国王が行方不明になり、サファイヤが王位につくことになったが、戴冠式の最中に、ジュラルミン大公によって心の真実を話してしまう毒薬を含まされてしまった女王が国民の前で「サファイヤはじつは女の子」と告白してしまう。ジュラルミンは「国民をだましていた罪は重い」と断罪し、サファイヤを棺桶塔という牢獄に幽閉してしまう。

ジュラルミンは、他人を自分の言うとおりに操る薬を手にいれサファイヤたちに食べさせようとしていた。悪だくみに気付いたサファイヤは、薬入りのビスケットを盗みだし、ジュラルミンの部下たちに食べさせてしまう。

ナメクジ怪獣のカゲラは影を食べてしまう化け物だ。食べられてしまった影を元通りに戻すには、怪獣を倒すしかないと知ったサファィヤは怪獣に戦いを挑む。しかし怪獣を倒せるのは悪魔だけだ。サファイヤは彼女の心を手に入れようとしている魔王メフィストに、自分の心を差し出す代わりに怪獣を退治してくれと頼む。

フランツ王子は、人が考えていることを書いてしまう魔法のペンを亜麻色の女の人に渡して、手紙を書いてもらうように、サファイヤに頼んだ。しかしそのペンはジュラルミン大公に奪われてしまった。彼はそのペンをサファイヤに持たせ、群衆の前で彼女が女であることを書かせようとする。そんなサファイヤの危機を知って、フランツ王子が駆け付けてくる。

「世界で一番美しいのはベラさまです」魔法の鏡はいつでもそう答え、某国の王女ベラはその答えに満足していた。しかしある時、鏡は「世界でいちばん美しいのは誰？」という問いかけに「それはサファイヤです」と答えた。激怒したベラはサファイヤを亡き者にして、世界一美しいものとしての地位を守ろうとする。

ウラナールにある幽霊屋敷の話を聞いたサファイヤは、不思議への興味を抑えきれずに屋敷へ乗り込んで行く。ところが、そこで出会った幽霊は、生前の行いの悪さを咎められて天国に入ることができずに苦しんでいるシャインロックの幽霊だった。シャインロックを可哀想に思ったサファイヤは、彼女を天国に送るためいろいろ試してみるのだが

チンクは人形つかいアンソロの操る、コレットという人形の虜になってしまう。ところが、アンソロの正体は泥棒だった。アンソロはチンクを騙して、お城の内部事情を調べ、城に忍び込んだ。

森にズールという名の、人間の言葉を話す黄金のキツネが住んでいて、王様はキツネ狩りのおふれを出した。そこで、サファイヤが森へ行き、ズールと一戦交え、その時にサファイヤの正体が女であることを知られてしまう。

フランツ王子が、亜麻色の髪の少女を探していると知ったサファイヤは、少女に化け、その姿を写真に撮らせて王子に送った。ところが、そのことを知ったジュラルミン大公は部下に写真を奪うよう命じた。 けれどひょんなことから写真は森に住む山羊の親子のもとに。写真を奪おうとするジュラルミンの部下たちと、そうはさせじとするサファイヤに山羊の一家も絡んで、争奪戦が繰り広げられる。

南の谷へ出かけたサファイヤは、ブラン公爵とルージュ公爵という人物に出会い、バラの館に招待される。ふたりの公爵はサファイヤにジュラルミン大公がこの谷に要塞を建設しようとしているが、その工事を中止させてくれと頼む。工事のせいで谷の植物は全滅してしまう。ふたりの公爵はそれを心配するバラの精だった。

お忍びで町へ出かけたサファイヤは、自分と瓜二つのジェムという男の子と知り合う。一方、城ではジュラルミン大公の忠実な僕、ナイロン卿が男か女かを見分ける薬を持って、サファイヤの帰りを待っていた。城に戻ったサファイヤにさっそく薬を服ませるナイロン卿。しかし薬はサファイヤは正真正銘の男だと告げた。それもそのはず、薬を飲んだのはサファイヤと一日だけ身分を入れ替えたジェムだったのだ。

サファイヤと一緒に森へやってきたジュラルミンの息子、プラスチックは、冬イチゴを食べたいと言い出し、兵隊に森の奥へ探しに行かせた。ところが、森を荒らされた眠りの精は怒り、プラスチックを不眠症にしてしまう

シルバーランドのカーニバルに招かれてフランツ王子がやってくる。一方、ジュラルミン大公はカーニバルに使用するからくり人形を利用してサファイヤの暗殺を企んでいた。ジュラルミンの陰謀に気づいたフランツは、サファイヤに危険が迫っていることを警告した。

シルバーランドの塔には、九百年の昔から魔よけの人形が飾られており、それを壊した者は死刑という掟があった。サファイヤは、そんな掟は間違っていると、人形を壊してしまう。ここぞとばかりにジュラルミン大公がしゃしゃり出て、掟を破ったサファイヤを即刻処刑せよ、と王に迫る。けれど、城中の女たちがサファイヤの味方に付いたため、刑は執行できない。そんな騒ぎの中に魔王が現れて・・・。

いつまでたってもサファイヤから男の心を抜き取れないチンクを見た神様は、天馬にサファイヤの男の子の心を抜いてくるように命じる。しかしそれに気づいたチンクは、天馬をサファイヤに近づけまいとして奮闘する。そんなチンクの気も知らず、天馬を捕まえれば幸せになれると信じているサファイヤは自分から天馬を捕まえに行ってしまう

魔王は娘ヘケートを大魔女にしようとして、再びサファイヤの男の心を手に入れようとする。そしてガリゴリの娘マリを呪いにかけ白鳥の姿に変えて、盗ませようとする。けれどチンクに魔法を見破られたマリはそのせいで死んでしまった。マリを蘇生させる方法はただ一つ、それは魔王の持っている魔法の玉を朝日の光に当てることだった。

貝に入って流されてきた小さな小さな男の子を助けたサファイヤとチンクは、彼を父親のもとへ届けに出発。南の島へたどり着くが、そこで謎の大男に殺されかける。その大男こそ小さな小さな男の子の父親で、彼はランプの精でもあった。

王妃が刺されたら三日後に死ぬという毒バラのトゲに触れてしまった。その毒を消すには”踊り忘れ草”という薬草が必要だとサファイヤは知らされる。そこでサファイヤは薬草の生息する三つの谷にでかけた。三つの谷には三匹の怪物がいて、その三匹を倒さない限り、薬草は手に入らないと知ったサファイヤは、母の命を救うため、敢然と怪物たちに立ち向かって行く。

船上ダンスパーティが開かれることになった。サファイヤが本当は女の子なのではないかと疑うジュラルミン大公は、隣国のフランツ王子に、サファイヤが男か女か調べてくれと依頼する。王子なのだから男に決まってるじゃないかとフランツは思うのだが・・・。

シルバーランドで武術大会が開かれることになり、ジュラルミン大公はこの大会を利用してサファイヤを暗殺しようと、バロンという騎士を雇い入れた。サファイヤはこの企みに気づいたが、腕には自信がある。正々堂々とバロンに受けて立つ。しかしバロンは自分が暗殺者に仕立てられようとしているのを知り、ジュラルミン大公を裏切って、サファイヤの味方をする。

魔王のメフィストはサファイヤの存在を知ると大喜びをした。男の子の心を持った女の子。そういう存在を彼は2000年もの間、探し続けていたのだった。その女の子から男の子の心を奪って自分の娘ヘケートの心と入れ替えれば、ヘケートは大魔女になれるからだ。魔王は早速、サファイヤを誘拐して、その心をヘケートの心と入れ替えようとするのだが、当のヘケートは憂鬱だった。サファイヤの心にされてしまったら、自分はもう自分ではなくなってしまう。ヘケートはそれが嫌だった。

シルバーランドのサファイヤ王子は、じつは女の子だった。この国では女性は王に即位することができないため、彼女は王子と周囲に偽って育てられたのだ。しかも彼女は天使チンクのいたずらで、女の子なのに男の心を持って生まれてしまっていた。神様に叱られたチンクは女の子の心をサファイヤに戻してあげなければならないのだが、彼女のおかれた境遇では、男の子の心のままでいた方が、むしろ好都合のようだ。そこでチンクはしばらくサファイヤの様子を見守ることにする。