［vsヴァリアー編］最後の守護者戦、雲のバトルが行われる朝。悪夢を見たツナは、雲雀の様子が気になって仕方がなかった。雲雀の強さを信じつつもどうにも落ちつかず、彼の調子を聞くべくディーノの元へと向かう。雲雀のことを語った時のディーノの自信に満ちた笑顔と自分と同じような行動を取っていた獄寺たちの安らかな寝顔に一安心するツナだったが、何故かリボーンだけは厳しい顔で『もしも』の時について考えることを促す。一方イタリアでは、ゴーラ･モスカに類似したかつての軍兵器の研究室をオレガノたちが見つけていた。

［vsヴァリアー編］「舞い戻ってきましたよ…。輪廻の果てより」クロームの体を包んでいた霧の中から出てきたのは、あの六道骸だった! 本物の骸は復讐者 (ヴィンディチェ) の牢獄から脱走を試みて失敗した、という情報がマーモンの口から発せされたが、目の前の骸はどう見ても偽者には見えない。繰り出す技や能力も半端なく、アルコバレーノの力を解放したマーモン=バイパーと骸が織り成す壮絶な幻術に、見ていた周りの方が不調を訴え出す。その中でツナは、骸の記憶と同調、彼の現状と真実を知ったのだが…。

［vsヴァリアー編］漸く姿を現したツナ側の霧の守護者は、見たこともない少女だった。出で立ちや手にしている武器、犬と千種がともにいることなどで、骸が少女に憑依しているのではないか、と獄寺は警戒する。しかしツナは、少女の中に彼女自身の意志を感じ取り、少女の希望するまま霧の守護者であることを認めた。クローム髑髏と名乗る少女は、骸が持っていた三又槍と六道の戦闘能力を使い、マーモンと互角の幻覚バトルを繰り広げる。だがマーモンは、更に奥の手を隠し持っていた…!

［vsヴァリアー編］未だ正体が明かされていない、ツナ側の霧の守護者。夜に迫った霧戦が気になって修行に身が入らないツナは、特訓場近くの駄菓子屋で意外な人物と再会する。一方、リボーンとコロネロが、アルコバレーノではないかと疑っているヴァリアー側の霧の守護者･マーモンも、何度術で探ろうとも阻まれてしまう対決相手の正体を訝しんでいた。ツナの霧の守護者は一体誰なのか? 正体不明のまま夜は更けていく…。その頃イタリアでは、家光が9代目との接触に成功していた。

［vsヴァリアー編］時雨蒼燕流は昔スクアーロが潰した流派だった!? 衝撃の言葉にツナたちは驚くが、山本は父の言葉を信じ、時雨蒼燕流で戦いを挑み続ける。しかしスクアーロの反撃は止まることを知らず、山本は右瞼を負傷、更に『鮫の牙 (ルビ：ザンナ･ディ･スクアーロ)』によって重傷を負い倒れてしまう。だが、スクアーロによる時雨蒼燕流八の型の説明が父から伝授された技と違ったことで、山本は時雨蒼燕流の真実と、父が言う『完全無欠最強無敵』の理由に気づき、スクアーロに再度剣を向けた!

［vsヴァリアー編］父から渡された、時雨蒼燕流の型でしか使用できない刀『時雨金時』で戦うことを決めた山本。もう後がない第四戦、衆人環視の中、雨の守護者戦が始まる! バトルフィールドは、とめどなく流れ落ちる水によって次第に足場の確保が難しくなってくる『アクアリオン』。スクアーロの猛攻を時雨蒼燕流で凌ぐ山本に一安心するツナたちだったが、スクアーロの知己でもあるディーノは不安を抱いたままだった。ディーノの予感は当たり、攻めに出た山本の技はスクアーロに見切られ、更に守りの技も破られてしまう。

［vsヴァリアー編］次の対戦は、雨の守護者同士の勝負となった。山本にとっては、一度は敗れた相手スクアーロとの因縁の対決になる。修行に出ていた雲雀が壊れた校舎に怒り乱入するという場面もあったが、リボーンの思わせぶりな言葉により何とか事無きを得て場外乱闘による失格は免れる。雲雀と入れ替わりでやってきたディーノは、実はスクアーロがヴァリアーのボス候補だったこと、いくつもの流派を潰し吸収してきた剣豪だということを山本に教え、流派を超えなければ勝てないと忠告する。しかし父･剛は時雨蒼燕流こそが最強無敵だと告げ…。

［vsヴァリアー編］新しく編み出した技『ロケットボム』でベルフェゴールにダメージを与えることができた獄寺だったが、自らの血を見たことによりベルフェゴールの異常性質が発露され彼の攻撃スイッチが入ってしまう。興奮状態になったベルフェゴールは本領を発揮、天才という名に相応しい体技と策により獄寺は段々と追い詰められていく。しかし、事前に彼の策を見抜き、対抗策で撃破! 倒れたベルフェゴールのリングを回収すれば獄寺の勝利は確定するのだが、執念と意地により無意識の行動を起こすベルフェゴールに梃子摺り…。

［vsヴァリアー編］第三戦、獄寺とベルフェゴールによる嵐の守護者戦は、時間制限ありのデスマッチだった。場所は『ハリケーンタービン』によって突風が吹き荒れる校舎3階。両者とも飛び道具を武器にしているため風が最大の障害になると思われたが、ベルフェゴールはその風すらも利用し、獄寺に休むことない攻撃を浴びせる。『プリンス･ザ･リッパー』の異名どおりナイフを変幻自在に使いこなすベルフェゴールに対し、ダイナマイトでうまく攻撃できない獄寺。だが、見えないところから飛んでくるナイフの仕組みを解明。新技で反撃を開始する!

［vsヴァリアー編］20年後の姿になったランボの勝利で終わるかと思われた雷の守護者戦だったが、もう少しのところで10年バズーカの効力が切れてしまい、元に戻ったランボはピンチに陥る。救出のため勝負に割り込んだツナの行為は妨害とみなされ失格、雷･大空ともにリングを没収される。だが、そのことを悔いるツナに、リボーンは仲間のために取った行動を肯定する言葉をかける。「オレ、もっと強くなりたい」仲間が傷つくのは嫌だ、そのために強くなる。自ら決意したツナに笑顔を向ける山本たちだったが、獄寺だけが浮かない顔をしていた。

［vsヴァリアー編］雷雨の中、雷の守護者による第二戦は、呼び寄せた雷が地面を駆け巡る特殊フィールドで行われることとなった。ツナ側の守護者･ランボを案じるツナは何とか棄権させようと説得を試みるが、ランボは遊びと勘違いしたままフィールドに足を踏み入れる。果たしてツナが心配したとおり、レヴィとのバトルを開始した途端、雷が落ちランボは電流を浴びてしまった。即座に決着が着いたかに見えた戦いだったが、雷によるダメージをほとんど受けないランボの体質変異『電撃皮膚 (エレットゥリコ･クオイオ)』によって状況が一変する。

［vsヴァリアー編］左腕を痛め、更にライトの熱による脱水症状でピンチに陥った了平。圧倒的に不利な状況を覆すため残しておいた右拳で起死回生の技『極限太陽 (マキシマムキャノン)』を繰り出すが、それすらもルッスーリアの『メタル･ニー』に阻まれてしまう。右腕にまで酷い怪我を負い、倒れ伏す了平。彼を起き上がらせたのは、京子の涙と彼女と交わした幼い頃の約束だった。「俺は負けん!」妹を思う気持ちが『極限太陽 (マキシマムキャノン)』を完全なものにし、了平の右拳が光り輝く。その光は、ルッスーリアの絶対防御を打ち砕いた!

［vsヴァリアー編］次期正統後継者の座を巡る、ボンゴレリング争奪戦の幕が切って落とされた! しかし、XANXUSの迫力に怯えを隠すことが出来ないツナ。逃げ出したい気持ちと手の震えを止めたのは、獄寺と山本の笑顔だった。更に、了平との会話で、彼の戦う決意と京子への思いを知る。結局投げ出すことはできず向かった戦いの舞台･並盛中で、初戦の対戦カードが発表された。ついに始まった第一戦は、晴の守護者…。了平とルッスーリアによる格闘技バトル! 戦いは、バトルフィールドの特殊性も加わり、ルッスーリアの優勢で進むが…。

［vsヴァリアー編］襲撃に備え特訓を続けるツナたち。だが、ヴァリアーのボス･XANXUSが、リボーンたちの予想より早く、スクアーロが持ち帰ったリングを偽物だと見破ってしまう。ついに日本に上陸したヴァリアー。その情報を入手した『親方様』こと家光は、ツナに雷の守護者を守るように言い渡す。突然のことに混乱するツナだったが、雷の守護者の正体を教えられ更に驚愕する。同じ頃、ヴァリアー側の雷の守護者であるレヴィ･ア･タン率いるレヴィ雷撃隊が、自分の所持する雷のリングの欠片を手に入れるため動いていた。

［vsヴァリアー編］リボーンが武器チューナーのジャンニーニをイタリアから呼び寄せた。ヴァリアーとの戦いに備えてのことらしいのだが、部屋いっぱいに広げられた武器はツナにとって迷惑以外の何物でもなく、しかもジャンニーニが改造した武器は全て使い物にならなくなる始末。そのうえ、ダイナマイト改造のためやって来た獄寺が、改悪された10年バズーカによってこどもになってしまった! 小さくなった自覚がない獄寺に振り回されるツナ。更に、こども獄寺は突然、何もないはずの場所を指差し、不審な人物がいると言い出し…。

［vsヴァリアー編］リボーンが急に特訓を一休みする、と言い出した。疑念を持ちつつ、久々の休息に喜ぶツナ。しかし、自由時間を満喫しようと外に出かけたツナは、行く先々でおかしな事態に遭遇する。実は、とある場面を目撃してからツナのことが信じられなくなってしまったハルが、リボーンの提案を受け入れツナを試すテストを行っていたのだ。リボーンによって休暇とは名ばかりの特訓が行われているとは知らず、奇妙な出来事に首を傾げていたツナは、夕方、やけに先を急ぐランボと出会った。だがその直後から、ランボの消息が途絶えてしまう。

［vsヴァリアー編］独力で特訓を開始した獄寺。だが、無茶な遣り方を続け自らでピンチを招いてしまう。見かねたツナがやめさせようとするが、物陰で見守っていたシャマルがそれを制止した。「オレに見えてなかったのは…。自分の命だ…。」シャマルが家庭教師を拒んだ理由は、獄寺が自分の命を軽く扱っていたから。家光の助言により、獄寺はそのことに気づく。一部始終を見ていたシャマルは漸く獄寺を受け入れ、家庭教師を引き受けたのだった。一方その頃、山本は父･剛から『時雨蒼燕流』を継承し、了平はコロネロから技を伝授されていた。

［vsヴァリアー編］ツナや獄寺たちに届けられた指輪･ボンゴレリングは、中心ファミリー7人に代々受け継がれてきたという重要な代物だった。次期後継者の証である『大空のリング』を返そうとするツナだったが、獄寺と山本はスクアーロへのリベンジのため、それぞれのリングを持ったまま修行に行ってしまう。更には『晴のリング』を配られた了平と彼を鍛える役を請け負ったコロネロが相次いで姿を見せ、同盟の問題で共闘できないディーノも家庭教師として『雲のリング』保持者の元に向かった。ツナの意思とは裏腹に事態は進んでいき…。

［vsヴァリアー編］どうやらボンゴレと関係のあるらしい少年･バジルと謎の男･スクアーロの戦闘に巻き込まれたツナ。スクアーロの強さに獄寺･山本も歯が立たず、死ぬ気になったツナさえも苦戦を強いられてしまう。死ぬ気状態が解け、危機一髪の状態に陥ったツナの前に現れたのは、何とディーノだった! ディーノと顔見知りらしいスクアーロは、事態の変化を悟るや、少年がツナに託そうとした『ボンゴレリング』を奪い、姿を消す。突然の状況に混乱したツナが説明を求めると、リボーンとディーノが驚くべき事実を口にした。

［vsヴァリアー編］父親が帰ってくるらしい。奈々にそう告げられ、蒸発したとばかり思っていたツナは心底驚く。2年間全く姿を現さなかった父に今更帰ってこられても、と複雑な心境のツナを励ますため、獄寺と山本は補習をさぼって遊びに出かけることを提案。他のメンバーも誘って街に繰り出すこととなった。京子も誘えてご機嫌のツナだったが、突然、傷だらけの少年が空から降ってくるという事態に遭遇する。しかも、少年の額には死ぬ気の炎が! 更に、少年を追ってきた男が周囲に目もくれず戦闘を開始、ツナも否応なしに巻き込まれてしまい…。

【シーズン1 最終話】ランボのせいで借金持ちになってしまったツナ。夏休みの間に返済しようと了平の紹介でバイトを始めることになったのだが、そのためやってきた海で柄の悪い高校生たちと遭遇してしまう。しかもその高校生たちは、バイトの先輩だった。仕事を放棄し京子たちに絡みだす高校生たちと、成り行き上、泳ぎで競うことになったツナたち。多少泳げるようになったとはいえ果たして海で泳げるかどうか不安がるツナだったが、京子を守るため何とか勇気を奮い立たせる。しかし、獄寺･山本が罠に嵌められ負けてしまうという事態に!

プール開きが近づいていた。泳げないツナは、京子にかっこ悪いところを見られたくない、と内心焦る。練習に付き合ってくれる、という山本からのありがたい申し出もあり、市民プールで水泳特訓を始めたツナ。だが、頼りの山本の指導は抽象的すぎてツナには理解できず、リボーンに呼ばれて来たハル･獄寺の教えもあまりためにはならなかった。終いには、誰がツナを泳げるようにできるか、と本人そっちのけの競争が始まってしまうが、それでもツナの泳ぎは上達せずその場に諦めムードが漂い始める。その時、最後の指導者が姿を現した!

上陸したマフィアランドは、遊園地や海水浴ができる浜辺などが存在するリゾートアイランドだった。マフィア絡みと知り最初は嫌がっていたツナだったが、島の様子とみんなの楽しそうな笑顔に警戒心を解く。だが、リボーンに入島手続きが必要だと言われ、代表者にされていたツナが渋々受付に向かうと、マフィア審査を受けさせられてしまう。審査内容は、何とワイロの渡し方! 当然不合格だったツナは、裏マフィアランドに連れて行かれることに。そこには、リボーンと昔なじみの赤ん坊、コロネロがいた。

『豪華客船で南の楽園へ―』奈々が雑誌の懸賞に当たった。ランボたちの面倒は自分たちが見るから、とリボーンやビアンキに送り出され、喜ぶ奈々と旅行に出かけるツナ。ゆったり静かな時間を久しぶりに満喫しようとするが、結局リボーンたちもツナたちと同じ豪華客船に乗り込んでいた。しかも、何故か山本やハルまで一緒。更に、無理矢理乗り込んだリボーンたちは、当然船内でお尋ね者に。ガードマンを消す! と船内に散らばったヒットマンたちを止めるため、ツナ･山本･ハル･フゥ太は手分けして彼らを探し始めたのだが…。

同級生の男子をおサル呼ばわりする黒川花が恋をした相手は何と、大人ランボだった。紹介を迫られ断りきれなかったツナは、渋々ながらも黒川を家に呼んだ。ツナの部屋で騒いでいたランボの鬱陶しさに、その10年後の姿こそ自分の好きになった相手なのだとは勿論気づかず、元々こども嫌いな黒川はランボに思い切りゲンコツを落とす。ランボは痛さに我を忘れて10年バズーカを使用。これで大人ランボ登場か、と一先ずは安心したツナだったが、煙が晴れた場所にはいつもと様子の違う大人ランボが出現し…。

京子がツナの家に遊びに来ることとなった。ちょうどランボたち居候もみんな揃って外出予定だと知り、晴れやかな気分で部屋掃除に勤しむツナ。だが翌朝、目が覚めたら男の死体が部屋に転がっていた。リボーンが言うには、泥棒に入ったその男をツナが無意識の内に殴り殺してしまったというのだ。慌てふためくツナ。遊びにやってきたハル、獄寺、山本は、男が本当に死んでいるのかどうか確かめてみるが、どう考えても生きていないという結果に。雲雀の乱入もあり無為に時間だけが過ぎていく中、ついに玄関からは京子の声が!

季節は春。中学2年に進級したツナは、また京子と一緒のクラスになれるように、とクラス分けに胸を高鳴らせていた。だが、ツナはA組、京子はB組。更に獄寺･山本ともクラスが分かれてしまう。それを不服とする獄寺が暴れ出そうとしたとき、教育委員会の役員に変装したリボーンが自分を捕まえることができれば生徒自らでクラス分けを決定しても良い、という異例のゲームを申し出た。なぜか校長もその案に許可を出し、学校全体を使った追いかけっこが始まってしまう。結果は…。

「こいつにだけは勝ちたいんだ!」ツナの思いに応えレオンが生み出した新しいアイテム『小言弾』と『Xグローブ』。その効果でパワーアップしたツナの前に再び姿を現した骸は、今まで使用していなかった最後の能力を発動させた。第5の道『人間道』によってどす黒い闘気を纏い戦闘能力を格段に上げた骸と、ツナは最後の勝負に出る。激闘を制したのは闘気をも浄化する死ぬ気の炎だった。決着がつき、骸の根底に流れるマフィアへの恨みを感じていたツナとリボーンは、その原因となった彼ら3人の凄惨な過去を知ることとなる。

雲雀が終止符を打ったかに見えた戦いは、骸が自らに銃を放ったことによって様相を変えた。倒れた骸と入れ替わるように意識を取り戻したビアンキに、何故か違和感を覚えるツナ。普段と変わらぬ様子だった彼女は、しかし突然、獄寺に剣で切りかかるという行動に出た。重なる雰囲気からツナは骸だと見抜き、リボーンは禁弾とされる特殊弾が使用されたことに気づく。自殺に見せかけ骸が自分に撃ったのは、他人にとりつき自在に操ることができる『憑依弾』だった。獄寺も憑依されてしまい、更に犬や千種までもが骸に操られた状態でツナに襲いかかる!

倒した『骸』はニセモノだった。影武者として利用したランチアを、不要になった途端口封じのために殺そうとする骸のやり方に、ツナは怒りを覚える。意識を失った山本を休ませ骸の居場所である建物に突入したツナたちの前に、再び千種が立ち塞がった。獄寺はツナたちを先に進ませ千種と戦うが、あと少しというところで薬の副作用からくる発作に襲われてしまう。更に乱入してきた犬に傷を負わされ地下に転げ落ちる獄寺。しかしそこには、雲雀が捕われている部屋があった! その頃、ツナたちは本物の骸と対峙していた。