サトシはジョウトリーグで手に入れた4つのジムバッジを嬉しそうに磨いていた。そこへ3羽のヤミカラスが現れ、サトシの虎の子のバッジを奪って逃げてしまった。サトシは無事バッジを取り戻せるのか。

マツバとのジム戦を終えたサトシたちは、大きなエンジュシティにもうしばらくとどまることにした。まずは腹ごしらえと評判のお団子屋に入った一行の目に映ったのは、街で催されるお茶会のポスターだった。

サトシたちはジムリーダー・マツバに出会った。彼は伝説のポケモン・ホウオウとコンタクトできる一族の末裔であり、ゴーストポケモンの使い手だった。果たしてサトシはジムバトルを制することができるのか。

サトシたちはエンジュシティにたどりついた。エンジュジムはこの街のシンボルであるすずの塔の近くにあるという。しかし、一行の目の前にそびえ立つ塔は、まるで火事で焼けたようなありさまで...。

サトシたちは山岳地帯でヘルガーを見かける。ヘルガーはかばんを提げており、野生のポケモンではない様子。するとそこへ、ロケット団が突如現れた。そのどさくさに紛れて、カスミのトゲピーがはぐれてしまい...。

旅を続けるサトシたちは、小高い丘を越えたところに果樹園を見つける。果樹園の入口までやってきたサトシたちだったが、突然ピカチュウに果実泥棒の疑いがかけられてしまう。

サトシたちはエンジュシティを目の前に、ポポッコとそのトレーナー・ミノルと名乗る少年と出会った。ミノルによると、エンジュシティでは年に1回くさポケモントーナメントが開かれるというのだが...。

サトシは旅の途中、ヤンヤンマとそのトレーナーのヒロトという少年に出会う。ヒロトはヤンヤンマの羽根から発する衝撃波で町中のガラスが割れるため、手を焼いていた。そこでヒロトのためにサトシは一肌脱ぐことに。

旅の途中で一休みするサトシたち。そこへコンパンと共に現れたのは、真っ赤な忍者装束に身を包んだセキチクジムのジムリーダー・キョウの妹であるアヤだった。さらにそこへ、謎の老人が現れて...。

旅の途中、森の中でサトシは見覚えのあるリボンをつけたブルーを目にする。サトシは以前に出会った大金持ちのカネヨさんのブルーだと主張。さらに進むと、カネヨさんの召し使いが倒れていた。そこに現れたのは...。

旅の途中、立ち寄ったポケモンセンターで、イミテと再会したサトシたち。かつては半人前だったイミテのメタモンも、ポケモン大演芸祭に招待されるほどに成長していた。久々の再会を喜びあう一同だったが...。

サトシたちは道中、多数のソーナンスに出会う。そのソーナンスたちについていったサトシたちは、村人全員がソーナンスを持つソーナンスの村にたどりついた。そして今日は、ソーナンス祭の日だというが...。

森の中でレディアンを見つけ後を追ったサトシたちに、突然強風が吹き付けてきた。その風は、森林警備隊のシロウが、レディアンの特訓のためピジョンに起こさせたものだと判明。サトシも特訓に付き合うのだが...。

道中の峠道で、サトシのライバル・シゲルのバトルを目撃するサトシたち。シゲルはブラッキーで見事に相手を打ち負かした。勝負を挑むも断られたサトシは悔しさのあまり、レストランでやけ食いをしていると...。

旅の途中、サトシは食べ過ぎが原因で腹痛になってしまう。そこへ、小柄なおじいさんがサトシに丸薬を与え、すぐに腹痛を治してしまった。おじいさんは秘伝の漢方薬を探しているというのだが...。

以前シザーストリートで出会ったユキからメールが来たタケシ。彼女は、ブリーダーの大会に出場するため、パートナーのポケモンを探しているらしい。タケシは預かっていたロコンをユキに渡すため会場へと向かう。

旅の途中、カスミのニョロゾが突然、トキオという少年のニョロボンに殴られてしまう。怒るカスミは、アズマオウ・フィッシング大会にトキオが出場すると聞き、自らも大会にエントリーすることに...。

いつのまにかジャングルの中へ入ったサトシたちは、ひょんなことから天然の温泉を見つけ大喜び。ビーチボールで遊んでいたが、茂みの奥へ跳ねていってしまった。それを追いかけたポケモンたちは...。

旅の道中、あばれケンタロスが老人に突進するのを食い止めたサトシたちは、その老人に気に入られ家に招待されることに。着いた先は、数々のポケモンが格闘修行に汗を流すポケモン道場だった...。

旅の途中、どしゃ降りに遭ってしまったサトシたち。慌てて雨宿りをしようと駆け込んだのは、怪しげな洋館だった。一休みをしていると突然中から悲鳴が...。この洋館には一体何が潜んでいるのだろうか?

旅の途中、オニドリルに追われていたポッポを無事救い出したサトシたち。そこへ、ワタリと名乗る少年が駆けつけた。ワタリによると、ポッポは通信の不便なところへ手紙を届けている伝書ポッポなのだというが...。

旅の途中、オーキド博士に呼ばれ寄り道をするサトシたち。向かった先は古代ポケモンの化石がたくさん発見されているというアルフの遺跡だった。ここですごい発見があったらしい。サトシたちが目にしたものとは...。

旅を続けるサトシたちは、川に橋がないことを知り近くのおじいさんに頼み込むことに。すると、そのおじいさんはウソッキーというポケモンを見せれば、船で向こう岸に渡してくれると教えるのだが...。

エンジュシティを目指して旅を続けるサトシたちは、自然公園で虫取り大会が開かれていることを知る。サトシはやる気満々で参加を申し込むのだが...。そこには以前出会ったトレーナーのナナコの姿があった...。

サトシは、レストランでラジオ番組プロデューサーのアラシから、人気番組・ポケモンストリートへの出演を依頼される。コガネジムのバッジをゲットした者がゲストに招かれるコーナーがあるというのだが...。

ジムリーダー・アカネにバトルを挑んだものの、アカネのミルタンクに完敗したサトシとピカチュウたち。サトシはアカネのミルタンクに打ち勝つ術を見いだせないでいた。そんなサトシをアカネは牧場へと案内する。

大都会コガネシティに到着したサトシたち。いざジムバトルと、やる気満々のサトシだったが、残念ながらコガネジムは留守だった。すっかり気勢をそがれた一行は、気分転換にウインドーショッピングへ。

サトシたちは、立ち寄った町でポケモンに例えて占うポケモン占いが最近評判になっていることを知る。興味津々のサトシたちは、その本が買えるという町外れの老夫婦が営むポケモンの育て屋に行くのだが...。

サトシたちは途中の森で「ゴーストポケモン多発地域!」と書かれた看板を目にする。不安を隠せない一行の前に突然姿を現したのは、キリンリキとそのトレーナーのチェリーという少女だった。

ポケモンたちをみんな外に出し、のびのび過ごしていたサトシたち。そこへ、突然ロケット団が現れ、サトシたちのポケモンを全て奪ってしまった。と、その瞬間、森の中からリングマの群れが現れて...。