[未来編] 入江により再びメローネのブロックが移動され、獄寺とγは、因縁の再会を果たした。獄寺の脳裏に、γに惨敗した記憶が蘇る。一方γは、メローネ基地のからくりに気づき、それを獄寺たちに語り始めた。余裕の表情のγだが、入江に対しての不信感がつのり、心中穏やかではない。だが「このバトルには感謝する」―そう呟き、彼は眼光を鋭くした。真っ先に飛び出した獄寺だったが、了平の晴の炎で強化された縄で制されてしまう。了平は、ここは大人の自分が戦うと獄寺に言い聞かせ、γの前に歩み出る…!

[未来編] 獄寺、了平と分断されてしまった山本とラル･ミルチ。しかもラルはジンジャーとの戦いで気を失ったまま意識を取り戻す兆しが無い。ラルを背負い、基地内を彷徨う山本は、パイプの入り組んだ狭い空間に迷い込んでしまう。そこで突如として山本に襲いかかってきたのは死ぬ気の炎を纏ったブーメラン! 待ち構えていたのは、入江によって配置されていた新たな刺客だった。容赦なく四方八方から襲いかかるブーメラン。だが狭い空間では時雨金時が使えない。追いつめられた山本は、ある策をひらめいた―。

[未来編] 入江の所業により、山本、ラル･ミルチと分断されてしまった獄寺、了平。壁に遮断されていまい、山本たちの救出へ向かうこともできない。混乱し苛立つ獄寺だったが、ほどなくして後方のドアが自動的に開いた。顔を見合わせる獄寺と了平―「罠か?」匣兵器の瓜を偵察に向かわせようとするが、瓜は全く言うことを聞かない。しかたなく警戒しながら歩を進めていくと、通路の奥から不気味な笑い声が聞こえてきた。そこに待ち構えていたのは、ミルフィオーレの新たな刺客だった…!

[未来編] 不利に見えた戦いだったが、了平の晴の炎による攻撃が効果を現し始める! 追い詰められたバイシャナから緊急通信を受けた入江は、研究室の安全確保のため、ついに自らの匣兵器を使う決意をするのだった…。

[未来編] ツナとの通信が途絶えたのは、通信機の故障ではなく位置が深すぎて電波が届かないためだと言うジャンニーニ。予定通りメローネ基地の深部まで侵入できたということだろうか、それとも何かアクシデントがあったのだろうか? アジトに残された者たちの心配は尽きない。一方その頃ツナは気を失い、平和な日々の夢を見ていた。お茶を淹れてくれる母親、笑顔の仲間たち…。辺りを包む芳しい日本茶の香りに目を覚ますと、そこには―。

[未来編] ボンゴレアジトとツナの通信が途絶えてしまった。ツナの安否を気遣うフゥ太たちだが、アジトからでは助ける手立てもない。一方、入江は侵入したツナたちの人数を正確に把握し、選出した隊員を然るべき施設に配置して着々と迎撃に備える。しかし、ホワイトスペルのバイシャナは、同じブロックに配置されたブラックスペルのニゲラに攻撃を仕掛け始めた! その場に飛び込んでしまった獄寺たちは、衝撃的なものを目の当たりにする…。

[未来編] 用水路でスパナの操作するストゥラオ･モスカの攻撃を受けて、水に沈められてしまうツナ。水中で必死に戦うも、息が続かない。どうにか水から脱出し、死ぬ気の零地点突破･初代エディションを使ってストゥラオ･モスカを凍らせるが、その腹部から噴射される炎は氷を突き破ってツナに襲い掛かる! しかし、それを見たツナは小さく呟く「こいつを待っていたぜ」――そして死ぬ気の零地点突破･改を繰り出した。一方スパナは戦いの勝敗よりも、ツナの繰り出す技に興味を持ち始め…。

[未来編] 突然メローネ基地内に鳴り響く警報。ジンジャー･ブレッドの通報により、ツナたちが侵入していることが入江に知られてしまったのだ! 巨大なモニターに映し出されるツナの画像を見つめ、立ち尽くす入江。モニターに細工をされていたことや、格納庫でのデンドロ･キラムとの対戦など、今まで見過ごしていた全ての情報が入江のもとに舞い込んでくる。焦りを募らせる入江がツナたちのもとに向かわせた刺客は、ブラックスペルのスパナだった。細身の彼の後ろにたたずむ巨大な4体の影とは…?

[未来編] 第8部隊副隊長･魔導師の人形 (マジシャンズドール) ジンジャー･ブレッド。彼はどうやらアルコバレーノの謎について知っている様子だ。 匣兵器『晴クモ (ラーニョ･チエル･セレーノ)』の攻撃を受け、弱っているラル･ミルチの姿を見て、彼は楽しそうにコロネロの思い出話を始めた。コロネロの、最期の話を…。それを聞かされ、ラル･ミルチの脳裏にある記憶が蘇る。それは、アルコバレーノが生まれた日――運命の日の記憶だった。

[未来編] デンドロ･キラムとの一戦でケガをしたツナの傷口を、晴属性の死ぬ気の炎で焼き、治す了平。晴属性の特徴である『活性』で、自然治癒力を数百倍に呼び起こしたのだ。一方、前回の戦いで雲雀に敗れたγは、アジトの片隅で酒に溺れる日々を送っていた。そんな彼のもとを幻騎士が訪れた。強張る空気の中、二人の間で交わされる会話とは…。その頃入江へと近づくツナたちの前には、魔法使いのような格好をした少年が立ちはだかっていた。

[未来編] メローネ基地への侵入に成功したツナたち。無数に設置してあるセンサーを潜り抜け辿り着いた先で彼らが出くわしたのは、頭の悪そうな大男だった。男はツナたちを紛れ込んだ一般人だと思い込んだが、かまわず大砲のような武器を向けてきた! 難なく攻撃をかわされ腹を立てた男は、今度は匣から巨大な槍を出して襲いかかる。――男の正体は『アラッタッコ (一番槍)』の異名を持った、ミルフィオーレ随一の突破力を誇るデンドロ･キラムだった。

[未来編] ミルフィオーレ強襲部隊のボンゴレアジト突入は成功したかのように見えた――が、彼らを持ち受けていたのは巨大なトラップと、死ぬ気の炎を纏ったトンファーを構えてたたずむ雲雀だった。大勢を相手に一人では無理だと、助けに向おうとするツナだったが「雲雀の行動に報いたければ、殴りこみを成功させろ」とリボーンに制止され、敵アジトへの道のりを急ぐ。雲雀の強さを信じて…。

[未来編] ついに入江がボンゴレアジトへの侵攻命令を下した! その頃ツナたちは、ご馳走の後片付けの手伝いをしていた。京子たちに促され先にベッドへ向かうツナ、獄寺、山本。明日への気合も充分に眠りにつく。しかしミルフィオーレ強襲部隊は闇の中で徐々にその数を増やしながら、ボンゴレアジトとの距離を縮めていた。やがて、アジト内に響き渡る奇妙な音で目を覚ましたツナたちだったが…!?

[未来編] ミルフィオーレのアジト･メローネ基地への突入を明日に控えた夜。京子たちは明日の男子の大仕事に向けて、ご馳走をつくる準備をしていた。獄寺、山本も、それぞれの特訓の成果が出て、準備万端といったところだ。ところがツナは一人でアジト内を慌ただしく駆け回り、何かを探している。以前京子にもらったお守りを失くしてしまったのだ! 一方、10年後の了平たちは雲雀のアジトで決戦前の最後の会議を開いていた。草壁がハイパーコンピューターにより算出した明日の作戦の成功率は、想像を絶する数値だった…。

[未来編] 山本の修業もやっと次の段階に入った。だがリボーンは、これ以上の高度な剣技は自分が教えるには限界があると、代わりにDVD-BOXを取り出す。再生してみると…。「う゛お゛ぉおい!」聞き覚えのある声が飛び出した。『剣帝への道』と題されたそれは、スクアーロが未来の山本に見せるために自分の100番勝負を記録したものだった。その姿に夢中になり、画面を食い入るように見つめる山本。映像を通して、スクアーロが山本に伝えたかったこととは…?

[未来編] 回線が復活し、やっと連絡が繋がった白蘭。心配していた入江は、いつものように飄々としている彼に半ば呆れつつ状況を訊く。ニコニコとマシュマロを頬張る緊張感のない白蘭の態度とは裏腹に、状況はかなり切迫していた。ボンゴレにミルフィオーレ日本支部のアジトの情報が漏れたのだ。それを聞かされた入江はマーレリングを取り出し「僕が直接やりますよ」――今までの頼りない態度とは一変して冷徹な表情を見せた…。

[未来編] スィステーマCAIの完成は見えた、と豪語する獄寺。だが問題は突然現れた謎の仔猫だ。仔猫は全く懐かず、獄寺から逃げまわり、アジト内での追いかけっこが始まってしまう。必死で追いかける獄寺。脳裏には今までに起こった様々なことが浮かんでは消える…。だが、作戦決行を間近に控えた彼らに感傷に浸っている暇はない。「入江正一をぜってー倒す!」決意も新たに、獄寺はまた仔猫を追って走り出すのだった。

[未来編] 5日後の作戦決行のため、雲雀との特訓を続けるツナ。しかし雲雀は「いつまで草食動物の戦い方をするつもりだい?」と言い放ち、相手にしてられないとでも言うように自室に引き上げてしまう。取り残されたツナは思考を巡らすが、XグローブVer.V.R.を使いこなす方法が思いつかず行き詰ってしまう。そんな時、必殺技のアイディアを与えてくれたのは、いつもはウザイだけのランボと、ハルだった。支えがあるから力が出せる…。ツナはその思いを新しい技に託す。

[未来編] クロームの容体が急変した。骸の幻覚によって補われていた内臓が壊れだしたのだ。骸に一体何があったのかも、どうすれば良くなるのかもわからず、苦しむクロームの前でただ焦ることしかできないツナ。そこに雲雀が現れ…。何とか持ち直したクロームだったが、彼女の病状悪化により5日後のミルフィオーレ日本基地への突入はより厳しい状態となった。更に、芳しくないラルの体調をリボーンが看破する。悪条件が重なる中、ツナが出した答えは…。

[未来編] ランボの起こした騒ぎも収まり、修業を再開したツナたち。だが途中、ツナはラルから急に他の面子の修業を見に行くよう指示される。首を傾げながらも、まずは山本のところに顔を出したツナ。調子はどうかと特訓場所である道場を覗くと、そこではリボーンと山本の激しい修業が行われていた。だが、成果はまだまだ出ておらず、山本はリボーンにあしらわれている状態。しかも、獄寺はどうかと彼の特訓場･ストームルームに足を運ぶと、そこにはビアンキしかおらず…。

[未来編] 10年後の了平によってもたらされた大規模な作戦。それに参加するかどうかの決断を迫られたツナは、一日の猶予をもらう。思案しながら、一先ず修業に戻ろうとしたツナと獄寺たちだったが、廊下で出くわしたランボの手榴弾がひょんなことから爆発、アジト内に警報が鳴り響く。初めてのことに驚く一同だったが、ジャンニーニによるとアジト内のセキュリティは5段階に分けられているらしい。良い機会だからとツナたちが説明を受けていた矢先…。

[未来編] ボンゴレのアジトが見つからず、焦る入江。そこに、グロが重傷を負ったという情報が入ってきた。タイミングよく繋がれた白蘭からの通信で、グロが倒された場所･黒曜ランドへ向かうよう指示したのが彼ではないことが判明する。待機しているはずのグロの行動を訝しんだ入江は、誰からの情報なのか、黒曜ランドで一体なにがあったのかを問い正すためグロの元へ向かったのだが…。同じ頃、ボンゴレのアジトに、あの男が足を踏み入れていた!

[未来編] グロの匣兵器である雨フクロウに憑依した骸の助言により、霧のボンゴレリングに炎を灯して戦うクローム。だが、パワーアップした幻術もグロには通用しなかった。打つ手なしかと思われたとき、骸がクロームに問いかける。「おまえの一番信じるものは何ですか?」二人の力が合わさり、出現したのは…! その頃、ツナたちのアジトでは緊急暗号通信を知らせるサイレンが鳴り響いていた。コードは暗殺部隊のものだというのだが…。

[未来編] ツナたちと同じように10年後の世界に飛ばされていたクロームは、一人状況のわからぬまま黒曜ランドで日々を過ごしていた。そこに、グロ･キシニアが単独で乗り込んでくる。10年後のクロームと何やら因縁があるらしいグロは、クロームへの歪んだ執着を見せる。10年後の骸を倒した、と告げる彼に、クロームは立ち向かうが、幻覚が効かずピンチに陥る。だが、突然、懐かしい声が頭に響き…。

[未来編] 匣の謎とそれに纏わる諸説についての説明がなされ、雲雀･ラルとツナ、リボーンと山本、ビアンキと獄寺、それぞれの修業が本格化し始めた! ハードな内容に毎日疲れ果てている三人だったが、その中、どうにもうまくいっていない獄寺は、日に日に一人で行動するようになってしまう。様子がおかしいことを心配するツナに、リボーンは獄寺の過去を語り始め…。同じ頃、ミルフィオーレのグロ･キシニアが日本に向かって旅立っていた。

[未来編]『ボンゴレの試練』を乗り越え、Xグローブの新しい形態、Ver.V.Rを得たツナ。球針態を壊したツナに、雲雀が容赦なく襲いかかる。威力を増したXグローブで挑むツナだったが、その能力を中々使いこなすことができず、雲雀に良い様にあしらわれてしまう。ピンチになったツナは、最後の手段として意外な行動に出る…! その頃、イタリアのミルフィオーレ本部では、白蘭と主要メンバーである17部隊の隊長たちによる会議が開かれていた。

[未来編] 雲雀によって密閉空間に閉じ込められたツナ。脱出を試みるがうまくいかず、球体の中の空気が先になくなりかけてしまう。ハイパー状態も解け、万事休すとなったツナだったが、意識を失いそうになったその時、ボンゴレリングが急に光り出した。その光は、ツナにボンゴレがこれまで行ってきた非道ともいえる行いを見せ…。一方、球体の外では、やめさせるように訴えるラルに、リボーンと雲雀が『ボンゴレの試練』について説明をしていた。

[未来編] γ戦から約2週間後、ツナに新しい特訓が課せられることとなった。獄寺と山本も、漸く傷が癒えたため特訓に参加。それぞれに家庭教師がつくこことなる。山本にはリボーン、獄寺にはビアンキ…。意外すぎる組み合わせに驚く一同だったが、更に、今まで通りツナを指導すると思われたラルが、ツナの家庭教師を降りると言い始めた。もっと飛躍的な成長を促すため―その理由によって新しくツナにつくことになった家庭教師は、何と雲雀だった! 個別の修業が始まって早々、ツナは雲雀の匣技によって、密閉空間に閉じ込められてしまい…。

[未来編]ランボが、ペロペロキャンディーが食べたいと騒ぎ始めた。アジトにある蓄えの中には、当然だがそんなものはない。ペロペロキャンディーのために脱走しようとまでしたランボに、一先ずは飴を与えてその場は乗り切ったのだが…。同日、外の様子を窺うためのモニターの1つが、配線の破損により使用できなくなってしまった。修理するにはアジトの外に出なければいけない。その任を引き受けたフゥ太は、この10年後の世界の人間である上、情報集めのため外に出ていることも多いため、安心だと思われていた。だが…。

[未来編] 京子も無事戻り、ビアンキとフゥ太が集めてきた情報をもとに、当面の目標に向かって特訓を開始するツナ。そんな最中、イーピンが熱を出して倒れてしまった。発見した京子とハルは、ジャンニーニに薬を出してもらい看病するが、なかなか熱は下がらない。医者に診せるべきだ、と主張するハルに外は危ないと反対する京子だったが、良くならないイーピンの様子とハルの言い分に負け、外に出る手伝いをしてしまう。事態にいち早く気づいたビアンキが、ハルとイーピンの後を追うが…。