【シーズン1 最終話】部長との同居を解消し、マコトと暮らすことになった蛍。心配していたインテリア事業部の仲間たちにも一緒に暮らしていることを報告。一緒に楽しく暮らそうとはりきる蛍だったが、マコトと一緒に寝転がってマンガを読んでいても、なんだかしっくり来ない。蛍が部長と暮らしていたことを吹っ切れていないことに気づいたマコトは、会社でも頑張って、家でも頑張っている姿を見ていると、自分ではありのままの蛍でいさせてあげられないと考え…。

ジャージ姿を目の当たりにし、何も言わず走り去ったマコト (加藤和樹) の態度にショックを受けた蛍 (綾瀬はるか)。マコトは急な出張で香港に行くことになり、部長 (藤木直人) は蛍の異様な姿を心配する。その後仕事で現場に差し入れにいった蛍はアクシデントで、倉庫に閉じ込められてしまう。仕方なく段ボールと新聞で夜を明かす蛍。途方にくれる蛍を助けに来たのは会社の同僚を引き連れた部長だった。蛍を心配する部長の姿を見て、恋愛事情に敏感な山田姐さん (板谷由夏) は蛍に部長が蛍のことを好きだというのだが…。

インテリア事業部で毎年恒例のお中元が当たる抽選が行われていた。お中元の内容は 「ヘリコプターに乗って花火鑑賞」で、部長はマコトを誘うようにとわざと蛍にそのチケットを当選させた。一方マコトは、ファニチャーアワードに出品しようとデザイン作業にいそしんでいた。仕事に没頭し、ギリギリの時間にデートにあらわれたマコト。マコトは同居人のことや時間を気にしなくていいよう 「一緒に暮らそう」 と提案するのだった。喜んで!」 と返事をした蛍だったが、干物女姿を見せていいのかを迷い始める。

マコト (加藤和樹) とキスまで辿りついたものの、益々うちの中での干物っぷりが増してきた蛍 (綾瀬はるか) だったが、ついにマコトの家での「お泊り」が決定した。しかし自分の腹肉が怖くなり逃げ帰ってしまう…。ダイエット計画を決行しようとするが、ジョギング中の雨に走ることをすぐに断念。代わりに、心配して雨の中を探し回った部長 (藤木直人) が風邪をひいてしまう。責任を感じ、部長を看病しようとする蛍だが、あしらわれてしまう。そんな中、部長の別居中の妻･深雪が家を訪ねてきて…。

ついにマコトに思いを告げた蛍。そしてマコトからも「嬉しかった」という返事をもらい、お盆休みに一緒にデートをすることが決定した。部長は、蛍が干物女であることも、自分と同居していることもバレないように気をつけろ、と忠告する。嬉しさの反面、久しぶりのデートに大人の女性らしく振舞おうと不自然に接してしまう蛍。そんな蛍を見てマコトはデート中、蛍が楽しそうじゃないと部長に相談する。そして泥酔した2人…。酔った部長は、なんと蛍と部長の同居する家にマコトを連れてきてしまい…。

マコト (加藤和樹) から電話で 「好きでした。さようなら」 と言われてしまった蛍（綾瀬はるか）。「うまくいかない恋愛より、うまくいく友達関係です!」 と、フツーの友達でいようとするが、どうしても意識してしまう。部長 (藤木直人) のはからいでマコトと会議室に2人きりで閉じ込められるが、上手く話せない。そんな中社内で美奈子 (浅見れいな) が発注ミスにより内装の色を間違えた事が発覚。翌朝にはクライアントが下見に来る予定…。急いで現場に急行する蛍。するとそこには黙々と壁を塗りなおすマコトの姿があって…。

マコトに片思い中の優華に 「負けません。」 宣言をされ、複雑な心境の蛍。ある日、マコトが二ツ木 (安田顕) からアートイベントのペアチケットをもらっているのを目撃する。一体誰を誘うのか、とドキドキする蛍。そんな中社内コンペが行われることになり、マコトと要、優華と蛍の２チームが選ばれた。マコトを自分から誘うのだ! と張り切る蛍を奇妙な動物を見るように見つめる部長 (藤木直人)。しかし、マコトは 「蛍には彼氏がいる」 という話を聞きペアチケットの1枚を優華に渡してしまっていた…。

蛍 (綾瀬はるか) は会社の同僚、要 (武田真治) から 「飲み会をやるから一緒に幹事をしろ!」 と命じられる。目的は社内恋愛、ゴールデンカップルを誕生させること。要は、マコト (加藤和樹) とみんなが憧れるステキ女子の優華 (国仲涼子) をくっつけるために、飲み会を盛り上げることが蛍の使命だというのだが、その余興はなんと 「ドジョウ掬い」! 優華は「人のお膳立てで自分の恋を成功させようなんて間違っている。ドジョウ掬いは自分がやる」 と蛍に話す。しかし要の優華に対する思いを知った蛍は…。

マコトからメールをもらったのに、返し方が分からず色気のない自分のメールを後悔する蛍。デザイン作業に煮詰まっているマコトのために、徹夜で資料を作ったが、メールひとつまともに送れないのに資料を渡すことなどできない、と部長に泣きつく。部長のアドバイスで、なんとか資料を作ったことをマコトに伝えた蛍。そんな中、大型の台風が接近、さらにマコトが資料を取りにくる、と蛍と部長の住む自宅に接近!! 絶対ヒミツの同居生活と干物女の姿がバレては大変と、部長と蛍は台風以上にバタバタして…?!

職場では華やかなOLを装っているが帰宅するとジャージ姿、前髪はちょんまげ、尻をポリポリ。S.Wビルドコーポレーションインテリア事業部で颯爽と働く雨宮蛍 (綾瀬はるか) も実は正真正銘の『干物女』である。格安で借りた一軒家に住んでいた蛍だが会社の高野部長が引っ越してきて生活が一変する。ナマケモノの蛍と几帳面な高野部長との波乱の同居生活が始まった。さらにある日、イケメンデザイナー･手嶋マコト (加藤和樹) が会社にやって来る。干物女に突然訪れた恋の予感…。蛍は忘れていた恋の感覚を思い出すことができるのか!?