企業から個人まで様々なサイトがハッキングされる同一の事件が多発。早速ケイタが調査を任され、そのサポートに謹慎明けの桐原がつくことに。犯行場所を特定し、現場に向かった二人だか、犯人らしき人間を見つけられない二人。しかし、そこでケイタは挙動不審な小学生3人を目撃、そのうちの一人の跡をつけると・・・。

ケイタが事件現場にセブンを忘れて本部に帰ってしまった。セブンは幼い少女ケイコに拾われ、正体を知られてしまう。ケイコは誕生日を祝ってもらうために父親の会社に向かう途中だと知ったセブンは、その道案内をすることになった。

アンダーアンカー開発部に所属する森下はコミュニケーションが苦手で部内では浮いた存在になっていた。同じ高校生同士ということで気になったケイタは声をかけてみるが、いまいち話がかみ合わない。そんな中、新たなブーストフォン“グラインダー”を開発した森下は、その試作実験にセブンを貸してほしいと言うのだが・・・。

アンダーアンカー本部からケイタに緊急の呼び出しがかかった。本部に直行すると、そこにはいつもと違う服装をしたエージェントたちの姿が・・・。実はアンダーアンカーのもう一つの顔は宇宙人と戦う組織であり、敵のUFOが攻めてきたのだという。唖然とするケイタだが、有無も言わさずUFO迎撃システムに参加させられ・・・。

アンダーアンカーからの初給料に喜ぶケイタ。だが口座を確認すると、残金はたったの39円しかない。なんとネットバンクのファーミング詐欺にやられていたのだ。給料を取り戻すため、セブンと早速この事件の捜査を開始するケイタ。そして犯人の暴力団「電龍会」をつきとめるも、そこで刑事の志村と海斗と鉢合わせして・・・。

突然ケイタの携帯にウイルスメールが届いた。パニックになるケイタを助けたのは、隣りにいた同年代の女の子。そのウイルスは騒ぎになり、アンダーアンカー本部も調査に乗り出す。だが、サーバに侵入するも逆に追い込まれてしまう。ケイタはサーバ本体のあるビルに潜入するが、そこで先ほどの女の子に出会い・・・。

セブンとサードをリンクさせたことで査問会にかけられ、謹慎処分となってしまう桐原。自分をかばい、桐原が一人で処分を受けたことに悶々とするケイタ。そんな中、「アンカーの危機について話したい」と謎の人物からケイタに電話が入る。不審に思いながらも謎の人物に会いに行くケイタとセブン。そこに待っていたのは・・・。

地下駐車場に閉じ込められ、銃撃を受けている絶体絶命の桐原とサードは、ケイタとセブンにより窮地を脱した。だが、銃撃元を特定することができない桐原は、本部から禁止事項とされている並列分散リンクをセブンとサードに行わせる。リンクによって能力が飛躍的にアップしたセブンとサードによってトリックを見破るが・・・。

最近小説にハマっているケイタの母は優璃と意気投合。自分の通っている小説教室にケイタと優璃を連れて行くことに。昔ながらの文学小説を良しとする講師の甘木は、優璃の書いたイマドキの携帯小説を見て激怒。翌日、ネット上に新種のウイルスが蔓延、ウェブ上の文章が次々と書き換えられてしまうという事件が起きて・・・。

男運の悪い瞳子。ある日街で出会った安藤に性懲りもなく一目惚れしてしまう。瞳子はケイタをそそのかし、規定違反の個人情報アクセスで安藤の携帯番号をゲットし、デートに誘うが気負い過ぎて大失敗。その頃アンダーアンカー本部では、ネット犯罪者「A315」の裏携帯番号に、ケイタから発信があったことが判明して・・・。

歩く黒いケータイ、通称“デビルK”を見ると不幸が起こるという都市伝説がネット上をにぎわせていた。ケイタの同級生である優璃も黒いケータイを見かけてしまい、頭を悩ませていた。そんな中、次々と危険な出来事に遭遇する優璃。歩く白いケータイ、通称“エンジェルK”を見ることができれば、呪いが解けるというが・・・。

アンカーで開発されていたペットロボットが逃げ出した。瞳子から捜索を頼まれるが、あまり気乗りしないケイタ。ペットロボットから発信されるメールをスキャンアプリで探知して発信源を絞るセブン。だがセブンのバッテリーが低下してしまい、ケイタがフォンブレイバーを充電できるアンカーショップを探し当てると・・・。

街で人々が突然苦しみ出し、謎の行動をとる怪事件が発生。特殊な超音波を人知れず発射し、自らの手を汚さずに殺人を実行しようと企む音無による実験だった。アンカーでは桐原とサードが調査にあたるが、なかなか犯人を特定できずにいた。捜査に加わることになったケイタは、水戸の提案で桐原とコンビを組むことになり・・・。

正式にアンダーアンカーのエージェントとなったケイタ。アンカー本部を訪れたケイタをひとまずは歓迎してくれた千草や瞳子とは裏腹に、フォンブレイバー・サードのバディ桐原は彼の未熟さを指摘し厳しい態度をとる。その後、地味なエージェント研修にうんざりしていると突如事件が発生。ケイタはセブンと任務に向かい・・・。

都内に引っ越してきたばかりの網島ケイタは、人と親しくできず、コミュニケーションが苦手になってしまっていた。そんな日常から抜け出そうと、ケイタは家出を実行する。しかしその途中、工事作業機械に巻き込まれてしまうケイタ。その現場に現れたのは滝本という男。そして、自らの手足で動き回る携帯電話が・・・。