【最終話】ユガンデとシボレナをメガレンジャーに倒されたDr.ヒネラーの怒りは狂気の域に達していた。一方、メガレンジャーの5人は卒業式の日を迎えていた。大破したギャラクシーメガの周りに大勢の一般市民が集まるが、そこに突然爆発音が鳴り響く。見ると、逃げ惑う人々の向こうから、異形の怪人がゆっくりと姿を現わした。

居場所を失い、廃屋にひそむ5人。卒業式は2日後に迫っていた。一方、メガレンジャーの基地を探すシボレナは、人間に化けてデジ研の部室に侵入。基地が月面にあることを突き止めていた。それを聞いたユガンデは、命を落としかねないほど強力なネジリアクターで自分を最強の戦士に改造するよう、シボレナに懇願するが…。

ヒネラーシティにさらわれていたクラスメイトが戻り、健太たちの3年A組も久しぶりに全員が揃っていた。そこに不気味な学生が現れ、健太に向かって突進してくる。その正体はジゴクネジラーだった。皆の前で変身することに逡巡しているうちに黒岩先生が怪我を負ってしまい、5人は皆の前で遂にメガレンジャーに変身する。

ヒネラーシティ発見の連絡を受け、出動するメガレンジャー。ヒネラータワーでは、さらわれた人間たちがスキャニング光線でカードにされていた。5人はヒネラータワーに侵入するが、メガピンクがスキャニング光線を浴びてしまう。ヒネラーは人類をデータ化し、プログラムし直すことで、自分の望む世界を作ろうとしていた。

耕一郎と千里の第一志望校入試の日、街でのんびりしていた健太、瞬、みくは人々を襲うテンソウネジラーに3人で立ち向かうが、テンソウネジラーの光線によって姿を消してしまう。一方、午前中の試験を終えた耕一郎と千里。午後の試験に向けてもうひと頑張りというところで、無常にもデジタイザーが鳴り響いた。

暴れている巨大マボロシネジラーを前に、メガレンジャーはメガボイジャーで対峙するが、マボロシネジラーは姿を消してしまう。次の瞬間、福岡に姿を現すマボロシネジラー。5人は結局、ワープ能力を使うマボロシネジラーを取り逃してしまう。翌日、国外脱出のためのチャーター船の第一便が出航するが、消息を絶ってしまう。

初詣に来た5人は、そこでクラスメイトのシンタロウとジロウに会った。突然、耕一郎に家庭教師を依頼するシンタロウ。健太はすっかり忘れていたが、劣等生のシンタロウ、ジロウと健太は翌日追試を控えていたのだ。耕一郎はその申し出を快く引き受け、劣等生3人は耕一郎に勉強を教わることになったのだが…。

左手首にデジタイザーがないことに気付いた健太。街中を探し回ってもどうしても見つからない。一方、デジ研では耕一郎の指揮のもとで大掃除が行なわれていた。サイバースライダーやドリルセイバーなどの武器が隠されているのを発見して怒る耕一郎。さらに、続けて見つかった写真には武器に囲まれた笑顔の健太が写っていた。

I.N.E.T.ではメガボイジャーの探索が続けられていた。ようやく朝日岳山中にボイジャーマシンを発見するが、裕作は罠ではないかと疑う。デジタンクで地中から接近した5人はボイジャーマシンに乗り込み、合体してメガボイジャーになるが、メガボイジャーにはネジイエローが取り憑いていた。

ネジレンジャーが倒され、焦りを見せるDr.ヒネラー。そこで生き残りのネジレンジャー3人は、これまでの戦いで集めた体型や音声パターンのデータからメガレンジャー5人の正体を暴く作戦を立てる。そして、ネジレンジャーの3人は人間の姿に変身し、街を徘徊し始めた。一方、みくはクリスマスの買い物に街に出ていた。

デスネジロではネジブルーが打倒メガブルーに異様な執念を燃やしていた。一方、瞬はこれまでの戦いをもとにネジレンジャー対策を考えていた。同色の相手をターゲットとするネジレンジャーに対し、違う色の敵を相手にすれば戸惑うのではないかと言う。街にネジレンジャーが現れ、メガレンジャーが出動するのだが…。

ふとしたことから、みくと千里の仲が険悪な関係になってしまった。一方、射撃訓練をしていたネジピンクは、様子を見ていたネジイエローに、どちらの腕が上かはっきりさせようと勝負を挑まれる。メガレンジャーのマスクを先に持ち帰った方が勝ちだというのだが…。

健太がゲームセンターで遊んでいると、デジタイザーが鳴り響いた。慌てて飛び出す健太だったが、街中なので変身する場所がないと、場所を探す。一方、お金を入れたのに撮影ができなかった女の子の前に、プリントシールが出ていた。何とそこには、健太がメガレッドに変身する様子がコマ送りで写し出されていたのだ。

5人がネジレ反応があった現場に到着すると、メガレンジャーの姿をした5人が暴れていた。その正体は、邪電戦隊ネジレンジャー。久保田博士によるとネジレンジャーのスーツは、久保田の元同僚･鮫島が開発したものに似ているという。一方、デスネジロではネジレンジャーがメガレンジャーの通信パターンを手に入れていた。

千里は学園祭のバンドコンクールにボーカルで出場することになっていた。一方、カナリアネジラーはトリカエッコビームでメガレンジャーの能力を奪おうとしていた。だが、メガレンジャーとの戦いの中でカナリアネジラーの放ったビームはメガイエローの喉に当たり、千里の声はカナリアネジラーのオヤジ声になってしまう。

久保田から呼び出された裕作は、I.N.E.T.副長官･来島にケイタイザーを渡すよう言われる。正式な承認もなく作られたメガシルバーという存在を認めるつもりはないと言う。裕作についてきた5人が割って入るが、来島は変わらない。結局裕作は来島にケイタイザーを渡してしまうが、来島がコンドルネジラーに襲われる。

I.N.E.T.月面基地ではメガレンジャーの5人が健康診断を受けていた。裕作を呼びに行った健太とみくは、裕作の立ち話を聞いてしまい、厳重に口止めされる。一方、地上ではカマキリネジラーが街を破壊していた。苦戦するメガレンジャー。メガシルバーが必殺技を決めるが、何とカマキリネジラーはまだ生きていた!

弟の真二に、最近サッカーの練習に付き合ってくれないと言われた耕一郎。一方、デスネジロでは、突然真二のチームのコーチが現われた。その正体はヤマアラシネジラーだったのだ。彼の作戦は、手始めにサッカーチームの子供達を人間兵器に仕立て上げ、ゆくゆくは世界中を壊滅させるというものであった…。

5人の前に月から健太に会いに来たという少女が現れる。一方、デスネジロではDr.ヒネラーが、メガレンジャー対策として、ネジレ獣をはるかに凌駕する最高の頭脳とパワーを持った生命体･サイコネジラーを開発していた。同時にユガンデも復活、Dr.ヒネラーは彼に“ダーク･クライシス”なる強力な剣を与えた。

決死の“ビッグバンアタック”も通用せず、マッドギレールとギギレに徹底的に痛めつけられるスーパーギャラクシーメガ。もはや破壊寸前と思われたその時、月面基地の裕作から通信が入った。デルタメガを分離させて月面基地へ向かうメガレンジャー。月面基地の格納庫で5人を出迎えたものは…。

I.N.E.T.のメンテナンス担当･省吾は、研究所にスーパーギャラクシーメガの新しい武器を作ってもらっていた。一方、ギレールはDr.ヒネラーのカプセルでパワーアップしていた。その強さは想像を絶するほどで、メガレンジャーの5人も太刀打ちできない。それどころか、生身の省吾も巻添えで傷を負ってしまう。

ギレールはユガンデを呼び出し、メガレンジャーをおびき出すべく、採掘場で暴れ始めた。出動する5人。その時、突然ギレールがユガンデの背中を斬りつけた。ギレールはユガンデの体を取り込み、二刀流の怪人･ギガギレールとなった。さらに、戦いの中でメガブルーは頭を強打され、瞬は記憶を失ってしまう。

瞬に、ちょっと太ったと言われ大ショックのみくは早速ダイエットを決意するが、食事の量を少し減らしただけでもふらふら。そこに、このクレープを食べれば何をどれだけ食べても太らないという、ダイエット･クレープの歌が聞こえてくる。すぐさま飛びつくみくだったが、その食欲はとんでもない勢いで加速していった。

千里の前に突然現れた名古屋のおばあちゃん。驚く千里に構わず取り出したのは見合い写真。そこへ、待ち合わせをしていた耕一郎が現れる。千里はその場を乗り切るべく、耕一郎が彼氏であると嘘をつく。さらにデジタイザーが鳴り響くが、おばあちゃんが付きまとっているため、千里はなかなか変身できないでいた。

神之島では、島の少年･大地に泳ぎを教えていた女の子が海に引きずりこまれてしまった。何も出来ず立ちすくむ大地。一方、大岩先生に連れられた5人は神之島に向かっていた。島に着いた5人は、ホテルにも周辺にも誰もいないことに気付く。ノーテンキな健太は泳ぎに行くが、他の4人は周辺を調べてみることに。

クネクネに追われる男をメガレンジャーが救出しようとしたとき、男の持つスティックから光線が放射され、ギレールらは退散してしまった。その男は行方不明になっていた南波博士だった。彼はネジレジアに囚われていたが、その間にネジレジアのパワーを奪う「ネジレエネルギー中和装置」を開発したというが…。

メガシルバー･早川裕作。彼はI.N.E.T.の天才エンジニアであり、特別開発班のチーフだった。その彼がメガスーツのプロトタイプを装着してネジレジアと戦ったことに腹を立てた久保田博士は、月に戻って自分の任務を遂行するよう命令する。一方、ネジレ反応のあった海岸に出動した5人は、周辺の調査に乗り出す。

街に現れたバッファローネジレと戦うメガレンジャーの様子を、バイクに跨がった謎の男が見つめていた。翌日、日常に戻った健太と耕一郎の前にバイク男が現れる。その男は、健太たちがメガレンジャーであることを知っているようだ。さらに5人のデジタイザーに、あのバイク男から通信が届く。

焼き肉屋でバイトをしている健太のもとに、謎の卵が転がり込んできた。恐竜の卵かもしれないと卵を温める健太に千里は呆れていたが、突然卵にヒビが入り、謎の生物が誕生した。一方、ネジレジアではビビデビの作ったアンコウネジレが誕生した。だが、もう一体作ったはずの、アンコウネジレの弟が行方不明だという。

夏期講習へ向かう瞬を待ち伏せるみく。一方、アリジゴクネジレのネジレの扉によって、人や車などが突然空間移動する怪現象が起こり、パニックを巻き起こしていた。メガピンクは、アリジゴクネジレがネジレの扉を作るために必要なクリスタルを奪うが、そのままメガブルーとネジレの扉の中へ吹き飛ばされてしまった。