[アルコバレーノ編] 10年前に戻ってから、試練がないまま1日が過ぎてしまった。リボーンは、アルコバレーノがいつどの順番で現れるか分からないという。ひとまず学校に行き、通常通りに過ごしているよう言われるツナだったが、休み時間の屋上でいきなりの襲撃を受ける! 相手はゴーグルをした赤ん坊。その正体は―10年前のラル･ミルチだ。ラルはアルコバレーノの試練の立会人だという。最初の試練の相手は、青いおしゃぶりを持つコロネロだ。コロネロによる、ツナと獄寺の「戦闘力」の試練が開始される…!

[アルコバレーノ編] 10年前の世界では、アルコバレーノ達がツナに試練を与えるために並盛へ向かっていた。一方、10年後の世界のツナ達は、10年前に戻る前に改めて入江に説明を受けていた。アルコバレーノの試練は一週間、その期間内で7つ全ての印を手に入れなくては、白蘭に対抗する手立てが失われてしまう。新たな決意を胸に、ツナ達は入江の装置で、10年前の並盛に帰還する。久々の平和な並盛に感激するツナ達だったが、口を閉ざしていたリボーンが、ついにアルコバレーノの試練について語り始めた…。

【シーズン4 最終話】入江から、ボンゴレの匣を受け取るツナ。しかし入江の口から驚くべき言葉が発せられた。ボンゴレリングの真の力を引き出し、ボンゴレ匣を開匣するためには、アルコバレーノの7つの印が必要だという。それを手に入れるためには、アルコバレーノの試練に打ち克たなければならないというのだが、10年後の世界ではリボーン以外のアルコバレーノ達は死亡したと伝えられている。どうすればいいのか困惑するツナだが、入江は、印を得るためにツナ達を一旦過去に戻すと宣言した。

[未来編] XANXUSの匣兵器の正体―それは大空と嵐、2つの属性をもつ天空嵐ライガーだった。匣を閉じ、ジルに白蘭を呼べと命ずるXANXUS。交渉をしてもいいとほのめかすジルだが、それは匣兵器がない状態のXANXUSに攻撃をしかけるための時間稼ぎだった。ジルの匣兵器、嵐コウモリで周囲をかこみ、目に見えない特殊な嵐の炎での攻撃を謀る。だが次の瞬間、閃光が嵐コウモリを打ち砕いた! それはXANXUSの二丁拳銃から発射された憤怒の炎だった。匣兵器無くしてもXANXUSの戦闘力は計り知れない!

[未来編] ヴァリアーが占拠した古城を破壊したジルと執事のオルゲルト。余裕でヴァリアーを一網打尽にしたと悦に入るジルだったが、大破された城の一室にいたのは、無傷で椅子に座した10年後のXANXUSだった。目の前に敵がいるにも関わらず、XANXUSはあくびをして余裕の挑発。巨雨ゾウ (エレファンテ･フォルテ･ピオッジャ) で攻撃する執事のオルゲルトだが、XANXUSの強烈な一撃で、ゾウは粉々に! 後ろで見え隠れする大きな動物のような影は、XANXUSの匣兵器なのか!?

[未来編] 6弔花最後の一人は、かつてベルが自分の手で葬ったはずの双子の兄、ジルだった。幻覚ではないかと疑うベルだったが、自分と左右対称にある腹のあざ、そして自分がつけた傷跡を見て、本物だと認めざるを得なくなる。二度と会うはずのなかった兄を前にして、ベルは幼いころ兄を手にかけた思い出を語り始めた。この世には存在しないハズの人物が何故生きているのか? メローネ基地の入江は、それは白蘭の能力に起因するという。しかし、その詳細に関しては重く口を閉ざしたままだった…。

[未来編] 全世界的に、ミルフィオーレに一斉攻撃をしかけたボンゴレファミリー。もちろんボンゴレ独立暗殺部隊･ヴァリアーも参戦していた。一瞬にしてミルフィオーレの拠点を占拠した10年後ヴァリアーだったが、周囲をミルフィオーレの軍勢に囲まれ、籠城戦を強いられてしまう。しかし大人しくディフェンスに甘んずる彼らではない。ルッスーリア、レヴィ、ベル、スクアーロ、そして一癖ありそうなニューフェイス、フラン。スクアーロ作戦隊長の指示のもと、10年後ヴァリアーは再び動き出す!

[未来編] ついに辿り着いた目的地―入江正一の研究室。白くて丸い装置を眼前に見据えるツナの前に現れたのは、なんと入江正一本人だった。彼はツナに、捕らえた守護者たちと回収したボンゴレリングを見せつけた。自分たちには構わず装置を破壊してくれ、と叫ぶ獄寺。しかし、入江は謎に包まれていた白くて丸い装置を開いてみせた。その中に隠されていた秘密に衝撃を受けるツナ達。そして、とうとう入江の口から真実が語られる時が来たのだった…。

[未来編] ヘルリングの力により、さらに戦闘力を倍加させる幻騎士。霧の炎に包まれた後、現れたのは予想だにしない姿だった…。強大にして凶悪な力を発揮する幻騎士。しかしツナはその姿に怯むことなく、必殺技の狙いを定める。いまだかつてない炎圧の攻撃―X (イクス) バーナー超爆発 (ハイパーイクスプロージョン)!! せめぎ合う炎と炎。果たして攻防に打ち勝つのは…!? そして壮絶な力と力のぶつかり合いによって大破された壁の向こうに見えたものは…。

[未来編] ツナの強き意志を宿した眼にユニの面影を重ね、動揺する幻騎士。彼の脳裏に、ある記憶が甦る。白蘭への忠誠の証として、ジッリョネロファミリーを全滅させる命を受けたものの、ユニの眼に気圧されて実行できなかったのだ。彼の中で神にも等しい存在の白蘭の命を果たせなかったことは、深い悔恨を残していた。その失態を拭うべく、幻騎士はリングの力により、更なるパワーアップを図る。ヘルリングに己の精神を食らわせ、おぞましい姿に変化した幻騎士の戦闘力とはいかなるものなのか…!?

[未来編] ダメージにより身動きが取れないツナに、幻騎士は追い打ちで非常事態･特別強襲用の『大戦装備』(アルマメント･ダ･グエーラ) を行使する…! これが彼の白蘭に対する忠誠心と、与えられた任務を遂行しようとする執念なのだ。圧倒的な戦力の差を見せつけ、無駄な抵抗はやめろと言い放つ幻騎士。その言葉を受け、ツナは傷ついた体を必死に起こす。幻騎士の強さを理解した上で、それでも闘うと宣言するツナは、静かにオペレーションX (イクス) を発動させた…!

[未来編] メローネ基地内を飛行するツナ。目的は入江正一と彼の実験室にあるという白くて丸い装置に絞られた! 入江はモニターでツナの動きを確認しながら、メローネのブロックを移動させ、遠隔から行く手を阻もうとする。スパナを背後に、追尾ミサイルに追い立てられ為す術のないツナだったが、スパナの改良したチャフと火炎弾でどうにか事なきを得た。その状況を見てもなお、入江は不敵な笑みを浮かべる―「沢田綱吉、お前達を待つのは最終にして最強の防衛区画」…。果たしてツナを待ち受けるものは!?

[未来編] 雲雀の匣から出現したのは―なんと、酔っぱらった様な状態の雲ハリネズミだった。起き上がろうとしてはへたり込み、ゲップを繰り返す雲ハリネズミ。注入された炎の量が多すぎて消化不良を起こしているようだ。10年前の雲雀が幻騎士に勝利するための最後の賭けが外れてしまった。しかし、雲雀は穏やかな表情で雲ハリネズミに手を差し伸べた。雲雀の匂いに気づいた雲ハリネズミが振り向いたその時、勢い余り、針で雲雀の手を刺してしまった。動揺した雲ハリネズミは思いもよらない反応をした―!

[未来編] 匣兵器実験場では雲雀と幻騎士の戦闘が続いている。優勢に見えた幻騎士だが、戦いの中で違和感を覚え始めていた。炎を練り込んだ攻撃が効かないのだ。10年前の世界から来たばかりの雲雀は、匣はおろか、リングの炎のことすら知らないはずのに…。幻騎士は自らの匣を開匣し、幻海牛 (スペットロ･ヌディブランキ) が紡ぎ出す幻覚で雲雀を取り囲む。10年後雲雀は経験で目に見えない幻海牛を防いでいたが、果たして10年前の雲雀にはそれができるのだろうか…?

[未来編] 激しい肉弾戦を繰り広げる雲雀だが、幻騎士の一撃で瓦礫の中に吹き飛ばされてしまう。10年前の雲雀では幻騎士に敵わないのだろうか…!? 一方ツナ達の前にはジンジャー･ブレッドが立ちはだかっていた。スパナを裏切り者と認めたジンジャーは、彼に容赦なく攻撃を仕掛け始める。しかしそれでも、スパナはプログラミングの手を止めない。淡々として見える彼だが、内には熱いメカニック魂が燃えているのだ。コンタクト完成―と思われた次の瞬間、ジンジャーの会心の一撃がスパナを襲う…!!

[未来編] 崩壊する裏･球針態を見て勝利を確信する幻騎士。しかし粉塵の中から現れたのは10年前の雲雀だった! 突然のことに戸惑いを隠せない幻騎士。戦いの最中に10年後雲雀が言っていた「スケジュール」とはこのことなのだろうか? 10年前の雲雀は状況を分かっていないようだが、倒れている山本を発見し、その元凶が幻騎士であると知ると、おもむろにトンファーを構えた。「君の行為を並中への攻撃とみなし、僕が制裁を加えよう」この時代のことは全く理解していないまま、雲雀は幻騎士に戦いを挑む!

[未来編] ひとつの匣に、三つのリングの炎を注入する雲雀。圧倒的な炎の威力に耐えきれずひび割れ、崩れていく匣。中から現れたのは『裏･球針態』。それは闘う当人以外は全て排除される絶対遮断空間。「手っとり早く終わらせたくてね、スケジュールがつまってるんだ」雲雀の意味深な言葉の真意とは…? 一方、ツナはアイリス率いる死茎隊に四方を囲まれていた。アイリスの雲の炎による肉体増殖で襲いかかる死茎隊。スパナは、アイリスと死茎隊誕生の経緯について語り始めた…。

[未来編] 匣兵器実験室の壁を破り、姿を現したのは雲雀だった! ついに最強の守護者と言われる男と、この時代最強と評される剣士が接触した。「白い装置はこの先かい?」問う雲雀を尻目に、おもむろに自らの匣を開匣する幻騎士。匣から流れ出たのは幻覚の樹海だった。幻覚は倒れたラル･ミルチや山本を覆って行く。相手が幻術を使うと知った雲雀は、ゆっくりとリングを付け替え、微笑みを湛えながら宣戦布告をする。「術士が嫌いでね…這いつくばらせたくなる」―最強VS最強のバトルが幕を開けたのだ…!

[未来編] 壮絶な炎と炎のぶつかり合いの後、入江のモニターからは消息が確認できなくなってしまったγと獄寺。衝撃が激しすぎて、二人の戦いの場であったトレーニングルームのカメラが機能しなくなってしまったのだ。二人は相撃ちになったのだろうか? そんな中、あくまで冷静にボンゴレリングとマーレリングを回収するよう指示する入江。彼のもとに、ある報告が舞い込む。偵察部隊になりすました敵に、見張りがやられたというのだ。攻撃は、霧の幻術によるものだということだが…?

[未来編] 時雨金時のヒビが、幻騎士の作った幻覚だと見破った山本は、スクアーロの技『鮫衝撃』(アタッコ･ディ･スクアーロ) に雨の鎮静の炎を足した強化版を幻騎士に打ちこんだ! ボンゴレアジトでの修業の日々の間、毎日幾度となく振っていた自分の刀―それにヒビが入り0.01グラムでも変化があれば感覚で分かる、と山本は静かに言ってみせる。体が痺れ、動けなくなる幻騎士。そんな幻騎士に山本はひとつ笑ってみせてから、表情を引き締め、切りかかった―!!

[未来編] 山本の音声がツナの通信機とボンゴレ基地に届いた! 一瞬だったが戦闘中であることが伺える。不安に駆られるツナだが、それ以降音声をキャッチできなくなってしまう。一方、山本は幻騎士との戦闘に集中していた。次々と時雨蒼燕流の技を浴びせるが、幻騎士は眉ひとつ動かさずにそれらをかわしていく。幻覚に乗じて攻撃を繰り出す幻騎士! どうにか時雨金時で幻騎士の剣を防いだ山本だが、なんと時雨金時の刀身にヒビが入ってしまう! ショックをうける山本だが…!?

[未来編] 誘導されるまま進んできた山本の前に現れたのは、γが最強の剣士と評する幻騎士だった。山本はスクアーロの戦いの記録のDVDの中で、この人物が100人目の敗北者だったことを覚えていた。しかし幻騎士の口から、自分はスクアーロにわざと負けて見せたと言う衝撃的な言葉が告げられる。耳を疑う山本だが…!? その頃入江に、ボンゴレアジトから帰還した偵察部隊による「ミルフィオーレ優勢」との報告が入る。さらにアイリスとジンジャーの報告で、スパナが自室に戻っていないことが明白になってしまう!

[未来編] ツナの居場所を突き止めるため、入江は強引にメローネ基地のブロックを移動させた。その影響でスパナのコンピューターは故障してしまい、ツナは暴走したシミュレーターの仮想空間に閉じ込められてしまう。そんな彼の前に現れたのは、入江が高校生の頃に作ったという『究極のロボット』のプログラムだった。危機的状況の中、ツナは逃げずに攻めることを選択した! 一方、山本はブロックの組み替えに混乱している野猿と偶然にも遭遇する。10年後山本に負けたことを根に持っていた野猿は、問答無用で戦闘態勢に入る…!

[未来編] 未だツナの行方を掴めないことに焦燥し始める入江。その頃、ツナはコンタクトレンズに悪戦苦闘していた。なかなかコンタクトを着られないツナ。そのダメッぷりに呆れるリボーンだったが、スパナはコンタクトの素材を変えてみようと提言する。小一時間で済むらしいが、ただ待つのでは勿体ないというリボーン。スパナの提案で、キング･モスカの戦闘プログラムを作る際に使用したというシミュレーターでのツナの戦闘データの再収集が始まる。

[未来編] 山本は、意識を失っているラル･ミルチを背負ったまま、メローネ基地の中をさまよい続けていた。通路のドアやハッチが自動的に開閉して、彼らをどこかへ誘導しているようだ。その時、背中のラル･ミルチが小さく唸り声をあげ、意識を回復した。長く昏睡していたため、状況を理解できないラル･ミルチは、山本に質問をしながら、今までの戦いを脳内で整理し始める。そして、メローネ基地に突入してからまだ数時間しか経っていないことを、彼女は改めて実感するのだった…。

[未来編] 獄寺の攻撃を受け、γは自らのボス、ユニと初めて会った日に思いを馳せる。それは、ブラックスペルの基盤となったジッリョネロ･ファミリーが、白蘭率いるジェッソ･ファミリーから攻撃を受けていたさなかのこと。敵から逃れジッリョネロの隠れ家にたどり着いたγは、先代ボスの訃報に接しショックに打ちのめされる。そんな彼の前に現れたのが、静かに微笑むユニだったのだ。そして、γの記憶はジッリョネロとジェッソの合併、ミルフィオーレ･ファミリーの忌まわしき結成の経緯に及ぶのだった…。

[未来編] 漢我流の腹から飛び出した巨大なヒョウのような匣兵器―その正体は、晴の活性で成長した瓜だったのだ! γの匣兵器･黒狐 (ネレ･ヴォールピ) は、さらに雷の炎を大きくして獄寺たちを威嚇する。どうやらまだ膨大な力を温存しているようだ。成長した瓜は負傷した獄寺を覆うように立ち、黒狐に向かっていく。その姿を見て獄寺は、瓜もまたスィステーマC.A.I.の一部だと確信する。ボンゴレの覚悟を胸に、獄寺の怒涛の反撃が始まった―!

[未来編] Xバーナー完成のため、スパナの協力を受けるかどうか悩むツナに、ジャンニーニは通信機から猛烈に反対をする。敵の技術者は信用できないというのだ。その頃、獄寺は5つの波動を使い分けた攻撃で、γを追い詰めていた。一時的に物陰に隠れたγは、懐から大切そうに、ある匣を取り出す。それは幻騎士が、ブラックスペルのボス･ユニに頼まれてγに渡したものだった。その直後、γを倒そうと追い立てる獄寺の頭上に現れたのは、ひときわ大きな雷の炎を纏った、黒い狐の匣兵器だった…!

[未来編] ボンゴレアジトの集中医療室で未だに昏睡状態のクロームは、夢の中で目覚めようと必死にもがいていた。雲雀も地下鉄構内に戦いの場を移し、ミルフィオーレの強襲部隊と新たに現れた別働隊との対戦を続けている。メローネ基地ではツナが、Xバーナー完成のためにスパナの協力を受け入れるかどうかの決断を迫られていた。そんな中、獄寺はスィステーマC.A.I.でγを驚嘆させるに至る。しかし、スィステーマC.A.I.の複雑なシステムを理解するまでには、苦悩の日々があったのだった…。

[未来編] 圧倒的な強さを見せつけるγ。それでも了平は、高速自己治癒力でダメージを回復しながら戦いを続けていた。獄寺は、了平の晴の炎で強化された縄に自由を奪われつつもどうにか匣から瓜を出し、縄を噛み切るよう命令する。だが瓜は全く言うことを聞かず、γに向かって行ってしまった! それを止めて、瓜をγの攻撃から守る了平だが、直後にγの容赦ない攻撃を受け、倒れてしまう。γが了平にトドメの一撃を放ったその瞬間、獄寺がスィステーマC.A.I.を起動した!