新学期が始まったころ、空から怪獣モスガが現れた。カミタマンとの再会を喜ぶモスガと迷惑がるカミタマン。しかしモスガは、どこまでもカミタマンを追いかけてきた。仕方なくカミタマンはモスガを根本家に置いてもらおうと考えるが、そう簡単にはいかない。カミタマンはモスガに「愛される努力が必要だ」と説くのだが……。

シンスケのパパは今夜も仕事の後、居酒屋へ。酔っ払って帰宅したパパは、子どもたちから見ても情けなかった。「絶対にパパのようにはなりたくない」と寝言でまで言うシンスケだったが、本人は夏休みの宿題にまだ手をつけていない状態。「このままではパパみたいになっちゃうぞ」と、パパ本人に言われたシンスケは――。

朝からカミタマンと一緒に運動で汗をかいてきたマリは、これで朝ご飯をおいしく食べられると思っていたら、大好きな塩辛を全部、シンスケに食べられてしまっていた。そこで激怒したマリはシンスケを懲らしめる。そんなふたりの様子を見て自分にも兄弟が欲しいと思い始めたカミタマンに、横山が「兄弟になろう」と言い出す。

夏休み真っ盛り。最近ネモトマンの評判が良くなりつつあったが、シンスケは冷たい飲み物を飲みすぎたため、怪人「夏バテ」に襲われてしまう。体力をすっかり奪われたネモトマンはカミタマンの励ましもむなしく、横山の家に出現した「へんな虫」を退治するどころか逆に助けられる始末。カミタマンは「夏バテ」に勝負を挑む!

横山とカミタマンは海の話で言い合いになった。千葉の海がパラダイスだという横山と、カミタン島が最高だというカミタマン。千葉をバカにされた横山は怒り、カミタマンを宅急便で千葉へ送ってしまう。千葉の海で目覚めたカミタマンは水平線を見つめながら、カミタン島へ帰りたいと願った。だがそこへ謎の海賊が現れて……。

カミタマンは、公園でジュースを飲んでいたが、ちょっと目を離した隙に、サーカス団の団長のような風体の男に、ジュースを飲まれてしまった。そして、その夜、シンスケとカミタマンの部屋に、提灯お化けが現れる。あまりの恐怖に、失神するカミタマン。だが、その寝顔を見つめる提灯お化けの頬は、なぜか赤く染まっていた。

暑い夏がやって来た。根本家の面々はもちろん町の子どもたちもヘトヘト。カミタマンが挨拶しても、文句を言ったり舌打ちしたりと、神様への尊敬の念が全く感じられない。ところが、これに目をつけたタタリが、カミタマンに冷たい態度をとった子どもたちに対して、次々と嫌がらせを始める。そこへネモトマンが現れるが……。

横山が、ローラースケートをしつこくシンスケに自慢してきた。横山によれば「親孝行」をしたので買ってもらえたのだという。「親孝行なんて、法律で禁止されているんじゃないの?」と、何かを激しく勘違いしているシンスケを見て、カミタマンは「親孝行」を現代の子どもたちに教えてやろうと、珍しく神様っぽい行動に出る。

マリの友達･ユーコがカミタマンを紹介してほしいとマリに頼んだ。寝不足のカミタマンは気が乗らなかったが、ユーコが可愛かったのですぐにOKする。ユーコの願いは町内のソフトボール大会で母親にホームランを打たせたいというもの。カミタマンはその願いをすぐに実現させたが、「決定的瞬間」を横山が撮影していて……。

シンスケの両親は、朝早くからシンスケとマリには内緒で、筑波の科学万博へ行ってしまった。口止めされているため、シンスケたちに本当のことを言えず、困るカミタマン。そのころ、タタリの兄･ノロイが、田舎から東京へ出てきたついでに弟に会おうと電話してきた。東京で成功していると兄に嘘をついていたタタリは……。

カミタマンは横山から電話で呼び出された。横山はカミタマンに、ネモトマンの正体がシンスケではないかと言う。カミタマンは慌てて否定するが、横山の疑念は消えず、この話を広めようと動き出した。一方、カミタマンはシンスケと対策を練ろうとするが、シンスケは「いつかバレると思っていた」と、達観している様子で……。

横山に見捨てられる夢を見たシンスケ。カミタマンに起こされたシンスケは慌てて学校へ行くが、誰も登校していない。今日は日曜日だったのだ。家へ帰ってみると、すでに家族は出かけた後。ひとり残されたシンスケはご飯を食べまくる。そのころマリは横山から、しつこく追い回されていた。横山はマリのことが好きなのだ。

カミタマンが公園で神様としての仕事をこなしていたところ、不審な青年が近寄ってきた。警戒したカミタマンだったが、実はその青年も神様。「山田神様」という名刺も持っていた。山田神様に連れられて回転寿司店へ行ったカミタマンは彼から悩みを打ち明けられる。自分は「気休めの言葉」を使えないダメな神様だというのだ。

野球の試合に行くため、シンスケを迎えに来た横山がカミタマンの朝ご飯を食べてしまった。カミタマンが騒いでいるとシンスケのママが代わりの朝ご飯を用意したが、なんとそれは3ヶ月前のもの。カミタマンはトイレを求めて公園へ行くが、そこにはタタリが。だがタタリはちょうどやって来たマリの笑顔に惹かれてしまい……。

シンスケのパパと将棋をしていたカミタマンはママにカレーの材料を買ってきてほしいと頼まれた。そこでカミタマンはシンスケをネモトマンに変身させ、「正義のため」と言い聞かせて代わりに買い物に行かせる。豚肉やじゃがいもを買いながら「正義」に疑問を持ったシンスケは帰宅するなり、ネモトマンを辞めると言い出した。

横山がシンスケの前で、とらばる聖子のスカートをめくった。逃げる横山と、追うとらばる聖子。だが、そんなふたりを尻目に、シンスケは深く悩んでいた。自分はまだスカートめくりをしたことが一度もないのだ。横山に出来て自分に出来ないなんて……。それを知ったカミタマンは、シンスケにスカートめくりをさせようとする。

カミタマンはシンスケのパパが務める「読フジ旅行社」にお弁当を届けに行ったが、そこでパパが上司から怒られているところを見てしまう。パパの提案した「町内ご隠居銭湯ツアー」という企画が通らなかったのだ。当たり前だ、と感じつつパパを慰めるカミタマン。するとパパは、カミタマンの故郷の島へのツアーを思いついた。

愛しのクミコがいじめられている!? シンスケはカミタマンに相談したが、カミタマンはすぐにシンスケをネモトマンに変身させる。ネモトマンは現場に駆けつけたが、すでにクミコは逆襲に成功し、いじめっ子たちを追い払った後だった。あらためて自分が正義の味方に不向きであることをカミタマンに訴えるシンスケだったが……。

シンスケやマリと一緒に、スーパーマーケットに来たカミタマン。なんでもタダだと勘違いしていたカミタマンはマリにたしなめられ、超能力で品物を棚に戻す。だが、ちょうどその日からガードマンとして店で働いていた「とらばる聖子」がそれを見つけ、怪しいカミタマンを捕まえようとする。これが、長い戦いの始まりだった。

シンスケの家で居候することになったカミタマン。だが朝から「納豆をかき混ぜろ」とか「燃えないゴミを出せ」とか、シンスケのママは神様であるカミタマンに対して全く遠慮がない。挙句の果てには間違えてゴミ箱に捨てられる始末。このままでは神様のプライドが許さないと、カミタマンは人間に尊敬される方法を考え始めた。

シンスケはクラスメートのクミコへの失恋の悲しみを捨てるため、海へ来ていた。自分の最低さを嘆くシンスケ。と、海で謎の爆発が起こり、不思議な入れ物がシンスケのところへ流れ着いた。入れ物を家へ持って帰り、お湯を注いでみるシンスケ。すると中から「カミタマン」と名乗る謎の生物が現れた。カミタマンって、何者?