ホリデー明け、ブルースの提案でクイズ大会が開かれる。優勝賞品が特上のコメリカンビーフだと知り、みんなやる気をみなぎらせる。バートンたちは4チームに分かれ、さまざまなクイズに挑んでいく。

ホリデー明け、ブルースの提案でクイズ大会が開かれる。優勝賞品が特上のコメリカンビーフだと知り、みんなやる気をみなぎらせる。バートンたちは4チームに分かれ、さまざまなクイズに挑んでいく。そんな中、エゼットが他を圧倒する勢いで正解を連発し、他のチームは、ビリビリイスに電流が流され大絶叫。はたして、勝利を掴むのはどのチームなのか…？

アカデミーがホリデーに入るが、バートン、ベレッカ、ジェーン、ロンは帰省をせずに思い思いの休暇を過ごす。そのどれもがトラブルに見舞われるなか、ベレッカは父との思い出の料理を再現しようとするが...。

ホリデーに入ったアカデミー。バーンたちが帰省していく中、バートン、ベレッカ、ジェーン、ロンは帰省をせずに思い思いの休暇を過ごす。ジェーンは南の島でバカンス、バートンは「最高の夢を見る装置」の発明、ロンは究極のラーメン作り。しかし、そのどれもがトラブルに見舞われる。そんな中、ベレッカは父との思い出の料理を再現しようとするが…

アカデミーで演劇フェスティバルが開かれることに。エマは修道院の子供たちに見てもらいたいと“白雪姫”を提案し、主役に抜擢される。しかし、エマのそんな思いを知らないバートンたちは、やりたい役を演じ始め...。

アカデミーで演劇フェスティバルが開かれることに。エマは修道院の子供たちに見てもらいたいと「白雪姫」を提案し、主役に抜擢される。しかし、エマのそんな思いを知らないバートンたちは、各々がやりたい役を演じ始め、どんどんアレンジをしていく。真面目に「白雪姫」に取り組みたいエマは思い悩み、稽古から逃げ出してしまう。はたして、「白雪姫」は無事に上演されるのか！？

絵画コンテストの作品募集ポスターを見つけ、ルーシーは久しぶりに絵を描こうと思い立つ。描き上げた絵は優秀作品に選ばれ、美術館に展示されることに。そこで美術愛好家・ナラシュがルーシーの絵を気に入るが...。

「絵画コンテスト」の作品募集ポスターを見つけ、久しぶりに絵を描こうと思い立つルーシー。なんと描き上げた絵は優秀作品に選ばれイーグルシティの美術館に展示されることに。そこで絵を気に入った美術愛好家のナラシュが画家としてルーシーを育てたいと、自分の豪邸へと招き入れる。しかし、ジェーンが調べたところ“美術愛好家”にナラシュという人物は存在しないことが分かり…

バートンが発明した姿も気配も消すスーツ“カクレカタビラ”。カッペイがこっそり試着すると、何と透明人間に。アカデミーで、カッペイは次々にいたずらをして周囲を驚かせていくが、途中で故障してしまい...。

バートンが発明した姿も気配も消すスーツ「カクレカタビラ」。カッペイがそのスーツをこっそり試着すると、なんと透明人間に！アカデミーで、誰にも気づかれないのをいいことに、カッペイは次々にイタズラをして周囲を驚かせていくが、途中で故障してしまい、脱ぐことが出来なくなってしまった。さらに「カクレカタビラ」は着る人のエネルギーを使う仕組みで、カッペイの体力はみるみる奪われていき…

WNAアカデミーの黒子たちが、なぜか一斉に活動を停止。レナードが修理を試みるも、黒子たちは「博士を呼んでください!」と言うばかり。そこで、バートンとベレッカは黒子を発明したゴンザレス博士のもとへ...。

WNAアカデミーの黒子たちがなぜか一斉に活動停止！レナードが修理を試みるも黒子たちは「博士を呼んでください！」と言うばかり。そこで、バートンとベレッカは黒子を発明したゴンザレス博士のもとへ。筋金入りの人嫌いであるゴンザレス博士をどうにか説得し、アカデミーまで来てもらう。しかし、黒子を見た博士は何かを思い出し、その場から逃走してしまう！

リバティパークにやってきたエマだったが、バーンも参加するバスケチームとエマが誘われたダンスチームが練習場所をめぐりもめていた。それぞれのチームを仲良くさせようと、エマとバーンはある作戦を開始する。

友だちのマーサに連れられ、ダンスの練習にリバティパークにやって来たエマ。しかし、そこではバーンも参加するバスケチームと、エマが誘われたダンスチームが練習場所をめぐり揉めていた。それぞれのチームを仲良くさせようと、エマとバーンは「仲良し大作戦」を開始。それは、フェスティバルにて2チームが合同で出し物を披露するというもの。果たして作戦は成功するのか！？

マレットとバケットのお土産を見て盛り上がるバートンたち。ネコの仮面を気に入ったエイミーはそれをもらうが、仮面を手にしてからエイミーは様子がおかしくなる。そんななか、バートンたちはネコ探しを頼まれ...。

マレットとバケットが持ってきたお土産を見て盛り上がるバートンたち。猫の仮面を気に入ったエイミーはそれを貰うことに。しかし仮面を手にしてからエイミーの様子がおかしくなる。そんな中、猫探しを頼まれたバートンたちは、探していた猫を見つけるが、猫の集団に妨害されてしまう。それを見ていたゴローは、猫たちの夜の集会に参加。そこには現れたのはなんと…！？

ジェーンにからかわれたバーンとカッペイは、仕返しをすべく次々といたずらを仕掛けるが、ことごとく返り討ちされてしまう。そこで、ほかのみんなにも協力を仰ぎ、ロンにも作戦に加わってもらうが...。

ジェーンにからかわれたバーンとカッペイは、仕返しをすべく次々とイタズラを仕掛けるが、ことごとく返り討ちされてしまう。そこで、他のみんなにも協力を仰ぎ、過去にジェーンにからかわれた経験のあるロンにも作戦に加わってもらう。策をめぐらし、再びイタズラを試みるも、なかなか一筋縄ではいかない。はたして、3人はジェーンのウラをかいて仕返しができるのか！？

野外実習でビリになったルーシーは、ブルースによる“ニンジャ心得特別講座”を受けるのが嫌で、移動中の小型機から飛び降りて逃走する。それに気づいたベレッカは止めようとするが、一緒に巻き込まれてしまう。

野外実習でビリになってしまったルーシーは、ブルースによる『ニンジャ心得特別講座』を受けるのが嫌で、移動中の小型機から飛び降りて逃走！それに気づいたベレッカは止めようとするが一緒に巻き込まれてしまう。アカデミーにはもう戻らないというルーシーは、ベレッカとともに近くの街へ。そこで研究員のロランと出会う。しかしロランは、とある研究をしたことから何者かに狙われていて…

ニンジャラバリエーションマッチで優勝したバートンは、校長から豪華賞品が並ぶ目録を受け取るが、欲しい物がなくて迷っていた。すると、ルーシーの「ちょうだい!」の一言から豪華賞品をめぐる争奪戦が始まり...。

ニンジャラバリエーションマッチで優勝したバートンは、校長から豪華賞品が並ぶ目録を受け取るが、特に欲しいものが無くて迷っていた。するとルーシーの「じゃあ、あたいにちょうだい！」の一言から豪華賞品をめぐる争奪戦が開始。しかし当のバートンは、決勝戦で使った「鬼神招来・改」の力の強さに困惑していた。一方、豪華賞品を手にするのはいったい誰だ！？

ニンジャラバリエーションマッチ決勝戦は、何でもありの究極ニンジャラバトル。決勝まで残ったつわものたち10人の思惑がぶつかるなか、バトルがスタート。ここまで、自分と向きあいながら戦ってきたバートンは...。

ニンジャラバリエーションマッチ決勝戦は、なんでもありの究極ニンジャラバトル！ガムウエポンだけでなく、あらゆるものをうまく利用して戦う。決勝まで残った強者たち10人の思惑がぶつかる中、いよいよバトルがスタート！ここまで、自分と向き合いながら戦ってきたバートンは、この決勝戦で答えを見つけることは出来るのか？そしていったい誰が、優勝を勝ち取るのか！？

ニンジャラバリエーションマッチ3回戦のルールは、何とトリックボールのビヨンド・ザ・ガムで相手を“うんち”にしたら勝利というものだった。トリックボールを得意とするバーンは、カッペイに攻撃を仕掛け...。

ニンジャラバリエーションマッチ三回戦のルールは、なんとトリックボールのビヨンド・ザ・ガムで相手を“うんち”にしたら勝利というものだった。戦いの舞台はWNAアカデミー。選手以外も攻撃をくらえば“うんち”になってしまうから、アカデミーは大騒ぎ。そんな中、トリックボールを得意とするバーンが、カッペイに攻撃を仕掛ける。この奇想天外なバトルを制して決勝に進むのは誰なのか！？

バリエーションマッチ2回戦の舞台はゴーストタウン。その内容は、目隠しをした状態で気配を読んで相手を倒す気配斬り対決。各所で激しいバトルが繰り広げられるなか、バートンは3人の生徒らに追い詰められ...。

バリエーションマッチ二回戦の舞台はゴーストタウン。その内容は、目隠しをした状態で気配を読んで相手を倒す気配斬り対決。聴力に優れたエマは序盤から調子よく生徒たちを倒していく。各所で激しいバトルが繰り広げられる中、バートンは三人の生徒らに追い詰められ、大ピンチ！その時、バートンの身に本人も戸惑う異変が起きて…

アカデミーでは、ニンジャラバリエーションマッチが開催されることに。生徒たちは張り切り、それぞれ大会に向けて思いをはせる。しかし、バートンだけは大会に乗り気ではなく、源柳斎はバートンにある言葉を伝える。

アカデミーでは、ニンジャラバリエーションマッチが開催されることに。生徒たちは張り切り、それぞれ大会に向けて思いを馳せる。しかし、バートンだけは大会に乗り気ではなかった。そこへ源柳斎が現れ、己の力を過小評価するバートンに、ある言葉を伝える。そして、ニンジャラバリエーションマッチ一回戦。ガムガチャでランダムに引いたガムウェポンを使った戦いだ！

テレビドラマを見て探偵に憧れたガムッチは、事件を探してアカデミーを調査していく。その時、中庭からエイミーの叫び声が聞こえてきて、ガムッチらが駆けつけると、エイミーが育てたカボチャ畑が荒らされていた。

テレビドラマを見て探偵に憧れたガムッチは、バートンに用意してもらった探偵衣装を身にまとい、事件を探しアカデミーを調査していく。その時、中庭からエイミーの叫び声が聞こえた。ガムッチらが駆け付けると、エイミーが大切に育てたカボチャ畑が荒らされていた！事件の調査に乗り出すガムッチ、そこへ探偵に扮したベレッカも現れる。果たして事件の真相は！？

料理対決の時のマグロの解体ショーが楽しく、またやりたいからとバートンに「マグロ発見機作って」と詰め寄るルーシー。しかし、マグロは船で沖に出ないと釣れないとベレッカに指摘され、ルーシーは漁港に向かう。

料理対決の時のマグロの解体ショーが楽しく、またやりたいからとバートンに「マグロ発見機作って」と詰め寄るルーシー。しかし、マグロは船で沖に出ないと釣れないとベレッカに指摘され、それならば、漁師に船に乗せてもらおうと漁港に向かったルーシー。そこで出会ったのはベテラン漁師のモビーだった。果たして2人はマグロを釣りあげられるのか！？

ブルースの授業中、奥からあくびの声。生徒らが振り向くと、伝説のくノ一・シェリルがいた。源柳斎に用事があって来訪したシェリルだが、源柳斎は不在で、ブルースの提案により生徒たちの特訓を見ることに...。

ブルースの授業中、奥からあくびの声。生徒らが振り向くと、そこにいたのは、伝説のくノ一シェリルだった！シェリルは、源柳斎に用事があって来訪したが、源柳斎は不在。すると、ブルースの提案で生徒たちの特訓を見ることに。終始つまらなそうなシェリルは、「街へ行ってワシが鍛えてやる！」と、バートンらを連れて街へと繰り出すのだが、そこで事件に巻き込まれてしまい…

ブルースから自由研究の課題を出されたアカデミー生徒たち。エマとルーシーはある研究テーマがひらめき、研究のために川沿いにやってくるが、心地よい陽気についウトウトしてしまう。気がつくと2人の体は縮み...。

ブルースから自由研究の課題を出されるアカデミー生徒たち。エマとルーシーは他のみんながどんなテーマで研究するかを聞いて回り、ある研究テーマを閃く。研究のため川沿いにやってきた二人は、ここちよい陽気についウトウト。気が付くと二人の体は縮み、その横をイチゴの妖精が通りすぎていった！二人はその妖精を追いかける冒険へ出ることに！！

街外れの屋敷におばけが出るという報告があり、その真相を突き止めるよう忍務を受けたバートンたち。ビビりまくるバーンをよそに幽霊屋敷へ突入すると、突然テレビがついたりと次々に不可解なことが発生する。

街外れの屋敷におばけが出るという報告があり、その真相を突き止めるよう忍務を受けたバートンたち。ビビりまくるバーンをよそに幽霊屋敷へ突入すると、突然テレビが点いたりと次々に不可解なことが発生。そうしているうち一同はある部屋にたどり着く。すると突然部屋のドアが勝手に開きポルターガイストが発生！さらにビビるバーンに悲劇が起きる…

源柳斎から博物館で怪盗Xを捕まえる忍務を言いわたされたバートンたち。各自が博物館内を見回り、怪しい人物を警戒するなか、監視カメラをチェックしていたジェーンは、怪盗Xの潜伏場所とおぼしきホテルを発見する。

怪盗Xが博物館のお宝を盗みに来るという情報が入り、源柳斎から怪盗Xを捕まえる忍務を言い渡されたバートンたち。各自が博物館内を見回り、怪しい人物を警戒する中。監視カメラをチェックしていたジェーンは、怪盗Xの潜伏場所と思しきホテルを発見！ルーシーとともにそこへ向かうが…その時、博物館の展示室に警報が鳴り響く！そして事件は予想外の展開に…！？

課外授業で無人島脱出レースをすることになったバートンたち。レースは2人1組のチームで行われるため、まずは自分のペアの相手を捜すことに。それぞれのペアは無事合流を果たし、無人島脱出に向けて動きだす。

課外授業で無人島脱出レースをすることになったバートンたち。それぞれパラシュートを背負い、ヘリコプターから無人島に上陸していく。レースは二人一組のチームで行われるため、まず散り散りになった面々は、自分のペアの相手を探すことに。それぞれのペアは無事合流を果たし、いかだなどを作成。無人島脱出に向けて動き出す！脱出レースを制するのは果たしてどのチームだ！？

連日の猛暑が続くイーグルシティ。そんななか、アカデミーの空調機が壊れてしまう。あまりの暑さに一同はぐったりするが、バートンだけはアジトにこもり、みんなのために瞬間空間冷却機を発明しようとしていた。

連日の猛暑が続くイーグルシティ。そんな中、アカデミーの空調機が壊れてしまう！あまりの暑さにぐったりする一同。そんな中、バートンだけはアジトにこもり、みんなのため瞬間空間冷却機を発明しようとしていた。さらにダンがそんなバートンの動きを察知して…はたして、バートンは瞬間空間冷却機を無事に完成させ、アカデミーを涼しくさせることはできるのか！？

ガムニュウドウとの激闘の末、シノビの力とニンジャガムを使い果たしたバートンたち。そこへ、とどめを刺そうとルークが刀を振り下ろす。危機一髪、源柳斎がその刀を受け止め、さらにレナードとエゼットが...。

ガムニュウドウとの激闘の末、シノビの力とニンジャガムを使い果たしたバートンたち。そこへ、とどめを刺そうとルークが刀を振り下ろす。危機一髪、駆け付けた源柳斎がその刀を受け止め、さらにレナードとエゼットが急いで生産したニンジャガムをもって現れる。最後の力を振り絞り、ニンジャガムを手にしたバートンたちは、ルークと決着をつけるため再び立ち上がる！

500年前のオエドでバートンとベレッカが戦った妖怪たちがガムニュウドウの力で再び現代に現れ、WNA本部に襲い掛かる。バートンとベレッカは500年前に倒した時のことをヒントに、みんなに妖怪たちの弱点を伝える。

500年前のオエドでバートンとベレッカが戦った妖怪たちがガムニュウドウの力で再び現代に現れ、WNA本部に襲い掛かる。妖怪の攻撃は激しさを増し、苦戦を強いられるバートンたち。その時、500年前に妖怪と戦っていたバートンとベレッカは倒した時のことをヒントに、みんなに妖怪たちの弱点を伝える！そのおかげで妖怪を次々と撃破する中、ついにガムニュウドウが姿を現す…

フローラとマスターレディがついに対峙する。フローラの口から出生の秘密が明かされ、マスターレディは困惑する。その間にも、ボラードが暴れ回り、さらには巨大な妖怪・サイロスが空からWNAに迫っていた。

フローラとマスターレディがついに対峙する。フローラの口から、出生の秘密が明かされ、それを知り困惑するマスターレディ。その間にも、ボラードが暴れまわり、さらには巨大な妖怪サイロスが空からWNAに迫っていた。やむを得ずその場から撤退をしようとするが、ボラードの攻撃で扉が封鎖されてしまう。その時、突如モニターに映ったルークが語る言葉に、マスターレディは愕然とするのだった…

傷だらけでアカデミーに戻ってきたフローラは治療を受けながら、エマを守れなかったことに落胆していた。エマがフローラの尾行をしていたことを知っていたルーシーは、フローラがマスターレディなのではと疑い...。

傷だらけでアカデミーに戻って来たフローラは治療を受けながら、エマを守れなかったことに落胆していた。エマがフローラの尾行をしていたことを知っていたルーシーは、フローラがマスターレディなのではと疑い医療室に乗り込むが、そこにフローラの姿は無かった。その矢先、シャドーニンジャたちがモンスターを引き連れWNA本部へ総攻撃を仕掛けてきて…

WNA本部はマスターレディと妖怪・ハングリーナーに襲撃されてしまう。あらゆるものを吸引し、御庭番衆すらも蹴散らしていくハングリーナーは、おなかをすかすと食糧庫に向かい、食材を次々に吸い込み...。

WNA本部はマスターレディと妖怪・ハングリーナーに襲撃されてしまう。あらゆるものを吸引し、御庭番衆すらも蹴散らしていくハングリーナーは、お腹を空かすと食糧庫に向かい、食材を次々に吸い込むのだった。そこへバートンらが到着し、ハングリーナーの動きを止めようと攻撃をしかけるが、その最中、バートンとマスターレディがハングリーナーに吸い込まれてしまい…

みんなが巻物の謎を解いて秘伝の技を習得するなか、1人だけ謎が解けていないエマは焦っていた。その矢先、フローラがドジを踏む場面に遭遇。フローラのことを手伝っていると、エマはどこかで聞いた声を思い出す。

周りのみんなが巻物の謎を解いて秘伝の技を習得する中、未だ一人だけ解けていないエマは焦っていた。その矢先、フローラがいつものようにドジを踏む場面に遭遇。フローラのことを手伝い、話していると、エマはどこかで聞いた声を思い出す。さらにロンとジェーンがフローラを怪しんでいる会話を聞いてしまう。疑念を持ったエマはフローラを尾行することに…

まだ巻物の謎を解くことができていないロンとジェーン。ロンは巻物の謎の答えを見つけるため、イーグルシティへ。ジェーンは、巻物に書かれていた「自分の道は自分で探せ」という言葉に思うところがあった。

まだ巻物の謎を解くことができていないロンとジェーン。ロンの巻物には「真のニンジャであれ」と書かれており、答えを見つけるためには過去の自分と向き合う必要があると考えイーグルシティへ。ジェーンは、巻物に書かれていた「自分の道は自分で探せ」という言葉に思うところがあった。そんな中、イーグルシティに複数のモンスターが現れるが、それはルークたちの罠で！？