【シーズン2 最終話】〈秘密のトンネル〉キング･ジュリアンたちが夜ごと抜け出して公園に行っていた。隊長は、飼育員に見つからないようにと、出入り用の秘密のトンネルを教える。／〈最後のドードー〉ペンギンズは博物館の絶滅した鳥コーナーから間違えて持ちかえったドードーの羽でクローン、ドードを作る。

【秘密のトンネル】キング・ジュリアンたちが夜ごと抜け出して公園に行っていた。隊長は、飼育員に見つからないようにと、出入り用の秘密のトンネルを教える。 【最後のドードー】ペンギンズは博物館の絶滅した鳥コーナーから間違えて持ちかえったドードーの羽でクローン、ドードを作る。

〈カンフーコアラ〉コアラのレナードはペンギンズとともにオールナイトでアクション映画を見ることに。最初はこわがっていたが、見ているうちに魅了され、昼間に動物園でカンフーをやり続け大暴れ。／〈ベビーシッターはつらいよ〉新人は1人基地に残り、ひよこ4兄妹の子守をすることに。

【カンフーコアラ】コアラのレナードはペンギンズとともにオールナイトでアクション映画を見ることに。最初はこわがっていたが、見ているうちに魅了され、昼間に動物園カンフーをやり続け大暴れ。 【ベビーシッターはつらいよ】新人は1人基地に残り、ひよこ4兄妹の子守をすることに。

南極で密漁者たちを捕まえたペンギンズ。新人は捕らえられたヒョウアザラシのハンターをこっそり助け、南極に帰そうとする。隊長たちは肉食のアザラシは天敵だと反対するが、新人の必死の願いを聞き入れ、装置で川へ飛ばす。新人もいっしょに飛ばされ、ハンターと2人、南極へ向かうことに。

南極で密漁者たちを捕まえたペンギンズ。新人は捕らえられたヒョウアザラシのハンターをこっそり助け、南極に帰そうとする。隊長たちは肉食のアザラシは天敵だと反対するが、新人の必死の願いを聞き入れ、装置で川へ飛ばす。新人もいっしょに飛ばされ、ハンターと2人、南極へ向かうことに。

〈腹は何でも知っている〉内緒でおやつをくれると動物たちに人気の老婦人グラディスが、マンゴーの種を踏んでころんでケガをしてしまう。／〈イカりの鉄拳〉セントラルパークで世界の発明品を集めた発明万博が開かれることになり、コワルスキーは大興奮。

【腹は何でも知っている】内緒でおやつをくれると動物たちに人気の老婦人グラディスが、マンゴーの種を踏んでころんでケガをしてしまう。 【イカりの鉄拳】セントラルパークで世界の発明品を集めた発明万博が開かれることになり、コワルスキーは大興奮。

ドクター･シオフキーが、ペンギンズの基地に侵入。どんなものも凶暴に変えるディアボロジャイザーの光線を新人たちに浴びせようとするが、光線はキング･ジュリアンのMP3プレーヤーに当たってしまう。

ドクター・シオフキーが、ペンギンズの基地に侵入。どんなものも凶暴に変えるディアボロジャイザーの光線を新人たちに浴びせようとするが、光線はキング・ジュリアンのMP3プレーヤーに当たってしまう。

『マダガスカル』のアレックスが登場! 単独任務で上海に行った隊長は、ハンスとその黒幕のドクター･シオフキーのワナにはまり、記憶を奪われてしまう。

『マダガスカル』のアレックスが登場！単独任務で上海に行った隊長は、ハンスとその黒幕のドクター・シオフキーのワナにはまり、記憶を奪われてしまう。

〈ストップウォッチ〉コワルスキーが時間を止められる「ストップウォッチ」を発明。しかしキング･ジュリアンと取り合いになり、2人を残して時間が止まったあと、ストップウォッチはこわれてしまう／〈アーカーリスイルスタンの男〉ペンギンズに伝説のエージェント、バック･ロックガットから腕時計型テレビ電話が届く。

【ストップウォッチ】コワルスキーが時間を止められる「ストップウォッチ」を発明。しかしキング・ジュリアンと取り合いになり、2人を残して時間が止まったあと、ストップウォッチはこわれてしまう。 【アーカーリスイルスタンの男】ペンギンズに伝説のエージェント、バック・ロックガットから腕時計型テレビ電話が届く。

〈デンジャラス･ゲーム〉マリーンは動物同士のきずなを深めるため、ゲーム･ナイトを開く。街にスナックの調達に行ったコワルスキー、モーリス、モートは駆けつけた警官に包囲され大ピンチ。／〈モートの親友〉コビトキツネザルのモートが公園でネコと間違えられて犬のエルマーに連れ去られてしまう。

【デンジャラス・ゲーム】マリーンは動物同士のきずなを深めるため、ゲーム・ナイトを開く。街にスナックの調達に行ったコワルスキー、モーリス、モートは駆けつけた警官に包囲され大ピンチ。 【モートの親友】コビトキツネザルのモートが公園でネコと間違えられて犬のエルマーに連れ去られてしまう。

〈はじめての宿敵〉コワルスキーは発明したロボットスーツを、1年に渡り実験するが失敗続き。／〈しょっぱい関係〉ペンギンズは、かつて開発した「便器型におい爆弾スタンク」を見つける。

【はじめての宿敵】コワルスキーは発明したロボットスーツを、1年に渡り実験するが失敗続き。 【しょっぱい関係】ペンギンズは、かつて開発した「便器型におい爆弾スタンク」を見つける。

〈恐怖のサーカス〉「アニマルサポート」制度で動物園に多額の寄付をしたベスビオ家の双子は、寄付を理由に隊長とキング･ジュリアンを強引に家に連れ帰り虐待する。／〈ナノマシンにおまかせ〉コワルスキーは目に見えないほど小さなナノマシンを発明。あらゆる機械を動かして労力を省いてくれる便利なもので、ペンギンズに危害をあたえないという防御機能もついている…。

【恐怖のサーカス】「アニマルサポート」制度で動物園に多額の寄付をしたベスビオ家の双子は、寄付を理由に隊長とキング・ジュリアンを強引に家に連れ帰り虐待する。 【ナノマシンにおまかせ】コワルスキーは目に見えないほど小さなナノマシンを発明。あらゆる機械を動かして労力を省いてくれる便利なもので、ペンギンズに危害をあたえないという防御機能もついている。

夏休み。ペンギンズは船で海へ出るが、嵐に巻き込まれてしまい悪名高いホーボーケン動物園にたどり着く。ホーボーケン動物園を警戒するペンギンズだが、園内はきれいで動物たちも優しくて拍子抜け。

夏休み。ペンギンズは船で海へ出るが、嵐に巻き込まれてしまい悪名高いホーボーケン動物園にたどり着く。ホーボーケン動物園を警戒するペンギンズだが、園内はきれいで動物たちも優しくて拍子抜け。

〈もじゃもじゃモンスター〉コミッショナーのかつらが吹っ飛んで、モーリスにくっついてしまう。／〈リコに首ったけ〉ダチョウのシェリーがセメントにつかまってしまう。リコだけが救うことができる。結果、シェリーは惚れてしまう。

【もじゃもじゃモンスター】コミッショナーがふたをひっくり返す。彼のトーピーが吹っ飛んで、モーリスにくっつく。 【リコに首ったけ】ダチョウのシェリーがセメントにつかまってしまう。リコだけが救うことができる。結果、シェリーは惚れてしまう。

〈スキスキレーザー〉コワルスキーはいるかのドリスに首ったけ、愛のスキスキレーザーを発明する。／〈帰ってきたプルプル〉裁判所のフラッシュバックと言われ、コワルスキーは、小さい、ホイップクリームを食べるバージョンでプルプルを復活させてしまう。

【スキスキレーザー】コワルスキーはいるかのドリスに首ったけ、愛のスキスキレーザーを発明する。 【帰ってきたプルプル】裁判所のフラッシュバックと言われ、コワルスキーは、小さい、ホイップクリームを食べるバージョンでプルプルを復活させてしまう。

〈ゆりかごの中の隊長〉コワルスキーの発明したビーム銃が隊長に当たり、隊長が赤ちゃんになってしまう! 赤ちゃんになった隊長はキング･ジュリアンに預けられ、ジュリアンがベビーシッターをすることに!／〈復しゅうするはヘビにあり〉ホーボーケン動物園から大蛇のサビオが脱走し、マンハッタンに向かっているというニュースが! ペンギンズたちはサビオが復しゅうしに来ると恐れ、隊長を筆頭に防御策を立てる!

【ゆりかごの中の隊長】コワルスキーの発明したビーム銃が隊長に当たり、隊長が赤ちゃんになってしまう！赤ちゃんになった隊長はキング・ジュリアンに預けられ、ジュリアンがベビーシッターをすることに！ 【復しゅうするはヘビにあり】ホーボーケン動物園から大蛇のサビオが脱走し、マンハッタンに向かっているというニュースが！ペンギンズたちはサビオが復しゅうしに来ると恐れ、隊長を筆頭に防御策を立てる！

〈隣人はにぎやかに歌う〉キング･ジュリアン達のうるさいロック演奏に我慢できなくなった隊長は、コンピューターをいじって彼らをふれあい動物園へ移すことに。新しいお隣にはワニのロジャーが来ることに。／〈フィッシュストーリー〉隊長が作るボトルシップの船のモデルは、塩漬けニシンを大量に積んで百年前に沈没した伝説の船だと判明。隊長たちはニシンを求め潜水艦で海底へ。ニシンは誰の手に…!?

【隣人はにぎやかに歌う】キング・ジュリアン達のうるさいロック演奏に我慢できなくなった隊長は、コンピューターをいじって彼らをふれあい動物園へ移すことに。新しいお隣にはワニのロジャーが来ることに。 【フィッシュストーリー】隊長が作るボトルシップの船のモデルは、塩漬けニシンを大量に積んで百年前に沈没した伝説の船だと判明。隊長たちはニシンを求め潜水艦で海底へ。ニシンは誰の手に…！？

〈なんちゃってヒーローズ〉スーパーヒーローの漫画を手に入れるペンギンズ。しかし隊長は漫画を危険物扱いしてゴミ箱に捨てる。諦めきれない3人はこっそり手に入れなんちゃってスーパーヒーローになる!?／〈眠りにおちたシェイクスピア〉睡眠不足のペンギンズ。そんな時隊長は消灯の時間に新人がいないことに気付く。新人は夜な夜な野外劇を見に行っていたのだが、隊長は新人が敵と密会していると思い込み…!?

【なんちゃってヒーローズ】スーパーヒーローの漫画を手に入れるペンギンズ。しかし隊長は漫画を危険物扱いしてゴミ箱に捨てる。諦めきれない3人はこっそり手に入れなんちゃってスーパーヒーローになる！？ 【眠りにおちたシェイクスピア】睡眠不足のペンギンズ。そんな時隊長は消灯の時間に新人がいないことに気付く。新人は夜な夜な野外劇を見に行っていたのだが、隊長は新人が敵と密会していると思い込み…！？

〈僕のナイジェルおじさん〉新人の親戚、ナイジェルおじさんがやってきた。お花やレースが好きなナイジェルに飽き飽きするペンギンズだったが、どうやらこのナイジェル、裏の顔があるようで…!?／〈余命1日のモーリス〉モーリスがあと1日しか生きられないというFAXが届く。モーリスに真相は知らせぬまま、みんなで人生最後の1日を最高に過ごせるようにモーリスにやさしくするけど…!?

【僕のナイジェルおじさん】新人の親戚、ナイジェルおじさんがやってきた。お花やレースが好きなナイジェルに飽き飽きするペンギンズだったが、どうやらこのナイジェル、裏の顔があるようで…！？ 【余命1日のモーリス】モーリスがあと1日しか生きられないというFAXが届く。モーリスに真相は知らせぬまま、みんなで人生最後の1日を最高に過ごせるようにモーリスにやさしくするけど…！？

〈かわゆさオーバーロード〉ピンチ! ペンギンズのかわゆさがとうとうお客たちに飽きられてしまった! かわゆさをアップさせるため、「かわゆさアナライザー」を発明するけど、新人のかわゆさがオーバーロードして…?／〈キング･ジュリアンの一日隊長〉毎回意見が対立するペンギンズとキツネザル軍団。それにうんざりした動物たちは、隊長とジュリアンがお互い尊重できるよう、立場を取りかえっこして1日過ごすことを決めた!

【かわゆさオーバーロード】ピンチ！ペンギンズのかわゆさがとうとうお客たちに飽きられてしまった！かわゆさをアップさせるため、「かわゆさアナライザー」を発明するけど、新人のかわゆさがオーバーロードして…？ 【キング・ジュリアンの一日隊長】毎回意見が対立するペンギンズとキツネザル軍団。それにうんざりした動物たちは、隊長とジュリアンがお互い尊重できるよう、立場を取りかえっこして1日過ごすこと決めた！

〈第2の男〉動物園に新たなキツネザル、クレムゾンがやってくる。クレムゾンは早速キング･ジュリアンにおべっかを使い、キングの第2の男としてモーリスと権力争いすることに!?／〈脳内レボリューション〉コワルスキーはもっと頭をよくするため、脳を増強し巨大化することに大成功。しかしその脳はだんだん縮みはじめ、前よりも小さくなって、コワルスキーがとんでもなくヘンテコになる!

【第2の男】動物園に新たなキツネザル、クレムゾンがやってくる。クレムゾンは早速キング・ジュリアンにおべっかを使い、キングの第2の男としてモーリスと権力争いすることに！？ 【脳内レボリューション】コワルスキーはもっと頭をよくするため、脳を増強し巨大化にすることに大成功。しかしその脳はだんだん縮みはじめ、前よりも小さくなって、コワルスキーがとんでもなくヘンテコになる！

〈おかしな二人〉ペンギンズは、ゲーム中に誤ってコアラのレナードの居住区を爆破してしまう。そのせいで臆病者のレナードは、荒くれ者のカンガルー、ジョーイと同居するハメに!／〈モートのスパイ大作戦〉ペンギンズは下水道のドブネズミ、キングラットの怪しい会話を聞きつける。恐ろしい悪だくみだと睨んだ隊長は、ネズミに変身させたモートにスパイ活動を指令する!

【おかしな二人】ペンギンズは、ゲーム中に誤ってコアラのレナードの居住区を爆破してしまう。そのせいで臆病者のレナードは、荒くれ者のカンガルー、ジョーイと同居するハメに！ 【モートのスパイ大作戦】ペンギンズは下水道のドブネズミ、キングラットの怪しい会話を聞きつける。恐ろしい悪だくみだと睨んだ隊長は、ネズミに変身させたモートにスパイ活動を指令する！

〈一日一善〉隊長は、見学に来たボーイスカウトに触発されて「一日一善作戦」を始める。動物たちを相手にいいことを行うけど、めぐりめぐって救われたのは意外な人物だった!／〈かくも長き不在〉新人とモートが自動販売機の中に巻き込まれて出られなくなってしまう! 隊長やジュリアンたちが行方不明の2人を捜索するけど、はたして2人は脱出出来るのか!?

【一日一善】隊長は、見学に来たボーイスカウトに触発されて「一日一善作戦」を始める。動物たちを相手にいいことを行うけど、めぐりめぐって救われたのは意外な人物だった！ 【かくも長き不在】新人とモートが自動販売機の中に巻き込まれて出られなくなってしまう！隊長やジュリアンたちが行方不明の2人を捜索するけど、はたして2人は脱出は出来るのか！？

〈続･局員Xの転身〉猛暑が続くニューヨーク。飼育員のアリスにプールの水を抜かれたペンギンズは、アリスを旅行に行かせて厄介払いする。しかし代わりとしてやってきたのはなんと局員Xだった!／〈恋の痛み〉新人がパラセイリング任務中に着地に失敗して大ケガをする。動物病院に連れて行かれた新人は、ショーナというインターンに手当てを受け一目ぼれしてしまう…。

【続・局員Xの転身】猛暑が続くニューヨーク。飼育員のアリスにプールの水を抜かれたペンギンズは、アリスを旅行に行かせて厄介払いする。しかし代わりとしてやってきたのはなんと局員Xだった！ 【恋の痛み】新人がパラセイリング任務中に着地に失敗して大ケガをする。動物病院に連れて行かれた新人は、ショーナというインターンに手当てを受け一目ぼれしてしまう...。

〈エイリアン襲来〉以前火星へ行ったキツネザルロボットのジュリリンが地球へ帰ってくる。しかし、ジュリリンの体の中からエイリアンの「宇宙イカ」が出てきて、動物園が侵略の危機に!!／〈色白は七難をかくす?〉マリーンが塩素剤がたくさん入ったプールに入って全身真っ白になる。それを見てひと目ぼれした隊長やキング･ジュリアンは、「北極ミンクのアリーン」と思いこみアプローチする!

【エイリアン襲来】以前火星へ行ったキツネザルロボットのジュリリンが地球へ帰ってくる。しかし、ジュリリンの体の中からエイリアンの「宇宙イカ」が出てきて、動物園が侵略の危機に！！ 【色白は七難をかくす？】マリーンが塩素剤がたくさん入ったプールに入って全身真っ白になる。それを見てひと目ぼれした隊長やキング・ジュリアンは、「北極ミンクのアリーン」と思いこみアプローチする！

〈キングはわかってくれない〉モーリスが動物園中の動物たちを訪ねて何やら耳打ちしている。キング･ジュリアンは自分に内緒でモーリスがクーデターの計画を立てていると思い込むけど…!?／〈バートのアート〉ゾウのバートが描いた絵が評判になり動物園のヒーローになる。しかしバートの絵を鑑定しにやってきた美術評論家がコワルスキーが書いた設計図を大絶賛して…!?

【キングはわかってくれない】モーリスが動物園中の動物たちを訪ねて何やら耳打ちしている。キング・ジュリアンは自分に内緒でモーリスがクーデターの計画を立てていると思い込むけど…！？ 【バートのアート】ゾウのバートが描いた絵が評判になり動物園のヒーローになる。しかしバートの絵を鑑定しにやってきた美術評論家がコワルスキーが書いた設計図を大絶賛して…！？

〈ガスのお仕事〉ペンギンズのプールの水道管が壊れ、作業員のガスが修理にくることに。掘り起こされると地下の秘密基地がばれ、大惨事になる恐れが…! 隊長たちの秘策とは!?／〈ダイヤモンドの首飾り〉泥棒2人組が、盗んだダイヤのネックレスを動物園に投げ入れた。それを拾ったキング･ジュリアン。だが泥棒がネックレスを取り戻そうと動物園に忍び込んできた!

【ガスのお仕事】ペンギンズのプールの水道管が壊れ、作業員のガスが修理にくることに。掘り起こされると地下の秘密基地がばれ、大惨事になる恐れが...！隊長たちの秘策とは！？ 【ダイヤモンドの首飾り】泥棒2人組が、盗んだダイヤのネックレスを動物園に投げ入れた。それを拾ったキング・ジュリアン。だが泥棒がネックレスを取り戻そうと動物園忍び込んできた！

明日は、隊長たちが子どもたちのために行う「キッズマス」というクリスマスイベント。いつものように係を決めるけど、キング･ジュリアンから不満が出て準備はハチャメチャ。子どもたちのための最高のキッズマス、一体どうなっちゃう!?

明日は、隊長たちが子どもたちのために行う「キッズマス」というクリスマスイベント。いつものように係を決めるけど、キング・ジュリアンから不満が出て準備はハチャメチャ。子どもたちのための最高のキッズマス、一体どうなっちゃう！？

〈限りなく透明に近いマシン〉コワルスキーは発明が失敗続きで、隊長から発明禁止命令を出される。でも隊長に認められようと、物を透明にする「透メーカー」をこっそり発明し、さらにピンチにおちいってしまう!／〈予期せぬできごと〉コワルスキーが「予期せぬことを予期する」探知機を発明する。しかし予期せぬことに赤ちゃんを乗せたベビーカーが動物園の外へ! ペンギンズはベビーカーを追跡する。

【限りなく透明に近いマシン】コワルスキーは発明が失敗続きで、隊長から発明禁止命令を出される。でも隊長に認められようと、物を透明にする「透メーカー」をこっそり発明し、さらにピンチにおちいってしまう！ 【予期せぬできごと】コワルスキーが「予期せぬことを予期する」探知機を発明する。しかし予期せぬことに赤ちゃんを乗せたベビーカーが動物園の外へ！ペンギンズはベビーカーを追跡する。

〈ともだちは箱の中〉モートは落し物のゲーム機に夢中になる。自分の足に見向きもしなくなったキング･ジュリアンと、ゲーム機の部品が欲しいコワルスキーが手を組んだ!／〈猟奇的な彼女たち〉アナグマを恐れる新人を克服させようと、新人とマリーンがアナグマの居住区へ。そこには異常なほどに超ハイテンションなアナグマ姉妹がいた!

【ともだちは箱の中】モートは落し物のゲーム機に夢中になる。自分の足に見向きもしなくなったキング・ジュリアンと、ゲーム機の部品が欲しいコワルスキーが手を組んだ！ 【猟奇的な彼女たち】アナグマを恐れる新人を克服させようと、新人とマリーンがアナグマの居住区へ。そこには異常なほどに超ハイテンションションなアナグマ姉妹がいた！

【ミスター・タックス】ペンギンズ基地にアマリロ・キッドというアルマジロがやって来る。「ミスター・タックス」と勝負したいと言うが、それはかつての新人のことだった！ 【コンクリートジャングル サバイバル】アクセス権限がなく機密ファイルのジョークが見られない新人は、隊長に昇進を要求する。都会で行われる恐ろしい昇進試験の全貌とは…！？

〈タッチにご用心〉マリーンが毛のツヤをよくする葉っぱを持ってくる。つやつやにしたい隊長以外のペンギンズはそれを使ってみるけれど、それがとんでもない結末を生むことに…。／〈リコVSモンスターカー〉戦闘ドライビングの訓練を行うペンギンズ。リコは水を得た魚のように猛スピードで走りまわる。しかしなぜかリコが車に襲われ続け、しまいにはモンスターカーと激突!!

【タッチにご用心】マリーンが毛のツヤをよくする葉っぱを持ってくる。つやつやにしたい隊長以外のペンギンズはそれを使ってみるけれど、それがとんでもない結末を生むことに…。 【リコVSモンスターカー】戦闘ドライビングの訓練を行うペンギンズ。リコは水を得た魚のように猛スピードで走りまわる。しかしなぜかリコが車に襲われ続け、しまいにはモンスターカーと激突！！