サトシたちが次についたのは、七つの島にザボンがたくさんなっているザボン七島だった。ひょんなことから、サトシたちは島の住民のナナにザボン泥棒と間違えられる。何とか誤解を解いたサトシたちだったが...。

ネーブルジムを目指して海を行くサトシたちは、たどりついた目的地・ネーブル島で陽気な男・ダンと出会う。ダンと共にネーブルジムを目指すサトシたちだったが、その目前に険しい山が立ちはだかる。

旅を続けるサトシたちは、異常に速いスピードを出す船と擦れ違う。ケンジ曰く「ジョーイさん風の人が漕いでいた」と言う。半信半疑のなか、その船を追うことに。やがて、サトシたちはある島にたどりつくが...。

ハッサク島で一休みをしていたサトシたち。ふとしたはずみでコダックが海に落ちてしまうが、釣りをしていたツバキという少女に救われる。カスミと再会したコダックだったが、以前と変化している部分があった。

旅を続けるサトシたちの前にポケモン一座のショーボートが現れた。このボートはポケモンの歌や踊り、お芝居を見せてくれる旅芸人の船だった。サトシは、そこで出会ったケイとライチュウの事件のことを聞かされる。

2隻の船の後を追ってサトシたちが着いた島には、絶滅したといわれるポケモン・カブトの謎が隠されているらしい。行く先々で一行を待っていたのは数々の危機。そして、その裏には怪しい人影が...。

サトシたちは突然の大渦巻きに巻き込まれピンカン島に流れ着いた。ケンジは体がピンク色の珍しいサイホーンを発見する。サトシがサイホーンに近づくも、興奮したサイホーンに追い回される羽目に。

ラプラスは海面から空き瓶を発見する。その中には、クリスタルのイワークについて教えてほしいという手紙が入っていた。ポンカン島に上陸したサトシたちは、差出人であるマサミという幼い女の子に出会う。

海の上を進んでいたサトシたちは、キンカン島を発見する。キンカン島は高層ビル群の建ち並ぶ商業都市。サトシたちが上陸すると、何かに反応しポケモンたちの姿が一斉に目の前から消えてしまう。

ボンタン島で知り合ったケンジと一緒に旅を続けるサトシたち。ケンジの夢はオーキド博士に自分の書いたリポートを見てもらうこと。だが、オーキド博士とうまく話せないケンジは、サトシがうらやましいようで...。

飛行船はサトシたちを乗せ、大空を飛んでいたが、ジャングルが生い茂るボンタン島という観光スポットに墜落してしまう。リゾート風の町並みを行くサトシたちは、いじめられている子供のラプラスの姿を見つける。

ダイダイ島にたどりついたサトシたちは、強い日差しが照りつけるなか、ウチキド博士の研究所を探し始めた。研究所を発見し、ウチキド博士に出会ったサトシたちは、不思議なモンスターボールを目の当たりにする。

サトシたちは不思議なモンスターボールを受け取るため、オレンジ諸島のダイダイ島へ飛行船で向かうことに。しかし、その飛行船の乗務員は何とロケット団だった。この旅で、サトシたちを待ち受けるものとは...。

ポケモンリーグを終え、ふるさとのマサラタウンに戻ってきたサトシたち。ポケモンリーグでの健闘をたたえ、ポケモンたちと一緒に盛大なパーティが行われた。だが、パーティ会場は一変、大パニックに!

親友のヒロシとポケモンリーグ5回戦を戦ったサトシ。勝負はほぼ互角に見えたが最後に勝利を手にしたのはヒロシの方だった。ヒロシに負けたショックのためか、サトシはご飯も食べずにすっかり落ち込んでしまう。

「ポケモンリーグ・セキエイ大会」はいよいよメインスタジアムで戦う5回戦に突入。サトシの対戦相手はリーグで巡りあい、友達になったヒロシだった。2人は互いに全力を尽くして戦うことを誓いあう。

ポケモンリーグ4回戦を勝ち抜いたサトシは、今日はポケモンたちの休養のため試合はお休み。ママのおいしい手料理を満喫したサトシたちだったが、その直後に乗ったエレベーターが突然停止してしまう。

ポケモンリーグは4回戦に突入。サトシは敵情視察も兼ねてシゲルの戦いを見学。そこでサトシが目にしたのは、あのシゲルが敗退する姿だった。シゲルの4回戦落ちに、サトシは少なからずショックを受ける。

「ポケモンリーグ・セキエイ大会」の1回戦をクラブだけで勝ち抜いたサトシ。続いて迎えた2回戦、岩のフィールドでの戦いにも勝ったが、その夜、サトシが入ったポケモンセンターはいつもと何かが違っていた。

開会式を無事終えて「ポケモンリーグ・セキエイ大会」がいよいよスタート。1回戦に臨むサトシが戦う舞台は“水のフィールド”。対戦相手はコームという名のジャグラーで、きざなトレーナーだった。

ポケモンリーグに参加するためにセキエイ高原にやってきたサトシは、高まる気持ちを抑え切れないでいた。そんなサトシたちの目の前に、ポケモンリーグの聖火を手に携えたランナーがやってきた。

サトシたちは1週間後に迫ったポケモンリーグに出場するため、マサラタウンを出発し、一路セキエイ高原を目指していた。その途中、サイゾウという名の男から手持ちバッジ全てを賭けた勝負を挑まれる。

ポケモンリーグに備えて山の中で自主トレにいそしむサトシたち。ふとしたはずみでタケシが手にしたのは、かつて栄えたという「古代ポケモニア文明」の遺跡の一部だった。サトシたちは遺跡の調査団と出くわして...。

ポケモンリーグ戦本番が近づき、サトシは焦っていた。なかなか思うように自主トレができないからだ。そして、トレーナー四天王の1人であるシバのビデオを見ながらぜひ弟子入りしたいものだと思っていた。

ポケモン映画の完成試写会が映画の都といわれるホリウッドで行われる。しかし、ニャースにはそのホリウッドでの苦い思い出があるようだ。そして、ニャースが話せるようになった理由もホリウッドにあった。

自主トレのためにキャンプ場へやってきたサトシたち。テントを張りカレー作りを始めると、そこへ映画監督を名乗る男が現れた。プクリンをヒロインとした世界最高のポケモンラブロマンスを撮ろうとしているようだ。

マサラタウンに戻ったサトシだったが、自主トレはいっこうに進まない。苦し紛れに山に向かうと、道に迷って植物園に入り込む。そこではポケモンマタタビのせいでサトシとフシギダネは大変なことになってしまう。

海の街・ビンヌにやってきたサトシたちだったが、道は車で大混雑。ジュンサーさんが交通整理に当たるほどであったが、混雑の理由は今日、20年に一度のビッグ・チューズデーがこの海岸にやってくるためだった。

ポケモンリーグに備え、マサラタウンで自主トレを始めたサトシ。そんななか、サトシのママ、カスミ、タケシは年に一度の町内会の旅行でビンヌという海のリゾート地へ行くことになり、サトシは置いていかれる。

故郷のマサラタウンに帰ってきたサトシが久しぶりにオーキド博士のもとへ挨拶にやってくると、そこにはシゲルの姿もあった。そして、ポケモンリーグが行われる場所と時期をオーキド博士から知らされる。