【最終話】空間抜けの力で良守の結界を通過しようとする時音。正守も良守の結界の解除に挑むが…。一方、崩壊する楼閣から白は姫と共に脱出。黒芒楼が消えたあとには金色のススキ野原が広がっていく。だが、それは姫が示した最後の力だった。主を失い、崩れ消滅する間際の異界。時子の助けは届くのか? 良守達は脱出できるのか?

良守を身内に取り込もうとして拒絶され、怒る火黒。弾き飛ばされた良守は閃と時音と再会。良守は閃に時音を託すと再び火黒に挑む。良守の術の立ち上がりの遅さに気づいた閃は、ガラじゃないと思いながらも加勢。その閃の危機に良守の絶界が完成するが、良守は結界の中で意識を失ってしまう。同じ頃、姫の力で白に異変が…。

時音を危険から守るため結界に閉じこめた良守は火黒との決戦に挑む。時音は空間抜けで結界から脱出するが、良守の邪魔になると閃に制され見守ることに。決戦の中、良守の未熟な絶界と対峙した火黒は、志々尾を引き合いに出し、能力を持つ者故の苦悩を人間の中で感じたはずと指摘する。両者の戦いの行方は…。

閃とはぐれた時音は藍緋と出遭い、藍緋が妖であるにもかかわらず恐れずに近づいてきたひとりの男との昔話を聞く。男が施した妖封じのまじないで屋敷に囚われの身になったが、奇妙に心地よい日々だったという。以来、人間に興味を持ったという藍緋は時音を逃がす。だが、人間との絆を完全に否定する火黒は藍緋に刃に向けた。

良守を探して地下牢へ向かう時音。そこには閃が囚われていたが、良守は既にいなかった。その頃、正守と繁守は、時子が作った黒芒楼の城への抜け道を使って、救出隊を編成し異界へ出発。一方、火黒を探して単身飛び出す良守の無謀さに困惑する閃だが、時音と出逢い、危険も顧みず動くふたりに感化され、良守探しに協力する。

50年前、友人だった白沼こと白と松戸との間に生じた、白沼の妻･リサを巡る因縁。不死を望むリサの為に実験を繰り返した白沼は失敗し、リサは死亡。リサの死後、白沼も死んだと思われた。リサを慕っていた松戸はリサとの約束を果たす為、白沼の死を疑い、行方を探していた。だが、再会した白は、松戸の想いを裏切る。

黒芒楼で松戸に助けられた良守は火黒を見つけるが、閃の救出を優先させて対決を見送る。繁守と正守は良守達救出の助けを得るため、黒芒にいた時子の元へ向かう。時子は異界の異変を察知、異界を維持する姫の力が限界に近づいている事に気づく。寝所を抜け出した姫は、閃を探す良守に遭遇。一方、松戸は遂に白を捉える。

亜十羅を人質にして烏森の地を要求する左金だが、正守の術に敗れて倒された。一方、異界へ連れ去られた良守は、黒芒楼の城の修復に協力するよう命じられる。密かについてきた閃を人質に取られても強く反発してしまう良守。白は大人しく従うよう消耗させる作戦を紫遠に命じたが、良守は紫遠の責めにも屈さなかった。

黒芒楼の一軍が再び烏森の地に襲いかかる。正守配下の夜行達は次々に妖達を倒していく。一方、良守は火黒を発見するが、それは結界師を捕らえてくるよう白に命じられた紫遠が化けた偽物だった。だが、火黒との対決を望む良守は自ら黒芒楼へ連れて行けと要求。驚く斑尾を弾き飛ばした紫遠は良守を連れ去ってしまう。

時子が黒芒で黒芒楼の城への道を作る為に尽力する頃。良守は実力を試そうと挑んできた夜行の少年、閃達との小競り合いに巻きこまれる。志々尾の背を見送り何も出来ずに死なせたと責められた良守は、仇を取ると閃達に誓う。そして遂に、黒芒楼の一軍が烏森学園に再襲来してきた。正守は良守と共に夜行を率いて迎撃にあたる。

良守と時音を囲んだ謎の集団は正守配下の夜行達。正守は黒芒楼壊滅のため、夜行の本拠地を烏森に移すことにしたのだ。正守を慕う夜行の面々に烏森警護の仕事でもお株を奪われ、悶々とする良守だが、志々尾のアパートで亜十羅と再会する。志々尾の死を自分のせいだとわびる良守に、亜十羅は意外な事を打ち明けるのだった。

対黒芒楼戦に備え、大好きなケーキ作りを封印した良守だが、時子から「力の使い方がわかっていない」と指摘されてしまう。そんなとき、裏山のカラス相手の特訓を思いつく。攻略の極意を会得した良守は、結界術のスピードと精度を格段にアップさせ、時音を驚かせる。だが、そんな良守達を突如現れた謎の集団が包囲する。

雪村家に帰ってきた時子は、また旅立つという。時子がひそかに黒芒楼の城への道を作ろうと考えていると時音から聞いた良守は、ついていこうと決意するが、時音に止めろと忠告される。一方、正守は扇一郎から夜行の活動を制限される。ことを起こす覚悟で扇に逆らった正守は、夜行の本拠地を烏森へ移動する準備を命じる。

学園生活に戻った良守と時音だが、志々尾を失った痛手で心は沈んだままだった。そんな時、無色沼に異変が生じる。烏森の謎の調査の為、黒芒楼の情報部の碧闇が動き出したのだ。無色沼に時音と駆けつけた良守は、そこで豆蔵と再会し、くろすすき (黒芒) の化け狐の話を聞く。どうやら黒芒楼に関わりがある者の名前らしい。

志々尾の死を悼む夜行達。一方、正守は良守を連れ、志々尾家の葬儀へ赴く。玄関先で姉の涼に弔問を拒絶される正守だが、涼が送り続けていた志々尾への手紙を返す。弟に自分の謝罪の気持ちを伝えられなかったと号泣する涼に、良守は志々尾の思いを伝える。その頃、白は裏会最高幹部の一人、扇一郎にある企みを依頼する。

白の蟲を潰した志々尾は、完全変化しても暴走せず、良守と時音のサポートを得て、牙銀と互角に渡りあう。遂に牙銀にとどめを刺そうとした時、火黒の刃が志々尾を貫いた! 良守は、牙銀を倒し、火黒を追うが、瀕死の志々尾を伝える時音の声に我に返り、志々尾のもとへ駆けつける。その時、烏森に異変が発生し…。

烏森に黒芒楼の大軍が襲来。迎え撃つ良守、時音、志々尾は牙銀の凄まじい攻撃に圧倒される。その頃、繁守は墨村家に現れた紫遠のしもべ達の足止めを食っていた。蟲の卵の囁きに翻弄されながら戦う志々尾は、牙銀の炎球攻撃に禁じられた完全変化で対抗しようとする。そして、良守と時音は、志々尾の変化した姿を初めて見る。

雪村家当主、時子が異界にある黒芒楼への道を探しに旅立つ。一方、志々尾は火黒から渡された蟲の卵に気持ちをかき乱される。良守は苦悩する志々尾の気持ちを察し、信頼しようと努力する。一方、正守達の夜行も謀略で遠ざけた白は、遂に姫の動座を決行。雪村家と墨村家にも刺客が放たれ、烏森に黒芒楼の妖の大軍が襲来する。

姫を烏森の主とするため、動き出す黒芒楼。白は蟲の卵を火黒に渡す。仲間になれと接触してきた火黒を拒絶する志々尾だが、火黒から渡された蟲の卵を捨てることが出来ない。それは自分が妖混じりだという迷いのためだった。正守の電話にも秘密を隠し通した志々尾は、烏森に現れた妖、鈴鳴らし退治でも連携を欠いてしまう。

妖が使った人の皮を手がかりに黒芒楼の調査を依頼していた繁守は、松戸からアジトのありかが分かったと報告を受ける。危険を察し、手を引くよう告げる繁守だが、松戸は敵に目をつけられていた。紫遠が刺客となり、松戸を急襲。駆けつける繁守だが、松戸は殺されてしまう。友の死に深く悔やむ繁守だが…。

妖獣使い花島亜十羅が烏森にやってきた。目的は志々尾と良守と時音のチームワークのテスト。その夜、烏森学園の敷地内で30分以内に亜十羅を捉える鬼ごっこがスタートする。だが、良守達は亜十羅が連れてきた妖獣達の妨害に遭い、亜十羅を捉えるのは至難の業。不合格の場合、志々尾が夜行に連れ戻されてしまうのだが…。

幼い頃、妖混じりの子供達を専門に預かる組織に預けられ、家族に捨てられたと思いこんだ志々尾は暴走の末、完全変化して我を失い、姉の涼に重傷を負わせてしまう。そんな4年前の志々尾の過去を正守から聞かされた良守は、それでも志々尾の残留を強く願う。翡葉を伝令役に仕立てた正守は、ある決定を志々尾と良守に告げる。

火黒との戦いで完全変化しかけた志々尾は、禁を犯した罰として烏森警護の任務から解かれる。良守は志々尾を引き留めようとするが、自分の殻に引きこもった志々尾は、妖退治の任務は果たすものの全く聞く耳を持たなかった。良守は着任を命じた兄の正守に解任撤回を頼もうと考える。そんな折、正守が墨村家に帰省した。

良守の作戦で呪力封じの魔方陣から脱出を試みる時音。茶南達は人皮を脱いで妖に戻り、攻撃を開始する。火黒は手負いの志々尾を痛めつけ、逆上した志々尾は禁じられた完全変化で、妖の力を解放しようとする。一方、良守も、時音を人質にとられ、怒りで絶界の気配を身にまとう。良守に興味を持った火黒は予想外の行動に出た。

黒芒楼では藍緋が新型の人皮を完成。兵4人を人間に変身させ、旧型の人皮を付けた火黒を加えた5人が白昼堂々、烏森学園に出現。夜の烏森学園に良守達を誘い出し、烏森の明け渡しを要求する。応じない良守達だが、先に仕掛けた火黒に志々尾が一撃で昏倒させられてしまう。さらに呪力封じの魔方陣に囲まれた良守達は…。

夜行の頭領、正守は裏会の最高幹部、十二人会の末席に加わることになった。だが、そこが化け物のような力を持つ恐るべき者達の統べる場であることに嫌悪感を抱く。烏森へも関心を寄せる幹部達に、その排除を自らの手で下そうと決意する正守。一方、良守は担任、黒須に取り憑いてしまった黒猫の霊の扱いに困っていた。

異界に浮かぶ黒き城郭、黒芒楼。その統括、白は烏森攻略に必要な『人皮』の完成を藍緋に急がせる。彼らの主たる『姫』に差し迫った事情があるからだ。一方、良守は、妖退治の際にプールに落ちて風邪をひき、翌日の烏森警護を休むことに。代わって繁守が烏森警護に行くが、そこへ、旧型の人皮を付けた妖、緋水が現れた。

烏森学園に地元アイドルで中高のプリンスこと八王子君也が現れ、時音をデートに誘い出す。新たな恋のライバル出現に焦った良守は尾行を開始するが、途中で見失う。一方、人気のない廃ビルに時音を誘い込んだ君也から妖、脳男が正体を現した。乗り移ろうとする脳男から、時音は烏森を狙う組織の名『黒芒楼』を聞き出すが…。

百合奈の幼なじみ、品川葵が志々尾限に恋をした。良守から志々尾が危険な男だと聞いた百合奈だが、志々尾が捨てられた子犬を気遣ったエピソードを聞かされ逆に説得されてしまう。その夜、志々尾は妖の攻撃に不覚を取るが、時音と良守の連係プレーに力を貸す。志々尾の実力を認め始める良守達。そして、葵の恋の行方は…?

結界師補佐役として派遣された志々尾は、良守達の実力を全く認めていなかった。だが、烏森学園に現れた大首車の、高速回転する車輪の刃の攻撃に、さすがの志々尾も苦戦し傷ついてしまう。志々尾の動きも読み込んで大首車を一瞬で結界に封じ退治しようとする良守。志々尾は、間流結界師の正統継承者たる実力を目撃する。