サトシたちは旅の途中、首にリボンを付けたブルーを見つける。ブルーのご主人のカネヨは、見つけてくれたお礼にと自分の屋敷に招待する。だが、そこにロケット団が現れて、ブルーをさらっていってしまう。

サトシたちが通りかかったコクモタウンに「怪盗猫八」を名乗る泥棒が現れた!その大泥棒を捕まえるのが、コクモタウンのジュンサーとイトマル。サトシたちは早速「怪盗猫八」退治に協力を申し出るが...。

ラフォールタウンにたどりついたサトシたち。ここでは年に1度のポケモンパフォーマンス大会が開かれている。そこでサトシたちは、ダンスユニット・ヒッキーズを率いるヒカルという少女と出会うが...。

森の中で迷ってしまったサトシたちは、深い霧の中で幻覚を見る。そこにシゲルが現れ、「この森はホーホーがいないと抜け出すことができない」と言う。サトシたちは無事に森を抜けることができるのだろうか。

旅を続けるサトシたちは、ドンファンの飼い主・ヒイラギと出会う。ヒイラギのドンファンは、メノウを見つけるよう訓練されていた。その噂を聞きつけたロケット団が、ヒイラギのドンファンを奪おうとするが...。

森の中を歩くサトシたちは、森林警備隊のモリオに出会う。モリオは、カイロスの生態系を調査するために森へやってきたのだが、カイロスの森へ続くつり橋が何者かによって谷に落とされていた。

サトシたちはキキョウシティに向かっていた。途中、チコリータを連れた新人トレーナー・ナナコに出会う。ナナコはサトシに早速勝負を挑むが、あっさりと負けてしまう。悔しがるナナコの前にロケット団が現れて...。

マサラタウンから始まるサトシのジョウト地方への旅。オレンジ諸島で知りあったケンジは、オーキド博士の助手となった。サトシとピカチュウ、カスミとトゲピー、そしてタケシ、また新たな旅がここから始まる。

ロケット団に襲われ、間一髪のところでシゲルに助けられたサトシたち。サトシは早速、シゲルとポケモンバトルをすることになるが、あっけなく負けてしまう。サトシは新たな旅に出ることを決心する。

マサラタウンに戻ってきたサトシたち。家に帰ると、そこには何とタケシがいた!サトシたちはGSボールを届けにオーキド博士のもとへ向かうが、GSボールを奪いにロケット団が現れる。そこへシゲルも現れて...。

小舟でデコポン島へ上陸するサトシたち。だが、デコポン島には人が見当たらない。仲良くなったビリリダマとトゲピーを何とか引き離そうとするカスミだったが、いつの間にかマルマインの群れに囲まれてしまう。

オレンジリーグ名誉トレーナーに認定され殿堂入りしたサトシは、再び海の旅へ。途中、ラプラスの群れに遭遇する。だが、密漁団に襲われたせいで人間を恐れ、サトシたちといるラプラスを拒絶する。

ユウジに2勝したサトシ。3回戦目のゲンガーには苦戦を強いられながらも、何とかユウジのポケモン5体に勝利することができた。そしてついに、ユウジのカイリューが姿を現す!

カンキツ島を目指すサトシたち。ウィナーズカップ制覇には、ヘッドリーダーとの6対6のバトルに勝利しなければならない。サトシはバトルに使う6体を選出し、いよいよウィナーズカップが幕を開ける。

トレーニングに励むサトシとケンジは、ラフレシアのしびれ粉を吸ってしまう。ポケモン図鑑によると、アシレ水草を煎じて飲めば治るらしい。カスミは早速、アシレ水草を探しにいくが、そこにロケット団が現れて...。

サトシたちはコイキング専門のポケモンウォッチャー・ミドリカワさんと出会い、カンキツ島のコイキングについて話を聞く。一方、ロケット団は大量のコイキングを捕まえ、ギャラドスに進化させる計画を立て...。

リュウチン島にたどりついたサトシは、突然現れたルリコに自分の息子と勘違いされ、いきなり抱きしめられる。しかし、ルリコはリュウチンジムのリーダーだった。サトシは早速、ルリコにバトルを申し込む。

クネン島にたどりついたサトシたち。そこに現れたのは、草マスター・ジュンジ。早速バトルを始めるが、サトシは間違えてカビゴンを出してしまい、眠ったままのカビゴンをポケモンセンターまで運ぶ羽目に...。

ウンシュウ島に上陸したサトシたちは、火事に遭遇する。間一髪のところを消防隊のチームカメールに助けられ、ゼニガメはくやしさを感じる。サトシはキャプテン・ラッセルにゼニガメ対カメールの勝負を申し込むが...。

サトシたちはクルーザーに乗ったヒデという少年に声をかけられる。ヒデはユズジムでの噂を聞いて、サトシに挑戦しにきたという。ピカチュウが敗れてしまい、サトシが次に選んだのはリザードンだった。

サトシたちはロケット団の仕掛けたわなにまんまとはまり、ピカチュウをさらわれてしまう。完璧かと思われた作戦だったが、空からピジョットの攻撃を受け、ピカチュウとニャースが、さらわれてしまう...。

ユズ島に向かうサトシたち一行は、荒波にもまれているパウワウと幼い少女・マリーを発見し、助ける。マリーの兄・ジギーはユズジムのリーダーだという。バッジを賭けて、サトシとジギーの戦いが始まった...。

ビッグシティに到着したサトシたち。しかし全員、地下道に落ちてしまう。地下からの出口を探すサトシたちは、ふいに現れた怪獣にフシギダネを連れ去られてしまう。フシギダネをさらった謎の怪獣の正体とは...。

ビッグシティを目指すサトシたちは、マンダリン島で雷雨に遭うも、平原でコイルの放牧を営むフォードに助けられる。落雷でポケモンセンターが停電し、サトシがポケモンセンターに向かうが、そこにはロケット団が...。

ヤンべラの街を訪れたサトシたちは、少女・エミリと少年・ラルフに出会う。エミリとラルフは、お互いがニドランを取ったと思い込んでいるため、すぐに喧嘩を始めてしまう。2匹の二ドランの恋の行方は...。

マンダリン島にたどりついたサトシたちは、四天王のカンナが来ていることを知る。早速バトルを申し込むサトシだったが、全く相手にされない。そんななか、サトシのリザードンが暴れ出し、カンナが事態収拾に現れ...。

無人島にたどりついたサトシたち。島には果物や木の実がたくさんあり、サトシたちは、1日のんびりと滞在することに決める。そんななか、砂浜で眠っているサトシたちのポケモンをゲットしようとロケット団が現れ...。

マーコット島に立ち寄ったサトシたちは、森の奥へと進んでいく。そこにはボス争いに負け、傷ついたストライクが。ストライクをゲットしたケンジに、サトシは新しいボスへのリターンマッチを持ちかけるが...。

いつものようにサトシたちに撃退されるロケット団。だが今回、ニャースだけが別方向に飛ばされる。ニャースが着地したオウゴンカン島で、ロケット団のニャースは伝説の“おニャース様”としてもてなされるが...。

スダチ島へ上陸したサトシたちは、スダチ島の近海で発見された300年前のオレンジリーグの優勝トロフィーと思しきお宝が、博物館に飾ってあることを聞く。だがロケット団もすでにその話を聞きつけていた...。