花の幻覚からパルバラ姫に助け出されたトッピーたちは、森の奥で偶然アン教授と再会する。トッピーたちはクローン草という不思議な草から生まれた自分とそっくりなニセモノに驚いて取り乱してしまう。本物とニセモノの区別がつかなくなってしまったパルバラ姫はトッピーたちが眠っている間に、一人で先に進んでしまう。

発信器を取り付けられていたサジタリウス号はカレムス星の巨大な戦艦に捕まってしまう。パルバラ姫は大切なスイードの秘密が記された石版をタルト将軍に取りあげられてしまう。タルト将軍は石版を解読し、スイードを目指し惑星ベンセレムへ向かうのだが、そこには怪しげな香りの花が咲いていた・・・。

戦争を唯一止める力を持つスイードを手に入れるため、マグロック星を発ったトッピーたち。突然カレムス星の攻撃艇に捕まってしまう。シガト国王の前でパルバラ姫の正体がばれてしまい、トッピーたちは牢屋に閉じこめられる。危険を感じたトッピーたちはカレムス星からの脱出作戦を計画し無事脱出に成功する・・・。

地球へ帰る途中、故障したサジタリウス号の修理のため冥王星に立ち寄ったトッピーたち。サジタリウス号の高額の修理代と引き替えに、トッピーたちは謎の2人組から仕事の依頼を受け地球に帰ることができずにマグロック星に向かうが、目前で突然サジタリウス号は謎の敵から攻撃を受けてしまう。

シビップの体を借りたモック族の王ラ・ムーの後を追い、ウガリ山の山頂に辿りついたトッピーたち。ラ・ムーの口からムー大陸の謎を知ることができ喜ぶアン教授。しかし、ラ・ムーはトッピーたちの反論も聞く耳持たず、純粋な正義の心を持たないトッピーたちを始末しようとするのだった。そこへ自由になったシビップがラ・ムーの前に現れるのだった。

ウガリ山の山頂を目指すトッピーたちは一晩ふもとで休息をとっていた。翌朝シビップの楽器の音色で目覚めたトッピーたちはジールスという男に出会うのだった。モック族の村に入るために修業中のジールスはジラフに対して嫉妬をしてモック族の罰を与えられ苦しみだしてしまう。

ジラフの脱出の手助けをしたのでコスモサービスの船を降ろされてしまったトッピーは、偶然アン教授と合流し二人で探索を続ける。その頃、コスモサービスはウランを手に入れるためウガリ山へ攻撃を仕掛けようと計画する、コスモサービスに残ったラナは攻撃隊一番機を任されるのだが・・・。

突然現れたコスモサービスに捕まってしまったトッピーたち。アン教授と離ればなれになってしまったのも束の間、トッピーたちは宇宙便利舎が倒産したことを知る。地球に残した家族のためにコスモサービスに就職する決意をしたトッピーとラナだったが、ジラフは一人になってもアン教授を捜そうとコスモサービスの船を脱出しようとする・・・。

やっとの思いでイスタ山の頂上に到着したトッピーたち。そこで奇妙な島を見つけ、その島にアン教授の手がかりがあるかもしれないと考えたジラフは、その島を探索しようと提案する。しかし、島に入り込んだトッピーたちは怪しげな集団に捕らえられ、死刑を宣告されてしまう。

アン教授が登ったという、イスタ山に到着したトッピーたち。しかし登った者がみんな死んでしまうという噂を思いだし、山を目前に怖じ気づいてしまうのだった。そこへ地球の言葉を話す、ノリスという遊牧民の村人が現れ、トッピーたちのために歓迎の宴会を開くのだが・・・。

アン教授を追って新しい村にやってきたトッピーたち。彼らはそこで、アン教授のお墓をみつけてしまう。ショックで暴れ回るジラフ…。トッピーたちは目的を失ってしまう。それから数日が過ぎ、トッピーたちは村中の人がどんな事でも手当たり次第にお互いが譲り合っている事に気づく。そんなある日、タコ夫婦が突然別居すると言い出す・・・。

ライララ村の先のメリカ村で、アン教授は突然軍隊にさらわれてしまう。アン教授はメリカ村の国王ガンレーに、戦争で使うための強力なロケットを作るように命令される。そして3日以内に完璧なロケットを作れなければ死刑にすると言い渡すのだった。その日の晩、アン教授はメリカ村のメリル王女とソビエ村の国王の息子イワンとの密会を目撃するのだった。

トッピーたちと別行動をとったラナは船に乗せてもらうことができずにいた。そんな時、ラナは地球の攻撃艇が墜落するのを目撃する。同じ頃、シビップに連れられてライララ村に到着したトッピーたちは、シビップが地球の言葉をしゃべることができるのを知るのだった！

シビップのお世話係のバイトをこなし、なんとかクーニョにたどりついたトッピーたち。村の馬車乗り場に着いたトッピーたちは馬車の出発までに泊まれる宿を探すのだが、閉所恐怖症のラナは村中の宿が狭い事を嫌がり、野宿しようと言い出すのだった。そんな時、村に鐘の音が響き渡り家という家の戸が閉じられてしまいトッピーたちは閉め出されてしまうのだった。

シビップに命を救われた3人は、アン教授を捜索しようと船で次の村まで向かう。途中でコスモサービスの宇宙船と遭遇したトッピーたちは、アン教授がトッピーたちから逃れるためにコスモサービスに救助を依頼していたことを知る。このままではアン教授に追いつくことができないと考えたトッピーは、コスモサービスの船に忍び込むのだった。

アン教授が向かったベガ第３星空域に到着したトッピー、ラナ、ジラフ。3人はうまくアン教授を見つけることができたのだが、アン教授はムー大陸の新説を証明するまでは帰ることはできないと言い、姿を消してしまう。アン教授を見失ってしまいケンカを始めた3人の前に、宇宙の吟遊詩人と名乗る異星人が現れた・・・。

宇宙便利舎に勤める宇宙船サジタリウス号のパイロット、トッピーとラナ。ある日、宇宙での仕事から帰った二人は空港でアンという女性と出会う。アンは悪い男に追われているところをトッピーとラナに助けられ、無事に男から逃れて宇宙へと飛び立って行った。トッピーとラナは久しぶりに家に帰るのだが、宇宙便利舎から急な呼び出しが入り宇宙へ行ったアン教授の捜索を依頼されるのだった。