森の中を進むサトシたちは、トリガイという男に出会った。トリガイによると、この森はヨルノズクのすみかで、その中でも珍しい、色違いのヨルノズクがいるらしい。サトシは早速ゲットに闘志を燃やす。

次なる目的地・コガネシティに向かうサトシたちの前に、マリルリが現れた。それを見たサトシのワニノコはすっかり一目惚れ。そこに突然、ヒバリという少女が自分のマリルリを捜しにやってきて...。

サトシたち一行は道中、峠の橋を通るポケモントレーナーをことごとく打ち負かすというすご腕トレーナーの噂を耳にする。サトシたちは早速橋に向かうが、そこにいたのはなんとタケシ好みの美しい少女だった。

サトシたちは旅の途中、川で釣りをするものの、結果はさっぱり。そこへ突然、水しぶきと共にワニノコが現れた。サトシとカスミはゲットしようと必死になる。ワニノコをめぐって2人の争奪戦が始まった。

森を行くサトシたちは、キャンプ中にテントを何者かに荒らされてしまい、サトシは今まで大事に使ってきたリュックを盗まれてしまった。手掛かりとして残された足跡を追うサトシたちが見たものは...。

サトシたちは旅の途中、ブルーに出くわした。以前にカネヨのところにいたブルーのようだ。そこにひょっこりとプリンが現れ、サトシたちはプリンの歌で眠ってしまう。目を覚ましたサトシたちが見たものとは...。

サトシたちはコガネジムへ向かう旅の途中、“みずうおポケモン”のウパーを世話する“ウパーの保育園”に着いた。ひょんなことからサトシたちは保育園でウパーの世話をすることになるのだが...。

旅の途中、ポケモンセンターに立ち寄ったサトシたち。そこで「消防グランプリ」が行われることを聞き、サトシも参加することを決意する。強敵がひしめくなか、果たしてグランプリに輝くのは誰だ!?

コガネシティを目指すサトシたちは海岸沿いでソーナンスとトレーナーのテルに出会う。どうやらポケモン交換フェスティバルでソーナンスをほかのポケモンと交換するようだ。だがフェスティバルにはロケット団が...。

サトシたちはウバメの森で、カモネギのトレーニングに励む少年・ナオトに出会った。すぐにナオトと別れ、次なる街へ向かおうとしていた矢先、慌ててナオトがサトシたちのもとに駆け込んできて...。

いよいよヒワダジムのジムバトルに望むサトシ。植物園のようなこのジムには虫ポケモンがいっぱいだ。ジムリーダーのツクシは「歩く虫ポケ大百科」の異名を持つ。果たしてサトシは勝利することができるのだろうか?

オーキド博士のお使い、GSボールを無事ガンテツに渡すことができたサトシたち。そんなガンテツからぼんぐりの実でモンスターボールを作ってもらえることを聞き、喜んで裏山へと向かったサトシたちだったが...。

ヒワダタウンに着いたサトシたち。ジムリーダー戦に望む前にGSボールを見てもらうため、ガンテツさんを訪ねることに。そこでサトシたちが見たものは、どこへ行ってもヤドンだらけという、異様な光景だった。

旅の途中、森で道に迷ったサトシたちは、柄の悪そうな少年と出会う。少年はこの辺に生息するヒノアラシを探しているという。サトシたちもヒノアラシをゲットしようとやる気になるが、そこにロケット団が現れて...。

旅の途中、サトシたちの目の前にハッサムが現れた。ハッサムのトレーナー・ムラマサは実力のあるトレーナーを求め、この森で腕試しをしていたのだ。腕前を認められたサトシはムラマサが開く道場へと案内される。

サトシたちはヒワダタウンに向かう途中で、“わたげポケモン”のメリープを放牧している親子に出会う。娘のカレンは年に1度、村のカーニバルで開催されるポケモンバトルに参加しようとしているのだが...。

サトシたちは旅の途中、グライガーの鳴き声を聞き、興味を抱く。すると突然、サトシたちはロケット団が仕掛けた落とし穴にはまってしまうが、謎の男・グライガーマンに助けられる。この男の正体は...。

サトシたちは“わたくさポケモン”のハネッコに出会う。強い風に吹かれ飛ばされているハネッコを追いかけていくと、そこにはアズサと名乗る少女がいた。アズサはハネッコを育てながら何かを観察している様子で...。

サトシはヒワダジムに向かう途中、塾帰りの少年からポケモンバトルの挑戦を受ける。チコリータで勝負に臨むサトシだが、手ごわく苦戦する。サトシはチコリータを戻し、ピカチュウをバトルに投入しようとするが...。

旅を続けるサトシたちは、道中でチサトという少女と出会う。チサトは“たいようポケモン”のキマワリを育てていると言う。この街では年に1回、キマワリの美しさを競う“キマワリコンテスト”が行われていて...。

サトシたちは、リザフィックバレーにたどりついた。ここはリザードンの有名な生息地で、そこでサトシたちはリザードン使いの美女・ジークに出会う。ジークはリザフィックバレーを案内してくれると言うが...。

旅の途中、木陰で昼寝するサトシたち。退屈そうにしていたトゲピーも眠りについた。そこへ、近くの森に住むオタチがやってきて、眠っているトゲピーに興味津々のオタチは、眠ったままのトゲピーを転がし始め...。

キキョウシティを出発したサトシたち。道中、突然みずねずみポケモンのマリルが現れた。尻尾に結ばれたリボンから、マリルはどうやらすでにゲット済みらしい。ところが、トレーナーの姿が見えず...。

リーグ戦に臨むため、キキョウジムまでやってきたサトシたち。勝負への意気込みを見せるサトシだったが、突然ロケット団にピカチュウを奪われてしまう。あわや今回は、ロケット団の完全勝利かと思われたが...。

サトシたちは、最初のジムがあるキキョウシティにやってきた。キキョウジムを探している途中、女教師・サユリと出会う。見学を申し込むタケシの勢いに押され、サトシたち一行は学校を見学することに...。

ハッピータウンにたどりついたサトシたち。この町のポケモンセンターでは、ハピナスがジョーイさんの助手を務めていた。その晩、ポケモンセンターに忍び込んだロケット団は、ハピナスに見つかってしまうが...。

キキョウジムを目指すサトシたちは、6体のレディバを操るマコトという少女と出会う。彼女が6体ものレディバを見事に操る秘密は、先祖から代々伝わる笛にあるという。その笛を狙って謎の2人組が近づいてきて...。

旅の途中、サトシは川のほとりで大事なGSボールをミズウオポケモンのヌオーに持ち去られてしまう。ヌオーの後を追い、GSボールを取り戻そうとするサトシと、これを機にヌオーをゲットしようとするカスミだったが...。

次のジムに向かうサトシたちは、野原で野生とおぼしきチコリータに出くわす。手ごわいチコリータだったが、最後はサトシが勝利し、気絶したチコリータをポケモンセンターに連れて行こうと抱き上げるが...。

メジカタウンを訪れたサトシたちは、子供のオドシシに出会う。タケシが脅えているオドシシに近寄って警戒を解くと、その時、町の真ん中にオドシシの大群が現れる。だがそれは、子供のオドシシが作った幻覚だった。