地球の危機も去り、いつもと変わらぬ平和な日々が再び訪れた・・・・・・かに思えたが、前回襲った猛吹雪がウソのように、 真冬ながら38度という猛暑に襲われる桃月町。ダレるC組メンバー、ベッキーもグッタリして 「そんなわけで、授業は中止しま～す」と授業を放棄しかける始末。姫子は衣装部から浴衣を借りてきて、 涼しい気分を演出しようとドライアイスを水槽に入れてみる。モクモクとあがる煙に感心するくるみ。 調子に乗った姫子はバケツいっぱいのドライアイスを放り込み、煙は教室いっぱいに。とたんに鳴り響く非常ベル。 姫子はとっととトンズラし、くるみ一人が早乙女先生と五十嵐先生にこっぴどく叱られるのだった。

桃月学園に降りかかる不幸の数々に、猛吹雪。 その原因である巨大彗星が近づきつつある地球は、今まさに滅亡の危機にさらされていた。 状況を打開すべく、校長は桃月学園の地下に眠る秘密兵器・巨大ロボット『ぱにぽにX』をC組に託す。 だが、C組一同はやる気なさげにストーブを囲んで寒さに震えていた。「地球を救えるのは君たちだけだ！」 と、校長から（オオサンショウウオが通訳）いくらハッパをかけられようが、 ベッキーから「地球が滅んだらお前たちだって死んじゃうんだぞ～！」と脅されようが、 コタツに入ったまま動こうとしない。そこで校長は、地球を救った場合には一学期分の学食の食券を進呈すると約束。 とたんにコロッと気が変わり地球を救うために立ち上がる玲たちだった。

時は桃月三年の春、江戸の民衆は苦しんでいた。先日、若干十歳で勘定奉行に登用された宮本べき衛門（ベッキー）が、 どんな理由だろうと一回泣くごとに100円を納めるべし、という理不尽な『はうはう税』を定めたのだ。 うっかり泣こうものなら、容赦なく役人（ズーラとヤンキー）に100円を取り立てられてしまう。 我が世の春を謳歌するべき衛門の影で、町の人達はうかつに泣くことも出来ず怯えながら暮らしていた。

すっかり寒い季節になり、「お前らも風邪を引かないように気をつけろよ～」と教師らしく注意を促すベッキー。 しかしいくら冬とはいえ、教室内でガタガタと震えるくるみの寒がりようは尋常ではない。 「なんとかしてよ、ベキえも～ん」と無茶を言うくるみに、ベッキーはポケットから取り出した使い捨てカイロを渡し、 その場をやり過ごすのだった。

桃月学園にテレビがやって来た。学校の名物クラスを紹介する『突撃！となりのホームルーム』という深夜番組の取材だ。 まずはD組に乱入したTVスタッフだが、最初に見たものは死神（中身は芹沢茜）に取り憑かれたジジイの姿。 ビビったレポーターは泣きながら帰ってしまった。予想外の展開にビビったスタッフたちが出直すことになったと聞き、 明日こそ自分たちもTV出演だ！と盛り上がるC組のメンバー。

今日も繰り広げられる演劇部・ロボ子（中身は芹沢）と映研・ドジラ（中身は来栖）の戦い。 今度こそは決着を付けんと息巻く両者だが、突然乱入してきたのはD組のベホイミとメディア、B組の鈴音と乙女。 ロボ子を鈴音チョップで気絶させ、唖然とするドジラを残して疾風のごとく去っていく。

いつもと変わらない平和な桃月学園の朝。ロボットの着ぐるみ・ロボ子（中身は芹沢）と怪獣の着ぐるみ・ドジラ（中身は来栖）が、 演劇部と映研の威厳をかけて睨み合い、C組では、姫子が玲にベタベタ抱きついてはどつき倒されるという日常風景が展開されていた。 「・・・・・・お腹空いてきちゃってサ～」と言う姫子、どうやら、中華屋でバイトしている玲からカニチャーハンの臭いがしていたらしい。 大好物のカニに関しては人間離れした嗅覚を発揮する姫子に、「犬並みの嗅覚ね」と、感心するやら呆れるやらの都。

一癖も二癖もある生徒たちに、ジジイ先生の強烈なボケが炸裂するD組のHR。 突然乱入してきたのは、いつになく神妙な面持ちのベッキーだ。なんと、C組の生徒たちが未知のウイルスに感染して緊急入院、 学級閉鎖してしまったという。突拍子もない話にドッとウケるD組。 ところが、盛り上がる生徒を静めようとしたジジイが、突然顔を真っ赤にして倒れてしまった。 護送車で連れて行かれるジジイの姿に、ようやくベッキーの言葉を真面目に受け取るD組一同。

ある日の夕暮れ。公園の滑り台でメソウサは夕日を見ながら、一日が平和に終る幸せを噛みしめていた。 そこに、「不幸になっていただけませんか？」と声をかけてきた黒い着物の少女。 疫病神見習いの妙子と名乗った少女は、「是非、私のために不幸になってください」と、一方的にメソウサに頼み込む。 メソウサの幸せな時間はわずかであった。

今日は学園祭。クラスごとに様々な出し物を催す中で、C組は喫茶店を開いていた。 しかも、ユニフォームはアキバ方面を中心に流行のメイド服。そもそも一週間前、どんな模擬店にしようか相談したとき、 材料費が安く済むという玲の提案で、とりあえず喫茶店に決めたのが始まりであった。 ところが、衣装部の協力があれば衣装代がタダということと、かわいいメイドに接客をさせ、 客のサイフの紐を緩まそうということでメイド喫茶に変わってしまったらしい。 その上、養鶏場からオスのヒヨコをタダで貰ってきて彩色し、カラーひよこまで売っている始末。 玲の妥協を知らない商売根性にあきれるベッキーだった。

ある日の放課後。ベッキーとC組のメンバーは、宮本研究室で生徒会諜報部の綿貫から報告を受けていた。 学級委員の一条さんが今日、学校を休んだのである。日頃から意味不明な彼女だが、 ここ数日の行動は明らかにいつもと様子が違った。気になったベッキーが、諜報部に調査を依頼していたのだ。 「すごいもの見ちゃいました！」綿貫が見たのは、ウェディングドレスの前で涙を流す一条さん。驚愕する一同。 綿貫はさらに調査を続けるため、一条さんを見張っている宮田に電話をかける。 ところが突然、電話の向こうから宮田と来栖の叫び声が聞こえ、そのままプツンと切れてしまった。

ベッキーたちはピンチに陥っていた。C組全員の乗っているバスが、今まさに崖っぷちから落ちようとしていたのだ。 車体の半分を宙に浮かせてなんとかバランスを保っている状態で、ちょっとでも動こうものなら崖下の海へまっ逆さまに落ちてしまう。

とある昼休み、ベッキーはとてもご機嫌だった。しばらく学食が閉まるため、今日はお姉ちゃんが作ってくれたお弁当を持参。 BLTサンドを期待してランチボックスを開けると、中にはベーコン（B）・レタス（L）・トマト（T）ではなく、素のブロッコリー（B）とレモン（L）とターキー（T）が。 「お姉ちゃんのバカ・・・・・・」とガックリするベッキーだった。

ある日の補習授業、教室にはいつものC組の面々、A組の柏木姉妹、B組の綿貫と乙女に鈴音、さらに、D組の芹沢と宮田が集まっていた。 ベッキーが補習を始めようとした瞬間、突然轟く爆発音。外を見ると、校庭にはバズーカ砲を担いだ牛、忍者の格好をした女、そして雲をつくような大男が。 彼らは全日本番長連合。桃月学園を牛耳っていると噂のチビッコ番長すなわちベッキーに挑戦しにきたのだ。理不尽な挑戦表明に唖然とするベッキー。 誤解を解こうにも、一条さんがいらぬ挑発をしてしまったおかげで、番長たちとの激突はもはや避けられない状況に。 人語を話す牛・ヒロスケにバズーカ砲をバカスカ撃たれ、止むを得ず一同は校舎の中へ避難する。

授業中にもかかわらず、今日も姫子は気持ちよく爆睡中。 「成績が下がると将来の夢が叶わなくなるぞ」と叱るベッキーだが、6号から「宮本先生は将来の夢ってあるんですか？」 と尋ねられ、自分自身の夢について考える。ところが天才少女ゆえ、ベッキーには一般人が憧れるような夢がなかったのだ。 「私は夢も希望もない人間なのか・・・・・・」と、ショックを受けるベッキー。

放課後、鈴木さやか通称6号さんは、ひとり真剣な表情で机に向かっていた。 「何やってるんだ？」と、ベッキーが声をかけると、姫子の代りにクロスワードを解いているという。 さらに、机の上にはくるみや玲、一条さんに頼まれた買い物の品々が。パシリ扱いする玲たちも玲たちだが、 何でもニコニコ言うことを聞いてしまう6号も6号だと呆れるベッキー。 しかし、当の本人たちは何とも思っていない様子だ。

新学期が始まり、C組では自由研究の発表が行われていた。 「自由研究なんてまるで小学生の宿題だな」と玲がブー垂れるも、くるみは地味な朝顔の成長記録、 一条さんは空き缶で作った謎の工作、6号は縁日で買ったカラーひよこの観察日記etc・・・・・・と、 高校生のくせにみんな小学生並の内容だ。

夏休みに入ったある日、ベッキーはポンポン船に乗っていた。大学時代の恩師である教授から遺跡調査の依頼が来て、日本の果てにある沖之毒島に向かっていたのだ。 探検隊気分でジュースを飲みながらくつろいでいると、上空に現れたヘリから誰かが飛び降りてきて勢い良く船に突っ込んで来た。 恐る恐る大きく開いた穴をのぞきこむと、そこから金髪の女の子が何事もなかった様に出て来る。彼女は教授の助手をしているメディアだった。 「お迎えに参りました」とのんびりあいさつを交わしていると、メディアが落ちてきた衝撃で、船が真っ二つになって沈んでしまった。

1年D組の新感覚癒し系魔法少女・ベホイミは悩んでいた。 あからさまに魔法少女の衣装を着て人助けを続けているのに、今ひとつ注目されていなかった。 それもそのはず、桃月学園には白鳥鈴音や南条操、ベッキーといった、より個性的なキャラクターがたくさんいるのだ。 落ち込むあまりベホイミはウサギ小屋にこもろうとするが、「ここでへこたれたら、癒し系魔法少女の名が廃るッス！」と立ち上がるのだった。

本格的に暑い夏がやってきた。強い日差しの中、C組の連中は水着姿でプール掃除をさせられていた。 ベッキーが（五十嵐先生のインチキによって）ジャンケンで負けてしまったために、C組だけでやることになったのだ。 そんな事情もあってか、皆やる気がない。姫子はとっとと音を上げてしまうし、くるみは暑さで死にそうだ。 都は巻き込まれたことにブチ切れ、一条さんはなぜか浮き輪を持ってたたずんでいる。 まじめに掃除しているのは、6号さんだけだった。

昼休み、鼻歌など歌いながら廊下を行くベッキー、手には『宮本研究室』と書かれたプレートを持っている。 校長から研究室に使う部屋を貰って嬉しいらしい。研究室と聞いた姫子は、『ベッキーが10人の小人になる薬の研究』 とか『ベッキーがはげ親父になる薬の研究』とか、意味不明な妄想をするが当然そんなことを研究する部屋ではない。 ただ単に一人になれる場所が欲しかっただけのようだ。

今日は一年生全員参加のキャンプ教室。学校を離れ、先生も生徒も大自然を楽しんでいる・・・・・・はずだった。 しかし、B組では冷めた生徒たちの中で、早乙女先生ただ一人がハイテンションではしゃぎまくり、 A組では相変わらず二日酔いの五十嵐先生を桃瀬修が介抱をし、D組ではジジイのわけのわからない一言に犬神が冷静にツッコミを入れるという、 いつもと大して変わらない光景がそこにあった。一方、C組はというと、珍しくベッキーが姫子と一緒になってはしゃいでいる。よっぽどキャンプ教室が楽しみだったようだ。

突然ベッキーから、明日テストをすると告げられたC組。焦る6号さんやくるみに対して、姫子は「私はテスト好きだよ。 だってゆっくり寝られるも～ん」と間違った方向で余裕だ。いつも感情の読めない一条さんだが多少は緊張感があるのか、 都を誘って勉強会をしようと言い出した。いつもどおり真面目に勉強をしている都は断るが、話の流れには逆らえず、 結局、玲に姫子、6号さんやくるみが加わり、さらに保護者としてベッキーまでも参加して勉強会を開くことになってしまった。

今朝はベッキーが遅刻していたため、C組の面々はいつも以上にダラダラとしていた。 ただ、姫子だけは「ベッキーに会いたーい♪」といつもながらのハイテンションで騒ぎまくる。 そんな元気な彼女と一緒に揺れるピーンと立った髪の毛・いわゆるアホ毛がうっとうしくなって、 玲は思いっきり引っぱった。すると、なぜか頭から白い煙が立ちあがり、玲は驚いて思わず投げ返してしまう。

ベッキーが桃月学園にやってきて数日。C組にも慣れ、教壇に立つ姿もすっかり偉そうに・・・・・・ もとい、板についてきたかに見えた。しかし、ヘ゛ッキーは、未だに生徒たちの本名をちゃんと覚えていなかったのである。 一条さんの「学級委員」はまだしも、6号さんを「デカリボン」、都を「勉強虫」、玲を「いじめっこ」、 姫子を「アホ毛」扱いするありさま。そんな中、ただでさえ影の薄いくるみを「目立たない地味キャラ」呼ばわりして 落ち込ませてしまった。

その朝、日本は全国的に朝であった。全国的に学生たちは学校の教室で朝のホームルームを今や遅しと待ちかね、 ここ桃月学園1年C組でも姫子が支離滅裂なコトをわめいて走り回り、玲がツッコミ、 委員長の一条さんは異次元の会話をかますといった普通だったり普通じゃなかったりする朝の風景が繰り広げられていた。 主に普通じゃなかったのは、いきなり担任の先生が休職して代りに新しい先生がやってくるということ、 そしてかなり普通じゃないことにその先生というのは11歳ながらMassachusetts Institute of Technology （まちゃちゅーせっちゅ・・・・・・以下略）を卒業した天才ちびっこ先生だということである。