〈プリンセス･パーキーちゃん〉ペンギンズを乗せて車を運転していたリコは、パーキーちゃんの新作プリンセス･セットの広告に気を取られ突然暴走、ペンギンズを危険な目にあわせてしまう。／〈ヤツはニュースキャスター〉ニュースキャスターのチャック･チャールズがテレビ局を解雇され、飼育員のアシスタントとして動物園で働き出す。するどい洞察力でペンギンズの正体を見抜くチャックに危機を感じた隊長は、彼に特ダネをつかませキャスターに戻そうとするがことごとく失敗。

【プリンセス・パーキーちゃん】ペンギンズを乗せて車を運転していたリコは、パーキーちゃんの新作プリンセス・セットの広告に気を取られ突然暴走、ペンギンズを危険な目にあわせてしまう。 【ヤツはニュースキャスター】ニュースキャスターのチャック・チャールズがテレビ局を解雇され、飼育員のアシスタントとして動物園で働き出す。するどい洞察力でペンギンズの正体を見抜くチャックに危機を感じた隊長は、彼に特ダネをつかませキャスターに戻そうとするがことごとく失敗。

〈私を愛したペンギン〉コワルスキーは、カモノハシのパーカーとイルカのドリスに、ドリスの兄を水族館から救い出してほしいと頼まれる。ドリスに過去振られたコワルスキーは2人がつきあっていると知ってショックを受けるが、ドリスにいい所を見せるチャンスと依頼を引き受ける。ペンギンズは水族館へ向かうが、ドリスの兄とはペンギンズの宿敵ドクター･シオフキーだった。

コワルスキーは、カモノハシのパーカーとイルカのドリスに、ドリスの兄を水族館から救い出してほしいと頼まれる。ドリスに過去振られたコワルスキーは2人がつきあっていると知ってショックを受けるが、ドリスにいい所を見せるチャンスと依頼を引き受ける。ペンギンズは水族館へ向かうが、ドリスの兄とはペンギンズの宿敵ドクター・シオフキーだった

〈恋のトンネル〉地下トンネルに亀裂が入り、動物園が陥没の危機に! 隊長はビーバーの若者たち4人にトンネルの補強工事を頼むが、ビーバーたちはアナグマの女の子、ステイシーとベッキーにナンパされ、仕事がおろそかに。／〈パーフェクトデー〉すべてがうまくいく「パーフェクトデー」が隊長に訪れた。この機会に隊長はデンマーク人に追われる原因となった自分の過去の記録を抹消しようと決意。

【恋のトンネル】地下トンネルに亀裂が入り、動物園が陥没の危機に！隊長はビーバーの若者たち4人にトンネルの補強工事を頼むが、ビーバーたちはアナグマの女の子、ステイシーとベッキーにナンパされ、仕事がおろそかに。 【パーフェクトデー】すべてがうまくいく「パーフェクトデー」が隊長に訪れた。この機会に隊長はデンマーク人に追われる原因となった自分の過去の記録を抹消しようと決意。

〈宇宙ペンギン〉チンパンジーのフィルが宇宙探査のために月に行く動物に選ばれた。ペンギンズは、ペンギンの地位向上をしようと、新人をフィルに変装させ代わりに月へ送り出す。／〈スノーマゲドン〉隊長はテレビでアメフトを観戦するためマリーンとスナックの調達に出かける。新人とコワルスキーは公園に紅葉を観察に行くが、ニューヨークは大雪に見舞われ、木の穴に閉じ込められたコワルスキーがおかしくなってしまう。

【宇宙ペンギン】チンパンジーのフィルが宇宙探査のために月に行く動物に選ばれた。ペンギンズは、ペンギンの地位向上をしようと、新人をフィルに変装させ代わりに月へ送り出す。 【スノーマゲドン】隊長はテレビでアメフトを観戦するためマリーンとスナックの調達に出かける。新人とコワルスキーは公園に紅葉を観察に行くが、ニューヨークは大雪に見舞われ、木の穴に閉じ込められたコワルスキーがおかしくなってしまう。

〈バナナで逃避行〉ゴリラのゴリとラーは動物園から特別なバナナをもらう。どうしてもそのバナナを食べてみたいキング･ジュリアンは、マリーンをそそのかしてこっそり夜中に全部食べてしまう。／〈コワルスキー司令官〉隊長は障害物競走で去年より遅いタイムしか出せなかったため、リーダーにふさわしいことを証明しようとPELT (パワフル･エリート･リーダー･テスト) という3つの試練に挑戦することに。

【バナナで逃避行】ゴリラのゴリとラーは動物園から特別なバナナをもらう。どうしてもそのバナナを食べてみたいキング・ジュリアンは、マリーンをそそのかしてこっそり夜中に全部食べてしまう。 【コワルスキー司令官】隊長は障害物競走で去年より遅いタイムしか出せなかったため、リーダーにふさわしいことを証明しようとPELT（パワフル・エリート・リーダー・テスト）という3つの試練に挑戦することに。

〈成金フレッド〉リスのフレッドが公園の通貨であるドングリを大当てし、一躍大金持ちに。キング･ジュリアンは財産の使い方についてフレッドにアドバイス、パーティーを開くが、大金を横取りしたいアカリスに捕まってしまう。／〈かわゆい肉食獣〉マダガスカルからキツネザルの天敵であるフォッサの赤ちゃんが届く。みんなはかわいさに魅了されるが、キング･ジュリアンだけは警戒。

【成金フレッド】リスのフレッドが公園の通貨であるドングリを大当てし、一躍大金持ちに。キング・ジュリアンは財産の使い方についてフレッドにアドバイス、パーティーを開くが、大金を横取りしたいアカリスに捕まってしまう。 【かわゆい肉食獣】マダガルカスからキツネザルの天敵であるフォッサの赤ちゃんが届く。みんなはかわいさに魅了されるが、キング・ジュリアンだけは警戒。

〈ルナコーンの黙示録〉ペンギンズは、伝説の刀を手に入れるため博物館へ行くが、そこで新人は「しゃべる壺」を割ってしまう。すると、壺に封じ込められていた破壊者「クチクカン」の霊が解き放されてしまい、ルナコーンに取りつき、ペンギンズを倒し街で大暴れ。新人は責任を感じ、リコとクチクカンを止めに向かう。

ペンギンズは、伝説の刀を手に入れるため博物館へ行くが、そこで新人は「しゃべる壺」を割ってしまう。すると、壺に封じ込められていた破壊者「クチクカン」の霊が解き放されてしまい、ルナコーンに取りつき、ペンギンズを倒し街で大暴れ。新人は責任を感じ、リコとクチクカンを止めに向かう。

〈ずっ敵〉コワルスキーが作った「敵･味方判別装置」が誤作動を起こしてしまう。怒った隊長は装置をなぐるが、プログラムが自分にダウンロードされ、敵と味方を逆に認識するように。／〈お泊まりズー〉動物園の行事「お泊まりズー」が始まるが、参加者はチケットを買い占めたベスビオ家の双子だけ。以前ベスビオ兄弟にひどいめにあった動物たちは、隊長たちの呼びかけでリベンジしようと燃える。

【ずっ敵】コワルスキーが作った「敵・味方判別装置」が誤作動を起こしてしまう。怒った隊長は装置をなぐるが、プログラムが自分にダウンロードされ、敵と味方を逆に認識するように。 【お泊まりズー】動物園の行事「お泊まりズー」が始まるが、参加者はチケットを買い占めたベスビオ家の双子だけ。以前ベスビオ兄弟にひどいめにあった動物たちは、隊長たちの呼びかけでリベンジしようと燃える。

〈キング争奪戦〉クレムゾンが再びあらわれ、キング･ジュリアンには王位継承権がないと言いだす。ジュリアンが王になるには対決に勝たねばならない。／〈新人とチョコバー工場〉お菓子店にスナックの調達に行ったペンギンズ。新人は、大好きなチョコバーを作っている工場が閉鎖されることを知ると、工場襲撃を提案。隊長は新人に作戦の指揮を任せ、ペンギンズは工場に侵入する。

【キング争奪戦】クレムゾンが再びあらわれ、キング・ジュリアンには王位継承権がないと言いだす。ジュリアンが王になるには対決に勝たねばならない。 【新人とチョコバー工場】お菓子店にスナックの調達に行ったペンギンズ。新人は、大好きなチョコバーを作っている工場が閉鎖されることを知ると、工場襲撃を提案。隊長は新人に作戦の指揮を任せ、ペンギンズは工場に侵入する。

〈ルナコーン･オン･アイス〉隊長たちは任務で痛い目にあった新人を元気づけるため、「ルナコーン･オン･アイス」に新人と友だちを連れて行くと約束。新人が誘ったロイとラーは体が大きく苦労しつつも何とか会場へ連れて行くペンギンズ。／〈伝説のパター〉かつてミニゴルフの試合に負けたアマリロ･キッドが、新人に助けを求めてきた。ホリネズミたちにゴルフで負け、リベンジのために伝説のパターを手に入れたいと言うのだ。

【ルナコーン・オン・アイス】隊長たちは任務で痛い目にあった新人を元気づけるため、「ルナコーン・オン・アイス」に新人と友だちを連れて行くと約束。新人が誘ったロイとラーは体が大きく苦労しつつも何とか会場へ連れて行くペンギンズ。 【伝説のパター】かつてミニゴルフの試合に負けたアマリロ・キッドが、新人に助けを求めてきた。ホリネズミたちにゴルフで負け、リベンジのために伝説のパターを手に入れたいと言うのだ。

〈超能力チキン〉ふれあい動物園のニワトリがスポーツの試合結果を次々と的中させ、超能力チキンとして一躍有名に! 超能力を信じないコワルスキーは化けの皮を剥がそうとするが、ニワトリの狙いは…?／〈ミスター親指〉カメレオンのエサを確保するために、食料品倉庫を襲撃しようとしたペンギンズは、指紋認証装置をクリアするため、モーリスの親指を借りに行く。キング･ジュリアンは自分ひとりで大丈夫と意地をはる。

【超能力チキン】ふれあい動物園のニワトリがスポーツの試合結果を次々と的中させ、超能力チキンとして一躍有名に！超能力を信じないコワルスキーは化けの皮を剥がそうとするが、ニワトリの狙いは・・・？ 【ミスター親指】カメレオンのエサを確保するために、食料品倉庫を襲撃しようとしたペンギンズは、指紋認証装置をクリアするため、モーリスの親指を借りに行く。キング・ジュリアンは自分ひとりで大丈夫と意地をはる。

〈わしは猫である〉アクシデントで街中に運ばれたキング･ジュリアン。ネコと間違われてグラディスの家に連れて行かれるが、そこで出会ったフェレットのゾーイに一目ぼれ。／〈正義のバルーン〉隊長は、ハンスから武器庫を守ったが化学薬品フクラミウムを浴びてしまう。これは、血圧が上がると体が風船のように膨らんでしまい、治療法は過激なアクションやストレスを避けるのみ。

【わしは猫である】アクシデントで街中に運ばれたキング・ジュリアン。ネコと間違われてグラディスの家に連れて行かれるが、そこで出会ったフェレットのゾーイに一目ぼれ。 【正義のバルーン】隊長は、ハンスから武器庫を守ったが化学薬品フクラミウムを浴びてしまう。これは、血圧が上がると体が風船のように膨らんでしまい、治療法は過激なアクションやストレスを避けるのみ。

〈夢のフィロス〉コワルスキーが新スナック、フィロスの製造マシンを発明。ペンギンズの好物を合体させて作ったフィロスのおいしさにペンギンズは夢中になる。ところが、フィロスを大量に食べて有毒な副産物を排出したペンギンズが原因で巨大な有毒バブルが形成され、セントラルパークに異常気象が起きてしまう。

コワルスキーが新スナック、フィロスの製造マシンを発明。ペンギンズの好物を合体させて作ったフィロスのおいしさにペンギンズは夢中になる。ところが、フィロスを大量に食べて有毒な副産物を排出したペンギンズが原因で巨大な有毒バブルが形成され、セントラルパークに異常気象が起きてしまう。

〈チームワーク強化週間〉新人たちの恐れる「チームワーク強化週間」がやってくる。隊長は過酷な訓練に音をあげる3人に、ニシンの燻製を一番先に持ってきた者には訓練を1日免除すると伝える。／〈ムービーデー〉ペンギンズはおめあての映画を見に行こうとするが、動物園の脱走防止セキュリティシステムに阻まれる。

【チームワーク強化週間】新人たちの恐れる「チームワーク強化週間」がやってくる。隊長は過酷な訓練に音をあげる3人に、ニシンの燻製を一番先に持ってきた者には訓練を1日免除すると伝える。 【ムービーデー】ペンギンズはおめあての映画を見に行こうとするが、動物園の脱走防止セキュリティシステムに阻まれる。

〈リトルフット〉コワルスキーはマリーンが動物園の外に出ても凶暴にならないよう発明品を使って野生の本能を分離する。しかしマリーンは極度の怖がりになり、野生の本能は凶暴なリトルフットとなって街を破壊する。／〈やさしいママ〉ペンギンズが公園でハンスに襲われた! ペンギンズは逆襲するが、誤ってオポッサムの母親マーを巻き込んでしまい、基地に連れ帰って介抱する。

【リトルフット】コワルスキーはマリーンが動物園の外に出ても凶暴にならないよう発明品を使って野生の本能を分離する。しかしマリーンは極度の怖がりになり、野生の本能は凶暴なリトルフットとなって街を破壊する。 【やさしいママ】ペンギンズが公園でハンスに襲われた！ペンギンズは逆襲するが、誤ってオポッサムの母親マーを巻き込んでしまい、基地に連れ帰って介抱する。