小百合は卒園した幼稚園をペットントンと一緒に訪れた。そこで飼われていた子ヤギのメーメーは、小百合に一目ぼれしてしまう。その恋心を知らされたペットントンは、友だちの輪のアイデアで、仮病を使ってメーメーを野原動物病院に入院させる。メーメーと小百合を近づけることに成功するが、ネギ太が仮病をばらしてしまう。

謎の発明家･葉波はハッパバーガー自販機を完成させるため、セロリおばあちゃんのコンピュータを盗む。原価ゼロ円の雑草を原料として大儲けをたくらんでいるのだ。しかし出来上がったハッパバーガーはまずくて売り物にならない。コンピュータのアドバイスで葉波はペットントンを捕獲、美味しくするためのエキスを絞りとる。

新学期、ネギ太たちのクラスに転校生･根本がやってきた。根本はペットントンを三流宇宙生物とバカにし、小百合と手をつないで下校した。それを見て嫉妬にかられるネギ太。翌日根本は小百合とともにネギ太の家を訪れ、外国帰りを自慢する。またも小百合と手をつないで帰る根本に対し、ネギ太は怒りを爆発させあとを追った。

お年玉に期待できないネギ太とガン太は、もちつき株式会社を作り金儲けをたくらむ。町内をまわって宣伝し注文をとり、ペットントンをもちつき役として各家庭に派遣した。自分たちは働かず、社長の地位を争うネギ太とガン太だったが、もちつき初心者のペットントンは失敗ばかりで、主婦たちはネギ太とガン太に怒りを向ける。

ペットントンが出会った少女マコはヨーコのいとこで、動物と会話ができる力を持っていた。しかしそれを信じない両親は、マコの嘘つきを治そうと、ヨーコの実家のお寺に預けていたのだった。ペットントンはマコを野原動物病院のクリスマスパーティーに誘うが、マコは入院していた子猫を母猫に会わせようと連れ出してしまう。

ナス夫パパのボーナス支給日、ひったくり事件のニュースを聞いたママは、ペットントンにパパの護衛を命令する。羽を伸ばしたいパパだったが、迎えにきたペットントンは、酒や麻雀の誘いからもガードする。ところが帰り道でガン太とネギ太がもめていて、ペットントンが仲裁にはいったすきに、パパは逃げ出してしまった。

ネギ太とペットントンの仲の良さに嫉妬したガン太は、ペットントンを無教養だと非難し、ネギ太を遊びに連れ出す。残されたペットントンは勉強に目覚めるが、自分が勉強したくないネギ太に追い出されてしまう。ガン太の家で勉強することになったペットントンは、大金持ちのガン太ママから猛勉強をサービスされ、疲れ果てる。

食欲旺盛なペットントンはママから太ったと言われ、ヨーコが彼氏はスポーツマンが最高と話すのを聞く。パパに頼んでスポーツの特訓をはしごするが、芸術を愛する男性も素敵というヨーコの言葉で、今度はおばあちゃんから芸術を教わる。ヨーコの肖像画を描いたペットントンだったが、彼女は男のバイクに乗って行ってしまう。

緑のおばさんの手伝いをするなど、ペットントンはどんどん街にとけこんできた。しかし野原動物病院の看護婦トモコだけは、いまだにペットントンを見ると気絶してしまう。トモコもペットントンに慣れようと努力するのだが、アレルギーは直らない。そんなとき病院で治療を受けたゴリラが、元気になりすぎて脱走してしまった。

朝からなぜか機嫌のいいセロリおばあちゃん。じつは今日はセロリの誕生日なのだ。しかしセロリのコンピューターは、みんながそのことを忘れているからプレゼントは無いと予想する。狂暴化したセロリは家庭内暴力の果てに家出してしまう。ペットントンはヨーコと友だちの輪を使って、自分がセロリを祝えばいいと思いつく。

ペットントンに芸を仕込んでサーカス団を作ろうとするセロリおばあちゃん。家事を命じるトマト。出世のためにペットントンを区長の宣伝用アドバルーンにしようとするナス夫。逃げ出したペットントンを探しに、ネギ太はセロリや同級生の小百合、ガン太と一緒に山に向かう。そこで楽しく遊ぶペットントンを見たネギ太は…。

ネギ太は自分のママが世界でいちばんキレイでいてほしいと願っていた。それを知った母トマトは、ペットントンの友だちの輪で、おしゃれな街に出て研究すればいいと思いつく。しかし研究に熱中するあまり、家事を放り出してしまう。セロリおばあちゃんや父ナス夫、ネギ太も逃げ出し、ペットントンが家事をすることになる。

ナス夫パパは役所で課長に叱られて落ちこみ、仕事を休むと宣言する。代わりに働けばよいと友だちの輪に告げられたペットントンは、ヨーコに紹介された青果市場でアルバイトを始める。しかし大好物の野菜の山を目の前にして、食欲を押さえきれない。その頃ナス夫は妻と母からすべての家事を押しつけられ、悲鳴を上げていた。

ペットントンはみんなの役に立ちたいと働くが、ことごとく裏目に。宇宙生物だから地球でうまくやれないと悩み、ホームシックにかかってしまう。一方、ペットントンを利用してお金儲けをたくらむセロリおばあちゃん。キスされたペットントンが風船のようにふくらんで空に浮かぶことから、遊覧飛行会社を作ることを思いつく。

ネギ太の祖母セロリが恋をした相手は、テニスプレーヤーの美少年。彼にコーチを受ける少女に嫉妬したセロリは、ペットントンの不思議アイテム･友だちの輪に授けられたアイデアで、2人をケンカ別れさせた。恋することが理解できないペットントンだったが、神社で出会った少女ヨーコと話すうち、なぜか楽しい気持ちになる。

ある晩、畑家の庭にUFOが降り立ち、大きな袋を捨てていった。中から「ペットントン」としゃべる奇妙な宇宙生物が現われ、ネギ太になついてきた。しかし父のナス夫は宇宙戦争になってもいいから捨ててこいと命じる。いやいや命令に従ったネギ太だったが、雑草を食べて苦しむペットントンを見て、野原動物病院へ運び込む。