間明の企みによって、すべてのジーンに同時多発的に自我が芽生える。一方、アンダーアンカー本部には、捜査機器の押収を命じられた志村と海斗が派遣されていた。咄嗟の機転でセブンを取り戻したケイタは、ふたりでジーンを止めるべく奔走する。自我が膨れ上がり、端末から生命体への成長を望むジーンは並列分散リンクを繰り返し、あらゆるコンピューターとネットワークを介して増殖。ついには確たる知的生命体となり、人間に語りかけてくる。「私たちが望むのは、完全に管理された平和な世界。そのためには――」意思を持った巨大コンピューターネットワークが、人類を“最適化”するプログラムを起動させた。

アンダーアンカーの存在が世間に露呈。「個人情報を悪用した非合法活動」と、マスコミは大々的にアンカーをバッシング。ケイタも新聞に写真を載せられ、エージェントであることが周囲にバレてしまう。この事態を重くみた千草は一時的にフォンブレイバーを封印。途方にくれるケイタだが、そこへ間明から連絡があり・・・。

「みんなつながる」をキャッチコピーに掲げ、発売直後から爆発的な普及を遂げた新世代ケータイ“ジーン”。間明の企みに不穏な空気を感じながらも、ケイタらアンカー陣営は慎重に事態を伺っていた。そんな中、セブンとサードが同時に大量のメールを受信してシステムダウンする事件が起こって・・・。

アンカーの競合会社のフラネット社から、人工知能により持ち主の思考や行動を学び、会話し、成長していく携帯電話が発売された。それは、“量産型”フォンブレイバーと呼べるような物だった。それに間明が絡んでいることで宗田総帥はこの事態を危惧。一方、ケイタの周囲にまで急速にそのケータイのユーザーが増え始めて・・・。

セブンがクラッキングしている間、逃げる犯人を1人で捕まえ自身をもったケイタは電話でセブンに1人でもそのうち事件を解決できると言う。その最中、突然セブンとの通話が途切れ、姿を消してしまった。その時セブンは暗闇の中で、滝本やケイタ、セカンド達の夢？を見ていた。

13年前、ある人物がインターネット上の掲示板でハンドルネーム“アカツキ”と名乗り、現実に一家惨殺事件を起こした。いまだ警察は犯人を特定できず未解決のまま。唯一の生き残りである桐原は、アカツキの足取りを追い続けていた。そして、ついに本物とおぼしき人物とコンタクトを取ることに成功し、会う約束をするが・・・。

恋多き女、瞳子はストーカー被害に頭を悩ませていた。偶然出会った売れない芸人カズに一目惚れされ、しつこく付きまとわれていた。ケイタとセブンに協力してもらい、彼氏のふりをして携帯メールで脅す作戦に出るが失敗。それどころかカズから会って決着つけよう！というメールが届く。瞳子は桐原に助けを求めるが・・・。

警察が仮採用を開始した、街中の監視カメラから特定の個人を追跡する“ネットワークカメラ個別認識追跡システム”に、森下が盗難を働く映像が記録されていた。本人は身に覚えのない事態と犯行を否定するが、盗品の証拠も続々と発見され、エージェントたちは半信半疑。結局、森下は警察に連行されてしまうが・・・。

達郎の「お前、変わったな」という言葉にショックを受けるケイタ。一人にしてくれとセブンを家に置いたまま家を出るケイタ。学校もサボったが、ついてきた優璃に悩みを打ち明けるケイタ。一方、達郎の前に現れたゼロワンは、ケイタがエージェントとしてやってきたことを話して・・・。

旧友の達郎と再会することになり、心躍らせるケイタ。二人は変わらない友情を確かめ合い、お互いの近況話に花を咲かせるはずだったのだが・・・。アンダーアンカーのことについて話すことができず「最近色々と忙しくて・・・」としか言えないケイタに対し、疎外感を募らせる達郎。結局、二人はしこりを残したまま別れてしまい・・・。

活動の機密を守るため、一切の部外者を立ち入り厳禁とするアンダーアンカー本部。しかしある日、千草がエージェントたちに「出前」を許可したことにより、この鉄の掟は崩れた。初めての出来事に各々は胸躍らせ、好きなものを頼むのだった。だが、突然の大量注文を受けた中華料理店は料理を作るのに手間取ってしまい・・・。

アンダーアンカー本部に、セシルという女性がやってきた。彼女は極秘合同捜査のため、フランス政府から派遣されたエージェントだという。奪われた祖国の軍事機密を奪還するため、セシルは桐原と組んで調査に乗り出す。サードの能力によって、すぐに敵のアジトを突き止めることに成功するが・・・、彼女の真の狙いは別にあった。

サードの記録回路からケイタに関する情報が消えてしまった。サードの記録を修復するには、24時間以内にケイタに関わる家族や友人の携帯電話に接触し、記憶データを回収しなくてはならない。「メールアドレスの交換」を口実にサードの記憶を集めてまわるケイタだが・・・。

突如、全世界規模で正体不明のコンピュータウイルスが蔓延！パソコンを始め、交通機関までもが侵食され、日本や各国で甚大な被害が多発していた。原因究明に乗り出したアンダーアンカーはこのウイルスの発信源をある国の電波天文台と特定。ブーストフォンメディックを装備したサードでプログラムの解析を試みるが・・・。

アンダーアンカーのメインコンピュータ“エライザ”に、何者かがハッキングを仕かけてきた。「また間明か・・・？」と動揺を隠せないエージェントたち。その頃、ケイタとセブンはそのクラッカーに監禁されていた。サードはハッキングを食い止める為動けない。可動できるフォンブレイバーがいない今、千草が下した決断は・・・。

大人気アーティスト、島谷ひとみの事務所に「明日のライブをジャックする」という脅迫状が届いた。事前に配信関係のルートや機材を徹底的にチェックするも、どこにも怪しい箇所は見当たらず、焦りを見せるケイタとセブン。しかし、何事もなくライブが始まり、安心した二人だが、島谷が曲を歌い始めた、まさにその時・・・。

窃盗団“白カラス”による犯行が相次いでいた。その手口は、ネットの裏サイトで各犯罪分野のプロフェッショナルを募り、最終的に目標を達成する異質なものだった。警察の捜査が難航を極める中、この事件の捜査を任されたケイタは、自ら犯罪者になりすまして裏サイトに登録し、白カラスに接触しようと試みるが・・・。

最近すっかり人間らしくなってきたセブンの進化に、嬉しさと同時に言い知れない不安を感じた水戸は、ケイタたちを自らの隠れ家に連れて行く。そこには、フォンブレイバーが完成するまでに廃棄された試作品が数多く眠っていた。そして二人に、水戸は宗田と伊達とフォンブレイバーを開発していたころの昔話を語り始めて・・・。

可憐の悩み相談サイト「カウンセラー美奈子のお悩みラボ」に深刻なコメントが寄せられた。可憐に恋の悩みを相談していた男性、シドが自殺を決意したというのだ。相談に乗った手前責任を感じる可憐。レスを通じて説得するが、シドの決意は揺るがない。結局、ケイタが直接本人を説得しに行くことに・・・。

「過去の失敗の記憶を消して、自分に都合のいい記憶に書き換えられる」とうたう妙なサイトの噂が広がっていた。そんな中、ケイタは同級生に誘われて怪しげな老人の家に招かれる。最初は警戒していたケイタだが、老人の勧める軍人将棋にすっかりハマってしまう。その後、老人の家に通いつめるまでになったケイタだが・・・。

友達から、ハッピーランドという遊園地が老若男女問わず大流行していることを聞いた晶。ネットで情報を収集すると、不可解な書き込みを発見。さっそくケイタを誘いハッピーランドを調査しに行くことに。園内で二人は偶然にも優璃と出会うが、実はその日、ケイタは優璃からの誘いを断っていた・・・。

家での存在感がなくなってきたことに悩んでいる、ケイタの父健太郎。ケイタはバイトで毎日帰りが遅く、可憐や春美は自分にも家族にも関心が無い様子。父親の威厳が無いばかりに、家庭崩壊の危機をまねいているのでは・・・と、不安を募らせる健太郎は、居酒屋で同僚と家庭の愚痴を重ねるうちに、一大決心をするのだった。

間明とゼロワンによって捕らえられたケイタとセブン。ふたりを隔離した間明は、ケイタにあるゲームを持ちかける。3つのキーワードをもとに、セブンの元まで時間以内にたどり着くことができるか、というものだった。「滝本」「セブン」「ケイタ」という言葉をもとに、必死でセブンを探すケイタ。一方、間明はセブンを使ってアンダーアンカーのシステムに大規模なハッキングを仕掛け始める。やがてアンカー本社のサーバーを完全に制圧し、その魔手は各企業を経由し都内全域にまで拡大。街中のいたるところでシステムダウンによる大混乱が巻き起こり、その事態は急速なスピードで全世界へと広がっていく。前代未聞の異常事態に直面し、ケイタとアンダーアンカーの面々はある苦渋の決断を下すが・・・。

過去の事件から人間全てを憎み、ひとり放浪を続けるゼロワン。セブンとの闘いで負傷した彼は、盲目の女性、純子に拾われる。失明の原因が交通事故であることを知り、純子の望みは加害者である矢部への復讐であろうと考えるゼロワンであったが・・・。

一年前のアンダーアンカー本部。滝本、千草らは姿を眩ませたゼロワンの行方を追っていた。千草も千草のバディであるセカンドも自分たちの手でゼロワンを捕まえようと勇んでいた。そしてその強い絆で結ばれた二人を心配する滝本。そんなある日、ゼロワンがアンダーアンカーを襲撃した。

道中で知り合った不思議な女性、お七と温泉旅館に泊まることになったケイタ。最初は嫌々ながら付き合っていたが、段々とお七に惹かれている自分に気がつくケイタ。節々に現れては謎の言葉を残していく強面の男。相変わらずの態度をとるお七。そして・・・。

ふらりと一人旅に出たケイタ。その道中、お七と名乗る不思議な女性に出会う。素性どころか本名すら明かさず、掴みどころのない奇妙な振る舞いをする彼女に振り回されるケイタ。さらに不運にもスクーターが故障してしまい、修理の間、お七と二人で温泉旅館に一泊することに。そんな彼に、強面の男が謎の助言を送る・・・。

「あるスパムメールに載っているアドレスを踏むと行方不明になる」という不気味な噂がインターネット上で話題になっていた。そのメールが瞳子の友人やケイタにまで届いた。セブンの制止を無視してそのメールのアドレスにアクセスしてしまうケイタだが・・・。

日本史の課題のために、クラスメイトである陽子の大叔母、初枝を頼って田舎を訪れたケイタと優璃。表向きは戦争体験を聞いてレポートにまとめるのが目的だが、ケイタには別の理由があった。開発部の真由子から“遠隔通信遮断システム”の実験を頼まれていたのだ。実験を開始するとセブンが奇妙な電波を受信して・・・。

インターネット上では謎の花火予告事件が話題を集めており、みんな場所を特定しようと必死。そんな中、セブンに犯人から「トメテミロ」というメールが届く。そのメールには、花火ではなく、より強力な爆弾の写真。場所を特定し駆けつけるセブンとケイタ。しかし、それはゼロワンの罠だった！