ブラック・ジャックは手術中に指が動かなくなり、手塚医師に相談。子供の時に手や指を切断したブラック・ジャックは本間先生の手術を受けたが、20年経って神経が弱ったと2人は推測する。この後、ブラック・ジャックと手塚は本間と同じ病院にいた精神科の浅草先生に会う。浅草がブラック・ジャックに睡眠療法を行うと、20年前の手術の後、ブラック・ジャックは一時的に脳波が弱まり、危険な状態に陥った事が判明。記憶がない部分もあり、それが指の動かない事と関係していると浅草は診断するが・・・。

ブラック・ジャックとピノコは山頂にあるリゾートホテルに宿泊中。同ホテルに重症患者が運ばれるがストに突入したため、嘱託医の薮医師は治療途中で家路につく。治らない病気の客、水原が遺書を書き、錠剤の入った小瓶を開けると、廊下から患者の息子、リッキーの泣き声。2人はブラック・ジャックに父親の治療を頼む。が、ブラック・ジャックは休暇を理由に断る。水原は車にリッキーと父親を乗せて街の病院へ向かうが途中に巨木が倒れていて道路は完全に封鎖されていた・・・。

生け花の家元、永湖清水は19歳になる娘、ソノの診察をブラック・ジャックに依頼する。ソノは病気で余命数か月。永湖は1年後の選考会でソノを家元にしたいから余命を1年に延ばしてほしいとブラック・ジャックに頼む。が、ブラック・ジャックは家元になった後すぐに死ぬからと反対。この後、自分は死ぬと決めつけるソノが生き生きと輝く生け花を完成させ、この花のように生きていたいと訴える。必死に頑張ろうとするソノの言葉を聞き、ブラック・ジャックは手術の準備を始める・・・。

海外の空港付近の街を走る4WDを運転するブラック・ジャック。助手席にはピノコがいる。手術後、カレーラスから原因不明の高熱で苦しいという苦情の電話がきたため、ブラック・ジャックは彼の牧場に向かっているのだ。途中、動物が見たいというピノコを動物園で降ろし、ブラック・ジャックは1人でカレーラスの牧場へ。ブラック・ジャックは屋敷へ入るが人の気配はない。そして、物音のする2階に行くと使用人が札束や宝石を鞄に詰めていた。その奥ではカレーラスが息絶えていた・・・。

完成間近のビル内でオーナーの虎ノ門が内覧会の客3人にビルの説明をしているとブラック・ジャックが現れる。ブラック・ジャックは未払いのオペ代5千万円を請求するが、虎ノ門は法外な金は払えないと拒否。そしてブラック・ジャックを追ってきたピノコも合流し、虎ノ門らと共に緊急事態エリアへ。虎ノ門は防犯防災対策を見てもらうため、防御壁を降ろす実演を行う。この後、解除ボタンを押すが機能せず、ブラック・ジャックたちは外部と断絶した防御壁の中に閉じ込められてしまう。

以前、ブラック・ジャックの家に村岡映児という小学生と父親、そして先生の佐伯がやってくる。映児は生まれつき指が使えない指欠損症だが、ソロバンの才能があり、手で打てるようにして欲しいという。ブラック・ジャックが手術費に3千万円を要求すると、映児はソロバンで日本一になって足りないお金を返すとお願いする。1週間後、ブラック・ジャックは無事に手術を成功させ、あとは映児のリハビリに望みを託す。しかし、映児は手が痛くてソロバンが打てないと弱音を吐く・・・。

仕事で渡米していたブラック・ジャックは1週間ぶりに帰国し、空港で同期の安東と偶然に再会する。医師会の東南アジア旅行帰りの安東は、ブラック・ジャックを食事に誘う。2人は同じ皿の料理に手をつけていたが、ブラック・ジャックはふと箸を止め、検疫を受けたか安東に確認する。安東は受けていないと答えた後、お腹の具合が悪くなる。安東と別れてタクシーに乗り込んだブラック・ジャックは東南アジア帰りの医師の旅行団体からコレラ患者が出たというラジオのニュースを耳にする・・・。

山奥のレジャーランド予定地で、作業員たちに大きな影が襲い掛かる。瀕死の作業員はうわごとのように「ナダレ・・・」と呟く。一方、海外の生物医学学会では、大江戸ダイゴが脳を大きな入れ物に入れて栄養を与えれば、発育して頭が良くなる可能性があると自身の研究を発表。数日後、ダイゴは山奥の研究施設に1年ぶりに戻るが、中は滅茶苦茶に荒らされ、鹿のナダレや助手の西郷の姿も見えない。動揺するダイゴの前にブラック・ジャックが現れる・・・。

ある島の分校で校医として働く清水きよみの元へブラック・ジャックが現れる。ブラック・ジャックは昔世話になったきよみの兄、幾男に会いに来たのだが、幾男は既に他界していた。ブラック・ジャックは本土へ戻ろうとするが嵐で船が欠航し、きよみの診療所に宿泊する。その夜、集団食中毒が起こり、きよみはブラック・ジャックに協力を頼むが、内科は専門外とブラック・ジャックは断る。きよみが患者宅を廻り、診療所へ戻ると崖から落ちた校長がベッドに。ブラック・ジャックは万一に備えて診療所に残っていたのだ。

ピノコはチンクという少年と仲良くなる。帰宅したピノコが書き始めた手紙はラブレター。気になったブラック・ジャックは相手を訊ねるが、ピノコは教えようとしない。この後、ピノコはチンクとデートをするがブラック・ジャックは感心を示さない。子供扱いされたピノコは大人になると決意し、メイクをしたり、大人の服を着たりと背伸びを始める。そしてピノコたちが何度目かのデートをした日の夜、ブラック・ジャック邸に病人が運び込まれる。なんとそれはチンクだった・・・。

片目が見えないという久美子を診察したブラック・ジャックは白班症と診断。すぐに移植する角膜を手配したブラック・ジャックは手術を無事に成功させ、2ヶ月が過ぎる。元気になった久美子は、商店街でこちらを見つめてくるハンサムな男性の幻を見る。それ以降、久美子は頻繁に同じ男性の幻を見るようになる。相談を受けたブラック・ジャックは角膜を手配した手塚医師に連絡し、提供者について調べてもらう。そんな折、久美子は商店街で幻の男性、岸田と実際に出会う・・・。

喫茶店「TOM」に現れた刑事、友引の姿にハッとするマスターとブラック・ジャック。マスターは昔、警察の世話になっていたが、現在は悪いことから足を洗ったと友引に説明。しかし、友引が来たのは無免許医のブラック・ジャックに署への出頭を要請するためだった。この後、友引の視線はマスターの右手の手術痕に向けられる。すると、マスターは指が元通りになったのは2人のおかげと感謝し、哲と呼ばれる手品師だった10年前を回想する・・・。

長野を旅行中のブラック・ジャックとピノコが乗るバスの中に目が飛び出し、喉が腫れたツユ子の姿。苦しむツユ子を母親が励ましていると、突然ピノコが腹痛を起こす。ブラック・ジャックはその親子が向かう山家村の古和病院でピノコも診察してもらおうと考える。ブラック・ジャックたちは親子の後を追い、山奥にひっそり佇む古和病院へ。古和先生はピノコに薬を処方した後、ツユ子を診察。薬で治そうとする古和にブラック・ジャックは手術した方が良いと忠告。ツユ子はバセドー氏病だった・・・。

ジュンは会ったことのないニュージーランドに住むトムという親友がいる。2人はパソコンでチャットを楽しむ間柄だ。ジュンは野球でホームランを打ったとトムに話すが、実はこの話は嘘。ジュンは運動ができない病気で、大人にならないと手術することもできないのだ。チャット中、トムから来月、日本に行く予定だと明かされ、嘘がバレると心配するジュン。そこにブラック・ジャックが現れてジュンを診察、病気を治せると説明するのだが・・・。

ある高校で校内放送を担当する朝戸レイは美しく明るい声の持ち主で、校内のアイドル的な存在。そんなレイが苦しそうに咳をする姿に同級生のクミコは気付く。放課後、合唱部のレイは3ヶ月後に控えた合唱コンクールに向けて体育館で練習を行う。夕方、レイはクミコに相談があると言い、2人はブラック・ジャックがコーヒーを飲む喫茶TOMへ。レイは自分の声が消えてしまうと号泣。話を聞いていたブラック・ジャックが診察すると、レイは声帯ポリープだった・・・。

ある病院で難しい胸部大動脈瘤の手術をするブラック・ジャック。その姿を世界医師会連盟の人間が見つめている。一方、家で留守番するピノコは泥棒の源吉を発見。源吉から不幸な身の上話を聞かされたピノコはお金があったら届けると約束する。翌朝、ブラック・ジャックに世界医師会連盟から連絡。優秀なブラック・ジャックが無免許医と知り、日本医師会に掛け合って医師免許を発行させるという。その頃、ピノコはブラック・ジャックから前借りしたお小遣いを持って源吉の家を訪ねていた・・・。

入院中のミチルは自分が残り僅かな命と知り、最初に病室に入ってきた男性と結婚すると言い出す。父親はミチルの幼馴染みの久磨に電話して状況を説明。ミチルとの結婚を了承した久磨は病院へ向かう。小康状態のミチルが男性の訪問者を待っているとドアをノックする音が聞こえる。最初に病室に入ってきたのは久磨ではなく、病院から手術を頼まれたブラック・ジャックだった。ミチルはブラック・ジャックと結婚すると言い出し、結婚式の準備が進められる・・・。

ピノコと写楽はプールへ出掛ける。そこで溺れ掛けたピノコをムサシという青年が救出。2人はムサシと仲良くなる。ムサシの仕事はアニメの動画を描くアニメーター。限られた予算と枚数では生きたアニメは作れないと悩むムサシは仕事を辞める事を考えるが、ピノコたちに説得され、仕事への情熱を取り戻す。そんな矢先、プールでピノコたちに泳ぎを教えていたムサシが突然倒れてしまう。ピノコはブラック・ジャックに連絡して助けを求めるが・・・。

ある高校に通う一ノ関和男は器械体操でインターハイに出場する人気者。放課後、吊輪の練習を行う和男は左腕に痛みを感じるが、我慢して練習を続ける。幼馴染みの古河敏江は和男の左腕の異変に気づいて彼の母親に電話、和男は手塚医院で診察を受ける。えその初期症状と診断されるが、和男はインターハイに向けて練習を続行。その結果、左腕の病状は悪化。手塚医師に頼まれて診察したブラック・ジャックは腕を切断するしかないと診断を下す。

ピノコはテレビ番組「ビックマスク」を見て悪役のゴーラスに夢中。ロケ現場でゴーラス役のタカオにやさしくされ、ピノコは彼のファンになる。撮影後、タカオの足の腫れに気付いたスタッフは知り合いの写楽に頼んでブラック・ジャックを紹介すると約束。タカオはブラック・ジャック邸に入院することになり、ピノコは大喜び。その後、ブラック・ジャックはタカオの家を訪問。母親とブラック・ジャックの会話を聞いたタカオの弟、ユキオは兄がブラック・ジャックに捕らえられていると勘違いする・・・。

ラルゴが海側の岩場から咥えてきた真珠を見たブラック・ジャックは、裏庭から岩場にある洞窟を抜けて入り江へ。ブラック・ジャックは入り江で輝く真珠を見て、10年前に別れた友人の物だとピノコに説明、当時の事を話し始める。10年前、ブラック・ジャックは入り江に打ち上げられた傷だらけのシャチを治療。シャチは治療のお礼に真珠を咥えてブラック・ジャックに持ってくる。それ以来、ブラック・ジャックは、何度もケガをしては入り江にやってくるシャチを「トリトン」と名付け、交流を深めていくが・・・。

ブラック・ジャックの家に、病気の身内を治せば一千万ドル以上にあたるお礼をするという内容のCDロムが国際郵便で届く。患者が二百歳という内容に驚くブラック・ジャック。他の患者がいるため、一度は行かないと決めたブラック・ジャックだったが、二百歳の患者を診ることを決心する。ブラック・ジャックとピノコが辺境の空港に到着すると差出人のミリアムが迎えにきていた。一行はジープに乗って患者の待つ村へ。村はずれの家に入ると寝台にはボロ切れのような老人の姿があった・・・。

息子の経営する手瀬間病院の病室で暮らすお婆さんは、病室が患者で埋まると外泊する生活を送っている。お婆さんはいつものように宿泊先を求めて知人宅を廻るが、居留守を使われたり、断られたりして泊まる場所が見つからない。夜、雨が降り出して視界が悪くなり、お婆さんは車に轢かれそうになる。その車を運転していたのはブラック・ジャック。お婆さんはブラック・ジャックに大昔に使用していた別荘のある山奥へ連れて行って欲しいとお願いする・・・。

ブラック・ジャックはピノコを能寿司に連れて行く。職人のタクはブラック・ジャックが日本一と評価する腕前。そんなタクがくにに帰りたいので休みがほしいと旦那にお願いする。母親に日本一の寿司を食べさせるためだ。タクは十年ぶりに帰郷することになるが、街中でトラックに跳ね飛ばされてしまう。タクは両腕を切断することになり、運転手の明は拘置所に入れられる。その後、タクが嘆願書を書いて明は不起訴になる。そして、タクと明は会うことになる・・・。

ブラック・ジャックと一緒に動物園へ来たピノコ。お目当ては白いライオンのルナルナだが、体調が良くないために展示を休んでいた。ピノコはブラック・ジャックに治してもらえばいいと担当の老飼育員に話しかける。老飼育員はブラック・ジャックにルナルナの診断をお願いするが専門外だと断られる。数日後、ブラック・ジャックの自宅を見つけ出した老飼育員は、診断をブラック・ジャックに再度お願いをするが、また断られてしまう。しかし、老飼育員は諦めずに土砂降りの中、軒下でブラック・ジャックを待っていた・・・。

久男は仮病を使って学校をズル休みしようとするが、母親に見破られてしまう。久男が行きたくない理由は、算数ができずに担任の村正先生に怒られるのが嫌だから。翌朝、久男が病気やケガになれば学校へ行かなくて済むと考え事をして登校しているとバイクにはねられてしまう。村正は久男が両足を切断しなければならない重体と聞いて愕然とする。足を切らずに治せるかもしれないブラック・ジャックの存在を知り、村正はブラック・ジャックに依頼の電話をかける・・・。

真中病院の院長が亡くなり、新院長に推薦された2人の先生によって選挙が行われることになった。椎茸先生は2人の候補と同じ勤続20年だが、助手のように扱われる地味な存在のため、誰からも推薦されなかった。そんな折、市街の建設現場で倒壊事故が発生。近くに居合わせたブラック・ジャック、そして帰宅途中の椎茸は事故現場でケガ人に応急処置をする。高い医療技術がある椎茸が真中病院のヒラの医局員と知り、ブラック・ジャックは驚いてしまう・・・。

コングの妹、チャコは病気のため、自宅で寝たきりの状態。チャコは友人の病気を治したブラック・ジャックに自分も治してほしいと願っていたが、ついに入院してしまう。チャコからブラック・ジャック探しを頼まれていたコングは、彼女が入院したことで、ブラック・ジャック探しを真剣に始めた。結局、コングは見つけ出せなかったが、演劇部のキートンにブラック・ジャックを演じてもらい、チャコを励ますことを思いつく。キートンは条件を出してブラック・ジャックのフリをすることを引き受けた・・・。

ピノコと写楽がマンション脇の公園で遊んでいると、野良犬がピノコのポシェットを盗んで逃げていった。後を追うピノコたちの目の前で野良犬は車に轢かれて大ケガするが、ブラック・ジャックに手術をしてもらい、一命を取り留める。ブラック・ジャックにラルゴと名付けられたその野良犬をかわいがるピノコだったが、ブラック・ジャックに飼うつもりはないと釘をさされてしまう。そんな折、ピノコは写楽からポシェットが盗まれた直後の意外な事実を明かされる・・・。

ブラック・ジャックは喫茶店で「ある身障者の記録」という本を熱心に読む車椅子に乗った少年、光男の姿を見かける。数日後、光男は不自由な足のリハビリと自分への挑戦のために広島から大阪まで歩く計画を実行、広場を出発する。その様子はテレビ中継され、ブラック・ジャックの居間のテレビにも光男の姿が映っていた。その日の夕方、ブラック・ジャックは1人旅がしたいと自宅を出て行く。そして、国道を歩く光男が坂道に差し掛かると、駐車した車からブラック・ジャックが姿を現す・・・。