難民たちでいっぱいの星ミラキキ星。トッピーたちはサジタリウス号でその星の人々のために救援物資を運ぶのだが、なんとミラキキ星の人々は大切な地球からの救援物資を鳥のエサにしてしまうのだった。そんな状態に疑問を感じていた村の青年キキルは、怪鳥パラドンを保護鳥扱いしているガミン大統領に直接交渉しようと決意するのだが・・・。

戦闘用のヘリで村に降りたナルガン王と黒ベレー部隊は、火炎放射機でケポックの畑を焼いてしまった。怒ったルナ王女はナルガン王の手から逃れ姿を隠してしまう。そんなナルガン王の前に孫のミウが現れ、ピラフの作った果物畑へと案内するのだった。

おかしな毛玉に連れ去られたジラフを追って、トッピーたちがついたのはジャングルの奥の小さな村だった。その村にはナルガン王の娘であるルナ王女の姿とジラフにそっくりな小さな女の子がいた。その様子を見たアン教授はますますジラフに腹を立ててしまい、ジラフはなんとその場で離婚を言い渡されてしまうのだった・・・。

長年の夢が叶ってナルガン星へ新婚旅行に出かけることになったジラフとアン教授だったが、二人は空港につくなりナルガン城の軍隊にさらわれてしまう。ナルガン城に連れてこられてしまったジラフは、ナルガン王の娘のルナ王女と駆け落ちしたピラフという男と間違われていたのだった。

迷宮の奥で宝のある部屋に辿り着いたトッピーたちは、宝の番人であるクプクプと出会う。気味が悪いとクプクプを疑うトッピーやアン教授であったが、そこへ運悪くマルクがやって来てしまう。

マルクの発掘基地に潜入できたトッピーたちだったが、基地の中ではマルクがトッピーたちを待ち伏せしていた。絶体絶命のピンチの中、偶然迷宮に迷い込んだトッピーたちはマルクの手から逃れ命拾いするのだった。

お金に目がくらみマルク社長から海賊退治の仕事を引き受けてしまったジラフとラナは、サジタリウス号で宇宙に飛び出してしまった。トッピーとアン教授は学会でのマルク社長の発言から、マルク社長が何か企んでいるのではないかと考え始めていた。ジラフとラナの乗り込んだサジタリウス号の目の前に海賊船が現れる・・・。

サジタリウス号での仕事を終えたサジタリウスは地球へ帰る途中、突然ルアー星の自警団に海賊と間違えられ捕まってしまう。トッピーたちはその場で理不尽に死刑を宣告されてしまうが、偶然その場に居合わせたアン教授に助けられ命拾いするのだった。

巨大化したシビップを止めようと、ラナはシビップをレーザーガンで撃ってしまった。シビップを殺してしまったと落ち込むラナだったが、逆にレーザーの威力を吸収したシビップはますますパワーアップするのだった。ケミカルが現れ除草剤を使いシビップを追い払い、村人はケミカルをすっかり信用する。

アロン星の焼却炉に捨てられ大爆発を起こしてしまった物体Ｚ。爆発の衝撃に巻き込まれながら不時着したトッピーたちは死の灰を浴びてしまった。爆発の影響で被害を受けた住民たちは、物体Ｚを作り出したモラに３日以内に爆発の影響を納めることができなければ死刑にすると約束させられてしまう。

アン教授との結婚式の準備や仕事がうまくいかずに落ち込んでいたジラフに、大学時代の仲間であるモラから連絡が入った。モラは作物を急激に成長させる物体Ｚという薬を作り出したが、火と反応すると核分裂を起こしてしまうという大変な副作用があった。モラは物体Ｚを安全な薬にするためジラフに協力を求めるが・・・。

オルロッグ人を監視していたコンピューターは、トッピーたちにオルロッグ人の今までの歴史を語り、オルロッグ人の争いを防いでいたセーフティーシステムを解除してしまうのだった。途端に凶暴になったオルロッグ人たちはトッピーたちを襲い始める。

トッピーたちはオルロッグ人たちから逃げ出す事に成功するも、不思議な世界から脱出する方法がわからずにいた。脱出する方法を調べるためにトッピーたちはオルロッグ人を追いかけるが、辿り着いた遺跡の中ではたくさんの弱ったオルロッグ人たちが閉じこめられていた・・・。

消えたイストリックス教授を追ってオルロッグ人の遺跡にやってきたトッピーたちは、偶然入り込んでしまった不思議な場所で、生きたオルロッグ人と遭遇するのだった。そこでトッピーたちが見たのはイストリックス教授を連れ去るオルロッグ人の姿だった。

トッピーたちは仕事の依頼で、考古学者のイストリックス教授を地球へ連れて帰るために惑星デルタまでやって来た。しかしイストリックス教授は研究のために地球へ帰らず、デルタに残ると言い出すのだった。

ダイムを追いかけてトッピーたちの辿りついた場所は、死んだダイムの仲間の骨でいっぱいだった。そこには、先住民たちに見守られながら卵を暖めるダイムの姿があった。卵にヒビが入り、新しいダイムが産まれようとしていた時、ダイムの皮膚を手に入れようとトンシー博士とフランケンが近づいていた。

ダイムの生まれ故郷の惑星アルタルフに向かうサジタリウス号。サジタリウス号の船内を破壊しそうな勢いで急激な成長を続けるダイム。アルタルフ星に到着するもダイムは突然森の中へ逃げ出してしまう。ダイムを追って森の奥までやってきたトッピーたちは先住民たちによって捕まってしまい、生け贄として火あぶりにかけられてしまう。

シビップとダイムはついに老婆に捕まってしまうが、老婆の正体はトンシー博士だった。トンシー博士はダイムの皮膚をフランケンに移植するための手術を開始しようとするのだが、フランケンはシビップの歌によって暴走し、その隙をついてダイムとシビップは逃げだそうとする。

銀河パトロールから無事逃れることができたトッピーたち。しかし、サジタリウス号には銀河パトロールステーションを破壊した老婆とフランケンという怪物が忍び込んでいた。老婆に脅されて無理矢理行き先をクレーラに変更させられるのだが、大気圏に突入し温度が上昇してダイムが暴走してしまう。シビップは老婆からダイムを守るため、脱出ポッドでクレーラへと逃げ出すのだった。

宇宙天然記念物であるダイムを盗んだ疑いをかけられ、犯罪者として捕まってしまったトッピーたち。輸送の仕事を依頼したトンシー博士に確認を取るも、トンシー博士は仕事を頼んだ覚えはないと言われてしまう。無実の罪で３０年も牢屋に閉じこめられることになってしまったトッピーたちは、なんとかして脱出しようと考えるのだが・・・。

婚約したアン教授とジラフは自分たちの結婚式の仲人を誰にするか決めかねていた。そんな時テレビに出演していたジラフの恩師であるトンシー博士に仲人のお願いをしようとする。トンシー博士はジラフが宇宙貨物輸送の仕事をしていると知ると、5万ラムダというとんでもない報酬の仕事を依頼するのだった。

アマルログ人の罠にはまり捕まってしまったトッピーたち。命を助けてくれたトッピーたちを騙したことを後悔していたピンタは、シビップのギターにレーザーガンを隠しトッピーたちへ手渡すのだった。トッピーはレーザーガンの存在に気づき、人質を取って捕虜の解放に成功する。

アマルログ人に基地へ近づいている事を知られてしまったトッピーたちは警戒しながら基地へ向かう。その途中、アマルログ基地から逃げてきたピンタと知り合う。ピンタはトッピーたちをアマルログ基地へ案内し、仲間の一人としてアマルログ基地へ共に向かう事になる。

いよいよアマルログ基地に近づいたトッピーたち。長い砂漠を抜けアマルログ基地を目前で、ラナが竜巻に巻き込まれ行方不明になってしまう。無事だったラナだったが、再び危険な冒険に戻ることが怖くなってしまい自分を探しているトッピーたちからも身を隠してしまうのだった。

アマルログ人に見つかっても安全なようにと女装したトッピーたちは、侵略される前にルルたちが住んでいた村に到着した。トッピーたちはそこで偶然フラン星に留学していたルルの幼なじみであるピカソンと出会うのだった。ピカソンの父は2年前に既に亡くなっていた。ルルは必死でその事を隠そうとするのだが・・・。

ルルを好きになってしまったジラフ。トッピーはそんなジラフを心配して出発前にアン教授から預かった手紙を読ませるのだが、ジラフはアン教授が自分を子供扱いしていると逆に怒り出してしまう。ついにジラフはルルにプロポーズをしてしまうのだった。

新宇宙便利舎の初めての仕事だったが、ルルによって無理矢理行き先を戦争中の星に変更させられてしまったサジタリウス号は、緊急着陸するはめになってしまう。ルルたちの隠れ家に連れてこられたトッピーたちは、アマルログ人に連れ去られてしまった仲間を助け出して欲しいと改めてルルから本当の依頼を聞かされる。

大冒険から地球へ帰ったトッピーたちには失業者という厳しい現実が待っていた。トッピーは残ったサジタリウス号で新しい宇宙便利舎を作ろうとラナに提案するが、ラナの妻ナラは大反対。すぐにでもラナに働き始めるようにと言いつけるのだった。トッピーはサジタリウス号を捨てる事ができず、シビップとジラフの３人で新宇宙便利舎を立ち上げるのだった。

トッピーたちは先を越され、タルト将軍がスイードの目前までやって来た。その場にいたパルバラ姫もタルト将軍を追ってスイードのある巨大な幹を登り始める。パルバラ姫は足を踏み外して落ちてしまいそうになったタルト将軍を必死で助けようとする。その様子を見ていたトッピーたちはパルバラ姫と共にタルト将軍を助けるが・・・。

一人で行動していたパルバラ姫は、再びタルト将軍に捕まってしまう。その時、クラゲの怪物が現れてタルト将軍たちを襲い、パルバラ姫まで連れ去ってしまった。トッピーたちはパルバラ姫を救うためクラゲの居場所を探そうとするが、気がつくとラナは一人はぐれてしまっていた。