【最終話】怪人ファントムの仕業を匂わせる惨劇が続く中、レオナ (山本舞香) を襲った犯人と同じ仮面が、劇団員の城 (増田昇太) の部屋から見つかった。犯人の疑いをかけられた城は、白神 (戸塚純貴) の提案で、潔白を証明するため劇場に一人でこもる。もし他に犯人がいたとしたら、密室にいる城は安全のはずだったが、一 (道枝駿佑) が訪れた時、彼はすでに殺されていた…! 愛に狂った殺人鬼ファントムの正体が明らかになっていくが…。

舞台“オペラ座の怪人”を見るため一 (道枝駿佑) 達が、オペラ座館に来た。しかしリハーサル中、劇団員のいずみ (石川萌香) が落ちてきたシャンデリアによって死ぬ。この劇団には、かつて顔にやけどを負った姿でファントムを演じ、その後の不幸な運命により、ファントムと呼ばれた天才俳優がいた。彼の仕業かと怯える劇団員。その影は剣持 (沢村一樹) にまで及び、さらにヒロインのレオナ (山本舞香) が襲われるがー。

剣持警部 (沢村一樹) の幼なじみで、旧家の巽家に嫁いだ紫乃 (仙道敦子) の元に、次期当主の生首をもらうという“首狩り武者”からの脅迫状が届いた。剣持警部と巽家を訪れた一 (道枝駿佑) 達は、そこで紫乃の連れ子の征丸 (福山翔大) と先妻の子である龍之介 (吉村界人) が家督争いを繰り広げているのを見る。そんな中、一は、客人の首なし死体をからくり部屋で発見。さらに村で行われている生首祭りでは、新たな首が転がって…

殺人の疑いをかけられた一 (道枝駿佑) は、警官を負傷させて拳銃を奪った凶悪な逃亡犯にされていた。橘 (勝矢) が暗号ゲームで参加者達に残した伝言から、次のターゲットが野中 (宮澤エマ) だと知った一は、彼女から新たな伝言を聞く。そこで決定的な事実に気が付くが、野中も次の犠牲者となってしまうのだった。さらに追われた一は、警察を相手に銃で立ち向かう。「なんで信じてくれないんだよ」包囲された屋上に銃声が響いて…。

有名ノンフィクション作家の橘 (勝矢) のパーティーで、スクープ間違いなしの新作原稿を探す暗号ゲームが行われた。ライターのいつき (渡辺大) のツテでやってきた橘ファンの剣持警部 (沢村一樹) も、一 (道枝駿佑) 達とゲームに参加する。そんな中、酒に酔った橘とトラブルになり、謝罪をしに行く一。しかし後を追った佐木 (岩﨑大昇) 達が見たのは、橘の横で凶器を手に佇む一の姿だった…! 殺人容疑をかけられた一は逃亡するが…。

白い蛇を神様の使いとして崇めている白蛇村を旅行中の一 (道枝駿佑) と美雪 (上白石萌歌) は、とある殺人犯を追う剣持警部 (沢村一樹) と遭遇する。3人は怪しげに顔をマスクで隠した男を目撃。男は老舗の造り酒屋『白蛇酒造』を営む白神音松 (小野武彦) の二男、蓮月 (東直輝) だった。火事で行方不明だったが無事に戻り、火傷の痕をマスクで隠しているという。とりあえず酒蔵を見学する一達は、その先で樽に浮かぶ蓮月の死体を発見して…。

佐木 (岩﨑大昇) に誘われ、民宿を訪れた一 (道枝駿佑) と美雪 (上白石萌歌) は、居合わせた合宿中の美大生達と肝試しをすることに。舞台となった病院のトイレには、患者だった『花子』の霊がいるらしい。クジの順番通り花子さんの個室を訪れる中、最後に向かった伊能 (中川大輔) の姿が消える。床には花子さんの墓まで続く血の跡があったが、インクだと判明し、伊能によるイタズラだと思われた。しかし、翌日死体が発見されて…。

連続殺人事件が起きた聖恋島にいる一 (道枝駿佑) は、あと1日でツアー客全員が解放されると剣持警部 (沢村一樹) から聞く。その矢先、影尾教授 (佃典彦) が行方不明となり、全員で捜索すると、鍵がかかった室内で死体を発見、しかしその死体はいつの間にかコテージ前に移動していた。一は全員がその場にいてアリバイが証明できることに疑問を持つ。一方、一が心配な美雪 (上白石萌歌) は、自分なりのアシストをしようとする。

一 (道枝駿佑) ·美雪 (上白石萌歌) ·佐木 (岩﨑大昇) は、剣持警部 (沢村一樹) が行くフィッシングツアーに参加することになり、海の怪物『セイレーン』の哭き声が響き渡る聖恋島を訪れる。『セイレーン』はその不気味な声で人間を惑わし、海に引きずり込んで食い殺すという。やがてツアー客の一人が、海から放たれた矢により謎の死を遂げる。さらに別の医師も海の中へ引きずり込まれ…。果たして『セイレーン』の仕業なのか!?

金田一一 (道枝駿佑) の通う高校に学園七不思議と呼ばれる謎があった。七瀬美雪 (上白石萌歌) の所属するミステリー研究会がその謎を探ることに。ある夜、一と美雪は生物室で首を吊る部長の桜樹 (大友花恋) を目撃。「放課後の魔術師」らしき仮面の人物が見えたが、中へ踏み込むともぬけの殻で、翌日桜樹の遺体が発見された。剣持警部 (沢村一樹) が捜査を始め…。奇怪な密室殺人事件の謎に隠された、壮絶な哀しい真実とは…!?