うずまきカップが行われる赤岩島へ行く船に乗るため、港にたどりついたサトシたちだが、1日1便しか出ない船に乗り遅れてしまう。そんな時、ルカという女性が自身の船で赤岩島まで連れて行ってくれると言い...。

うずまきカップ出場に向けて旅を続けるサトシ一行は、黄岩島にたどりつく。黄岩島は呼び名のとおり岩が黄色く、サニーゴがたくさん生息している島。カスミは、サニーゴがゲットできるとわくわくしていた。

うずまき列島の青岩島に上陸したサトシたちは、次の町を目指す途中でブルーレイクという湖のある山頂に立ち寄ることにした。道中、あんこうポケモンのチョンチーとダイキという名の少年が突然目の前に現れ...。

うずまきカップ挑戦を目指し、うずまき列島の旅をスタートさせたサトシたち。途中で飛太という青年に出会い、デカポッポ島なる島の話を聞かされる。その島にいるポケモンも普通ではないといい...。

言い伝えによると、謎のポケモンが潜んでいるという“うずまき列島”の話を耳にしたサトシ一同は、胸をわくわくさせながらその島へ向かう船に乗った。しかし、船にはまたまたロケット団がいて...。

アサギバッジのゲットは後回し、次はタンバジムに挑戦だ!とタンバシティにやってきたサトシ一行。途中、海沿いの道から「どりゃぁぁぁぁー!」と声が聞こえてくる。何事かとのぞいてみると...。

ようやくアサギシティにたどりついたサトシたちは、久々のジム戦に挑もうとアサギジムへ。待ち受けていたのは、体は小さいがサトシらに堂々と挑む女の子。アサギバッジを手に入れるため、サトシは勝負に出るが...。

次のジムを目指すサトシたち。砂漠を越えればアサギシティと思いきや、またもやロケット団が立ちふさがる。ドガーズに対抗し、サトシはヒノアラシを持ち出すが、ドガーズの煙幕にヒノアラシの火炎が引火し...。

サトシたちが見つけたのは、水がきらきらと輝き、心地良い風が吹き抜けるアラタマ池。すると、池の中からいきなり何者かが現れた。それは何と、この池のほとりにあるポケモンセンターのジョーイさんで...。

次の街を目指すサトシたちを突如覆う黒い影。何かと思えば、上空を通過する巨大な飛行船のものだった。近くに降り立つ飛行船に惹かれて一行は発着所に向かうが、そこでは乗務員がポケモンの医者を探していた。

湖のほとりでキャンプをしていたサトシ一行。「ザザザ...」という音に気づくと、湖面にはサイドンらしきポケモンの背ビレが...。しかし、岩系ポケモンのサイドンがなぜ水中に?通りかかった美女・エリコによると...。

街中で女の子ばかりの人だかりを見かけたサトシたち。すると、人垣をかき分け出てきたサングラスに帽子姿の男から毛布にくるまれた何かを渡される。「しばらく預かってくれ!」と男は言い残し、その場を去るが...。

道中の草原に、奇妙なバツ印を見つけたサトシたち。ミステリーサークルか!?と思いきや、上空を気球で通りかかった少年・トビオから気球競技の標的だと教えられる。一行はトビオの家に招かれ、もてなしを受けるが...。

サトシ一行は道中の草むらで“ことりポケモン”のネイティと少年のコンビに出くわす。しかし、少年は話しかけるとそそくさとその場を立ち去る。その後、立ち寄ったナットタウンではフェスティバルが開かれており...。

サトシのチコリータは無事ベイリーフに進化したが、まだ自分の力をコントロールできない様子。以前のようにサトシに甘えようとすると勢い余って吹っ飛ばしてしまうこともしばしばで、サトシも困ってしまう。

旅の途中、とある高原を通りかかった一行。吹き抜ける風の心地良さに、サトシもポケモンたちも揃って日なたぼっこ。おなかもすいたのでランチの準備が始まり、サトシもチコリータと薪を探しに近くをうろつくが...。

アサギシティを目指して旅を続けるサトシたち。ポケモンセンターが近くにないため野宿の支度をしていたが、通りかかった少女・ユメカをタケシが救ったことから、一行はユメカの自宅で世話になることに。

サトシたちが道中立ち寄ったホワイトタウン。街並みは歴史遺産の候補にも挙がるほどの美しさで、一行も思わず感動。ところが突然の悲鳴に気づくと、街が誇る白い壁をさまざまな色に塗り替えようとする者がいて...。

とある森の中でタケシのゴルバットが気を失っている女性を発見した。考古学の研究員・ナツキは遺跡の調査中に土砂崩れに遭ってしまったらしい。サトシたちはナツキを助け起こし、無事を確認するが...。

山道を歩くサトシたち。しかし、ピカチュウの様子がおかしく、バテ気味のようだった。そこに突然現れた謎の老人が一行に話しかけてきた。この周辺は電気エネルギーを吸収してしまう特殊な土地だと言い...。

旅の途中、リキシータウンに立ち寄ったサトシたち。そこではオーダイルがバトルの特訓を行っていた。どうやらオーダイルはトレーナーのライデンと共にポケモン大相撲の優勝を目指しているらしいが...。

旅の道中、タケシが突然倒れてしまう。責任感の強いタケシはポケモンたちの世話を休むわけにはいかないと無理をするが、足腰が立たない。サトシとピカチュウたちは、彼の仕事を引き受けることにするが...。

旅の途中、ピカチュウがロケット団特製の檻に閉じ込められてしまう。その檻を抱えて逃げるソーナンスが岩につまずき、ピカチュウはサトシのもとに。しかし、檻を開ける専用の鍵を持ったソーナンスは行方不明に...。

虫取り網を片手に持つキイチと出会ったサトシたち。キイチは以前、ここでノコッチが大量発生した時、自分だけゲットし損なったという。サトシたちはキイチのために、ノコッチゲットを手伝うことにするが...。

次の街へと谷間を進むサトシたち。そこへ突風が吹きつけ、大岩が一行めがけて崩れ落ちてきた。その時、3つの影がサトシたちを間一髪で救い出す。それはハルカとユタカの兄弟が率いる3匹のウインディだった。

サトシたちとトオルはフリーザーを追い求め、付近で最も高いシラユキ山へとやってきた。雪道を進む一行は凍りついた姿のプリンを発見する。一行は頂上に行けばフリーザーに出会えるかもしれないと思い...。

フリーザーを探しに雪山までやってきたトオルとサトシたち。お弁当を食べようとしたところ、突然ウリムーが突進してきた。このウリムーはコユキという少女とその父親が温泉探しのために連れてきたらしく...。

サトシたちはかつて旅の途中で出会ったカメラマンのトオルと再会する。トオルは伝説のとりポケモン・フリーザーを撮影するために探し回っていた。そこに突然、氷漬けになったヒマナッツが落ちてきた。

不気味な雰囲気の森を進むサトシたち。タケシによれば、この辺りに凶悪なポケモンが出没するという噂があるらしい。サトシたちは無人の山小屋を発見し、そこに泊まることにするが、外で怪しい物音が...。

照りつける太陽に、喉がカラカラのサトシたち。ポケモンセンターを目指す一行は、風化しかけた古代文明の遺跡にたどりつく。遺跡にはテッポウオの彫刻が多く見られ、かつてここは水の豊かな土地だったようで...。