【最終話】ネクライム、そしてフューラーも消滅した。メカ分署も解散するという話が持ち上がっている。そんなとき、リュウに最高市民賞、クリスマス･スター賞が送られることになった。しかし、リュウは自分自身を見つめなおそうと、旅に出る決意を固めていた。

破壊されたネオトキオにフューラーが来襲。彼はクロードたちを苦しめる事でリュウの超能力を引き出した。ついにリュウはウラシマンになったのだ。コズモ時空間に現れたリュウとフューラーは、戦いつつも1983年の世界を見た。しかし、フューラーとは考え方が違うと、リュウは過去に戻る事を拒む。

なんとミレーヌは、フューラーの娘だった。消されていた記憶を呼び戻されたミレーヌは、フューラーからルードビッヒ抹殺の命を受ける。一方、ネクライムの最終兵器の情報をつかんだリュウたちは、ルードビッヒとの全面対決に突入する。

ルードビッヒは超能力研究所へ、秘密兵器スーパーXを向かわせた。破壊される研究所の爆風に巻き込まれたソフィアは、偶然にも予防能力を見につけ、フューラーが帰ってくると予言する。それは真実となり、コズモパワーを身につけて復活したフューラーは、スーパーXをたやすく破壊するほどの力を身につけていた。

ネオトキオのマザーコンピュウター、トキオ88にネオクライムの新兵器、ネクライザーの魔の手が迫る。ネクライザーの発する電波でネオトキオ中がパニック状態に。一方基地にいるリュウは、超能力開発の最終段階にきていたが、仲間の危機に基地を抜け出してしまう。

リュウの超能力修行は続けられたが、一向にその兆候は見えてこない。そんな時、ネクライムに雇われた殺し屋エイズリーがリュウを襲い、権藤警部が身代わりに刺されてしまった。リュウは超能力を目覚めさせるために、権藤警部の建てた秘密研究所を尋ねるが、またもやエイズリーが現れる。絶対絶命のピンチに、リュウは超能力を発揮できるのか…。

権藤警部はリュウに超能力の修行をさせる為、超能力一族の村へと向かわせた。村長は超能力者としてリュウに足りないものは『無心の心』だと言う。修行を途中で投げ出したリュウは、村から追放されるが、その途中で偶然にもネクライムの基地を発見する。

ルードビッヒの野望を達成させるため、スティンガー部隊はネクライム、ウエスト支部を壊滅させた。朽地果てたアジトでリュウは、シークレットポリスのジョアンナと出会う。一方、復讐に燃えるウエスト支部のライサンダーは、ルードビッヒを倒そうと暗躍する。

激化するネクライムとの戦いに対抗するため、国際警察軍が結成され、しかもクロードがそのメンバーに指名される。クロードは、総監護衛の任を与えられ、襲いかかるネクライムを華麗にかわしゆく。しかし、ついてきたリュウやソフィアのおせっかいで、次々とピンチに陥ってしまう。

アマゾンに七人の殺し屋が集められた。彼らが受けた依頼は、ルードビッヒが誘拐した富豪の娘を救出することだ。その中にはリュウたち三人の姿もあった。ルードビッヒのアジトに潜入したものの、次々と倒されてゆく仲間たち。ついに富豪の娘アニタを発見するが、帰りたがらないアニタに、ソフィアの怒りが爆発する。

フユーラーが生きていた!? 真偽を確かめるため宇宙船にたどり着いたリュウだったが、ネクライムの攻撃を受け宇宙船と共に墜落してしまう。負傷したフューラーを気づかうリュウは、彼がアンドロイドである事を知る。偽フューラーは、ルードビッヒを倒そうとするが、返り討ちにあう。

パトロール中のリュウは、ネクライムに襲われていた少女チャコを助けた。権藤たちはチャコがネクライムの天才科学者の娘、マーガレットだと知る。リュウを遊園地や海へ連れ回すチャコは、追いかけるスティンガーたちにとらえられてしまう。

フューラーの秘密金庫、それを破ろうと、クリスタルナイツとメカ分署の双方が動きだした。金庫の鍵はその場所にたどり着いた人間だと言われている。双方、数々のトラップに悩まされ、最後に到着できたのは、なんとジタンダだった。

権藤警部の命令でリュウは刑務所へ入れられた。そこでマフィアのボス、カポンを脱獄させ、ルードビッヒを誘い出すのが彼に与えられた重要任務だった。見事脱獄したリュウは、ドラゴンと名乗り、カポンの用心棒役を買って出る。しかし、ルードビッヒを罠にかけようとしたのに、逆に罠にかけられてしまう。

リュウたちはミサイル基地を襲ったキャットから「ネクライムのヨーロッパ支部が、隕石をネオトキオに落とす」という計画を聞き出した。早速、リュウたちはヨーロッパ支部へ潜入、支部長レオナルドの計画をたたき潰す。だが、これはルードビッヒが立案したヨーロッパ支部壊滅作戦のシナリオで、しかも重要機密までもルードビッヒに奪われてしまう。

フューラー追放により5つに分裂したネクライムは、フューラーの遺産を手に入れようと画策していた。リュウたちもその遺産を持つ海賊ドレドと出会うことになる。リュウこそ遺産を受けるに相応しいと確信したドレドだったが、遺産はルードビッヒの手に落ちてしまう。

ルードビッヒは、フューラーの秘密基地でプロジェクト3891の全貌を知る。焦るフューラーはリュウにプロジェクトの早期実行をもちかけてくる。過去に戻れるなら…、仲間と過去の間でリュウの心は揺れる。迷いながらもフユーラーの元へきたリュウだったが、過去より仲間を想う心が強く…。

悩み続けるリュウの前に謎の集団が現れる。襲われ、ビルから落下しリュウを助けたのは、なんとフューラーであった。リュウは落下中に過去を思い出し、フューラーと自分が別人であることを知る。過去でのフューラーは不老不死の研究をしており、その研究の産物、サイコレーザー発振器によってリュウは未来に飛ばされたのだ。

バイクで事故ったリュウが目を覚ますと、そこには1983年の光景が拡がっていた。過去に戻ったと思って、浮かれるリュウ。しかし、この世界はフューラーが仕組んだ偽りの世界だった。銭湯でフューラーに出会ったリュウは、自分と同じ傷を持つフューラーに愕然とする。

犯人を追ってダウンタウンへきたリュウは、そこでスター志願のマリアと出会う。マリアの恋人は逃亡犯のベンで、彼はネクライムの秘密を奪ったためリュウを陥れるマリア。真相を知ったクロードは、危機一髪のところで、リュウを救い出す。

リュウがガス欠でたどり着いたのは、まるで西部時代のような街。そこには昔ながらの悪徳保安官が幅を効かせていた。だがそれは、ネクライムの新薬トランキライザーによるものだった。リュウもその薬を美女マリリンに飲まされ、2代目悪徳保安官を襲名、捜しにきたクロードたちと対決することになる。

宝石店が何者かに襲撃された。現場を捕らえた映像にはリュウの姿が…。無実の罪を訴えながら逃げるリュウに、弟と名乗るリュウとうり二つの少年が救助に駆けつけた。少年はリュウの本名がアキラで、自分はタイムスリップした後、ネクライムに拾われたのだと言う。

プロレス場で試合の勝者が次々と蒸発する事件が発生。実は、ネクライムが強い肉体から抽出したエキスで『活性コロン』を作るために、誘拐していたのだ。リュウとクロードはプロレスラーに扮して、ネクライムの秘密基地へと潜入する。

ネクライムの宇宙ステーションが流星群に接触、崩壊した。地球へ落下するステーションを爆破するため、宇宙へと向かうリュウたち。一方、スティンガー部隊もそこで中性子増幅装置の回収作業を行っていた。増幅装置を発見したベアーだったが、爆発の際に足を挟まれてしまう。

3万年前に落下した隕石をプロジェクト3891に必要としたフューラーは、発掘作業をルードビッヒに指令する。一方、リョウは今日で廃線になる新幹線を一目見ようと駅へ向かう。懐かしさのあまり中に入ったリュウを乗せたまま新幹線が走り出す。だが、その行く先ではネクライムが隕石を発掘していた。

エメラルド海域で船が続発。クロードは、サーファーの憧れ、ビックサタデーのせいではないとして現地へ飛んだ。偽の情報を流したクロードの前に現れたのはネクライムのマーメイド部隊。ソフィアは彼女たちに紛れて潜入し、船を沈めた敵の新兵器は爆破したものの、拉致されてしまう。

久々の休日を楽しむリュウたちは、謎の美女に誘われるままに海底の古代遺跡へとやってきた。しかしそれはルードビッヒの恐るべき罠で、彼が用意したゲームをクリアしなければ、衛星ミサイルがネオトキオを破壊すると言う。恐るべき殺人ゲームに倒されてゆくクロードとソフィア。そして、リュウも最後のゲームで失敗する!

リュウたちは科学者誘拐事件の手掛かりを掴み、無人島に乗り込む。そこはネクライムの兵器工場で、さらに資金源の金塊も。科学者達を救い出したリュウは、ついでに金塊もいただいて脱出しようとする。しかし、それはルードビッヒの罠で、工場ごとリュウを抹殺使用としていた。

警視総監の娘、キャロットがメカ分署を訪ねてきた。だがネクライムは彼女を拉致し、交換条件にマグナマー38を要求してきた。権藤警部の胸に、過去の苦い記憶が蘇る…。指定場所に訪れた権藤はネクライムの罠にかかってしまう。しかし、そこへ口笛が…。

秘密研究所の爆発でまたしても記憶を失ったリュウ、そしてジタンダ。二人は偶然にも電子催眠治療で記憶をよび戻そうとするが、装置の故障で二人の人格が入れ代ってしまう。しかも一時間以内に何とかしないと、二度と元に戻れなくなる。何も知らないリュウとジタンダは逃げ回り、路地で鉢合わせし殴り合いになる。