地球に帰還したベレッカたちは、WNAアカデミーの校長先生を名乗る謎の男性に迎えられる。何とその男性は50代になったボトルコレクターズのダンだった。さらに、ボトルコレクターズのほかのメンバーも現れ...。

メルウス星から地球に帰還したベレッカたちは、WNAアカデミーの校長先生を名乗る謎の男性に迎えられる。なんとその男性は50代になったボトルコレクターズのダンだった！さらにボトルコレクターズの他のメンバーも現れ、バートンたちは自分たちが宇宙へ出発してから、地球では40年もの月日が流れていたことを知る。そして源柳斎は…

ジェーンが発射ボタンを押してしまったせいで、ブルースを乗せたまま飛び立った宇宙船は、そのままエゼットたちの故郷・メルウス星を目指すことに。そんななか、エマは船内で何かがぶつかるような音を耳にする。

ジェーンが発射ボタンを押してしまったせいで、ブルースを乗せたまま飛び立ってしまった宇宙船は、そのままエゼットたちの故郷、メルウス星を目指すことに。初めての宇宙に和気あいあいとする中、エマは船内で何かがぶつかるような音を耳にする。乗り込んだ10人以外に何かいるのか！？その気配は次第に色濃くなり、ついには…

皆の力を合わせ、なんとか大蝦蟇の退治に成功したが、妖怪の強さを目の当たりにした甲賀、鉢屋、戸隠、風魔、雑賀のニンジャたちは伊賀の里を離れてしまう。妖怪退治で活躍した、伴二、お絵馬、おる卯、論三郎、慈艶も、複雑な思いを抱えながら、それぞれの里へ戻っていった。バートンは大蝦蟇が消えた後に残された石像を調べ、ある考えに思い至る。その頃、近くの谷底では新たな妖怪が誕生しようとしていた…

奪われた隕石を取り戻したバートンたち。バートンとエゼットの計算によると、手元の隕石でメルウス星までは何とか行けることがわかる。ただ、宇宙船には定員があり、乗り込むメンバーを決めなければいけなくなる。

奪われた隕石を取り戻したバートンたち。バートンとエゼットの計算によると、手元の隕石でメルウス星まではなんとか行けることが分かる。ただ、一つ問題が！なんと宇宙船には定員があるらしい。宇宙に行くメンバーを決めなければいけなくなったバートンたちは、釣りで選抜メンバーを決めることに、そこにダンたちボトルコレクターズのメンバーも加わり…

バートンたちは宇宙船の燃料である隕石を奪ったスペースニンジャを探す班と、宇宙船修理班に分かれて行動をすることに。ベレッカは隕石を手に入れるため、レナードとオエドの採掘場に向け、小型飛行機で飛び立つ。

エゼットたちが乗って来た宇宙船の燃料が、オエドで発見された隕石と同じ物だと分かり、バートンたちはそれを奪ったスペースニンジャを探す班と、宇宙船修理班に分かれて行動をすることに。ロン、エマ、ルーシー、マレット、バケット、ガムッチがイーグルシティ内を回ってスペースニンジャを探す中、ベレッカは隕石を手に入れるため、レナードとオエドの採掘場に向け、小型飛行機で飛び立った…

宇宙船の燃料が抜き取られ、メルウス星を一刻も早く救いたいと思うエゼットたちは、メルウス星へ帰ることすらできなくなったことにひどく落胆する。バートンたちは、何とか宇宙船を動かす方法を考えることに...。

燃料が抜き取られていた、エゼットたちの宇宙船。メルウス星を一刻も早く救いたいと思うエゼットたちは、メルウス星へ帰ることすらできなくなったことにひどく落胆する。宇宙船の燃料は、メルウス星にある鉱石と知ったバートンたちは、なんとか宇宙船を動かす方法を考えることに、その間マレットとバケットをWNAアカデミーで匿うことになったのだが…

バートンたちはWNA本部でベレッカが何者かに連れ去られたと連絡を受ける。その瞬間を捉えた監視映像を確認すると、ベレッカを連れ去ったのはエゼットと同じくメルウス星からきたマレットとバケットだった。

バートンたちはWNA本部でベレッカが何者かに連れら去られたと連絡を受ける。その瞬間を捉えた監視映像を確認すると、ベレッカを連れ去ったのはエゼットと同じくメルウス星から来たマレットとバケットだった。その頃、マレットとバケットはベレッカのことを連れ、宇宙船へ向かう。しかし隠していたはずの宇宙船は姿が露わになっており、さらに一部が壊され、燃料も抜かれていた…

バートンとベレッカに宇宙船が見つかってしまったエゼットは、ニンジャラバトルフェスティバル決勝戦当日になってもアカデミーに戻らず、バートンは最初にエゼットと会った場所、ベレッカはWNA本部へ捜しにいく。

バートンとベレッカに宇宙船が見つかってしまったエゼットは、その場から逃げてしまう。ニンジャラバトルフェスティバル決勝戦当日になってもエゼットがアカデミーに戻ることはなく、バートンは最初にエゼットと会った場所、ベレッカはWNA本部へ探しに行くことに。WNA本部についたベレッカは、ニンジャガムの保管場所を聞き出そうと、受付で揉めている2人組を発見する。

エゼットに不信感を抱くベレッカは、カッペイを引き連れ尾行をすることに。一方、ニンジャラバトルフェスティバルはいよいよ準決勝。まとまりを見せるダンチームに対し、バートンたちのチームワークはバラバラで...。

相変わらず怪しい行動を見せるエゼットに不信感を抱くベレッカは、カッペイを引き連れ尾行をすることに。しかし、森に入ったエゼットは忽然と姿を消してしまい、不信感をますます募らせるベレッカ。一方、ニンジャラバトルフェスティバルはいよいよ準決勝。チームとしてまとまりを見せるダンチームに対し、バートンたちのチームワークはいまだバラバラで…

ニンジャラバトルフェスティバルの勝利に向けて、チームメイトのダミアン、シーラとコミュニケーションを取る努力をするバーン。一方、対戦相手のロンも同じチームのメイに一緒に練習をやらないかと持ちかけるが...。

ニンジャラバトルフェスティバルの勝利に向けて、同じチームの勝利に向けて、同じチームメイトのダミアン、シーラとコミュニケーションを取る努力をするバーン。一方、バーンチームの対戦相手であるロンもチームワークを高めるため、同じチームのメイに、一緒に練習をやらないかと話を持ち掛けるが断られてしまう。その頃、宇宙船に乗る謎の二人組が、宇宙から地球へと近づいていた…

エゼットが朝早くどこに出かけるのか探る約束をバートンにすっぽかされ、ベレッカは不機嫌になっていた。そんなベレッカがニンジャラバトルフェスティバルで次に対戦するのは、バートンのチームだった。

エゼットが朝早くどこに出かけるのか探る約束をバートンにすっぽかされ、ベレッカは不機嫌になっていた。そんなベレッカがニンジャラバトルフェスティバルで次に対戦するのはバートンのチーム。闘志をむき出しにトレーニングに打ち込むのだが、同じチームのナオミとうまく連携が取れない。そこでナオミと仲良くなろうとベレッカはビリーを巻き込み…。

WNAアカデミーの道場で、いつものように小競りあいをしているバーンとカッペイ。2人が競って放ったクナイは、エゼットの横をかすめていく。エゼットはロンが自身の正体を知り襲ってきたのだと勘違いし...。

WNAアカデミーの道場で、いつものように小競り合いをしているバーンとカッペイ。2人が競って放ったクナイは、近くで練習をしていたエゼットの横をかすめていく。周りを見回し、クナイを放ったのはロンが自分の正体を知り襲ってきたのだと勘違いするエゼット。「ヤられる前にヤらなければ」と、エゼットは自分を狙ったロンを、倒す決意をする…

バトルフェスティバルに向けてガムッチはエゼットを朝練に誘うが、ガムッチがスペースニンジャに違いないと考えるエゼットは逃げだしてしまう。ベレッカはそのエゼットのことをシャドーニンジャの一味だと疑い...。

バトルフェスティバルに参加できて張り切るガムッチはエゼットを朝練に誘いに来る。だが、ガムッチがスペースニンジャに違いないと考えるエゼットは逃げ出してしまう。そのエゼットのことをシャドーニンジャの一味だと疑うベレッカは、このまま彼を放っておいていいのかと、バートンに詰め寄る。その頃、火球の目撃された地点では、御庭番衆が調査をしていた…

エゼットのことを怪しむベレッカは、バートンたちに訴える。ブルースと食事をするエゼットを見つけたバートンたちが聞き耳を立てると、エゼットはブルースからニンジャガムの在りかを聞き出そうとしていた。

ニンジャラバトルフェスティバルに優勝してニンジャガムを手に入れようとしていたエゼットだが、盗んだ方が早いと思い直す。そんなエゼットのことをベレッカは怪しいと、バートンたちに訴える。バートンたちはブルースと食事をするエゼットを見つけ聞き耳をたてると、エゼットはブルースからニンジャガムの在りかを聞き出そうとしていた…

WNAアカデミーでは、「ニンジャラバトルフェスティバル」が開催されることに。その前日、バートンとベレッカが自身に関する良からぬことを話していると悟ったエゼットは、アカデミーから逃げだすことを考える。

WNAアカデミーでは、「ニンジャラバトルフェスティバル」が開催されることに。その前日、エゼットは、バートンとベレッカが話しているのを目撃する。その内容が自分に関する良からぬことだと悟ったエゼットは、アカデミーから逃げ出すことを考える。しかし、ある使命のため、ニンジャラバトルフェスティバルへの参加を決意するのだった。そして翌日、生徒らは予選のおこなわれるゴーストタウンに集められた…

火事現場でバートンたちを助けたエゼットを見て、ニンジャの子孫に違いないと思ったブルースはWNAアカデミーにスカウトしようとする。ブルースはあれこれと誘い文句を繰り出すが、エゼットは冷めた反応を示す。

火事現場でバートンたちを助けたエゼットを見て、ニンジャの子孫に違いないと思ったブルースはWNAアカデミーにスカウトしようとする。ブルースはあれこれと誘い文句を繰り出すが、そのどれにもエゼットは冷めた反応を示す。しかし、「ニンジャガムも食べ放題！」とブルースが言った瞬間、エゼットは内心で動揺する…

ある夜、イーグルシティ上空に現れた一筋の流れ星をWNAアカデミーの生徒たちは目撃する。翌日、バートンとベレッカがブルース先生と街で備品の買い出しをしていると、前を通り過ぎる謎の人影が...。

ある夜、イーグルシティ上空に現れた一筋の流れ星をWNAアカデミーの生徒たちは目撃する。翌日、バートンとベレッカがブルース先生と街で備品の買い出しをしていると、前を通り過ぎる謎の人影が。その人物は自動販売機のことを知らず、お金を入れずにいじっていると、警官にとがめられる。が、次の瞬間、その姿は消えていた…

WNA本部でシャドーニンジャやスペースニンジャと戦うバーン、カッペイ、エマ、ナオミだが、次々と現れる敵に悪戦苦闘する。さらに、1体のスペースニンジャがシャドーニンジャを飲み込み、ダークニンジャに...。

WNA本部でシャドーニンジャやスペースニンジャと戦うバーン、カッペイ、エマ、ナオミ。そこへロンとジェーンも駆けつけるが、次々と現れる敵に悪戦苦闘する。更に、一体のスペースニンジャがシャドーニンジャを呑み込み、ダークニンジャに！すると、疾風のごとく現れた源柳斎が、ダークニンジャたちを弾き飛ばした。そのころ地下倉庫で目を覚ましたバートンとベレッカは…

コメリカ大統領・ハロルドがイーグルシティにミサイル攻撃をすると発表し、バートンたちが動揺するなか、源柳斎はあることに気づく。それは、ハロルドがマスターシャドーの傀儡の術で操られているというもので...。

コメリカ大統領ハロルドは、イーグルシティにミサイル攻撃をすると発表する。その発表を受け、バートンたちが動揺する中、源柳斎はあることに気付く。それは、コメリカ大統領はマスターシャドーによる傀儡の術で操られているというものだった。マスターシャドーは大統領を悪者にして民衆を味方に引き込もうとしていたのだ…

イーグルシティの市長に新しいリーダーとして紹介されたマスターシャドー。着々と支配を進めるマスターシャドーは、ニンジャによる統治でイーグルシティを理想の都市にしようと、さらなる計画を実行する。

イーグルシティの市長に新しいリーダーとして紹介されるマスターシャドー。着々と支配を進めるマスターシャドーは、ニンジャによる統治でイーグルシティを理想の都市にしようと、さらなる計画を実行する。そして彼の理念に賛同するボトルコレクターズの面々は、それぞれの思いを胸に再びWNAアカデミー生徒たちと対峙するのだった。

隕石保管室に隕石を奪いにきた2体のスペースニンジャは扉を開けようとするが、そこへ現れたルーシーに隕石保管室の中へと吹っ飛ばされる。その時、スペースニンジャの1体が誤って、ヘビマルを丸飲みし...。

隕石保管室に隕石を奪いに来た2体のスペースニンジャが外からその扉を開けようとしていた。そこへ、スクラップサーベルを振りかぶったルーシーが現れ、2体は隕石保管室の中へと吹っ飛ばされる。その時、スペースニンジャの1体が誤って、隕石保管室にいたヘビマルを丸のみすると彼らは光に包まれ、謎の生命体ダークニンジャが誕生する…

マックスが市議会議事堂に忍び込むと、市長と市議たちはマスターシャドーによるイーグルシティ統治を受け入れようとしていた。その報告を受けた源柳斎の前で、カッペイは「マスターシャドーを倒せばいい」と言う。

シャドーニンジャの警備をかいくぐり、市議会議事堂に忍び込んだマックス。市長と市議たちが集まり、マスターシャドーによるイーグルシティ統治を受け入れようとしている。その報告を受けた源柳斎の前で、カッペイは「マスターシャドーを倒せばいい」と言うが、バートンは「ちゃんと話し合った方がいい」と訴える。しかし源柳斎もバートンの意見に懐疑的な反応を示し…

服部ハンゾウの血を引くバートンは、無意識のうちに鬼のハンゾウの力を使いダンに攻撃を仕掛けたことを思い悩む。そんなバートンに源柳斎は、その力を今回起きている騒動を治めるために生かすべきだと声をかける。

服部ハンゾウの血を引くバートンは、無意識のうちに鬼のハンゾウの力を使いダンに攻撃を仕掛けたことに思い悩んでいた。そんなバートンに源柳斎は、自分の運命を受け入れ、その力を今回起きている騒動を治めるために生かすべきだと声を掛ける。その時、エマがやって来てタブレットを見せると、そこにはイーグルシティ各地で暴れるスペースニンジャたちの姿が映っていた…

WNAアカデミーでは、シャドーニンジャの襲撃を防ぐため生徒たちがバリケードを作っていた。一方、イーグルシティの工場街にある廃ビルの屋上にはロンとジェーンの姿があった。すると、ロンの目に何かが留まり...。

WNAアカデミーでは、シャドーニンジャの襲撃を防ぐため生徒たちがバリケードを作っていた。一方、イーグルシティの一角、古い工場街にある廃ビルの屋上にロンとジェーンの姿があった。ジェーンはPCでWNA本部の様子をうかがい、ロンは街並みを眺めている。すると、ロンの目に何かが留まる。それは、周囲に気を配るように移動するチョコミン…

WNA本部がシャドーニンジャに占拠され、マスターシャドーはWNAが手中に収まったことに満足し、ダンは彼の考えに心酔していた。一方、アカデミーでは源柳斎が本部から逃れてきた御庭番衆や生徒らを集め...。

WNA本部はシャドーニンジャに占拠され、幹部や大勢の職員たちは監禁される。マスターシャドーはWNAが手中に収まったことに満足し、ダンはそんな彼の考えに心酔していた。一方、アカデミーでは源柳斎の号令のもと、本部から逃れて来た御庭番衆や生徒らが集められる。するとそこへ、忍者装束を着た男が！マスクを外した男はなんと、バーンの父・マックスであった…

エマはルーシーがアカデミーに戻る意思がないことをバートンたちに告げると、話題を変えるかのように畑の手入れをしようと提案する。その頃、WNA本部の会議室にいたブルースは、ほったらかしにされたことに怒り...。

エマは、ルーシーがアカデミーに戻る意思が無いことをバートンたちに告げると、話題を変えるかのようにカボチャ畑の手入れをしようと提案。その頃、WNA本部の会議室にいたブルースは、呼び出されたのにほったらかしにされたことに怒り、部屋を飛び出す。すると御庭番衆に遭遇するが、本来こんなところに御庭番衆がいることはないはずとブルースが考えていると…

ある夜、車を走らせていた2人組の女性たちは、道にたたずむ少女に声を掛けた。すると、眼帯を外した少女の瞳が光り、女性たちが乗る車が揺れ始めた。一方、エマはこつぜんと姿を消したルーシーを捜していた。

ある夜、車を走らせていた2人組の女性たちは、道に佇む少女に声を掛けた。すると少女は眼帯を外し、不敵に笑う。そして瞳が光ると、女性たちが乗る車はガタガタと揺れ始めた！一方エマは、忽然と姿を消したルーシーを見つけようと、戦いの爪痕が残るオペラ座の前で、行き交う人に写真を見せて手がかりを探していた。しかし、なかなか手がかりは得られず…

解放されたルーシーの力により崩れていくオペラ座で、ロンとアレンは互いの武器をぶつけあう。徐々にアレンの力が弱まっていき、ついにロンの一撃でアレンは倒される。ハロルドは保護され、事件は無事収束するが...。

解放されたルーシーの力により崩れていくオペラ座で、ロンとアレンは互いの武器をぶつけ合う。多くの犠牲を生み出してきたアレンの野望を終わらせるため戦うロン。徐々にアレンの力が弱まっていき、ついにロンの一撃でアレンは倒される。ハロルドは保護され、事件は無事収束するが、バートンはあることに気付く。隕石が無くなっていたのだ！また、そこからルーシーの姿も消えていた…

アレンはシャドーニンジャに捕らわれたハロルド大統領の身柄と隕石の取引にオペラ座へやってきた。しかし、アレンは隕石の引き渡しを拒み、シャドーニンジャとの大乱戦に突入する。そこへスペースニンジャも現れ...。

シャドーニンジャにとらわれたハロルド大統領の身柄と隕石の取引にオペラ座へやって来るアレン。しかしアレンは隕石の引き渡しを拒みシャドーニンジャとの大乱戦に突入する。そこへスペースニンジャも現れて、大統領と隕石を守りながら戦うバートンたちは大パニックに！大統領を安全な場所へ逃がそうと誘導するアレンだったが…

オエドからシノビの力が秘められた隕石を持ち帰ったバートンたち。しかし、WNA本部内では、シャドーニンジャが大統領を誘拐して、その身柄と引き替えに隕石を要求してきたため、大騒動となっていた。

オエドからシノビの力が秘められた隕石を持ち帰ったバートンたち。しかし、WNA本部内では、シャドーニンジャが大統領を誘拐して、その身柄と引き替えに隕石を要求してきたため、大騒動となっていた。ジェーンが大統領の居場所を突き止め、御庭番衆が救出に向かうことを知ったバートンは源柳斎に、自分たちも大統領の救出に行かせて欲しいと頼み込む…

シャドーニンジャとスペースニンジャを撃退して隕石を守ったバートン、ベレッカ、バーン、エマたちだったが、なぜか御庭番衆たちに取り囲まれてしまう。御庭番衆は「隕石は預かろう」とバートンたちに提案するが...。

シャドーニンジャとスペースニンジャを撃退して隕石を守ったバートン、ベレッカ、バーン、エマたちだったが、なぜか御庭番衆たちに取り囲まれてしまう。「隕石は預かろう」と御庭番衆はバートンたちに提案するが、その言葉を信用できないバートンは自分たちが持ち帰ると断るのだった。そして隕石の到着を待つWNA本部では、アレンが幹部たちを前に…