を名乗る犯人グループがたどったルートの解析に掛かる。

最終回スペシャル前篇 第20話「13～死者の身代金」／“13”を名乗る犯人から、「日本を再生不能にした戦犯を処刑する」というメッセージが、全国各地の“被害者”宅に一斉に届けられる事案が発生。13が言う“戦犯”とは、いずれも故人のことで、“処刑”は遺骨を叩き潰すこと。被害者は遺骨を盗まれた遺族だった。

第19話 「再会」／右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、角田（山西惇）から頼まれ、奥多摩の山中に足を運ぶ。大きな物音がしたという通報の確認を押しつけられたのだ。ところが、山間の集落で聞き込みをしていたところ、二人は何者かの襲撃を受けて拉致されてしまう。

第18話 「悪役」／裏カジノ運営疑惑のあるイベント会社社長が刺殺される事件が発生。内輪揉めか対立組織の仕業と思われたが、初動の聞き込みでは、「亡霊に呪い殺された」という不可解な証言も。“亡霊”に興味を持った右京（水谷豊）が、薫（寺脇康文）と共に動き出すと、被害者は死の直前、「呪いのビデオを見た」と言っていたことが分かる。

第17話 「定点写真」／イベント会社経営者の撲殺遺体が、死後3日たって発見された。被害者は、出資金だけ奪うあくどい商売をしていたようで、恨みによる犯行と思われた。現場を訪れた右京（水谷豊）は、一人の少年がその建物にカメラを向けていることに気付く。

第16話 「女神」／美和子（鈴木砂羽）が薫（寺脇康文）の態度に腹を立て、夫婦喧嘩が勃発。美和子の一方的な提案で、自然豊かな山荘に泊まり掛けで夫婦カウンセリングを受けることに。その件に興味を持った右京（水谷豊）は、「プロフィールだけ貸してほしい」と小手鞠（森口瑤子）に頼み、夫婦を装って参加する。カウンセラーは、橘志織（銀粉蝶）という女性。

第15話 「薔薇と髭と菫たち」／薫（寺脇康文）は、海外渡航前から顔馴染みだったゲイバーのママ・ヒロコ（深沢敦）と再会。ところが、その矢先、公園で男性の遺体を発見する。男性は鬼塚という著名なルポライターで、妻はノエル美智子（大島さと子）というペンネームで少女向け小説を手掛ける人気作家だった。

第14話 「まばたきの叫び」／美和子（鈴木砂羽）が取材先の民家で襲われる事件が発生。さらに、現場からホームヘルパーの男性の遺体が発見される。室内を物色した形跡や手口から、窃盗犯の仕業と思われた。美和子は、その家に住む柳沼勝治（忍成修吾）という元受刑者の妻を取材しようとして事件に巻き込まれたらしい。

第13話 「椿二輪」／右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とともに“情熱の画家”牧村遼太郎の展覧会を訪問。ナイフを手にした男が、『椿二輪』という油絵を切り裂き、来場者に怪我を負わせる事件に遭遇する。『椿二輪』は、遼太郎が自身と愛人を二輪の花に例えたといわれる遺作で、完成直後に心中を企てた曰く付きの作品だった。

第12話 「他人連れ」／ある日の昼下がり、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）が車で住宅街に出ていたところ、突然、小学生くらいの男の子に声を掛けられる。その子供は、父親とみられる南野（駒木根隆介）という男性と一緒で、「財布を落として帰れないので、家まで乗せてほしい」という。要望に応えて、マンションまで送るが、右京は2人の様子に違和感を覚える。

元日スペシャル 第11話 「大金塊」／全国の美術館で窃盗が相次ぎ、広域重要指定になっていた事件が、窃盗団を一網打尽にしたことで解決された。しかし、解決に貢献したのが“捜査権のない民間の探偵社”ということで、警察上層部は怒り心頭。お灸を据える意味で、『熟年探偵団』を名乗る三人組を、建造物侵入の容疑で逮捕する。

第10話 「黒いコートの女」／右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、角田（山西惇）に頼まれ、宝石窃盗グループの一斉逮捕に参加。取り逃がした犯人を、しらみ潰しに捕まえる継続捜査にも協力する。そんな中、容疑者の一人が、黒いコートを着た女（橋本マナミ）に追い掛けられ、歩道橋から転落死する事件が発生。

第9話 「丑三つのキョウコ」／白いコートの女“丑三つのキョウコ”に出会ったら最後、心臓をえぐり取られて殺される…。という噂がSNSで流布され、動画まで拡散していた。都市伝説に興味津々の右京（水谷豊）に対し、薫（寺脇康文）は否定的。そんな中、フリースクールの入口で、胸を刺された男性の遺体が発見される。殺害されたのは、同校の代表を務める男性。

第8話 「コイノイタミ」／伊丹（川原和久）が、夫も子もある女性に横恋慕。大河内（神保悟志）の聴取を受けていた。発端は二日前に起きた殺人事件。投資会社勤務の大久保という男性が自宅で殺害され、『え』『つ』と読める血文字が発見された。容疑者として浮上したのが、篠塚というチンピラ。2年前、ひったくりで逃走中の篠塚を、取り押さえたのが大久保だった。

第7話 「砂の記憶」／ある日、特命係に警視庁職員の健康を管理している保健師・吉崎弘美（桜木梨奈）が乗り込んでくる。面談を先延ばしにしている右京（水谷豊）と、そもそも診断を受けていない薫（寺脇康文）に釘を刺しに来たのだ。そんな折、特命係に、『20年前の連続通り魔事件の犯人が動き出す』と書かれた告発文が届く。

第6話 「笑う死体」／右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、泥酔して路上で寝込んだ男性から財布を盗んだ中年男（有薗芳記）を逮捕。男は、のらりくらりと素性を隠すが、所持品から思わぬ物が。それは1か月ほど前、河川敷で他殺体となって見つかった、伊藤（阿南健治）という男性の財布だった。

第5話 「眠る爆弾」／大学構内に爆発物を仕掛けた男が、警察を挑発する動画を送りつけてきた。男は顔を隠そうとしないどころか、自ら素性を明かすような行動を取ったため、犯人は問題の大学に籍を置く平山翔太（山本涼介）という学生であることが判明する。

第4話 「最後の晩餐」／右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、乗り込んだタクシーで血液の付着したマフラーを発見。運転手から直前の乗客の情報を聞き出すと、問題の男が帰宅前、唐突にロープを買っていたことが分かる。不穏な空気を察して追跡すると、男は両親の遺産を食いつぶして暮らす堂島（矢柴俊博）という独身の遊び人と判明。

第3話 「逃亡者 亀山薫」／池袋で輸入雑貨店の店長が殺害され、犯人が逃亡する事件が発生。現場近くで発見された血ぬれのフライトジャケットや目撃者の証言などから、薫（寺脇康文）が容疑者として浮上する。その後、被害者は覚醒剤の売人だったことが判明。

拡大スペシャル 第2話「ペルソナ・ノン・グラータ～二重の陰謀」／テロ予告のあった旅客機は無事だったものの、サルウィン反政府運動のリーダー的存在だったアイシャ（サヘル・ローズ）が命を落とし、責任を問われた右京（水谷豊）は、謹慎を申し渡される。

初回拡大スペシャル 第1話 「ペルソナ・ノン・グラータ～殺人招待状」／南アジアのサルウィンで腐敗政府を倒した、アイシャ（サヘル・ローズ）という反政府運動のリーダーが親善目的で来日する。なぜかパーティーに招待された右京（水谷豊）が、興味本位で会場に向かうと、そこにはサルウィンに渡っていた元相棒・亀山薫（寺脇康文）の姿があった。