突然、ルードビッヒに襲われたリュウは追跡を開始。しかしそれはネクライムの罠で、リュウは足を負傷してピンチに陥ってしまう。そこへ天空からフューラーはリュウを秘密研究所へ連れていき、プロジェクト3891に彼が必要であると語る。計画は順調に進むが、ジタンダのミスで研究所は崩壊。リュウは超能力を発揮して無事脱出できたものの、またしても記憶を失ってしまった…。

あるデザイナーが、自殺未遂をはかった。彼はティファニー宝石店で展示されているブルーダイヤ『嘆きの人魚』が偽物で、本物は自分が持っているという。リュウは彼女を助けるためティファニー宝石店へ潜入、ダイヤの入れ替えに成功する。しかし自殺未遂のデザイナーはルードビッヒの変装だった。

不可能な密室強盗の捜査中、リュウは一人の女性と出会い、その人に母親の姿を見た。一方、密室事件の首謀者はやはりネクライムで、その手がかりはリュウの窓拭きロボットだったのだ。そして、ロボットは、重要書類の代わりにリュウが買ったプレゼントを盗んでしまう。

ロボットによるエネルギー強奪事件が発生。犯人のロボットの名はジェミニ。ネクライムによって奪われた、世界で唯一感情があるロボットだった。さらに製鉄所を襲う巨大ロボットが出現。それはネクライムに改造されたジェミニの姿だった。開発者のエリー博士の説得も応じず、ジェミニが襲いかかる。

一人の殺し屋がメオトキオに帰ってきた。彼の名はルガーのメイスン。ルードビッヒは彼にリュウの抹殺を依頼する。プロの誇りにかけてリュウを倒そうとするメイスンだったが、幾重にも偶然が重なりリュウを殺すことができない。しびれを切らしたメイスンはリュウと一対一の対決を申し込む。

ネクライムが開発した新型カメラ、それは人の心を映す機能を持っていた。ルードビッヒは、それでリュウの心を撮ろうと画策する。金塊強盗を逮捕したリュウの前に現れた美人カメラマン。彼女はリュウを取材したいと申し入れ、ネクライムと闘うリュウをカメラに納めてゆく。だが、そのカメラは、ネクライムが開発したものだったのだ。

メカ分署にネクライムの秘密会議が開かれるという情報が入った。現場に急行したリュウだったが、部屋はもぬけのカラ。どこかで情報が漏れているらしい。ふとしたことで、ミャーが偽物だと判ったリュウは、本物のミャーを助け出す為ネクライムの基地へと乗り込む。

ルードビッヒはフューラー総銃の命令を無視して、オークション会場へ向かった。彼の目当ては一つの壺。その壺には、ルードビッヒの過去が刻みつけられていた…。オークション会場でリュウとルードビッヒは“悪魔の壺”の値を競い合うが、フューラーの命によりその壺は破壊されてしまう。

警視総監が何者かによって狙撃された。総監を救うため権藤警部は、リュウたち三人に人口血液フルオゾールＤＡをセントジェームス病院に届けるよう命令を下す。だが、その三人にネクライムの軍隊が襲いかかる。

ネクライム撲滅会議が開かれた常夏のハワイトピアに、突然雪が降り始める。アナクロ刑事コロンダから強引に調査に参加されたリュウは、ネオ･ストーブ販売の裏にネクライムの陰謀が隠されていることを知る。リュウとコロンダは、ジタンダを尾行してアジトに潜入する。

世界第2位のカムイの所有者チャン･リーは、自分の山を世界一の山にするため、ネクライムと手を結ぶ。そこへ警部に「エベレストを登れ」と、言われたリュウたちがやってくる。途中、なだれに襲われたが、三人は一緒に巻き込まれていたチャンを説得し、ネクライムの野望を阻止しようとする。

マーケットで買い物をしていたクロードとソフィアは、突然悪人と化した市民に襲われた。それは、ネクライムの人間の犯罪願望を呼び起こす装置によるものだった。市民と共に洗脳されたクロードとソフィアは、救助に駆けつけたリュウに襲いかかる。

世界最古の月の足跡が地球にやってくる。リュウたちは警護のために空港へ向かったネクライムに奪われていた。一方、奪ったその足跡が偽物だと知ったルードビッヒは激怒し、足跡の発見者である博士を拉致してしまう。

一粒一億ダラーもする新開発の小麦“みのり21号”がネクライムによって奪われた。リュウは変装して、ネクライムから“みのり21号”を買いつけようとする美食家のグルメールに近づいて情報を集める。ついに現れたルートビッヒを、札束でひっぱたいたリュウは、みのり21号の奪回に成功する。

美女を狙う巨大ザメが出現! さらに海底牧場まで破壊されている。早速、調査に乗り出すリュウたちは、ソフィアをおとりにしてサメを捕獲しようとするが、逆に捕われてしまう。そして、サメに捕まったソフィアを追ったリュウたちは、サメ型の母艦を発見する。

メカ分署に苦しめられているルードビッヒは、クロードを標的にして、美人キャティを送り込んだ。彼女に一目ボレしたクロードは、彼女の通うディスコに向かうが、キャティの正体はスティンガーキャットだった。戦いの最中、超能力を発揮(実はミャーが配線を切ったためだったのだが)してピンチを切り抜ける。

ホセキ医学研究所からカプセルを盗んだミレーヌをリュウが追っていた。追跡の末、ミレーヌを捕らえたリュウだったが、ホセキを宝石と勘違いして、カプセルではなくダイヤをミレーヌから取り上げてしまう。事実を知ったリュウはクロードたちの強力を得て、再びミレーヌを追う。

リュウは自分の過去を知るため、パーソナル･ヒストリー･データーバンクへ出向く。だが、先回りしていたステンガー部隊にデータを奪われてしまい、その上、偵察に出掛けたクロードが捕らえられてしまう。

少年は、機動メカ分署の権藤警部にウラシマ･リュウと名付けられた。自分が何者か判らない心の傷を背負ったまま、ネクライムに金庫破りの手伝いをさせられるリュウ。それを制止しようとするソフィアをネクライマーたちが取り囲む。

1983年、台風の夜。少年は無実を訴えながら警官隊から逃亡していた。しかし、突如として発生した不思議な空間に飲み込まれ、50年後の未来へとタイムスリップする。空間を出た少年は、クロードと名乗る警官に逮捕された。その上、少年は自分の記憶を失っていたのだ! そして、その少年を狙う、もう一つの組織があった。