サファリゾーンに入ったサトシたちは、管理人のカイザーじいさんと出会う。事務所でサファリゾーンのルールを聞いていたサトシたちは、ミニリュウが写った1枚の写真が大切に飾られていることに気づく。

サファリゾーンに向かう途中、サトシたちはジャングルに足を踏み入れてしまう。そこがポケモン保護区とは知らずにラッキーをゲットしようとしたサトシは、ジュンサーに密猟容疑で逮捕されてしまう。

ポケモン放牧民であるララミー族が住む大草原を通りかかったサトシ一行。そこでララミー族の少女・フウコから、年に一度、ポケモンの成長の結果を競うポケモンレースが行われることを聞かされる。

次なるバッジゲットを目指すサトシたちがやってきたのは「セキチクジム」は、からくり忍者屋敷だった。やっとの思いでジムの場所を見つけて中に入ったサトシだが、複雑なからくりに手こずってしまう。

トラクターが行き交う巨大ダムの建設現場にやってきたサトシたちは、工事現場の監督から優秀なポケモントレーナーを募っているという話を聞く。どうやら工事現場がディグダやダグトリオに妨害されているそうで...。

工業都市のグンジョシティにたどりついたサトシ一行。しかし、旅の疲れのせいか、ピカチュウの様子がおかしかった。サトシはポケモンセンターへ駆け込み、その町のジョーイに診断してもらうが...。

サトシたちは、格闘ポケモンのエビワラーと遭遇する。サトシはゲットしようとするが、持ち主のアノキが出てきてコテンパンにやられてしまう。そんななか、アノキの娘・マナミと知りあい、ある頼みを引き受ける。

サトシたちはタケシの希望で、「シザーストリート」というポケモンの美容院が多いことで有名な町にやってきた。この町は、ブリーダーたちの町としても知られていた。その町に、ロケット団が暗躍していて...。

サトシ一行は、子供たちの行方不明事件が多発している街にやってきた。ひょんなことがきっかけで、サトシたちはこの街のジュンサーと協力して、いなくなった子供たちを探すことになったのだが...。

サトシたちがやってきたタマムシシティには、大きなデパートやマンション、豪華なゲームセンターなどが立ち並んでいた。立ち寄ったデパートから追い出されてしまったサトシは、ジムへと向かうが...。

サトシたちは野生のポケモン・マンキーに遭遇する。サトシはひょんなことからマンキーを怒らせてしまい、襲われてしまう。その怒りからか、マンキーはオコリザルへと進化して、さらに暴れ回る。

ゴールドバッジを手に入れるため、再びヤマブキシティにやってきたサトシたち。ナツメに勝負を挑もうとするが、肝心要のバトルの時に、ゲットしたはずの幽霊ポケモンがいなくなってしまっていた。

ナツメの超能力ポケモンに勝つため、サトシたちは幽霊ポケモンが住んでいるといわれるポケモンタワーがある、シオンタウンを訪れる。しかし、いたずら好きのポケモン・ゴースたちに惑わされてしまう。

サトシたち一行は、やっとの思いでヤマブキシティにたどりつく。そこには、超能力ポケモンを操る少女・ナツメのジムがあった。サトシとピカチュウは勢い込んでナツメに勝負を挑むが、惨敗してしまい...。

サトシたちは海の上で群れを成して飛ぶバタフリーと出くわした。一行は、自分のバタフリーを取り出して群れへと向かわせる。しかし、サトシのバタフリーが求愛したピンク色のバタフリーに相手にされず...。

アオプルコ島を離れてたどりついた港町は、夏祭りの真っ最中だった。タケシとコジロウは、祭りの日に開帳される神社の秘宝絵巻を見入ってしまう。そこには、とある美少女の姿が描かれていたが...。

サトシたちは、本土へ戻る船に乗るためにハトバーポートへやってきた。そこには、アオプルコにいたオババの従姉妹のオババがいた。オババは美しいサンゴ礁地帯に豪華ホテルを建設しようとしていたが...。

サトシたちは、この世界で一番のリゾート地といわれているアオプルコにやってきた。そんななか、サトシは海の家を経営している老人のクルーザーを壊してしまい、弁償のためアルバイトをすることになる。

サトシたちは、海上で竜の竜巻に吹き飛ばされてしまった。そんな折、サトシは竜巻の中でピカチュウとヒトカゲ、ゼニガメ、フシギダネが入ったモンスターボールを失ってしまった。サトシたちはポケモンを探すが...。

豪華客船・サントアンヌ号がサトシたちを乗せて港から出港する。船上パーティは、やはりロケット団の陰謀であった。しかし、いつの間にか湾外に出たサントアンヌ号は、嵐に遭って遭難してしまう。

海外からやってきた船が停泊する港に到着したサトシたち。そこで一行は豪華客船・サントアンヌ号のパーティ券をもらう。そして、サントアンヌ号へ乗り込むが、それはロケット団が仕組んだわなだった。

道に迷い続けて、ようやくクチバシティにたどりついたサトシたち。街のポケモンセンターで、サトシたちは負傷して治療を受けているポケモンを何匹も目撃。サトシとピカチュウは恐れおののくが...。

サトシたちは森を抜け、砂浜へとたどりつく。砂浜の断崖の先に光る灯台を見つけたサトシたちは、その灯台へと向かう。そして、灯台に住んでいるオーキド博士をも凌ぐポケモン研究家のマサキと出会う。

クチバシティを目指して意気揚々と進むサトシたち。そんな一行の前に、ゼニガメ軍団が立ちはだかる。ゼニガメ軍団はこともあろうにロケット団と手を組んでいた。そして、サトシたちは捕らわれてしまう。

クチバシティに向かって先を急ぐサトシたちは、峠で衰弱していたヒトカゲと出会う。サトシは早速ゲットしようとするが失敗してしまう。そして、ヒトカゲを諦めてポケモンセンターへと向かうが...。

クチバシティを目指して旅を続けるサトシたちは、またもや道に迷ってしまう。悪戦苦闘しながら先を進んでようやく一行がたどりついたのは、地図にも載っていないポケモンたちの落ち武者村だった。

サトシたち3人は、クチバシティへ向かう道中で森の中で迷ってしまう。そこで彼らはポケモンゼミナールの生徒と出会う。ところが、ポケモンゼミナールの生徒たちの表情に暗い影が見え隠れしていて...。

サトシたちはクチバシティへ向かっていた。その道中、一行は「ポケモンリーグ非公認ジム」と書かれたジムを発見する。その謎のジムに立ち入ったサトシは、猛獣使いのアキラにポケモンバトルを挑む。

カスミは、ハナダシティへ行きたくないと言って姿を消してしまった。そんなカスミのことはお構いなしに、サトシとピカチュウはハナダシティへ向かう。そして、一行はハナダジムを訪れ、あることを知る。

サトシたちはオツキミ山の洞窟へと足を踏み入れる。そこには、傷ついたポケモンたちであふれていた。どうやら月の石を探しにきた人々が山の中に立ち入り、ポケモンの生息地が荒らされているそうで...。