【最終話】ジン、ケイ、エス、エレアの4人は、世界を救う使命を果たすべく作戦を開始した。ジンは赤い巨人に変身し、立ち塞がる敵･グラキエスに戦いを挑むが、力尽きてしまう。傷つき倒れたジンに、エレアは3ヶ月前に起きた奇跡について語りだす。

この世界が何者かによって監視･管理されていることに気づいたジンだが、DEUSはジンの訴えを聞き入れなかった。ジンはケイとエスに協力を仰ぎ、科学省の調査を開始する。そして、極秘プロジェクト「AQUA PROJECT」の全貌が判明する…。

能朱湖の湖畔に隕石が落下したというニュースが報じられた。直感的に自分の記憶の断片を感じ現場へ向かったジンは、そこでハイバラという男からメモリーチップを手渡される。だがその直後ハイバラは政府によって射殺されてしまう。

大規模な皆既月食を間近に控え、白いドレスの女が獣人に襲われる事件が起きた。民俗学研究室の尾形によると、百年前の皆既月食の年にも、鷺ノ宮家の令嬢が獣人に襲われる事件が起きたという。ジンは捜査中に、百年前に消えたはずの古い双眼鏡を見つける。

ドラッグシンジケートの売人ばかりが襲われる連続殺人が起きる。現場には不可解な血文字が残されていて、目撃証言から犯人は赤いコートの殺人鬼と呼ばれていた。DEUSが捜査を進めるなか、事件に隠された、ある若い夫婦を襲った悲劇が浮かびあがる。

侵入者であるヴァイロ星人を捜査中のケイとエスは、殉職したはずの元エージェント･ディーに出会う。一方、ジンはストリートミュージシャンの女性がヴァイロ星人に追われているところを助けるが、その女性･ナタルがエイリアンであることを知る。

仕事に追われ疲れきっている青年･タカオ。少年時代から宇宙の神秘に憧れ、宇宙への夢をつのらせていた彼の部屋に謎の光の塊が現れ、永遠の宇宙の旅へと誘いをかける。記憶を失う前にタカオと知り合いだったジンは、彼のもとへ駆けつけるが…。

アルファケンタウリ星系のエイリアン･チャムダ星人が地球に亡命してきた。DEUSは彼らの性質や身体能力から、侵略の危険性はないと判断した。しかし新たに野獣のようなエイリアンの飛来が確認され、事態は思わぬ方向に!

人間が突如ミイラ化して変死する事件が頻発していた。ジンとケイは、潜入捜査を専門とするエージェント･エスと調査を開始する。被害者は皆、シャイナー05というケミメディックを購入していた。商品を開発した会社の社長が隠している黒い箱の正体は…?

脳が異常収縮した死体が相次いで発見された。被害者は皆、ホープレスと呼ばれる住所不定者だったが、なぜか直前に金回りが良くなっていた。ジン達は、「いい仕事あるよ」と声をかけてきた男･タマルを不審に思い、タマルの秘密工場の潜入調査を開始する。

未確認飛行物体による誘拐事件が続発していた。不明になった女性を事件直前に乗せたタクシー運転手によると、女性は「船が出る」と言っていたという。ジンは、3日前にバーで会った男から「船」に誘われたことを思い出す。

記憶を失った男･ジンは、謎の女･エレアから赤い眼鏡型のアイテムを手渡され、この世界を救うよう懇願される。自分が特殊捜索チームDEUSの一員だと知った彼は侵略を企むエイリアンを追い詰めるが、そこに巨大エイリアン･ガルキメスが現れ…。